Phosphoramidite linkers

Abstract

The present invention discloses phosphoramidite linkers according to Formula (I), oligonucleotides bound to these linkers, and to oligonucleotide conjugates connected via these linkers.

Description

LARC‐038 / 01WO 336450‐2421  Phosphoramidite Linkers  FIELD OF THE INVENTION

[0001] The invention relates to phosphoramidite linkers, oligonucleotides bound to these linkers, and  to  oligonucleotide  conjugates  connected  via  the  linkers  of  the  invention. Methods  of  preparing  5  oligonucleotide conjugates are also provided.  BACKGROUND

[0002] Oligonucleotide conjugates are an emerging technology, and it has been demonstrated that  conjugated moieties can be used in therapeutics to successfully treat disease. In addition, conjugated  oligonucleotides represent an important class of laboratory tools, including labelled oligonucleotides 10  for use in understanding intracellular trafficking. Conjugated oligonucleotides can also be broadly used  to modulate prokaryotic and eukaryotic gene expression.

[0003] Peptide‐oligonucleotide  conjugates  are,  in  particular,  a  field  of  increasing  interest.  The  conjugation of an oligonucleotide to a carrier protein, for example, provides a method of increasing  cellular uptake, tissue delivery, and bioavailability of therapeutic oligonucleotides such as antisense 15  oligonucleotides or small  interfering RNAs  (described  in Klabenkova et al. Molecules 2021, 26(17),  5420). Accordingly, this conjugation improves the overall efficiency of these oligonucleotides in vivo.  Likewise,  the  conjugation  of  these  therapeutic  oligonucleotides  to  an  antigen  binding  fragment,  nanobody, or antibody allows for greatly  increased specificity of action for the oligonucleotide. For  these advantages to be realised it is necessary for the linker joining the peptide and oligonucleotide 20  to be both biologically stable and possible to synthesise / attach in conditions suitable for both peptides  and oligonucleotides.

[0004] It is common for peptide linkers to make use of sulfide groups. A traditional method of forming  links is via disulfide bonds, for example between cysteine residues. However, these disulfides are not  stable in vivo and are known to undergo thiol exchange. As such, other linkers have been developed 25  for use in oligonucleotides and peptides.

[0005] One standard type of linker is the triazole linker. These linkers, however, require additional  modification of the protein with either an azide or alkyne group, and  therefore  frequently require  post‐synthetic oligonucleotide modification. These  linkers  also  typically  require  the presence of  a  metal catalyst, such as copper, in order to provide the desired linked molecule. These metals can be 30  detrimental to drug molecules and can lead to the degradation of oligonucleotides. Metal‐free triazole  formation reactions also have to deal with the bulky size of the reagents and the compatibility of the  necessary strained alkyne with the conditions necessary for oligonucleotide synthesis. Triazole linkers  1 11459075 v1  are also frequently not stable during extended storage periods, and triazole derivatives can display  biological activity, which may  lead  to unintended effects when  the oligonucleotide conjugates are  provided in vivo.

[0006] Maleimides are the most frequently used reagent  in oligonucleotide conjugation reactions.  However,  maleimide  linkers  have  a  number  of  significant  disadvantages.  Maleimide  modified  oligonucleotides can be challenging to synthesise as the maleimide group is generally not stable to the  conditions used  in oligonucleotide synthesis. At present, two approaches are used to mitigate this,  often  the oligonucleotide must be synthesised with an amine modification and  it  is only after  the  oligonucleotide has been cleaved from the solid support and purified that this amine is reacted with  a bifunctional small molecule  linker with both an N‐hydroxysuccinimide (NHS) ester and maleimide  group. The alternative approach is to make use of commercially available maleimide modifiers, which  are both expensive and require additional processing steps.

[0007] Aside from the difficulties in their preparation, maleimide functionalised oligonucleotides also  generally display a relatively short half‐life  in pH neutral conditions. They also display a narrow pH  range  for  selective  reaction with  thiols over  amines,  and  a  lack of  selectivity between  thiols  and  disulfide bonds.

[0008] Accordingly, there is a need to provide new linkers for oligonucleotides.  SUMMARY OF INVENTION

[0009] In accordance with a first aspect of the invention, there is provided a compound of formula  (I): , wherein:  A is mono‐ or bicyclic heteroaryl group in which at least one carbon ring‐atom is replaced with N;  X, Y, and Z are each independently selected from C1‐30 alkyl, C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m,  C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, C5‐10 heteroaryl, or absent;  wherein at least one of X, Y and Z is present;   wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl  is  optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8,  SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3;   n is 1 or 2;  m is an integer from 1‐30;    each   is either a single bond or double bond;  W is OR2 or NR3R4;  R1 and R2 are each independently selected from H and a base labile protecting group;  R3 and R4 are each independently selected from H and an optionally substituted C1‐10 alkyl;  R5 is absent, is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl;  R6 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R7 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R8 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R9, is selected from H, C1‐10 alkyl, halide, C(O)C1‐10 alkyl, C1‐10 haloalkyl, C(O)OR12, C(O)SR12, C(O)NR13R14,  CN, or NO2;   R10, and R11 are each independently selected from H, C1‐10 alkyl, halide, or C1‐10 haloalkyl;  R12 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R13 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  and  R14 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

[0010] In  accordance  with  a  second  aspect  of  the  invention,  there  is  provided  a  modified  oligonucleotide, wherein the 5’ end of the oligonucleotide  is attached to a compound as described  above via a covalent bond which replaces the W moiety to give a modified oligonucleotide of formula  (II):   wherein Q is S or O.

[0011] In  accordance  with  a  third  aspect  of  the  invention,  there  is  provided  a  modified  oligonucleotide conjugate, wherein the modified oligonucleotide described above is conjugated to a  thiol‐containing moiety (M‐SH) via the vinyl group to provide a conjugate of formula (II):    wherein Q is S or O.

[0012] In accordance with a fourth aspect of the invention, there is provided a method of conjugating  the modified oligonucleotide described  in  the second aspect of  the  invention  to a  thiol‐containing  molecule (M‐SH) to form the modified oligonucleotide conjugate described in the third aspect of the  invention, wherein the method comprises a thiol‐ene reaction between the thiol and the vinyl group  of the modified oligonucleotide the second aspect of the invention.

[0013] Further embodiments of the invention are described in the appended claims.    BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS

[0014] Figure 1a shows hours 0‐3  for  the  time course monitoring via HPLC  for  the  formation of a  glutathione‐linker‐oligonucleotide conjugate of the invention.

[0015] Figure 1b shows hours 3.5‐6 for the time course monitoring via HPLC for the formation of a  glutathione‐linker‐oligonucleotide conjugate of the invention.

[0016] Figure 2 is a graph showing the area under the curve for the formation of a glutathione‐linker‐ oligonucleotide conjugate of the invention.

[0017] Figure 3  shows  the SDS‐PAGE  for  the  formation of a human  serum albumen  (HSA)‐linker‐ oligonucleotide conjugate of the invention.    DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION  Definitions

[0018] While  the  following  terms  are  believed  to  be well  understood  by  the  skilled  person,  the  following definitions are set forth to facilitate explanation of the presently disclosed subject matter.

[0019] The terms below, as used herein, have the following meanings, unless indicated otherwise:

[0020] “Amino” refers to the ‐NH2 radical.

[0021] “Cyano” refers to the ‐CN radical.

[0022] “Halo” or “halogen” refers to bromo, chloro, fluoro or iodo radical.

[0023] “Hydroxy” or “hydroxyl” refers to the ‐OH radical.

[0024] “Imino” refers to the =NH substituent.

[0025] “Nitro” refers to the ‐NO2 radical.

[0026] “Oxo” refers to the =O substituent.

[0027] “Alkyl” or “alkyl group” refers to a fully saturated, straight or branched hydrocarbon chain  radical having from one to thirty carbon atoms unless otherwise specified, and which is attached to  the rest of the molecule by a single bond. Alkyls comprising any number of carbon atoms from 1 to 30  are included. An alkyl comprising up to 10 carbon atoms is a C1‐C10 alkyl, an alkyl comprising up to 6  carbon atoms is a C1‐C6 alkyl and an alkyl comprising up to 5 carbon atoms is a C1‐C5 alkyl. A C1‐C5 alkyl  includes C5 alkyls, C4 alkyls, C3 alkyls, C2 alkyls and C1 alkyl  (i.e., methyl). A C1‐C6 alkyl  includes all  moieties described above for C1‐C5 alkyls but also includes C6 alkyls. A C1‐C10 alkyl includes all moieties  described above for C1‐C5 alkyls and C1‐C6 alkyls, but also includes C7, C8, C9 and C10 alkyls. Non‐limiting  examples of C1‐C10 alkyl include methyl, ethyl, n‐propyl, i‐propyl, sec‐propyl, n‐butyl, i‐butyl, sec‐butyl,  t‐butyl, n‐pentyl, t‐amyl, n‐hexyl, n‐heptyl, n‐octyl, n‐nonyl, and n‐decyl.

[0028] “Alkenyl” or “alkenyl group” refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical having  from two to thirty carbon atoms unless otherwise specified, and having one or more carbon‐carbon  double bonds. For the avoidance of doubt, the terms “alkenyl” or “alkenyl group” refer to straight or  branched hydrocarbon chain radicals comprising E and / or Z (trans and / or cis) alkenes. Each alkenyl  group is attached to the rest of the molecule by a single bond. Alkenyl groups comprising any number  of carbon atoms from 2 to 30 are included. An alkenyl group comprising up to 10 carbon atoms is a  C2‐C10 alkenyl, an alkenyl group comprising up to 6 carbon atoms is a C2‐C6 alkenyl and an alkenyl group  comprising up to 5 carbon atoms is a C2‐C5 alkenyl. A C2‐C5 alkenyl includes C5 alkenyls, C4 alkenyls, C3  alkenyls, and C2 alkenyls. A C2‐C6 alkenyl includes all moieties described above for C2‐C5 alkenyls but  also includes C6 alkenyls. A C2‐C10 alkenyl includes all moieties described above for C2‐C5 alkenyls and  C2‐C6 alkenyls, but also  includes C7, C8, C9 and C10 alkenyls. Non‐limiting examples of C2‐C10 alkenyl  include ethenyl (vinyl), 1‐propenyl, 2‐propenyl (allyl), iso‐propenyl, 2‐methyl‐1‐propenyl, 1‐butenyl, 2‐ butenyl, 3‐butenyl, 1‐pentenyl, 2‐pentenyl, 3‐pentenyl, 4‐pentenyl, 1‐hexenyl, 2‐hexenyl, 3‐hexenyl,  4‐hexenyl,  5‐hexenyl,  1‐heptenyl,  2‐heptenyl,  3‐heptenyl,  4‐heptenyl,  5‐heptenyl,  6‐heptenyl,  1‐ octenyl,  2‐octenyl,  3‐octenyl,  4‐octenyl,  5‐octenyl,  6‐octenyl,  7‐octenyl,  1‐nonenyl,  2‐nonenyl,  3‐ nonenyl, 4‐nonenyl, 5‐nonenyl, 6‐nonenyl, 7‐nonenyl, 8‐nonenyl, 1‐decenyl, 2‐decenyl, 3‐decenyl, 4‐ decenyl, 5‐decenyl, 6‐decenyl, 7‐decenyl, 8‐decenyl, and 9‐decenyl.

[0029] “Alkynyl” or “alkynyl group” refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical having  from two to thirty carbon atoms unless otherwise specified, and having one or more carbon‐carbon  triple bonds. Each alkynyl group is attached to the rest of the molecule by a single bond. Alkynyl groups  comprising any number of carbon atoms from 2 to 30 are included. An alkynyl group comprising up to   10 carbon atoms is a C2‐C10 alkynyl, an alkynyl group comprising up to 6 carbon atoms is a C2‐C6 alkynyl  and an alkynyl group comprising up to 5 carbon atoms is a C2‐C5 alkynyl. A C2‐C5 alkynyl includes C5  alkynyls, C4 alkynyls, C3 alkynyls, and C2 alkynyls. A C2‐C6 alkynyl includes all moieties described above  for C2‐C5 alkynyls but also includes C6 alkynyls. A C2‐C10 alkynyl includes all moieties described above  for C2‐C5 alkynyls and C2‐C6 alkynyls, but also includes C7, C8, C9 and C10 alkynyls. Non‐limiting examples  of C2‐C10 alkenyl include ethynyl, propynyl, butynyl, pentynyl and the like.

[0030] “Aryl” refers to a hydrocarbon ring system radical comprising 6 to 18 carbon atoms (C6‐C18)  and at least one aromatic ring. For purposes of this  invention, the aryl radical can be a monocyclic,  bicyclic,  tricyclic or  tetracyclic  ring  system, which  can  include  fused or bridged  ring  systems. Aryl  radicals  include, but are not  limited  to, aryl  radicals derived  from aceanthrylene, acenaphthylene,  acephenanthrylene, anthracene, azulene, benzene,  chrysene,  fluoranthene,  fluorene, as‐indacene,  sindacene,  indane,  indene,  naphthalene,  phenalene,  phenanthrene,  pleiadene,  pyrene,  and  triphenylene. Unless  stated otherwise  specifically  in  the  specification,  the  term “aryl”  is meant  to  include aryl radicals that are optionally substituted.

[0031] “Cycloalkyl”  refers  to  a  stable  non‐aromatic  monocyclic  or  polycyclic  fully  saturated  hydrocarbon  radical  consisting  solely of  carbon  and hydrogen  atoms, which  can  include  fused or  bridged ring systems, having from three to ten carbon atoms, and which is attached to the rest of the  molecule by a single bond. Monocyclic cycloalkyl radicals include, for example, cyclopropyl, cyclobutyl,  cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, and cyclooctyl. Polycyclic cycloalkyl radicals include, for example,  adamantyl, norbornyl, decalinyl, 7,7‐dimethyl‐bicyclo[2.2.1]heptanyl, and the like.

