Compositions and methods for inhibiting expression of complement factor b (CFB)

Abstract

Compositions and methods useful to reduce expression of CFB gene and for treatment of CFB-associated diseases and conditions are provided. Provided are CFB dsRNA agents, CFB antisense polynucleotide agents, compositions comprising CFB dsRNA agents, and compositions comprising CFB antisense polynucleotide agents that can be used to reduce CFB expression in cells and subjects.

Description

Compositions and methods for inhibiting complement factor B (CFB) expression provide compositions and methods for reducing CFB gene expression and for treating CFB-related diseases and conditions. CFB dsRNA agents, CFB antisense polynucleotide agents, compositions containing CFB dsRNA agents, and compositions containing CFB antisense polynucleotide agents are provided for reducing CFB expression in cells and subjects. Abstract

Claims

1.A double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent for inhibiting expression of CFB, wherein the dsRNA agent including a sense strand and an antisense strand, wherein the sense strand comprises at least 15 contiguous nucleotides differing by no more than 3 nucleotides from the nucleotide sequence of SEQ ID NO: l and the antisense strand comprises at least 15 contiguous nucleotides differing by no more than 3 nucleotides from the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, wherein the sense strand and the antisense strand can be partially, substantially, or fully complementary to each other.2.The dsRNA agent of claim 1, wherein the dsRNA agent includes a sense strand and an antisense strand, wherein the sense strand comprises at least 15, 16, 17, 18, 19, 20 or 21 contiguous nucleotides that differ by 0, 1, 2, or 3 nucleotides from any one of the nucleotide sequences of nucleotides 483-513, 486-516, 491-521, 483-521, 513-543, 987-1017, 989-1019, 1317-1347, 2237-2267, 2439-2469 of SEQ ID NO: 1, and the antisense strand comprises at least 15, 16, 17, 18, 19, 20 or 21 contiguous nucleotides differing by 0, 1, 2, or 3 nucleotides from the corresponding nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, wherein the sense strand and the antisense strand can be partially, substantially, or fully complementary to each other.3.The dsRNA agent of claim 1-2, wherein the sense strand comprises at least 15, 16, 17, 18, 19, 20 or 21 contiguous nucleotides that differ by 0, 1, 2, or 3 nucleotides from any one of the nucleotide sequences of nucleotides 488-508, 491-511, 496-516, 488-516, 518-538, 992-1012, 994-1014, 1322-1342, 2242-2262, 2444-2464 of SEQ ID NO: 1, and the antisense strand comprises at least 15, 16, 17, 18, 19, 20 or 21 contiguous nucleotides differing by 0, 1, 2, or 3 nucleotides from the corresponding nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2.4.The dsRNA agent of claim 1, wherein said antisense strand comprises a region of complementarity to a CFB RNA transcript RNA transcript which comprises at least 15 contiguous nucleotides differing by no more than 1, 2, or 3 nucleotides from any one of the antisense sequences listed in any one of Tables 1-3.5.The dsRNA agent of claim 1, wherein said antisense strand comprises a region of complementarity to a CFB RNA transcript which comprises at least 15 contiguous nucleotides from any one of the antisense sequences listed in any one of Tables 1-3.6.The dsRNA agent of claim 1, wherein the double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent for inhibiting expression of CFB, wherein the dsRNA agent comprises a sense strand and an antisense strand, nucleotide positions 2 to 18 in the antisense strand comprising a region of complementarity to a CFB RNA transcript, wherein the region of complementarity comprises  at least 15, 16, 17, 18, 19, 20 or 21 contiguous nucleotides that differ by 0, 1, 2, or 3 nucleotides from one of the antisense sequences listed in one of Tables 1-3, and optionally comprising a targeting ligand.7.The dsRNA agent of claim 6, wherein the region of complementarity to a CFB RNA transcript comprises at least 15, 16, 17, 18, or 19 contiguous nucleotides that differ by no more than 3 nucleotides from one of the antisense sequences listed in one of Tables 1-3.8.The dsRNA agent of any one of claims 1-7, wherein the antisense strand of dsRNA is substantially or fully complementary to any one of a target region of SEQ ID NO: 1, and preferably the dsRNA agent comprises an antisense strand sequence set forth in any one of Tables 1-3.9.The dsRNA agent of any one of claims 1-8, wherein the sense strand sequence is at least substantially complementary to or fully complementary to the antisense strand sequence in the dsRNA agent, preferably, wherein the dsRNA agent comprises a