[0032] “Haloalkyl” refers to an alkyl radical, as defined above, that is substituted by one or more halo  radicals, as defined above, e.g., trifluoromethyl, difluoromethyl, trichloromethyl, 2,2,2‐trifluoroethyl,  1,2‐difluoroethyl, 3‐bromo‐2‐fluoropropyl, 1,2‐dibromoethyl, and the like.

[0033] “Heterocyclyl,” “heterocyclic ring” or “heterocycle” refers to a stable 3‐ to 20‐membered (also  denoted as “C3‐C20”) non‐aromatic, partially aromatic, or aromatic ring radical which may consist of  two to fourteen carbon atom and from one to six heteroatoms. A heterocyclyl, heterocyclic ring, or  heterocycle can also refer to a non‐aromatic, partially aromatic, or aromatic ring radical which consists  of two to twelve carbon atoms and from one to six heteroatoms selected from the group consisting  of nitrogen, oxygen,  sulfur and  selenium. Heterocyclyl or heterocyclic  rings  include heteroaryls as  defined below. Unless stated otherwise specifically in the specification, the heterocyclyl radical can be  a monocyclic, bicyclic,  tricyclic or  tetracyclic  ring  system, which  can  include  fused or bridged  ring  systems;  and  the  nitrogen,  carbon,  sulfur  or  selenium  atoms  in  the  heterocyclyl  radical  can  be  optionally oxidised; the nitrogen atom can be optionally quaternised; and the heterocyclyl radical can  be partially or fully saturated. Examples of such heterocyclyl radicals include, but are not limited to,   dioxolanyl,  thienyl[1,3]dithianyl,  decahydroisoquinolyl,  imidazolinyl,  imidazolidinyl,  isothiazolidinyl,  isoxazolidinyl, morpholinyl, octahydroindolyl, octahydroisoindolyl, 2‐oxopiperazinyl, 2‐oxopiperidinyl,  2‐oxopyrrolidinyl,  oxazolidinyl,  piperidinyl,  piperazinyl,  4‐piperidonyl,  pyrrolidinyl,  pyrazolidinyl,  quinuclidinyl,  thiazolidinyl,  tetrahydrofuryl,  trithianyl,  tetrahydropyranyl,  thiomorpholinyl,  thiamorpholinyl,  1‐oxo‐thiomorpholinyl,  1,1‐dioxo‐thiomorpholinyl,  indolinyl,  isoindolinyl,  tetrahydroquinolyl,  tetrahydroisoquinolyl,  coumaranyl,  phthalanyl,  chromanyl,  isochromanyl,  chromenyl.

[0034] “Heteroaryl”  refers  to a 5‐  to 20‐membered  (also denoted as “C5‐C20”)  ring  system  radical  comprising hydrogen atoms, one to fourteen carbon atom and from one to six heteroatoms selected  from the group consisting of nitrogen, oxygen, sulfur and selenium, and at least one aromatic ring. A  heteroaryl can also refer to a ring system radical comprising one to thirteen carbon atoms, one to six  heteroatoms selected from the group consisting of nitrogen, oxygen, sulfur and selenium, and at least  one aromatic ring. For purposes of this invention, the heteroaryl radical can be a monocyclic, bicyclic,  tricyclic or tetracyclic ring system, which can include fused or bridged ring systems; and the nitrogen,  carbon, sulfur or selenium atoms  in the heteroaryl radical can be optionally oxidised; the nitrogen  atom  can be optionally quaternised.  Examples  include, but  are not  limited  to,  azepinyl,  acridinyl,  benzimidazolyl,  benzothiazolyl,  benzindolyl,  benzodioxolyl,  benzofuranyl,  benzooxazolyl,  benzothiazolyl, benzothiadiazolyl, benzo[b][1,4]dioxepinyl, 1,4‐benzodioxanyl, benzonaphthofuranyl,  benzoxazolyl,  benzodioxolyl,  benzodioxinyl,  benzopyranyl,  benzopyranonyl,  benzofuranyl,  benzofuranonyl, benzothienyl  (benzothiophenyl), benzotriazolyl, benzo[4,6]imidazo[1,2‐a]pyridinyl,  carbazolyl, cinnolinyl, dibenzofuranyl, dibenzothiophenyl, furanyl, furanonyl, isothiazolyl, imidazolyl,  indazolyl,  indolyl,  indazolyl,  isoindolyl,  indolinyl,  isoindolinyl,  isoquinolyl,  indolizinyl,  isoxazolyl,  naphthyridinyl, oxadiazolyl, 2‐oxoazepinyl, oxazolyl, oxiranyl, 1‐oxidopyridinyl, 1‐oxidopyrimidinyl, 1‐ oxidopyrazinyl,  1‐oxidopyridazinyl,  1‐phenyl‐1H‐pyrrolyl,  phenazinyl,  phenothiazinyl,  phenoxazinyl,  phthalazinyl,  pteridinyl,  purinyl,  pyrrolyl,  pyrazolyl,  pyridinyl,  pyrazinyl,  pyrimidinyl,  pyridazinyl,  quinazolinyl,  quinoxalinyl,  quinolinyl,  quinuclidinyl,  isoquinolinyl,  tetrahydroquinolinyl,  thiazolyl,  thiadiazolyl,  triazolyl,  tetrazolyl,  triazinyl,  and  thiophenyl  (i.e.  thienyl).  A  5‐  to  20‐membered  heteroaryl may be denoted herein as “C5‐C20 heteroaryl”, meaning 5‐ to 20‐membered ring system  radical comprising hydrogen atoms, one to fourteen carbon atoms, one to six heteroatoms selected  from the group consisting of nitrogen, oxygen, sulfur and selenium, and at least one aromatic ring. For  example, a 5‐ to 10‐ membered heteroaryl radical may be denoted herein as “C5‐C10 heteroaryl”.

[0035] “Heterocycloalkyl” refers to a stable non‐aromatic monocyclic or polycyclic fully saturated or  unsaturated hydrocarbon radical which consists of carbon and hydrogen atoms and from one to six  heteroatoms  selected  from  the group  consisting of nitrogen, oxygen,  sulfur and  selenium. An  “N‐  heterocycloalkyl” is a heterocycloalkyl comprising at least one ring nitrogen. Unless stated otherwise  specifically in the specification, the heterocycloalkyl radical can be a monocyclic, bicyclic, tricyclic or  tetracyclic ring system, which can  include fused or bridged ring systems; and the nitrogen, carbon,  sulfur or selenium atoms in the heterocycloalkyl radical can be optionally oxidised; the nitrogen atom  can be optionally quaternised; and  the heterocycloalkyl  radical  can be partially or  fully  saturated.  Examples  of  such  heterocycloalkyl  radicals  include,  but  are  not  limited  to,  dioxolanyl,  thienyl[1,3]dithianyl, decahydroisoquinolyl,  imidazolinyl,  imidazolidinyl,  isoxazolidinyl, morpholinyl,  octahydroindolyl,  octahydroisoindolyl,  2‐oxopiperazinyl,  2‐oxopiperidinyl,  2‐oxopyrrolidinyl,  oxazolidinyl,  piperidinyl,  piperazinyl,  4‐piperidonyl,  pyrrolidinyl,  pyrazolidinyl,  quinuclidinyl,  thiazolidinyl,  tetrahydrofuryl,  trithianyl,  tetrahydropyranyl,  thiomorpholinyl,  thiamorpholinyl,  1‐oxo‐thiomorpholinyl,  1,1‐dioxo‐thiomorpholinyl,  indolinyl,  isoindolinyl,  tetrahydroquinolyl,  tetrahydroisoquinolyl, coumaranyl, chromanyl, isochromanyl. A 3‐ to 10‐ membered heterocycloalkyl  may  be  denoted  herein  as  “C3‐C10  heterocycloalkyl”,  meaning  a  stable  3‐  to  10‐  membered  non‐aromatic monocyclic  or  polycyclic  fully  saturated  or  unsaturated  hydrocarbon  radical which  consists of carbon and hydrogen atoms and  from one to six heteroatoms selected  from  the group  consisting of nitrogen, oxygen, sulfur and selenium.

[0036] The term “substituted” used herein means any of the above groups (e.g. alkyl, alkenyl, alkynyl,  aryl,  cycloalkyl,  haloalkyl,  heterocyclyl,  heterocycloalkyl  and / or  heteroaryl)  wherein  at  least  one  hydrogen atom is replaced by a bond to a non‐hydrogen atom. “Substituted” also means any of the  above groups  in which one or more hydrogen atoms are  replaced by a higher‐order bond  (e.g., a  double‐ or triple‐bond) to a heteroatom such as oxygen in oxo, carbonyl, carboxyl, and ester groups;  and nitrogen in groups such as imines, oximes, hydrazones, and nitriles.

[0037] As used herein,  the symbol   (hereinafter can be  referred  to as “a point of attachment  bond”) denotes a bond that is a point of attachment between two chemical entities, one of which is  depicted as being attached to the point of attachment bond and the other of which is not depicted as  being attached to the point of attachment bond.

[0038] As used herein,  the  term “protecting group” refers  to a reversibly  formed derivative of an  existing functional group  in a molecule, wherein the functional group  is derivatised to decrease  its  reactivity (i.e. the functional group is “protected”). This is done to prevent the protected functional  group from reacting under the synthetic conditions to which the molecule comprising the protected  functional group is subjected in one or more subsequent steps. The protecting group can subsequently  be removed under orthogonal reaction conditions to return the functional group to its non‐derivatised  state. A commonly protected functional group  is an alcohol, with common protecting groups being  acetyl, trihaloacetyl, benzoyl, benzyl, methoxyethoxymethyl ether, dimethoxytrityl, methoxymethyl   ether,  p‐methoxybenxyl  ether,  p‐methoxyphenyl  ether, methylthiomethyl  ether,  pivaloyl,  t‐butyl  ethers,  tetrahydropyranyl,  tetrahydrofuran,  trityl,  silyl  ethers  such  as  trimethylsilyl (TMS), t‐ butyldimethylsilyl (TBDMS or TBS), tri‐i‐propylsilyloxymethyl (TOM), and triisopropylsilyl (TIPS) ethers,  methyl ethers, and ethoxyethyl ethers. Amines are another commonly protected functional group,  with  common  protecting  groups  being  carbobenxyloxy,  p‐methoxybenzyl  carbonyl,  t‐ butyloxycarbonyl,  9‐fluorenylmethyloxycarbonyl  (Fmoc),  acetyl,  trihaloacetyl,  benzoyl,  benzyl,  carbamate,  p‐methoxybenzyl,  3,4‐dimethoxybenzyl,  p‐methoxyphenyl,  tosyl,  troc  (tricholoroethyl  chloroformate), nosyl, and phthalimidyl.

[0039] As used herein, the term “base labile” refers to a group which is removable from a molecule  when  subjected  to  basic  reaction  conditions.  Accordingly,  a  “base  labile  protecting  group”  is  a  protecting group as defined above which can be removed from the relevant functional group via the  application  of  a  base.  Examples  of  base  labile  protecting  groups  include  acetyl,  benzoyl,  Fmoc,  trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, cyanoethyl, and phthalimidyl groups.

[0040] As  used  herein,  “oligonucleotide”  refers  to  an  oligomer  comprising  multiple  nucleotide  monomeric units and may be a nucleic acid or nucleic acid analogue.

[0041] A “nucleic acid analogue” is a compound that has an arrangement of nucleobases that mimics  the arrangement of nucleobases  in nucleic acids containing a 2’ deoxyribose 5’ monophosphate or  ribose 5’ monophosphate backbone, wherein the nucleic acid analogue is capable of base pairing with  a  complementary nucleic  acid. Examples of backbone moieties  include  amino  acids  as  in peptide  nucleic acids, glycol molecules as in glycol nucleic acids, threofuranosyl sugar molecules as in threose  nucleic acids, morpholine rings and phosphorodiamidate groups as in morpholinos, and cyclohexenyl  molecules as in cyclohexenyl nucleic acids.

[0042] A “furanose” or “furanosyl” is a carbohydrate containing a 5‐membered ring system consisting  of four carbon atoms and one oxygen atom,  i.e. a tetrahydrofuran derivative. Exemplary furanoses  include  ribose,  deoxyribose  and  dideoxyribose.  Further  furanoses  include  arabinofuranose  (arabinose),  xylofuranose  (xylose),  lyxofuranose  (lyxose),  xylulofuranose  (xylulose),  ribulofuranose  (ribulose),  erythrofuranose  (erythrose),  and  threofuranose  (threose).  Also  contained  within  the  definition of a furanose are furanoses where the tetrahydrofuran is substituted with groups other than  OH and CH2OH. For example, the furanose may comprise OH protecting groups such as those defined  above, e.g. a methyl ether, acetyl, or benzyl group, such that a 5’, 4’, 3’, or 2’ furanose OH may be  protected to provide an OMe, OAc, or OBn group. Other substitutions may be any of those described  herein. For example, the furanose may be substituted with one or more halo, alkyl, alkenyl, alkynyl,  heteroalkyl, haloalkyl, cyano, or nitro groups. Another possible substitution would be a furanose OH  being replaced with an ‐O‐CH2‐CH2‐O‐CH3 group.

[0043] The oligonucleotides of  the  invention may comprise a nucleoside or nucleosides  that have  been modified, for instance the modifications may be to the sugar moiety. In some examples, the 2’‐ position of the sugar moiety may be modified. A modification may be to any moiety that is not “‐H”  for DNA or not “‐OH” for RNA. Examples of such 2’ modifications are ‐O‐CH3 or ‐O‐CH2‐CH2‐O‐CH3, and  further examples are provided herein. In some examples, the 4’ position of the sugar moiety may be  modified,  for  instance  to  result  in  a  bridge  between  the  2’  position  and  the  4’  position.  The  oligonucleotide may comprise one, two, three, four, or more types of nucleosides. The oligonucleotide  may  comprise  a  combination  of  modified  nucleosides  and  unmodified  nucleosides.  The  oligonucleotide may comprise only modified nucleosides. The nucleotides of the oligonucleotide may  all be modified in the same manner or may be modified in two or more different manners.

[0044] Oligonucleotides display directionality in the internucleoside linkages, and as such, the ends  of the oligonucleotide are designated the 5’ (five prime) and 3’ (three prime) end. The 5’ end of an  oligonucleotide has the fifth carbon of the sugar ring at its terminus, and the 3’ end terminates in the  hydroxyl group of the third carbon in the sugar ring. An exemplary nucleoside is provided below, with  the 5’ and 3’ carbons labelled: .

[0045] Generally,  oligonucleotides  are  prepared  from  the  3’  end  to  the  5’  end,  i.e.  with  each  additional  nucleotide  attached  to  the  5’  end  of  the  oligonucleotide.  Often,  oligonucleotides  are  prepared making use of solid phase synthesis. Under this approach, the 3’ end of the first nucleotide  is bonded to a solid support and each additional nucleotide is reacted in turn to provide the desired  oligonucleotide. Once  the oligonucleotide has been prepared,  the 3’ end of  the oligonucleotide  is  cleaved from the solid support so that the oligonucleotide may be isolated.

[0046] The oligonucleotide may comprise a modification to one or more internucleoside linkages. For  instance,  the  oligonucleotide  may  comprise  one  or  more  phosphorothioate  linkages.  In  some  embodiments, all of  the  internucleotide  linkages within  the oligonucleotide are phosphorothioate  linkages.  The oligonucleotide may be or may  comprise  an oligonucleotide phosphorothioate.  The  oligonucleotide may comprise one or more phosphorodiamidate linkage. In some embodiments, all  of the intermonomer linkages within the oligonucleotide are phosphorodiamidate linkages.

[0047] The oligonucleotide may comprise one or more of a deoxyribonucleotide, a ribonucleotide,  an  arabinonucleotide,  a  2′‐Fluoroarabinonucleotide  (FANA),  a  2′‐O‐methyl  (2’OMe)  nucleotide,  a  phosphorothioate  2′‐O‐methyl  (PS‐2’OMe)  nucleotide,  a  2'‐O‐methoxyethyl  (MOE)  nucleotide,  a   phosphorothioate  2’‐O‐methoxyethyl  (PS‐MOE)  nucleotide,  a  phosphorodiamidate  morpholino  monomer,  a  locked nucleotide,  a P‐alkyl phosphonate nucleotide,  a  threose nucleotide,  a hexitol  nucleotide,  a  2’  hydroxy‐hexitol  nucleotide,  a  cyclohexene  nucleotide,  a  3’  deoxi‐DNA  (2’‐5’)  nucleotide,  a  peptide  nucleic  acid  (PNA)  residue,  a  2’‐O,4’‐C‐ethylene‐bridged  nucleotide,  or  any  combination thereof.

[0048] The  oligonucleotide  may  be  or  may  comprise  a  DNA  oligomer,  an  RNA  oligomer,  an  arabinonucleic acid  (ANA) oligomer, a 2′‐Fluoroarabinonucleic acid  (FANA) oligomer, a 2′‐O‐methyl  ribonucleic  acid  (2’OMe)  oligomer,  a  phosphorothioate  2′‐O‐methyl  ribonucleic  acid  (PS‐2’OMe)  oligomer, a 2'‐O‐methoxyethyl (MOE) nucleic acid oligomer, a phosphorothioate 2’‐O‐methoxyethyl  (PS‐MOE) nucleic acid oligomer, a phosphorodiamidate morpholino oligomer (PMO), a locked nucleic  acid (LNA) oligomer, a P‐alkyl phosphonate nucleic acid (phNA) oligomer, a threose nucleic acid (TNA)  oligomer, a hexitol nucleic acid (HNA) oligomer, a 2’ hydroxy‐hexitol (AtNA) oligomer, a cyclohexene  nucleic acid (CeNA) oligomer, a 3’ deoxi‐DNA (2’‐5’) oligomer, a peptide nucleic acid (PNA) oligomer,  a 2’‐O,4’‐C‐ethylene‐bridged nucleic acid (ENA) oligomer, or any combination thereof.

[0049] Any of the oligonucleotides of the present disclosure may be present as a pharmaceutically  acceptable  salt, ester,  salt of  said ester, or hydrate of  said oligonucleotide,  and  references  to  an  oligonucleotide encompass such compounds. The oligonucleotide of the present disclosure may be  present as a prodrug.

[0050] In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  an  antisense  oligonucleotide.  An  antisense  oligonucleotide,  in the context of the present disclosure,  is an oligonucleotide comprising subunits  that comprise moieties capable of binding to nucleobases. Hence, antisense oligonucleotides can be  designed  to  be  capable  of  hybridising  to  specific  nucleic  acid  sequences.  The  subunits may  be  monomers, each monomer comprising a moiety capable of binding  to a nucleobase. The moieties  capable of binding to a nucleobase may bind by base‐specific hydrogen bonding, such as Watson‐Crick  base pairing.

[0051] The term “antisense” refers to oligonucleotides that are at least partially complementary to a  region of a sense strand of a nucleic acid. The degree of complementarity may not be exact, as long  as the antisense oligonucleotide and the pre‐mRNA can hybridise under physiological conditions. In  some examples, the antisense oligonucleotide and the pre‐mRNA may be complementary apart from  5,  4,  3,  2,  or  1  mismatches.  In  some  examples,  the  antisense  oligonucleotide  is  perfectly  complementary  to  a  region  of  the  pre‐mRNA.  In  other  examples,  the  antisense  oligonucleotide  comprises  a  region  that  is  perfectly  complementary  to  a  region  of  the  pre‐mRNA, wherein  the  complementary regions are of a sufficient length to allow binding by hybridisation.

[0052] The term “aptamer” refers to oligonucleotides that are short, single stranded nucleic acids or  nucleic acid analogues, such as single stranded DNA (ssDNA) or single stranded RNA (ssRNA), which  selectively  bind  to  a  specific  target.  This  target may  be  a  protein,  peptide,  carbohydrate,  small  molecule, toxin, or potentially a cell. Aptamers are highly versatile as their binding is determined by  their tertiary structure. Target recognition and binding results from the aptamer “fitting” the desired  target through base stacking, intercalation, hydrophobic interactions and sterics.

[0053] As used in this disclosure, the term “short interfering RNA” (siRNA), also called silencing RNA,  refers  to  oligonucleotides  that  are  short,  double  stranded  RNA molecules which  are  non‐coding.  siRNAs may be synthetic or naturally occurring. Typically, siRNAs are 20‐24 base pairs long. Typically,  siRNAs include a number of overhanging nucleotides (for example, 1, 2, or 3) at each end. These siRNAs  are therefore typically 22‐30 nucleotides long. siRNAs are used in gene silencing as these siRNAs will  bind to their complementary sequence and prevent gene transcription.

[0054] The  term  “splice‐switching  antisense  oligonucleotide”,  as  used  herein,  refers  to  synthetic  antisense nucleic acid oligomers which are configured to inhibit or prevent protein production relating  to a  specific gene.  Splice‐switching antisense oligonucleotides bind  to pre‐mRNA via base pairing,  preventing the pre‐mRNA from interacting with the splicing machinery of the cell. This disrupts the  normal splicing process of gene transcription by blocking either RNA‐RNA base pairing or protein‐RNA  binding resulting from the pre‐mRNA / splicing machinery interactions.

[0055] The term “microRNA” (miRNA), as used herein, refers to oligonucleotides that are short, single  stranded RNA molecules which are non‐coding. Typically miRNAs are 21‐23 nucleotides long. miRNAs  may be  synthetic or naturally occurring. These miRNAs are used  to base pair  to mRNA molecules  comprising the complementary nucleotide sequence. These mRNA molecules are then gene silenced.

[0056] As  used  in  this  disclosure,  xeno  nucleic  acid  (XNA)  oligomers  are  synthetic  nucleic  acid  analogues where the naturally occurring sugar backbone (2’ deoxyribose 5’ monophosphate or ribose  5’ monophosphate)  of  an  RNA  or DNA  sequence  has  been  replaced with  a  synthetic  alternative  resulting  in an arrangement of nucleobases that mimics the arrangement of nucleobases  in nucleic  acids containing 2’ deoxyribose 5’ monophosphate or ribose 5’ monophosphate. These nucleic acid  analogues are generally capable of base pairing with a complementary nucleic acids. This synthetic  alternative  may  be  an  alternate  sugar  or  may  be  a  non‐sugar  moiety.  Exemplary  sugar  replacing / backbone moieties  include amino acids as  in peptide nucleic acids, glycol molecules as  in  glycol nucleic acids, threofuranosyl sugar molecules as in threose nucleic acids, morpholine rings and  phosphorodiamidate groups as  in morpholinos,  cyclohexenyl molecules as  in  cyclohexenyl nucleic  acids, 1,5‐anhydrohexitol nucleic acids, locked nucleic acids, and fluoro arabino nucleic acids. Locked  nucleic acids are nucleic acids where a carbon bridge has been introduced to ribose to connect the 2’   oxygen and the 4’ carbon, “locking” the sugar conformation. PNAs are nucleic acids where the sugar‐ phosphate backbone has been replaced with a synthetic peptide, i.e. a polymer prepared from amino  acid monomers.

[0057] The term “small activating ribonucleic acid” (saRNA), as used herein, refers to small double‐ stranded RNAs that target gene promoters to cause RNA activation. These saRNAs therefore induce  transcriptional gene activation. These saRNAs are typically around 21 nucleotides in length with the 3’  end of each strand having a two nucleotide overhang.

[0058] Gapmers, as used herein, are short antisense oligonucleotide structures comprising a DNA  sequence with RNA‐like sequences on both sides of the DNA sequence. These gapmers are designed  to take part in gene silencing and are designed to hybridise to a target piece of RNA. Once hybridised  to the target RNA, RNase H cleavage is induced.

[0059] As used  in  this disclosure  the  terms “expanded RNA”  (xRNA) and “expanded DNA”  (xDNA)  refer to nucleotide systems which comprise size‐expanded nucleotides. Size‐expanded nucleotides are  nucleotides where the naturally occurring bases are fused with a benzene ring to provide the four  expanded bases xA, xG, xT, and xC, which have the structures shown below. These expanded bases  generally form base pairs with the associated natural base, i.e. xA‐T, xG‐C, xT‐A, and xC‐G.

[0060] Physiological conditions are the conditions (such as temperature, pH, concentration of various  ions, etc)  found  in natural,  in  vivo,  situations, or  conditions  that  correspond  such a  situation. For  instance, the antisense oligonucleotide may bind by hybridisation in intracellular conditions, such as  the  intracellular conditions of human cells. The physiological conditions may be  those during pre‐ mRNA  splicing  in  cells  found  in  the  liver,  for  instance  the  intracellular  conditions  of  human  hepatocytes. Confirmation of hybridisation in physiological conditions may be performed in vitro, for  instance at a temperature, pH, and salt concentration that approximates intracellular conditions.    Linkers

[0061] In an embodiment of the invention, there is provided a compound of formula (I):    A is mono‐ or bicyclic heteroaryl group in which at least one carbon ring‐atom is replaced with N;  X, Y, and Z are each independently selected from C1‐30 alkyl, C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m,  C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, C5‐10 heteroaryl, or absent;  wherein at least one of X, Y and Z is present;   wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl  is  optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8,  SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3;   n is 1 or 2;  m is an integer from 1‐30;   each   is either a single bond or double bond;  W is OR2 or NR3R4;  R1 and R2 are each independently selected from H and a base labile protecting group;  R3 and R4 are each independently selected from H and an optionally substituted C1‐10 alkyl;  R5 is absent, is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl;  R6 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R7 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R8 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R9, is selected from H, C1‐10 alkyl, halide, C(O)C1‐10 alkyl, C1‐10 haloalkyl, C(O)OR12, C(O)SR12, C(O)NR13R14,  CN, or NO2;   R10, and R11 are each independently selected from H, C1‐10 alkyl, halide, or C1‐10 haloalkyl;  R12 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R13 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  and  R14 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

[0062] In embodiments of the invention, X‐Y‐Z is not a furanosyl group.

[0063] In embodiments of the invention, X‐Y‐Z does not comprise a furanosyl group.

[0064] In embodiments of the invention, A is able to undertake Watson‐Crick base pairing.

[0065] In embodiments of  the  invention, A  is a natural or artificial nucleobase. A nucleobase, or  nitrogenous base, is a nitrogen‐containing biological compound which is bonded to a five‐carbon sugar  (ribose or 2’‐deoxyribose) to form a nucleoside. These nucleosides are bonded to phosphate groups  to form nucleotides, which are the monomeric units of nucleic acid polymers, for example RNA and  DNA. Nucleobases generally have  ring  structures which are derived  from purine  (purine bases) or  pyrimidine  (pyrimidine  bases).  There  are  five  “primary”  or  “canonical”  nucleobases,  adenine  (A),   cytosine  (C),  guanine  (G),  thymine  (T),  and uracil  (U). These  five primary nucleobases  are natural  nucleobases. Non‐primary nucleobases may also be natural nucleobases,  i.e. modified nucleobases  which occur in nature, such as aminoadenine (Z). Other natural non‐primary nucleobases include the  modified nucleobases 5‐methylcytosine (m5C), pseudouridine (Ψ), dihydrouridine (D), inosine (I), and  7‐methylguanosine  (m7G). A  large  number  of  artificial  nucleobases  exist,  such  as  isoguanine  and  isocytosine. Artificial nucleobases are capable of forming hydrogen bonds and therefore are capable  of  taking part  in Watson‐Crick base pairing via  these hydrogen bonds. Other artificial nucleobases  include aminoallyl nucleobases such as aminoallyl uracil or aminoallyl cytosine which are used in post‐ labelling  of  nucleic  acids  by  fluorescence  detection,  i.e.  providing  a  non‐isotopic  tag.  Artificial  nucleobases are commonly used in oligonucleotides for use as anticancer or antiviral agents.