sense strand sequence set forth in any one of Tables 1-3.10.The dsRNA agent of any one of claims 1-9, wherein the dsRNA agent comprises the sequences set forth as a duplex sequence in any of Tables 1-3.11.The dsRNA of any one of claims 1-10, wherein the dsRNA agent comprises at least one modified nucleotide.12.The dsRNA agent of any one of claims 1-11, wherein all or substantially all of the nucleotides of the sense strand and / or the antisense strand are modified nucleotides.13.The dsRNA agent of claim 1-12, wherein the double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent for inhibiting expression of CFB, wherein the dsRNA agent including a sense strand and an antisense strand, wherein the sense strand is complementary to the antisense strand, wherein the antisense strand comprises a region complementary to part of a CFB RNA transcript, wherein each strand is about 15 to about 30 nucleotides in length, wherein the sense strand comprises sequence may be represented by formula (I) : 5′- (N′L) n′N′LN′LN′LN′LN′FN′LN′FN′LN′N1N′N2N′LN′LN′LN′LN′L (N′L) m′-3′ (I)wherein:each N′F represents a 2'-fluoro-modified nucleotide; each N′N1 and N′N2 independently represents a modified or unmodified nucleotide; each N′L independently represents a modified or unmodified nucleotide but not a 2'-fluoro-modified nucleotide, and m′ and n′ are each independently an integer of 0 to 7.14.The dsRNA agent of claim 1-12, wherein the double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent for inhibiting expression of CFBis provided, wherein the dsRNA agent including a sense strand and an antisense strand, wherein the sense strand is complementary to the antisense strand, wherein the antisense strand comprises a region complementary to part of a CFB RNA transcript, , wherein each strand is about 18 to about 30 nucleotides in length, wherein the antisense strand comprises sequence may be represented by formula (II) : 3′- (NL) nNM1NLNM2NLNFNLNM3NM4NLNLNLNM5NLNM6NLNLNFNL-5′ (II)wherein:each NF represents a 2'-fluoro-modified nucleotide; each NM1, NM2, NM3, NM4, NM5, and NM6 independently represents a modified or unmodified nucleotide; each NL independently represents a modified or unmodified nucleotide but not a 2'-fluoro-modified nucleotide, and n is an integer of 0 to 7.15.The dsRNA agent of claim 1-12, wherein the double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent for inhibiting expression of CFB is provided, wherein the dsRNA agent including a sense strand and an antisense strand, wherein the sense strand and the antisense strand form a dsRNA duplex, wherein said sense strand is complementary to the antisense strand, wherein said antisense strand comprises a region of complementarity to a CFB RNA transcript, wherein the region of complementarity comprises at least 15 contiguous nucleotides, wherein the dsRNA comprises duplex represented by formula (III) : sense: 5′- (N′L) n′N′LN′LN′LN′LN′FN′LN′FN′LN′N1N′N2N′LN′LN′LN′LN′L (N′L) m′-3′ antisense: 3′- (NL) nNM1NLNM2NLNFNLNM3NM4NLNLNLNM5NLNM6NLNLNFNL-5′ (III)wherein:each strand is about 18 to about 30 nucleotides in length;each NF and N′F independently represents a 2'-fluoro-modified nucleotide; NM1, NM2, NM3, NM4, NM5, N′N1, and N′N2 each independently represents a modified or unmodified nucleotide; N′N1 and N′N2 include only one 2'-Fluorine modified nucleotides; NM1, NM2, NM3, NM4, NM5, and NM6 have only three 2'-fluoro-modified nucleotides; each NL and N′L independently represents a modified or unmodified nucleotide but not a 2'-fluoro-modified nucleotide, and m′, n′ and n are each independently an integer of 0 to 7.16.The dsRNA agent of any one of claims 11-15, wherein the one or more modified nucleotides are independently selected from the group consisting of: a 2’-O-methyl nucleotide, a 2’-Fluoro nucleotide, a 2’-deoxy nucleotide, a 2’3’-seco nucleotide mimic, a locked  nucleotide, an unlocked nucleic acid nucleotide (UNA) , a glycol nucleic acid nucleotide (GNA) , a 2’-F-Arabino nucleotide, a 2’-methoyxyethyl nucleotide, an abasic nucleotide, an ribitol, inverted nucleotide, an inverted abasic nucleotide, an isomannide nucleotide, an inverted 2’-Ome nucleotide, an inverted 2’-deoxy nucleotide, a 2’-amino-modified nucleotide, a 2’-alkyl-modified nucleotide, a mopholino nucleotide, a 3’-OMe nucleotide, a nucleotide comprising a 5’-phosphorothioate group, a terminal nucleotide linked to a cholesteryl derivative or dodecanoic acid bisdecylamide group, a 2’-amino-modified nucleotide, a phosphoramidate, or a non-natural base comprising nucleotide.17.The dsRNA agent of any one of claims 1-16, comprises an E-vinylphosphonate nucleotide at the 5′ end of the guide strand.18.The dsRNA agent of any one of claims 1-17, wherein the dsRNA agent