[0066] In embodiments of the invention A is selected from   ;  wherein:   each   is either a single bond or double bond;  each of A1, A2, A3 is selected from NR18 and CR19, where at least one of A1, A2, and A3 is NR18;  each of A4, A5, A6, and A7 is selected from NR18 and CR19 where at least one of A4, A5, A6, and A7 is NR18;  at  least one R15, R16, or R17 group  is present and  independently selected from H, OR20, SR20, =O, =S,  NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo, wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl is optionally substituted with at least one group selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7,  SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;   R18, if present, is H, an optionally substituted C1‐10 alkyl group, or a base labile protecting group;  R19  is  selected  from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo,  wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl is optionally substituted with at least one group  selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7, SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;  R20 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R21 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl; and  R22 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In these  embodiments, both    and X may be  attached  to A  at  any  appropriate point of  connection. In some embodiments where A is monocyclic,  and X are attached in a meta   or para configuration. In some embodiments where A is monocyclic,  and X are attached  in  a meta  configuration.  In  some  embodiments where  A  is monocyclic,   and  X  are  attached in a para configuration.

[0067] In some embodiments A, is selected from:   be attached to A at any appropriate point of connection, e.g. via the replacement of any hydrogen  within  the  structure of A.  In  some  embodiments where A  is monocyclic,   and X  are  attached in a meta or para configuration. In some embodiments where A is monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some  embodiments  where  A  is  monocyclic,  and X are attached in a para configuration.

[0068] In some embodiments, .

[0069] In some embodiments, .

[0070] In some embodiments, .

[0076] In some embodiments, .

[0077] In some embodiments, A is selected from:   appropriate point of connection, e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A.  In some embodiments where A  is monocyclic,  and X are attached  in a meta or para configuration.  In some embodiments where A  is monocyclic,   and X are attached  in a   meta configuration. In some embodiments where A is monocyclic,  and X are attached  in a para configuration.   .

[0080] In some embodiments, .

[0081] In some embodiments, .

[0082] In some embodiments, .

[0083] In some embodiments, .

[0084] In some embodiments, .

[0085] In some embodiments, A is selected from:    embodiments, both   and X may be attached to A at any appropriate point of connection,  e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A is  monocyclic,  and X are attached in a meta or para configuration. In some embodiments  where  A  is  monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some  embodiments where A is monocyclic,  and X are attached in a para configuration.

[0086] In some embodiments, A is selected from:   embodiments, both   and X may be attached to A at any appropriate point of connection,  e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A is  monocyclic,  and X are attached in a meta or para configuration. In some embodiments   where  A  is  monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some embodiments where A is monocyclic,   and X are attached in a para configuration.

[0089] In some embodiments,

[0090] In some embodiments,

[0091] In some embodiments,

[0092] In some embodiments,

[0093] In some embodiments,

[0094] In some embodiments,

[0095] In some embodiments, .

[0096] In some embodiments, .

[0097] In some embodiments, .

[0098] In some embodiments, .

[0099] In some embodiments, R1 is selected from H, cyanoethyl, trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, or phthalimidyl.  In  some embodiments, R1  is H.  In  some embodiments, R1  is  cyanoethyl.  In  some  embodiments,  R1  is  trialkylsilyl.  In  some  embodiments,  R1  is  tert‐ butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R1  is acetyl.  In some embodiments, R1  is trihaloacetyl.  In  some embodiments, R1 is phthalimidyl.

[0100] In some embodiments, R2 is selected from H, cyanoethyl, trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, or phthalimidyl.  In  some embodiments, R2  is H.  In  some embodiments, R2  is  cyanoethyl.  In  some  embodiments,  R2  is  trialkylsilyl.  In  some  embodiments,  R2  is  tert‐ butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R2  is acetyl.  In some embodiments, R2  is trihaloacetyl.  In  some embodiments, R1 is phthalimidyl.

[0101] In some embodiments, wherein R3 and R4 are each an optionally substituted C1‐10 alkyl. In some  embodiments, R3 and R4 are each an unsubstituted branched chain C1‐10 alkyl. In some embodiments,  R3 and R4 are each isopropyl.

[0102] In  some embodiments, R5  is absent, or  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R5  is absent.  In  some embodiments, R5  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl, acetyl,  trihaloacetyl, and phthalimidyl. In some embodiments, R5 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R5  is  trialkylsilyl.  In  some  embodiments  R5  is  tert‐ butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R5  is acetyl.  In some embodiments, R5  is trihaloacetyl.  In   some embodiments, R5 is phthalimidyl. In some embodiments, R5 is H. In some embodiments, R5 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R5 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R5 is C2‐10 alkynyl.

[0103] In  some  embodiments,  R6  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R6  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R6 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R6 is trialkylsilyl. In some embodiments, R6 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R6 is acetyl.  In  some  embodiments,  R6  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R6  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R6 is H. In some embodiments, R6 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R6 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R6 is C2‐10 alkynyl.

[0104] In  some  embodiments,  R7  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R7  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R7 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R7 is trialkylsilyl. In some embodiments, R7 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R7 is acetyl.  In  some  embodiments,  R7  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R7  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R7 is H. In some embodiments, R7 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R7 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R7 is C2‐10 alkynyl.

[0105] In  some  embodiments,  R8  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R8  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R8 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R8 is trialkylsilyl. In some embodiments, R8 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R8 is acetyl.  In  some  embodiments,  R8  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R8  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R8 is H. In some embodiments, R8 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R8 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R8 is C2‐10 alkynyl.

[0106] In  some  embodiments,  R12  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R12 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R12 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R12  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R12  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R12  is  acetyl. In some embodiments, R12 is trihaloacetyl. In some embodiments, R12 is phthalimidyl. In some  embodiments, R12  is H.  In  some embodiments, R12  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R12  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R12 is C2‐10 alkynyl.

[0107] In  some  embodiments,  R13  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R13 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R13 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R13  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R12  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R13  is  acetyl. In some embodiments, R13 is trihaloacetyl. In some embodiments, R13 is phthalimidyl. In some  embodiments, R13  is H.  In  some embodiments, R13  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R13  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R13 is C2‐10 alkynyl.

[0108] In  some  embodiments,  R14  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R14 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R14 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R14  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R14  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R14  is  acetyl. In some embodiments, R14 is trihaloacetyl. In some embodiments, R14 is phthalimidyl. In some  embodiments, R14  is H.  In  some embodiments, R14  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R14  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R14 is C2‐10 alkynyl.

[0109] In some embodiments, R18, when present, is selected from H, an optionally substituted C1‐10  alkyl  group,  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R18  is  selected  from  H  and  an  optionally  substituted  C1‐10  alkyl  group.  In  some  embodiments,  R18  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R18 is H. In some embodiments, R18 is an optionally substituted  C1‐10  alkyl  group.  In  some  embodiments,  R18  is  trialkylsilyl.  In  some  embodiments,  R18  is  tert‐ butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R18 is acetyl. In some embodiments, R18 is trihaloacetyl. In  some embodiments, R18 is phthalimidyl.

[0110] In some embodiments, R20, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R20  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R20 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R20 is trialkylsilyl. In some embodiments, R20 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R20 is acetyl. In some embodiments, R20 is trihaloacetyl. In some embodiments, R20 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R20  is  H.  In  some  embodiments,  R20  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R20 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R20 is C2‐10 alkynyl.

[0111] In some embodiments, R21, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some   embodiments,  R21  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R21 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R21 is trialkylsilyl. In some embodiments, R21 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R21 is acetyl. In some embodiments, R21 is trihaloacetyl. In some embodiments, R21 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R21  is  H.  In  some  embodiments,  R21  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R21 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R21 is C2‐10 alkynyl.

[0112] In some embodiments, R22, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R22  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R22 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R22 is trialkylsilyl. In some embodiments, R22 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R22 is acetyl. In some embodiments, R22 is trihaloacetyl. In some embodiments, R22 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R22  is  H.  In  some  embodiments,  R22  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R22 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R22 is C2‐10 alkynyl.

[0113] In  the  preceding  embodiments,  the  trialkylsilyl  group,  if  present, may  have  the  formula  Si(C1‐C4 alkyl)3.  In further embodiments, trialkylsilyl group,  if present,  is selected from trimethylsilyl  (TMS),  triethylsilyl  (TES),  tert‐butyldimethylsilyl  (TBS),  and  triisopropylsilyl  (TIPS).  In  further  embodiments, the trialkylsilyl group  is trimethylsilyl (TMS). In further embodiments, the trialkylsilyl  group  is  triethylsilyl  (TES).  In  further embodiments,  the  trialkylsilyl group  is  tert‐butyldimethylsilyl  (TBS). In further embodiments, the trialkylsilyl group is triisopropylsilyl (TIPS).

[0114] In  the  preceding  embodiments,  the  trihaloacetyl  group,  if  present,  is  trichloroacetyl  or  trifluoroacetyl.  In  some  embodiments,  the  trihaloacetyl  group  is  trichloroacetyl.  In  some  embodiments, the trihaloacetyl group is trifluoroacetyl.

[0115] In the preceding embodiments, therefore, the base labile protecting group may be selected  from  trialkylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  The  base  labile  protecting  group may  be  selected from Si(C1‐C4 alkyl)3, acetyl, trihalo acetyl, and phthalimidyl. The base labile protecting group  may be  selected  from  Si(C1‐C4 alkyl)3,  acetyl,  trichloroacetyl,  trifluoroacetyl,  and phthalimidyl. The  base  labile  protecting  group  may  be  selected  from  Si(C1‐C4 alkyl)3,  acetyl,  trifluoroacetyl,  and  phthalimidyl. The base labile protecting group may be selected from trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl  (TES), tert‐butyldimethylsilyl (TBS), triisopropylsilyl (TIPS), acetyl, trihalo acetyl, and phthalimidyl. The  base  labile  protecting  group  may  be  selected  from  trimethylsilyl  (TMS),  triethylsilyl  (TES),  tert‐ butyldimethylsilyl  (TBS),  triisopropylsilyl  (TIPS),  acetyl,  trichloroacetyl,  trifluoroacetyl,  and  phthalimidyl. The base labile protecting group may be selected from trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl  (TES), tert‐butyldimethylsilyl (TBS), triisopropylsilyl (TIPS), acetyl, trifluoroacetyl, and phthalimidyl.

[0116] In some embodiments, R9 is H. In some embodiments, R10 is H. In some embodiments R11 is H.  In some embodiments, R9 and R10 are both H. In some embodiments, R9 and R11 are both H. In some  embodiments, R10 and R11 are both H. In some embodiments, R9, R10, and R11 are each H.

[0117] In some embodiments, R10 is F. In some embodiments, R11 is F. In some embodiments, R10 and  R11 are both F.

[0118] In some embodiments, R15  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R15 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R15 is H. In some  embodiments, R15 is =O. In some embodiments, R15 is NR21R22.

[0119] In some embodiments, R16  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R16 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R16 is H. In some  embodiments, R16 is =O. In some embodiments, R16 is NR21R22.

[0120] In some embodiments, R17  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R17 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R17 is H. In some  embodiments, R17 is =O. In some embodiments, R17 is NR21R22.

[0121] In some embodiments Z is absent and X and Y are each independently selected from C1‐30 alkyl,  C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl,  C6‐10 aryl, or C5‐10 heteroaryl; wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl is optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl,  OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3.

[0122] In  some embodiments, X  is  selected  from NR5, C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10  cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl; wherein each is optionally substituted with at least one  group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN,  NO2, and N3.  In some embodiments, X  is NR5.  In some embodiments, X  is C3‐10 cycloalkyl.  In some  embodiments,  X  is  C3‐10  heterocycloalkyl.  In  some  embodiments,  X  is  C5‐10  cycloalkenyl.  In  some  embodiments, X is C6‐10 aryl. In some embodiments, X is C5‐10 heteroaryl.

[0123] In  some embodiments, X  is  selected  from NR5, C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10  cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl. In some embodiments, X is NR5. In some embodiments, X  is C3‐10 cycloalkyl. In some embodiments, X is C3‐10 heterocycloalkyl. In some embodiments, X is C5‐10  cycloalkenyl. In some embodiments, X is C6‐10 aryl. In some embodiments, X is C5‐10 heteroaryl.

[0124] In  some  embodiments,  X  is  selected  from  NR5  and  C3‐10  heterocycloalkyl.  In  some  embodiments, X is NR5. In some embodiments, X is C3‐10 heterocycloalkyl.

[0125] In  some  embodiments,  X  is  selected  from  NR5,  pyrrolidine,  and  piperidine.  In  some  embodiments, X is NR5. In some embodiments, X is pyrrolidine. In some embodiments, X is piperidine.

[0126] In some embodiments, Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m, C(O)n, C3‐10 cycloalkyl, and  C3‐10 heterocycloalkyl; wherein each C3‐10 cycloalkyl or C3‐10 heterocycloalkyl is optionally substituted  with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6,  P(O)(OR6)2,  CN, NO2,  and  N3.  In  some  embodiments,  Y  is  C1‐30  alkyl.  In  some  embodiments,  Y  is  (CH2CH2O)m.  In some embodiments, Y  is C(O)n.  In some embodiments, Y  is C3‐10 cycloalkyl.  In some  embodiments, Y is C3‐10 heterocycloalkyl.

[0127] In some embodiments, Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10 cycloalkyl, and C3‐10 heterocycloalkyl. In some embodiments, Y is C1‐30 alkyl. In some embodiments, Y is (CH2CH2O)m. In  some embodiments, Y is C(O). In some embodiments, Y is C3‐10 cycloalkyl. In some embodiments, Y is  C3‐10 heterocycloalkyl.

[0128] In  some  embodiments,  Y  is  selected  from  C1‐30  alkyl,  C(O),  and  C3‐10  cycloalkyl.  In  some  embodiments  Y  is  C1‐30  alkyl.  In  some  embodiments,  Y  is  C(O).  In  some  embodiments,  Y  is  C3‐10  cycloalkyl.

[0129] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises at least one tertiary amine.

[0130] In  some embodiments, X‐Y‐Z  comprises  at  least one of NR5, C(O), C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 N‐ heterocycloalkyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl.

[0131] In  some embodiments, X‐Y‐Z  comprises  at  least one of NR5, C(O), C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 N‐ heterocycloalkyl, and C6‐10 aryl.

[0132] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises NR5.

[0133] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C(O).

[0134] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C3‐10 cycloalkyl.

[0135] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C3‐10 N‐heterocycloalkyl.

[0136] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C6‐10 aryl.

[0137] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C5‐10 heteroaryl.

[0138] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0139] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0144] In some embodiments, .

[0145] In some

[0146] In some

[0147] In some embodiments, .

[0148] In some embodiments, .

[0149] In some embodiments, .

[0153] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:   ,

[0154] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:   ,

[0155] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0156] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0161] In some embodiments, .

[0162] In some embodiments, .

[0163] In some embodiments, .

[0164] In some embodiments, .

[0165] In some embodiments, .

[0166] In some embodiments, .

[0167] In some embodiments, .

[0168] In some embodiments, .

[0172] In some embodiments, the compound is selected from:  ,

[0173] In some embodiments, the compound is selected from:    .

[0174] In some embodiments, the compound is selected from:

[0175] In some embodiments, the compound is selected from:   .

[0176] In some embodiments, the compound is:.

[0177] In some embodiments, the compound .

[0178] In some embodiments, the compound is: .

[0179] In some embodiments, the compound is:.

[0180] In some embodiments, the compound is: .

[0181] In some embodiments, the compound is: .

[0182] In some embodiments, the compound is: .

[0183] In some embodiments, the compound is: .

[0184] In some embodiments, the compound is: .

[0185] In some embodiments, the compound is: .

[0186] In some embodiments, the compound is selected from:

[0187] In some embodiments, the compound is selected from:      .

[0189] In some embodiments, the compound is selected from:

[0191] In some embodiments, the compound is:.

[0193] In some embodiments, the compound is: .

[0194] In some embodiments, the compound is:.

[0195] In some embodiments, the compound is:.

[0196] In some embodiments, the compound is:.

[0197] In some embodiments, the compound is:.

[0198] In some embodiments, the compound is:.

[0200] In some embodiments, the compound is:.

[0201] In some embodiments, the compound is:.

[0202] In some embodiments, the compound is:.

[0203] In some embodiments, the compound .

[0205] In some embodiments, the compound is selected from:

[0206] In some embodiments, the compound is selected from:

[0207] In  some  embodiments,  the  compound  is  selected  [

[0209] In some embodiments, the compound i

[0210] In some embodiments, the compound i

[0211] In some embodiments, the compound i

[0212] In some embodiments, the compound i

[0213] In some embodiments, the compound .

[0214] In some embodiments, the compound is:.

[0216] In some embodiments, the compound is:.

[0217] In some embodiments, the compound is:.

[0218] In some embodiments, the compound is:.

[0221] In some embodiments, the compound is:.

[0222] In some embodiments, the compound is:.

[0223] In some embodiments, the compound is.

[0224] In some embodiments, the compound is: .    Modified oligonucleotide

[0225] The  compounds  described  above  are  “building  blocks”  for  use  in  the  conjugation  of  oligonucleotides  to  other  structures  of  interest,  such  as  small  molecules  or  peptides.  The  phosphite / phosphoramidite portion of these compounds is suitable for reaction with the 5’ end of an  oligonucleotide (i.e. with the 5’ sugar hydroxyl group), such that the  linker  is  incorporated  into the  oligonucleotide  backbone.  The  phosphite / phosphoramidite  portion  of  the  compounds  of  the  invention may be reacted with an oligonucleotide under the same or similar synthetic conditions as  used  to  build  the  oligonucleotide  itself.  This  approach  minimises  the  risk  of  degrading  the  oligonucleotides when  introducing the  linker moiety. Generally, the  linker molecule will be reacted  with  the oligonucleotide  first  to provide a modified oligonucleotide. This modified oligonucleotide  may then be reacted with a molecule containing at least one thiol group.

[0226] Accordingly, there is provided, in an embodiment, a modified oligonucleotide, wherein the 5’  end of the oligonucleotide is attached to any of the compounds described above via a covalent bond  which replaces the W moiety to give a modified oligonucleotide of formula (II): ;  wherein Q is S or O.

[0227] In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  an  antisense  oligonucleotide.  In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  an  RNA  interference  (RNAi)  oligonucleotide.  In  some  embodiments, the oligonucleotide is an aptamer. In some embodiments, the oligonucleotide is a short   interfering  RNA  (siRNA)  oligonucleotide.  In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  a  splice‐ switching  antisense  oligonucleotide.  In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  an microRNA  (miRNA) oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is a DNA oligonucleotide. In some  embodiments, the oligonucleotide is a gapmer. In some embodiments, the oligonucleotide is an XNA.  In some embodiments, the oligonucleotide is an xRNA. In some embodiments, the oligonucleotide is  an xDNA. In some embodiments, the oligonucleotide is an saRNA.

[0228] The features of the  linker portion of the above modified oligonucleotide correspond to the  features of the above‐described compounds. As such, in some embodiments:  A is mono‐ or bicyclic heteroaryl group in which at least one carbon ring‐atom is replaced with N;  X, Y, and Z are each independently selected from C1‐30 alkyl, C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m,  C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, C5‐10 heteroaryl, or absent;  wherein at least one of X, Y and Z is present;   wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl  is  optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8,  SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3;   n is 1 or 2;  m is an integer from 1‐30;   each   is either a single bond or double bond;  R5 is absent, is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl;  R6 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R7 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R8 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R9, is selected from H, C1‐10 alkyl, halide, C(O)C1‐10 alkyl, C1‐10 haloalkyl, C(O)OR12, C(O)SR12, C(O)NR13R14,  CN, or NO2;   R10, and R11 are each independently selected from H, C1‐10 alkyl, halide, or C1‐10 haloalkyl;  R12 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R13 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  and  R14 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

[0229] In embodiments of the invention, X‐Y‐Z is not a furanosyl group.

[0230] In embodiments of the invention, X‐Y‐Z does not comprise a furanosyl group.

[0231] In embodiments of the invention, A is able to undertake Watson‐Crick base pairing.

[0232] In embodiments of  the  invention, A  is a natural or artificial nucleobase. A nucleobase, or  nitrogenous base,  is a nitrogen‐containing biological compound which are bonded to a five‐carbon  sugar (ribose or 2’‐deoxyribose) to form a nucleoside. These nucleosides are bonded to phosphate  groups to form nucleotides, which are the monomeric units of nucleic acid polymers, for example RNA  and DNA. Nucleobases generally have ring structures which are derived from purine (purine bases) or  pyrimidine  (pyrimidine  bases).  There  are  five  “primary”  or  “canonical”  nucleobases,  adenine  (A),  cytosine  (C),  guanine  (G),  thymine  (T),  and uracil  (U). These  five primary nucleobases  are natural  nucleobases. Non‐primary nucleobases may also be natural nucleobases,  i.e. modified nucleobases  which occur in nature, such as aminoadenine (Z). Other natural non‐primary nucleobases include the  modified nucleobases 5‐methylcytosine (m5C), pseudouridine (Ψ), dihydrouridine (D), inosine (I), and  7‐methylguanosine  (m7G). A  large  number  of  artificial  nucleobases  exist,  such  as  isoguanine  and  isocytosine. Artificial nucleobases are capable of forming hydrogen bonds and therefore are capable  of taking part in base pairing via these hydrogen bonds. Other artificial nucleobases include aminoallyl  nucleobases such as aminoallyl uracil or aminoallyl cytosine which are used in post‐labelling of nucleic  acids by fluorescence detection, i.e. providing a non‐isotopic tag. Artificial nucleobases are commonly  used in oligonucleotides for use as anticancer or antiviral agents.

[0233] In embodiments of the invention A is selected from  and  ;  wherein:   each   is either a single bond or double bond;  each of A1, A2, A3 is selected from NR18 and CR19, where at least one of A1, A2, and A3 is NR18;  each of A4, A5, A6, and A7 is selected from NR18 and CR19 where at least one of A4, A5, A6, and A7 is NR18;  at  least one R15, R16, or R17 group  is present and  independently selected from H, OR20, SR20, =O, =S,  NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo, wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl is optionally substituted with at least one group selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7,  SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;   R18, if present, is H, an optionally substituted C1‐10 alkyl group, or a base labile protecting group;  R19  is  selected  from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo,  wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl is optionally substituted with at least one group  selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7, SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;  R20 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R21 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl; and   R22 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In  these  embodiments, both   and X may be  attached  to A  at  any  appropriate point of connection. In some embodiments where A is monocyclic,   and X are attached in a meta  or para configuration. In some embodiments where A is monocyclic,  and X are attached in  a meta  configuration.  In  some  embodiments where  A  is monocyclic,    and  X  are  attached in a para configuration.

[0234] In some embodiments A, is selected from:   be attached to A at any appropriate point of connection, e.g. via the replacement of any hydrogen  within  the  structure of A.  In  some  embodiments where A  is monocyclic,   and X  are  attached in a meta or para configuration. In some embodiments where A is monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some  embodiments  where  A  is  monocyclic,  and X are attached in a para configuration.

[0235] In some embodiments,

[0236] In some embodiments,

[0237] In some embodiments,

[0238] In some embodiments,

[0239] In some embodiments,

[0240] In some embodiments,

[0241] In some embodiments,

[0242] In some embodiments,

[0243] In some embodiments,

[0244] In some embodiments, A is selected from:   and  X may  be  attached  to  A  at  any   appropriate point of connection, e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A  is monocyclic,   and X are attached  in a meta or para configuration.  In some embodiments where A  is monocyclic,   and X are attached  in a  meta configuration. In some embodiments where A is monocyclic,  and X are attached  in a para configuration.   .

[0247] In some embodiments, .

[0248] In some embodiments, .

[0249] In some embodiments, .

[0250] In some embodiments, .

[0251] In some embodiments, .

[0252] In some embodiments, A is selected from:   embodiments, both  and X may be attached to A at any appropriate point of connection,  e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A is  monocyclic,  and X are attached in a meta or para configuration. In some embodiments  where  A  is  monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some  embodiments where A is monocyclic,  and X are attached in a para configuration.

[0253] In some embodiments, A is selected from:   embodiments, both   and X may be attached to A at any appropriate point of connection,  e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A is  monocyclic,  and X are attached in a meta or para configuration. In some embodiments   where  A  is  monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some embodiments where A is monocyclic,   and X are attached in a para configuration.    [

[0256] In some embodiments,

[0257] In some embodiments,

[0258] In some embodiments,

[0259] In some embodiments,

[0260] In some embodiments,

[0261] In some embodiments,

[0262] In some embodiments, .

[0263] In some embodiments, .

[0264] In some embodiments, .

[0265] In some embodiments, .

[0266] In  some embodiments, R5  is absent, or  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  wherein R5  is absent.  In some embodiments, R5  is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl. In some embodiments, R5 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10  alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R5  is trialkylsilyl. In some embodiments, R5  is tert‐ butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R5  is acetyl.  In some embodiments, R5  is trihaloacetyl.  In  some embodiments, R5 is phthalimidyl. In some embodiments, R5 is H. In some embodiments, R5 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R5 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R5 is C2‐10 alkynyl.

[0267] In  some  embodiments,  R6  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R6  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R6 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R6 is trialkylsilyl. In some embodiments, R6is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R6 is acetyl.  In  some  embodiments,  R6  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R6  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R6 is H. In some embodiments, R6 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R6 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R6 is C2‐10 alkynyl.

[0268] In  some  embodiments,  R7  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R7  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R7 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,   R7 is trialkylsilyl. In some embodiments, R7 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R7 is acetyl.  In  some  embodiments,  R7  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R7  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R7 is H. In some embodiments, R7 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R7 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R7 is C2‐10 alkynyl.

[0269] In  some  embodiments,  R8  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R8  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R8 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R8 is trialkylsilyl. In some embodiments, R8 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R8 is acetyl.  In  some  embodiments,  R8  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R8  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R8 is H. In some embodiments, R8 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R8 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R8 is C2‐10 alkynyl.

[0270] In  some  embodiments,  R12  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R12 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R12 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R12  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R12  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R12  is  acetyl. In some embodiments, R12 is trihaloacetyl. In some embodiments, R12 is phthalimidyl. In some  embodiments, R12  is H.  In  some embodiments, R12  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R12  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R12 is C2‐10 alkynyl.

[0271] In  some  embodiments,  R13  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R13 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R13 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R13  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R13  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R13  is  acetyl. In some embodiments, R13 is trihaloacetyl. In some embodiments, R13 is phthalimidyl. In some  embodiments, R13  is H.  In  some embodiments, R13  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R13  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R13 is C2‐10 alkynyl.