comprises at least one phosphorothioate internucleoside linkage.19.The dsRNA agent of any one of claims 1-17 wherein the sense strand comprises at least one phosphorothioate internucleoside linkage.20.The dsRNA agent of any one of claims 1-17, wherein the antisense strand comprises at least one phosphorothioate internucleoside linkage.21.The dsRNA agent of any one of claims 1-17, wherein the sense strand comprises 1, 2, 3, 4, 5, or 6 phosphorothioate internucleoside linkages.22.The dsRNA agent of any one of claims 1-17, wherein the antisense strand comprises 1, 2, 3, 4, 5, or 6 phosphorothioate internucleoside linkages.23.The dsRNA agent of any one of claims 1-22, wherein the modified sense strand is a modified sense strand sequence set forth in one of Tables 2-3.24.The dsRNA agent of any one of claims 1-22, wherein the modified antisense strand is a modified antisense strand sequence set forth in one of Tables 2-3.25.The dsRNA agent of any one of claims 1-24, wherein the sense strand is complementary or substantially complementary to the antisense strand, and the region of complementarity is between 16 and 23 nucleotides in length.26.The dsRNA agent of any one of claims 1-25, wherein the region of complementarity is 19-21 nucleotides in length.27.The dsRNA agent of any one of claims 1-26, wherein each strand is no more than 30 nucleotides in length.28.The dsRNA agent of any one of claims 1-26, wherein each strand is no more than 25 nucleotides in length.29.The dsRNA agent of any one of claims 1-26, wherein each strand is no more than 23 nucleotides in length.30.The dsRNA agent of any one of claims 1-29, wherein the dsRNA agent comprises at least one modified nucleotide and further comprises one or more targeting groups or linking groups.31.The dsRNA agent of claim 30, wherein the one or more targeting groups or linking groups are conjugated to the sense strand.32.The dsRNA agent of claim 30 or 31, wherein the targeting group or linking group comprises N-acetyl-galactosamine (GalNAc) .33.The dsRNA agent of claim 30-32, wherein the targeting group has a structure: n” are independently selected from 1 or 2.34.The dsRNA agent of claim 30-33, wherein the targeting group has a structure: 35.The dsRNA agent of any one of claims 1-34, wherein the dsRNA agent comprises a targeting group that is conjugated to the 5’-terminal end of the sense strand.36.The dsRNA agent of any one of claims 1-34, wherein the dsRNA agent comprises a targeting group that is conjugated to the 3'-terminal end of the sense strand.37.The dsRNA agent of any one of claims 1-34, wherein the antisense strand comprises one inverted abasic residue at 3’-terminal end.38.The dsRNA agent of any one of claims 1-34, wherein the sense strand comprises one or two inverted abasic residues or imann residues at 3’ or / and 5’ terminal end.39.The dsRNA agent of any one of claims 1-38, wherein the dsRNA agent has two blunt ends.40.The dsRNA agent of any one of claims 1-38, wherein at least one strand comprises a 3’ overhang of at least 1 nucleotide.41.The dsRNA agent of any one of claims 1-38, wherein at least one strand comprises a 3’ overhang of at least 2 nucleotides.42.The dsRNA agent of any one of claims 1-41 wherein the CFB RNA transcript is SEQ ID NO:1.43.A composition comprising a dsRNA agent of any one of claims 1-42.44.The composition of claim 43, further comprising a pharmaceutically acceptable carrier.45.The composition of claim 44, further comprising one or more additional therapeutic agents.46.The composition of claim 45, wherein the composition is packaged in a kit, container, pack, dispenser, pre-filled syringe, or vial.47.The composition of any one of claims 43-46, wherein the composition is formulated for subcutaneous administration or is formulated for intravenous (IV) administration.48.A cell comprising a dsRNA agent of any one of claims 1-42, optionally, the cell is a mammalian cell, optionally a human cell.49.A method of inhibiting the expression of a CFB gene in a cell, the method comprising:(i) preparing a cell comprising an effective amount of a double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent of any one of claims 1-42 or a composition of any one of claims 43-47.50.The method of claim 49, further comprising:(ii) maintaining the cell prepared in claim 49 (i) for a time sufficient to obtain degradation of the mRNA transcript of a CFB gene, thereby inhibiting expression of the CFB gene in the cell.51.The method of any one of claims 49-50, wherein the cell is in a subject and the dsRNA agent is administered to the subject subcutaneously.52.The method of any one of claims 49-50, wherein the cell is in a subject and the dsRNA agent is administered to the subject by IV administration.53.The method of claim 