[0272] In  some  embodiments,  R14  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R14 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R14 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R14  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R14  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R14  is  acetyl. In some embodiments, R14 is trihaloacetyl. In some embodiments, R14 is phthalimidyl. In some   embodiments, R14  is H.  In  some embodiments, R14  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R14  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R14 is C2‐10 alkynyl.

[0273] In some embodiments, R18, when present, is selected from H, an optionally substituted C1‐10  alkyl  group,  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R18  is  selected  from  H  and  an  optionally  substituted  C1‐10  alkyl  group.  In  some  embodiments,  R18  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R18 is H. In some embodiments, R18 is an optionally substituted  C1‐10  alkyl  group.  In  some  embodiments,  R18  is  trialkylsilyl.  In  some  embodiments,  R18  is  tert‐ butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R18 is acetyl. In some embodiments, R18 is trihaloacetyl. In  some embodiments, R18 is phthalimidyl.

[0274] In some embodiments, R20, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R20  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R20 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R20 is trialkylsilyl. In some embodiments, R20 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R20 is acetyl. In some embodiments, R20 is trihaloacetyl. In some embodiments, R20 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R20  is  H.  In  some  embodiments,  R20  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R20 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R20 is C2‐10 alkynyl.

[0275] In some embodiments, R21, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R21  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R21 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R21 is trialkylsilyl. In some embodiments, R21 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R21 is acetyl. In some embodiments, R21 is trihaloacetyl. In some embodiments, R21 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R21  is  H.  In  some  embodiments,  R21  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R21 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R21 is C2‐10 alkynyl.

[0276] In some embodiments, R22, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R22  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R22 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R22 is trialkylsilyl. In some embodiments, R22 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R22 is acetyl. In some embodiments, R22 is trihaloacetyl. In some embodiments, R22 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R22  is  H.  In  some  embodiments,  R22  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R22 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R22 is C2‐10 alkynyl.

[0277] In  the  preceding  embodiments,  the  trialkylsilyl  group,  if  present, may  have  the  formula  Si(C1‐C4 alkyl)3.  In further embodiments, trialkylsilyl group,  if present,  is selected from trimethylsilyl  (TMS),  triethylsilyl  (TES),  tert‐butyldimethylsilyl  (TBS),  and  triisopropylsilyl  (TIPS).  In  further  embodiments, the trialkylsilyl group  is trimethylsilyl (TMS). In further embodiments, the trialkylsilyl  group  is  triethylsilyl  (TES).  In  further embodiments,  the  trialkylsilyl group  is  tert‐butyldimethylsilyl  (TBS). In further embodiments, the trialkylsilyl group is triisopropylsilyl (TIPS).

[0278] In  the  preceding  embodiments,  the  trihaloacetyl  group,  if  present,  is  trichloroacetyl  or  trifluoroacetyl.  In  some  embodiments,  the  trihaloacetyl  group  is  trichloroacetyl.  In  some  embodiments, the trihaloacetyl group is trifluoroacetyl.

[0279] In the preceding embodiments, therefore, the base labile protecting group may be selected  from  trialkylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  The  base  labile  protecting  group may  be  selected from Si(C1‐C4 alkyl)3, acetyl, trihalo acetyl, and phthalimidyl. The base labile protecting group  may be  selected  from  Si(C1‐C4 alkyl)3,  acetyl,  trichloroacetyl,  trifluoroacetyl,  and phthalimidyl. The  base  labile  protecting  group  may  be  selected  from  Si(C1‐C4 alkyl)3,  acetyl,  trifluoroacetyl,  and  phthalimidyl. The base labile protecting group may be selected from trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl  (TES), tert‐butyldimethylsilyl (TBS), triisopropylsilyl (TIPS), acetyl, trihalo acetyl, and phthalimidyl. The  base  labile  protecting  group  may  be  selected  from  trimethylsilyl  (TMS),  triethylsilyl  (TES),  tert‐ butyldimethylsilyl  (TBS),  triisopropylsilyl  (TIPS),  acetyl,  trichloroacetyl,  trifluoroacetyl,  and  phthalimidyl. The base labile protecting group may be selected from trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl  (TES), tert‐butyldimethylsilyl (TBS), triisopropylsilyl (TIPS), acetyl, trifluoroacetyl, and phthalimidyl.

[0280] In some embodiments, R9 is H. In some embodiments, R10 is H. In some embodiments R11 is H.  In some embodiments, R9 and R10 are both H. In some embodiments, R9 and R11 are both H. In some  embodiments, R10 and R11 are both H. In some embodiments, R9, R10, and R11 are each H.

[0281] In some embodiments, R10 is F. In some embodiments, R11 is F. In some embodiments, R10 and  R11 are both F.

[0282] In some embodiments, R15  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R15 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R15 is H. In some  embodiments, R15 is =O. In some embodiments, R15 is NR21R22.

[0283] In some embodiments, R16  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R16 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R16 is H. In some  embodiments, R16 is =O. In some embodiments, R16 is NR21R22.

[0284] In some embodiments, R17  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R17 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R17 is H. In some  embodiments, R17 is =O. In some embodiments, R17 is NR21R22.

[0285] In some embodiments Z is absent and X and Y are each independently selected from C1‐30 alkyl,  C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl,  C6‐10 aryl, or C5‐10 heteroaryl; wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl is optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl,  OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3.

[0286] In  some embodiments, X  is  selected  from NR5, C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10  cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl; wherein each is optionally substituted with at least one  group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN,  NO2, and N3.  In some embodiments, X  is NR5.  In some embodiments, X  is C3‐10 cycloalkyl.  In some  embodiments,  X  is  C3‐10  heterocycloalkyl.  In  some  embodiments,  X  is  C5‐10  cycloalkenyl.  In  some  embodiments, X is C6‐10 aryl. In some embodiments, X is C5‐10 heteroaryl.

[0287] In  some embodiments, X  is  selected  from NR5, C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10  cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl. In some embodiments, X is NR5. In some embodiments, X  is C3‐10 cycloalkyl. In some embodiments, X is C3‐10 heterocycloalkyl. In some embodiments, X is C5‐10  cycloalkenyl. In some embodiments, X is C6‐10 aryl. In some embodiments, X is C5‐10 heteroaryl.

[0288] In  some  embodiments,  X  is  selected  from  NR5  and  C3‐10  heterocycloalkyl.  In  some  embodiments, X is NR5. In some embodiments, X is C3‐10 heterocycloalkyl.

[0289] In  some  embodiments,  X  is  selected  from  NR5,  pyrrolidine,  and  piperidine.  In  some  embodiments, X is NR5. In some embodiments, X is pyrrolidine. In some embodiments, X is piperidine.

[0290] In some embodiments, Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m, C(O)n, C3‐10 cycloalkyl, and  C3‐10 heterocycloalkyl; wherein each C3‐10 cycloalkyl or C3‐10 heterocycloalkyl is optionally substituted  with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6,  P(O)(OR6)2,  CN, NO2,  and  N3.  In  some  embodiments,  Y  is  C1‐30  alkyl.  In  some  embodiments,  Y  is  (CH2CH2O)m.  In some embodiments, Y  is C(O)n.  In some embodiments, Y  is C3‐10 cycloalkyl.  In some  embodiments, Y is C3‐10 heterocycloalkyl.

[0291] In some embodiments, Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10 cycloalkyl, and C3‐10 heterocycloalkyl. In some embodiments, Y is C1‐30 alkyl. In some embodiments, Y is (CH2CH2O)m. In  some embodiments, Y is C(O). In some embodiments, Y is C3‐10 cycloalkyl. In some embodiments, Y is  C3‐10 heterocycloalkyl.

[0292] In  some  embodiments,  Y  is  selected  from  C1‐30  alkyl,  C(O),  and  C3‐10  cycloalkyl.  In  some  embodiments  Y  is  C1‐30  alkyl.  In  some  embodiments,  Y  is  C(O).  In  some  embodiments,  Y  is  C3‐10  cycloalkyl.

[0293] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises at least one tertiary amine.

[0294] In  some embodiments, X‐Y‐Z  comprises  at  least one of NR5, C(O), C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 N‐ heterocycloalkyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl.

[0295] In  some embodiments, X‐Y‐Z  comprises  at  least one of NR5, C(O), C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 N‐ heterocycloalkyl, and C6‐10 aryl.

[0296] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises NR5.

[0297] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C(O).

[0298] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C3‐10 cycloalkyl.

[0299] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C3‐10 N‐heterocycloalkyl.

[0300] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C6‐10 aryl.

[0301] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C5‐10 heteroaryl.

[0302] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0303] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0306] In some embodiments, .

[0307] In some embodiments, .

[0308] In some embodiments, .

[0309] In some embodiments, .

[0310] In some embodiments, .

[0311] In some embodiments, .

[0312] In some embodiments, .

[0313] In some embodiments, .

[0314] In some embodiments, .

[0315] In some embodiments, .

[0316] In some embodiments, .

[0317] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0318] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0326] In some embodiments, .

[0327] In some embodiments, .

[0328] In some embodiments, .

[0329] In some embodiments, .

[0330] In some embodiments, .

[0331] In some embodiments, .

[0332] In some embodiments, .

[0333] In some embodiments, .

[0334] In some embodiments, .

[0335] In some embodiments, .

[0336] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from: ,   .

[0337] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from: , .

[0338] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is  selected  from:,  ,  and  .

[0339] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is  selected  from: , , ,, , .

[0341] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:.

[0343] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:    .

[0346] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:   .

[0348] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:   .

[0350] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from:  ,   .

[0351] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from:

[0352] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is  selected  from:

[0354] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide    .

[0356] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is: .

[0357] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:   .

[0359] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:   .

[0361] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:   .

[0363] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is: .

[0364] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is:       .    modified  oligonucleotide  .

[0369] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from:

[0370] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from:    .

[0371] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from:    .

[0372] In some embodiments, the modified oligonucleotide is selected from:      the  modified  oligonucleotide  is .

[0374] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide     .

[0376] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is .

[0377] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is   .

[0379] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is   .

[0381] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is   .

[0383] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is .

[0384] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is     .

[0387] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is   .

[0389] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is .

[0390] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  is     .    Oligonucleotide conjugates

[0393] The modified  oligonucleotides  described  above  can  be  reacted  with  other  structures  of  interest, such as small molecules or peptides, which contain at  least one thiol group. The resulting  structures are oligonucleotide conjugates.

[0394] Accordingly, in one embodiment of the invention there is provided a modified oligonucleotide  conjugate, wherein a modified oligonucleotide as described herein is conjugated to a thiol‐containing  moiety (M‐SH) via the vinyl group to provide a conjugate of formula (II):   wherein Q is S or O.

[0395] In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  an  antisense  oligonucleotide.  In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  an  RNA  interference  (RNAi)  oligonucleotide.  In  some  embodiments, the oligonucleotide is an aptamer. In some embodiments, the oligonucleotide is a short  interfering  RNA  (siRNA)  oligonucleotide.  In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  a  splice‐ switching  antisense  oligonucleotide.  In  some  embodiments,  the  oligonucleotide  is  an microRNA   (miRNA) oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is a DNA oligonucleotide. In some  embodiments, the oligonucleotide is a gapmer. In some embodiments, the oligonucleotide is an XNA.  In some embodiments, the oligonucleotide is an xRNA. In some embodiments, the oligonucleotide is  an xDNA. In some embodiments, the oligonucleotide is an saRNA.

[0396] In some embodiments, M  is a small molecule. For example,  in some embodiments, M  is a  pharmacologically active small molecule. In some embodiments, M is a probe. A probe is a molecule  which is used to investigate biological mechanisms or validate targets for drug discovery. Probes may  comprise a moiety which allows for their detection by an external source. For example, a probe may  be  radiolabelled,  i.e. may comprise  radioisotopes.  In another example,  the probe may comprise a  moiety which displays fluorescence or phosphorescence.

[0397] In some embodiments, M is a fluorophore.

[0398] In some embodiments, M is fluorescein or a fluorescein derivative. Fluorescein is a common  diagnostic  contrast  agent  with  many  derivatives  which  are  well  known  in  the  art.  Exemplary  derivatives include fluorescein 5‐isothiocyanate, fluorescein 6‐isothiocyanate, mixtures of fluorescein  5‐isothiocyanate  and  fluorescein  6‐isothiocyanate,  fluorescein  succinimidyl  esters,  carboxyfluorescein,  carboxyfluorescein  succinimidyl  ester,  fluorescein  pentafluorophenyl  esters,  fluorescein tetrafluorophenyl esters, and fluorescein amidites.

[0399] In some embodiments, M is rhodamine or a rhodamine derivative. Rhodamine derivatives are  a well‐known  family of dyes which  feature  the  rhodamine core  structure. Examples of  rhodamine  derivatives  include  carboxytetramethylrhodamine,  tetramethylrhodamine,  tetramethylrhodamine  isothiocyanate, sulforhodamine 101, sulforhodamine 101 acid chloride (Texas Red), and rhodamine  red.

[0400] In some embodiments, M is 4,4‐difluoro‐4‐bora‐3a,4a‐diaza‐s‐indacene (BODIPY).

[0401] In some embodiments, M  is a radiolabelled molecule. Radiolabelled molecules are typically  small  molecules  which  are  non‐biologically  active  and  which  are  isotopically  enriched  with  a  radioactive isotope such as 32P, 35S, 14C, and 3H.

[0402] In some embodiments, M  is a polypeptide.  In some embodiments, M  is a protein.  In some  embodiments, M is a polypeptide or protein connected to the modified oligonucleotide via a cysteine  residue.