51 or 52, further comprising assessing inhibition of the CFB gene, following the administration of the dsRNA agent to the subject, wherein a means for the assessing comprises:(i) determining one or more physiological characteristics of a CFB-associated disease or condition in the subject and(ii) comparing the determined physiological characteristic (s) to a baseline pre-treatment physiological characteristic of the CFB-associated disease or condition and / or to a control physiological characteristic of the CFB-associated disease or condition,wherein the comparison indicates one or more of a presence or absence of inhibition of expression of the CFB gene in the subject.54.The method of claim 53, wherein the determined physiological characteristic is one or more of: the CFB mRNA level, the CFB protein level in the subject, or CH50 activity, AH50, lactate dehydrogenase (LDH) , hemoglobin levels; the level of any one or more of C3, C9, C5, C5a, C5b, and soluble C5b-9 complex.55.The method of claim 54, wherein a reduction in one or more of the subject’s CFB mRNA level, the CFB protein level in the subject, and / or a decrease in one or more of CH50 activity, AH50, lactate dehydrogenase (LDH) , hemoglobin levels; the level of any one or more of C3, C9, C5, C5a, C5b, soluble C5b-9 complex and lipid level in blood or serum indicates reduction of CFB gene expression in the subject.56.A method of inhibiting expression of a CFB gene in a subject, the method comprising administering to the subject an effective amount of a double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent of any one of claims 1-42 or a composition of any one of claims 43-47.57.The method of claim 56, wherein the dsRNA agent is administered to the subject subcutaneously.58.The method of claim 56, wherein the dsRNA agent is administered to the subject by IV administration.59.The method of any one of claims 56-58, further comprising assessing inhibition of the CFB gene, following the administration of the dsRNA agent, wherein a means for the assessing comprises:(i) determining one or more physiological characteristics of a CFB-associated disease or condition in the subject and(ii) comparing the determined physiological characteristic (s) to a baseline pre-treatment physiological characteristic of the CFB-associated disease or condition and / or to a control physiological characteristic of the CFB-associated disease or condition,wherein the comparison indicates one or more of a presence or absence of inhibition of expression of the CFB gene in the subject.60.The method of claim 60, wherein the determined physiological characteristic is one or more of: the CFB mRNA level, the CFB protein level in the subject, or CH50 activity, AH50, lactate dehydrogenase (LDH) , hemoglobin levels; the level of any one or more of C3, C9, C5, C5a, C5b, soluble C5b-9 complex and lipid level in blood or serum.61.The method of claim 60, wherein a reduction in one or more of the subject’s CFB mRNA level, the CFB protein level in the subject, and / or a decrease in one or more of CH50 activity, AH50, lactate dehydrogenase (LDH) , hemoglobin levels; the level of any one or more of C3, C9, C5, C5a, C5b, soluble C5b-9 complex and lipid level in blood or serum indicates reduction of CFB gene expression in the subject.62.A method of treating a disease or condition associated with the presence of CFB protein, the method comprising administering to a subject an effective amount of a double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent of any one of claims 1-42, or a composition of any one of claims 43-47, to inhibit CFB gene expression.63.The method of claim 62, wherein the disease or condition is one or more of: autoimmune diseases, complement system dysfunction including aberrant upregulation of complement components such as CFB, C3 glomerulopathy (C3G) , systemic lupus erythematosus (SLE) , Lupus Nephritis, Ig-mediated kidney pathologies such as IgA nephropathy and primary membranous nephropathy, nephropathy, diabetic nephropathy, polycystic kidney disease, membranous nephropathy, age-related macular degeneration (AMD) including dry AMD and  geographic atrophy, typical or infectious hemolytic uremic syndrome (tHUS) , atypical hemolytic uremic syndrome (aHUS) , asthma, psoriasis, thrombotic microangiopathy, ischemia and reperfusion injury, paroxysmal nocturnal hemoglobinuria (PNH) , rheumatic disease, rheumatoid arthritis, multiple sclerosis (MS) , neuromyelitis optica (NMO) , immune complex-mediated glomerulonephritis (IC-mediated GN) , post-infectious glomerulonephritis (PIGN) , antineutrophil cytoplasmic autoantibodies-associated vasculitis (ANCA-AV) , antiphospholipid antibody syndrome (APS) , dysbiotic periodontal disease, malarial