[0403] In embodiments of the invention, the polypeptide or protein of the invention may be a carrier  protein. A carrier protein  is a protein or polypeptide which  is capable of transporting an  ion, small  molecule, or macromolecule across a biological membrane, e.g.  into a cell.  In embodiments of the  invention,  the carrier protein  is selected to  transport the modified oligonucleotide  into  the cell.  In  embodiments  of  the  invention,  the  oligonucleotide  is  an  antisense  oligonucleotide,  RNAi   oligonucleotide, aptamer, siRNA oligonucleotide, splice‐switching antisense oligonucleotide, miRNA  oligonucleotide,  DNA  oligonucleotide,  gapmer,  XNA  oligonucleotide,  xRNA  oligonucleotide,  xDNA  oligonucleotide, or saRNA oligonucleotide which is intended to be transported into cells or a specific  cell type.

[0404] In embodiments of the invention, the polypeptide or protein is an antigen binding fragment,  a  nanobody,  or  an  antibody.  Antibodies  comprise  antigen  binding  fragments.  Antigen  binding  fragments are polypeptide sequences which bind to antigens. Antigen binding fragments are antigen‐ specific, i.e. can only react to and bind to one specific antigen, or can cross‐react, i.e. can react to and  bind more  than  one  antigen.  Nanobodies,  or  single‐domain  antibodies,  are  a  type  of  antibody  fragment consisting of a single monomeric variable antibody domain. Nanobodies generally have a  molecular weight around 12‐15 kDa and so are significantly  lighter than common antibodies which  generally have a molecular weight around 150‐160 kDa. Nanobodies. Like antibodies, are capable of  selectively binding to a specific antigen. By linking an oligonucleotide to an antigen binding fragment,  nanobody, or an antibody, it is possible to provide a modified oligonucleotide conjugate which targets,  for  example,  cells  displaying  a  specific  antigen.  Delivery  of  a  therapeutic  oligonucleotide  can,  therefore, be targeted to only the cells in which the oligonucleotide is desired to have an effect.

[0405] In embodiments of  the  invention,  the polypeptide or protein  is a  cell‐penetrating peptide  (CPP). CPPs are usually  short peptides,  for example, of  less  than 30‐40 amino acids. They may be  derived from proteins or chimeric sequences or may be of completely artificial, synthetic or designed  origin. They are occasionally amphipathic, but almost always possess a net positive (cationic) charge  at physiological pH. CPPs are able to penetrate biological membranes, to trigger the movement of  various biomolecules across cell membranes  into  the cytoplasm and  to  improve  their  intracellular  routing, thereby facilitating interactions with the target. CPPs have been shown to be able to deliver  oligonucleotide cargos into a wide variety of cell types.

[0406] The  features  of  the  linker‐oligonucleotide  portion  of  the  above modified  oligonucleotide  conjugate correspond to the features of the above‐described modified oligonucleotides. As such, in  some embodiments:  A is mono‐ or bicyclic heteroaryl group in which at least one carbon ring‐atom is replaced with N;  X, Y, and Z are each independently selected from C1‐30 alkyl, C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m,  C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, C5‐10 heteroaryl, or absent;  wherein at least one of X, Y and Z is present;   wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl  is  optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8,  SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3;    n is 1 or 2;  m is an integer from 1‐30;   each   is either a single bond or double bond;  R5 is absent, is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl;  R6 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R7 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R8 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R9, is selected from H, C1‐10 alkyl, halide, C(O)C1‐10 alkyl, C1‐10 haloalkyl, C(O)OR12, C(O)SR12, C(O)NR13R14,  CN, or NO2;   R10, and R11 are each independently selected from H, C1‐10 alkyl, halide, or C1‐10 haloalkyl;  R12 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R13 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  and  R14 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

[0407] In embodiments of the invention, X‐Y‐Z is not a furanosyl group.

[0408] In embodiments of the invention, X‐Y‐Z does not comprise a furanosyl group.

[0409] In embodiments of the invention, A is able to undertake Watson‐Crick base pairing.

[0410] In embodiments of  the  invention, A  is a natural or artificial nucleobase. A nucleobase, or  nitrogenous base,  is a nitrogen‐containing biological compound which are bonded to a five‐carbon  sugar (ribose or 2’‐deoxyribose) to form a nucleoside. These nucleosides are bonded to phosphate  groups to form nucleotides, which are the monomeric units of nucleic acid polymers, for example RNA  and DNA. Nucleobases generally have ring structures which are derived from purine (purine bases) or  pyrimidine  (pyrimidine  bases).  There  are  five  “primary”  or  “canonical”  nucleobases,  adenine  (A),  cytosine  (C),  guanine  (G),  thymine  (T),  and uracil  (U). These  five primary nucleobases  are natural  nucleobases. Non‐primary nucleobases may also be natural nucleobases,  i.e. modified nucleobases  which occur in nature, such as aminoadenine (Z). Other natural non‐primary nucleobases include the  modified nucleobases 5‐methylcytosine (m5C), pseudouridine (Ψ), dihydrouridine (D), inosine (I), and  7‐methylguanosine  (m7G). A  large  number  of  artificial  nucleobases  exist,  such  as  isoguanine  and  isocytosine. Artificial nucleobases are capable of forming hydrogen bonds and therefore are capable  of taking part in base pairing via these hydrogen bonds. Other artificial nucleobases include aminoallyl  nucleobases such as aminoallyl uracil or aminoallyl cytosine which are used in post‐labelling of nucleic  acids by fluorescence detection, i.e. providing a non‐isotopic tag. Artificial nucleobases are commonly  used in oligonucleotides for use as anticancer or antiviral agents.

[0411] In embodiments of the invention A is selected from  and  ;  wherein:   each   is either a single bond or double bond;  each of A1, A2, A3 is selected from NR18 and CR19, where at least one of A1, A2, and A3 is NR18;  each of A4, A5, A6, and A7 is selected from NR18 and CR19 where at least one of A4, A5, A6, and A7 is NR18;  at  least one R15, R16, or R17 group  is present and  independently selected from H, OR20, SR20, =O, =S,  NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo, wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl is optionally substituted with at least one group selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7,  SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;   R18, if present, is H, an optionally substituted C1‐10 alkyl group, or a base labile protecting group;  R19  is  selected  from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo,  wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl is optionally substituted with at least one group  selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7, SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;  R20 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R21 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl; and  R22 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In  these  embodiments, both   and X may be  attached  to A  at  any  appropriate point of connection. In some embodiments where A is monocyclic,   and X are attached in a meta  or para configuration. In some embodiments where A is monocyclic,  and X are attached in  a meta  configuration.  In  some  embodiments where  A  is monocyclic,    and  X  are  attached in a para configuration.

[0412] In some embodiments A, is selected from:    be attached to A at any appropriate point of connection, e.g. via the replacement of any hydrogen  within  the  structure of A.  In  some  embodiments where A  is monocyclic,   and X  are  attached in a meta or para configuration. In some embodiments where A is monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some  embodiments  where  A  is  monocyclic,  and X are attached in a para configuration.

[0413] In some embodiments, .

[0414] In some embodiments, .

[0415] In some embodiments, .

[0416] In some embodiments, .

[0417] In some embodiments, .

[0418] In some embodiments, .

[0421] In some embodiments, .

[0422] In some embodiments, A is selected from:  , .      s,  both    and  X may  be  attached  to  A  at  any  appropriate point of connection, e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A  is monocyclic,   and X are attached  in a meta or para configuration.  In some embodiments where A  is monocyclic,   and X are attached  in a  meta configuration. In some embodiments where A is monocyclic,  and X are attached  in a para configuration.

[0424] In some embodiments, .

[0425] In some embodiments, .

[0426] In some embodiments, .

[0427] In some embodiments, .

[0428] In some embodiments, .

[0429] In some embodiments, .

[0430] In some embodiments, A is selected from:   embodiments, both  and X may be attached to A at any appropriate point of connection,  e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A is   monocyclic,  and X are attached in a meta or para configuration. In some embodiments  where  A  is  monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some  embodiments where A is monocyclic,  and X are attached in a para configuration.

[0431] In some embodiments, A is selected from:   embodiments, both  and X may be attached to A at any appropriate point of connection,  e.g. via the replacement of any hydrogen within the structure of A. In some embodiments where A is  monocyclic,  and X are attached in a meta or para configuration. In some embodiments  where  A  is  monocyclic,   and  X  are  attached  in  a  meta  configuration.  In  some  embodiments where A is monocyclic,  and X are attached in a para configuration.   .

[0434] In some embodiments,

[0435] In some embodiments,

[0436] In some embodiments,

[0437] In some embodiments,

[0438] In some embodiments,

[0439] In some embodiments,

[0440] In some embodiments,

[0441] In some embodiments,

[0442] In some embodiments,

[0443] Insomeembodiments

[0444] In  some embodiments, R5  is absent, or  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  wherein R5  is absent.  In some embodiments, R5  is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl. In some embodiments, R5 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10  alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R5  is trialkylsilyl. In some embodiments, R5  is tert‐ butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R5  is acetyl.  In some embodiments, R5  is trihaloacetyl.  In  some embodiments, R5 is phthalimidyl. In some embodiments, R5 is H. In some embodiments, R5 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R5 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R5 is C2‐10 alkynyl.

[0445] In  some  embodiments,  R6  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R6  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R6 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R6 is trialkylsilyl. In some embodiments, R6 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R6 is acetyl.  In  some  embodiments,  R6  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R6  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R6 is H. In some embodiments, R6 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R6 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R6 is C2‐10 alkynyl.

[0446] In  some  embodiments,  R7  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R7  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R7 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R7 is trialkylsilyl. In some embodiments, R7 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R7 is acetyl.  In  some  embodiments,  R7  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R7  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R7 is H. In some embodiments, R7 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R7 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R7 is C2‐10 alkynyl.

[0447] In  some  embodiments,  R8  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R8  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R8 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R8 is trialkylsilyl. In some embodiments, R8 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R8 is acetyl.  In  some  embodiments,  R8  is  trihaloacetyl.  In  some  embodiments,  R8  is  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R8 is H. In some embodiments, R8 is C1‐10 alkyl. In some embodiments, R8 is C2‐10 alkenyl.  In some embodiments, R8 is C2‐10 alkynyl.

[0448] In  some  embodiments,  R12  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R12 is   selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R12 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R12  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R12  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R12  is  acetyl. In some embodiments, R12 is trihaloacetyl. In some embodiments, R12 is phthalimidyl. In some  embodiments, R12  is H.  In  some embodiments, R12  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R12  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R12 is C2‐10 alkynyl.

[0449] In  some  embodiments,  R13  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R13 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R13 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R13  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R13  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R13  is  acetyl. In some embodiments, R13 is trihaloacetyl. In some embodiments, R13 is phthalimidyl. In some  embodiments, R13  is H.  In  some embodiments, R13  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R13  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R13 is C2‐10 alkynyl.

[0450] In  some  embodiments,  R14  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments, R14 is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments, R14 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl. In some embodiments,  R14  is trialkylsilyl.  In some embodiments, R14  is tert‐butyldiphenylsilyl.  In some embodiments, R14  is  acetyl. In some embodiments, R14 is trihaloacetyl. In some embodiments, R14 is phthalimidyl. In some  embodiments, R14  is H.  In  some embodiments, R14  is C1‐10 alkyl.  In  some embodiments, R14  is C2‐10  alkenyl. In some embodiments, R14 is C2‐10 alkynyl.

[0451] In some embodiments, R18, when present, is selected from H, an optionally substituted C1‐10  alkyl  group,  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R18  is  selected  from  H  and  an  optionally  substituted  C1‐10  alkyl  group.  In  some  embodiments,  R18  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R18 is H. In some embodiments, R18 is an optionally substituted  C1‐10  alkyl  group.  In  some  embodiments,  R18  is  trialkylsilyl.  In  some  embodiments,  R18  is  tert‐ butyldiphenylsilyl. In some embodiments, R18 is acetyl. In some embodiments, R18 is trihaloacetyl. In  some embodiments, R18 is phthalimidyl.

[0452] In some embodiments, R20, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R20  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R20 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.   In some embodiments, R20 is trialkylsilyl. In some embodiments, R20 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R20 is acetyl. In some embodiments, R20 is trihaloacetyl. In some embodiments, R20 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R20  is  H.  In  some  embodiments,  R20  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R20 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R20 is C2‐10 alkynyl.

[0453] In some embodiments, R21, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R21  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R21 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R21 is trialkylsilyl. In some embodiments, R21 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R21 is acetyl. In some embodiments, R21 is trihaloacetyl. In some embodiments, R21 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R21  is  H.  In  some  embodiments,  R21  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R21 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R21 is C2‐10 alkynyl.

[0454] In some embodiments, R22, when present, is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl,  H,  C1‐10  alkyl,  C2‐10  alkenyl,  and  C2‐10  alkynyl.  In  some  embodiments,  R22  is  selected  from  trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl. In some embodiments, R22 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.  In some embodiments, R22 is trialkylsilyl. In some embodiments, R22 is tert‐butyldiphenylsilyl. In some  embodiments, R22 is acetyl. In some embodiments, R22 is trihaloacetyl. In some embodiments, R22 is  phthalimidyl.  In  some  embodiments,  R22  is  H.  In  some  embodiments,  R22  is  C1‐10  alkyl.  In  some  embodiments, R22 is C2‐10 alkenyl. In some embodiments, R22 is C2‐10 alkynyl.

[0455] In  the  preceding  embodiments,  the  trialkylsilyl  group,  if  present, may  have  the  formula  Si(C1‐C4 alkyl)3.  In further embodiments, trialkylsilyl group,  if present,  is selected from trimethylsilyl  (TMS),  triethylsilyl  (TES),  tert‐butyldimethylsilyl  (TBS),  and  triisopropylsilyl  (TIPS).  In  further  embodiments, the trialkylsilyl group  is trimethylsilyl (TMS). In further embodiments, the trialkylsilyl  group  is  triethylsilyl  (TES).  In  further embodiments,  the  trialkylsilyl group  is  tert‐butyldimethylsilyl  (TBS). In further embodiments, the trialkylsilyl group is triisopropylsilyl (TIPS).