anaemia, dermatomyositis bullous pemphigoid, Shiga toxin E. coli-related hemolytic uremic syndrome, myasthenia gravis (MG) , neuromyelistis optica (NMO) , dense deposit disease, Coronary artery disease, dermatomyositis, Graves' disease, atherosclerosis, Alzheimer's disease, systemic inflammatory response sepsis, septic shock, spinal cord injury, glomerulonephritis, Hashimoto's thyroiditis, type I diabetes, psoriasis, pemphigus, autoimmune hemolytic anemia (AIHA) , cold agglutinin disease, humoral and vascular transplant rejection, graft dysfunction, myocardial infarction, sensitization towards a transplant, hyperlipidemia, and sepsis.64.The method of claim 63, further comprising administering an additional therapeutic regimen to the subject.65.The method of claim 64, wherein the additional therapeutic regimen comprises: administering to the subject one or more CFB antisense polynucleotides of the invention, administering to the subject a non-CFB dsRNA therapeutic agent, and a behavioral modification in the subject.66.The method of claim 65, wherein the non-CFB dsRNA therapeutic agent is one of more of: an inhibitor of C5, such as an anticomplement component C5 antibody, or antigen-binding fragment thereof (e.g., eculizumab, ravulizumab-cwvz, or pozelimab (REGN3918) ) or a C5 peptide inhibitor (e.g., zilucoplan) ; C3 peptide inhibitor, such as compstatin.67.The method of any one of claims 62-66, wherein the dsRNA agent is administered to the subject subcutaneously.68.The method of any one of claims 62-66, wherein the dsRNA agent is administered to the subject by IV administration.69.The method of any one of claims 62-69, further comprising determining an efficacy of the administered double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent in the subject.70.The method of claim 69, wherein a means of determining an efficacy of the treatment in the subject comprises:(i) determining one or more physiological characteristics of the CFB-associated disease or condition in the subject and(ii) comparing the determined physiological characteristic (s) to a baseline pre-treatment physiological characteristic of the CFB-associated disease or conditionwherein the comparison indicates one or more of a presence, absence, and level of efficacy of the administration of the double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent to the subject.71.The method of claim 70, wherein the determined physiological characteristic is: the CFB mRNA level, the CFB protein level in the subject, or CH50 activity, AH50, lactate dehydrogenase (LDH) , hemoglobin levels; the level of any one or more of C3, C9, C5, C5a, C5b, soluble C5b-9 complex and lipid level in blood or serum .72.The method of claim70, wherein a reduction in one or more of the CFB mRNA level, the CFB protein level in the subject, and / or a decrease in one or more of CH50 activity, AH50, lactate dehydrogenase (LDH) , hemoglobin levels; the level of any one or more of C3, C9, C5, C5a, C5b, soluble C5b-9 complex and lipid level in blood or serum indicates the presence of efficacy of the administration of the double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent to the subject.73.A method of decreasing a level of CFB protein in a subject compared to a baseline pre-treatment level of CFB protein in the subject, the method comprising administering to the subject an effective amount of a double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent of any one of claims 1-42, or a composition of any one of claims 43-47, to decrease the level of CFB gene expression.74.The method of claim 73, wherein the dsRNA agent is administered to the subject subcutaneously or is administered to the subject by IV administration.75.A method of altering a physiological characteristic of a CFB-associated disease or condition in a subject compared to a baseline pre-treatment physiological characteristic of the CFB-associated disease or condition in the subject, the method comprising administering to the subject an effective amount of a double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) agent of any one of claims 1-42, or a composition of any one of claims 43-47, to alter the physiological characteristic of the CFB-associated disease or condition in the subject.76.The method of claim 75, wherein the dsRNA agent is administered to the subject subcutaneously or is administered to the subject by IV administration.77.The method of any one of claims 75-76, wherein the physiological characteristic is one or more of: the CFB mRNA level, the CFB protein level in the subject, CH50 activity, AH50, lactate dehydrogenase (LDH) , hemoglobin levels; the level of any one or more of C3, C9, C5, C5a, C5b, soluble C5b-9 complex and lipid level in blood or serum.