[0456] In  the  preceding  embodiments,  the  trihaloacetyl  group,  if  present,  is  trichloroacetyl  or  trifluoroacetyl.  In  some  embodiments,  the  trihaloacetyl  group  is  trichloroacetyl.  In  some  embodiments, the trihaloacetyl group is trifluoroacetyl.

[0457] In the preceding embodiments, therefore, the base labile protecting group may be selected  from  trialkylsilyl,  acetyl,  trihaloacetyl,  and  phthalimidyl.  The  base  labile  protecting  group may  be  selected from Si(C1‐C4 alkyl)3, acetyl, trihalo acetyl, and phthalimidyl. The base labile protecting group  may be  selected  from  Si(C1‐C4 alkyl)3,  acetyl,  trichloroacetyl,  trifluoroacetyl,  and phthalimidyl. The  base  labile  protecting  group  may  be  selected  from  Si(C1‐C4 alkyl)3,  acetyl,  trifluoroacetyl,  and   phthalimidyl. The base labile protecting group may be selected from trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl  (TES), tert‐butyldimethylsilyl (TBS), triisopropylsilyl (TIPS), acetyl, trihalo acetyl, and phthalimidyl. The  base  labile  protecting  group  may  be  selected  from  trimethylsilyl  (TMS),  triethylsilyl  (TES),  tert‐ butyldimethylsilyl  (TBS),  triisopropylsilyl  (TIPS),  acetyl,  trichloroacetyl,  trifluoroacetyl,  and  phthalimidyl. The base labile protecting group may be selected from trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl  (TES), tert‐butyldimethylsilyl (TBS), triisopropylsilyl (TIPS), acetyl, trifluoroacetyl, and phthalimidyl.

[0458] In some embodiments, R9 is H. In some embodiments, R10 is H. In some embodiments R11 is H.  In some embodiments, R9 and R10 are both H. In some embodiments, R9 and R11 are both H. In some  embodiments, R10 and R11 are both H. In some embodiments, R9, R10, and R11 are each H.

[0459] In some embodiments, R10 is F. In some embodiments, R11 is F. In some embodiments, R10 and  R11 are both F.

[0460] In some embodiments, R15  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R15 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R15 is H. In some  embodiments, R15 is =O. In some embodiments, R15 is NR21R22.

[0461] In some embodiments, R16  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R16 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R16 is H. In some  embodiments, R16 is =O. In some embodiments, R16 is NR21R22.

[0462] In some embodiments, R17  is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, and C1‐10 alkyl. In  some embodiments, R17 is selected from H, =O, and NR21R22. In some embodiments, R17 is H. In some  embodiments, R17 is =O. In some embodiments, R17 is NR21R22.

[0463] In some embodiments Z is absent and X and Y are each independently selected from C1‐30 alkyl,  C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl,  C6‐10 aryl, or C5‐10 heteroaryl; wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl is optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl,  OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3.

[0464] In  some embodiments, X  is  selected  from NR5, C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10  cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl; wherein each is optionally substituted with at least one  group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN,  NO2, and N3.  In some embodiments, X  is NR5.  In some embodiments, X  is C3‐10 cycloalkyl.  In some  embodiments,  X  is  C3‐10  heterocycloalkyl.  In  some  embodiments,  X  is  C5‐10  cycloalkenyl.  In  some  embodiments, X is C6‐10 aryl. In some embodiments, X is C5‐10 heteroaryl.

[0465] In  some embodiments, X  is  selected  from NR5, C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10  cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl. In some embodiments, X is NR5. In some embodiments, X   is C3‐10 cycloalkyl. In some embodiments, X is C3‐10 heterocycloalkyl. In some embodiments, X is C5‐10  cycloalkenyl. In some embodiments, X is C6‐10 aryl. In some embodiments, X is C5‐10 heteroaryl.

[0466] In  some  embodiments,  X  is  selected  from  NR5  and  C3‐10  heterocycloalkyl.  In  some  embodiments, X is NR5. In some embodiments, X is C3‐10 heterocycloalkyl.

[0467] In  some  embodiments,  X  is  selected  from  NR5,  pyrrolidine,  and  piperidine.  In  some  embodiments, X is NR5. In some embodiments, X is pyrrolidine. In some embodiments, X is piperidine.

[0468] In some embodiments, Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m, C(O)n, C3‐10 cycloalkyl, and  C3‐10 heterocycloalkyl; wherein each C3‐10 cycloalkyl or C3‐10 heterocycloalkyl is optionally substituted  with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6,  P(O)(OR6)2,  CN, NO2,  and  N3.  In  some  embodiments,  Y  is  C1‐30  alkyl.  In  some  embodiments,  Y  is  (CH2CH2O)m.  In some embodiments, Y  is C(O)n.  In some embodiments, Y  is C3‐10 cycloalkyl.  In some  embodiments, Y is C3‐10 heterocycloalkyl.

[0469] In some embodiments, Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10 cycloalkyl, and C3‐10 heterocycloalkyl. In some embodiments, Y is C1‐30 alkyl. In some embodiments, Y is (CH2CH2O)m. In  some embodiments, Y is C(O). In some embodiments, Y is C3‐10 cycloalkyl. In some embodiments, Y is  C3‐10 heterocycloalkyl.

[0470] In  some  embodiments,  Y  is  selected  from  C1‐30  alkyl,  C(O),  and  C3‐10  cycloalkyl.  In  some  embodiments  Y  is  C1‐30  alkyl.  In  some  embodiments,  Y  is  C(O).  In  some  embodiments,  Y  is  C3‐10  cycloalkyl.

[0471] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises at least one tertiary amine.

[0472] In  some embodiments, X‐Y‐Z  comprises  at  least one of NR5, C(O), C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 N‐ heterocycloalkyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl.

[0473] In  some embodiments, X‐Y‐Z  comprises  at  least one of NR5, C(O), C3‐10  cycloalkyl, C3‐10 N‐ heterocycloalkyl, and C6‐10 aryl.

[0474] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises NR5.

[0475] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C(O).

[0476] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C3‐10 cycloalkyl.

[0477] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C3‐10 N‐heterocycloalkyl.

[0478] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C6‐10 aryl.

[0479] In some embodiments, X‐Y‐Z comprises C5‐10 heteroaryl.

[0480] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0481] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0482] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0483] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0485] In some embodiments, .

[0486] In some embodiments, .

[0487] In some embodiments, .   .

[0490] In some embodiments, .

[0491] In some embodiments, .

[0492] In some embodiments, .

[0495] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:

[0497] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:   ,

[0498] In some embodiments, X‐Y‐Z is selected from:   , [[ [   [

[0503] In some embodiments,

[0504] In some embodiments,

[0505] In some embodiments,

[0506] In some embodiments, X

[0507] Insomeembodiments,X

[0508] In some embodiments, .

[0509] In some embodiments, .

[0510] In some embodiments, .

[0513] In some embodiments, .

[0514] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:  ,   .

[0515] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:    .

[0516] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  conjugate  is  selected  from: , ,  , ,.

[0517] In  some  embodiments,  the  modified  oligonucleotide  conjugate  is  selected  from:

[0519] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0521] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:Oligonucleotide

[0522] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:Oligonucleotide

[0523] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0525] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:Oligonucleotide)

[0526] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0528] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:

[0529] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:

[0530] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:

[0531] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:

[0532] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0534] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0536] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0538] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0540] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0542] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0544] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is:

[0547] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:ʼnll

[0548] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:5

[0549] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:

[0550] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is selected from:

[0552] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is

[0553] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is

[0555] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate

[0557] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate

[0559] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate is

[0561] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugate ismodified oligonucleotide conjugate

[0564] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugateoligonucleotide conjugate is

[0567] In some embodiments, the modified oligonucleotide conjugatemodified oligonucleotide conjugateMethods of conjugation

[0571] Provided herein is a method of conjugating the modified oligonucleotide described above to a thiol-containing molecule (M-SH) to form the modified oligonucleotide conjugate also described above, wherein the method comprises a thiol-ene reaction between the thiol and the vinyl group of the previously described modified oligonucleotide.

[0572] In some embodiments, the oligonucleotide is an antisense oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is an RNA interference (RNAi) oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is an aptamer. In some embodiments, the oligonucleotide is a short interfering RNA (siRNA) oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is a spliceswitching antisense oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is an microRNA (miRNA) oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is a DNA oligonucleotide. In some embodiments, the oligonucleotide is a gapmer. In some embodiments, the oligonucleotide is an XNA. In some embodiments, the oligonucleotide is an xRNA. In some embodiments, the oligonucleotide is an xDNA. In some embodiments, the oligonucleotide is an saRNA.

[0573] In some embodiments, M is a small molecule. For example, in some embodiments, M is a pharmacologically active small molecule. In some embodiments, M is a probe. A probe is a molecule which is used to investigate biological mechanisms or validate targets for drug discovery. Probes maycomprise a moiety which allows for their detection by an external source. For example, a probe may be radiolabelled, i.e. may comprise radioisotopes. In another example, the probe may comprise a moiety which displays fluorescence or phosphorescence.

[0574] In some embodiments, M is a fluorophore.

[0575] In some embodiments, M is fluorescein or a fluorescein derivative. Fluorescein is a common diagnostic contrast agent with many derivatives which are well known in the art. Exemplary derivatives include fluorescein 5-isothiocyanate, fluorescein 6-isothiocyanate, mixtures of fluorescein 5-isothiocyanate and fluorescein 6-isothiocyanate, fluorescein succinimidyl esters, carboxyfluorescein, carboxyfluorescein succinimidyl ester, fluorescein pentafluorophenyl esters, fluorescein tetrafluorophenyl esters, and fluorescein amidites.

[0576] In some embodiments, M is rhodamine or a rhodamine derivative. Rhodamine derivatives are a well-known family of dyes which feature the rhodamine core structure. Examples of rhodamine derivatives include carboxytetramethylrhodamine, tetramethylrhodamine, tetramethylrhodamine isothiocyanate, sulforhodamine 101, sulforhodamine 101 acid chloride (Texas Red), and rhodamine red.

[0577] In some embodiments, M is 4,4-difluoro-4-bora-3a,4a-diaza-s-indacene (BODIPY).

[0578] In some embodiments, M is a radiolabelled molecule. Radiolabelled molecules are typically small molecules which are non-biologically active and which are isotopically enriched with a radioactive isotope such as 32P, 35S, 14C, and 3H.

[0579] In some embodiments, M is a polypeptide. In some embodiments, M is a protein. In some embodiments, M is a polypeptide or protein connected to the modified oligonucleotide via a cysteine residue.

[0580] In embodiments of the invention, the polypeptide or protein of the invention may be a carrier protein. A carrier protein is a protein or polypeptide which is capable of transporting an ion, small molecule, or macromolecule across a biological membrane, e.g. into a cell. In embodiments of the invention, the carrier protein is selected to transport the modified oligonucleotide into the cell. In embodiments of the invention, the oligonucleotide is an antisense oligonucleotide, RNAi oligonucleotide, aptamer, siRNA oligonucleotide, splice-switching antisense oligonucleotide, miRNA oligonucleotide, DNA oligonucleotide, gapmer, XNA oligonucleotide, xRNA oligonucleotide, xDNA oligonucleotide, or saRNA oligonucleotide which is intended to be transported into cells or a specific cell type.

[0581] In embodiments of the invention, the polypeptide or protein is an antigen binding fragment, a nanobody or an antibody. Antibodies comprise antigen binding fragments. Antigen binding fragments are polypeptide sequences which bind to antigens. Antigen binding fragments are antigen-specific, i.e. can only react to and bind to one specific antigen, or can cross-react, i.e. can react to and bind more than one antigen. Nanobodies, or single-domain antibodies, are a type of antibody fragment consisting of a single monomeric variable antibody domain. Nanobodies generally have a molecular weight around 12-15 kDa and so are significantly lighter than common antibodies which generally have a molecular weight around 150-160 kDa. Nanobodies. Like antibodies, are capable of selectively binding to a specific antigen. By linking an oligonucleotide to an antigen binding fragment, a nanobody or an antibody, it is possible to provide a modified oligonucleotide conjugate which targets, for example, cells displaying a specific antigen. Delivery of a therapeutic oligonucleotide can, therefore, be targeted to only the cells in which the oligonucleotide is desired to have an effect.

[0582] In embodiments of the invention, the polypeptide or protein is a cell-penetrating peptide (CPP). CPPs are usually short peptides, for example, of less than 30-40 amino acids. They may be derived from proteins or chimeric sequences or may be of completely artificial, synthetic or designed origin. They are occasionally amphipathic, but almost always possess a net positive (cationic) charge at physiological pH. CPPs are able to penetrate biological membranes, to trigger the movement of various biomolecules across cell membranes into the cytoplasm and to improve their intracellular routing, thereby facilitating interactions with the target. CPPs have been shown to be able to deliver oligonucleotide cargos into a wide variety of cell types.

[0583] In some embodiments the method comprises the step of M-SH being dissolved in a buffered solution to provide a M-SH buffered solution. A buffered solution is a solution which contains a buffer which keeps the pH of the solution at a specific pH or within a specific pH range. In some embodiments the buffered solution is a commercially available buffer. In some embodiments, the buffered solution comprises a buffer and water. In some embodiments, the buffered solution has a pH around physiological pH. In some embodiments, the buffered solution has a pH between 7.3 and 7.5. In some embodiments, the buffered solution has a pH of about 7.4.

[0584] In some embodiments, the buffered solution comprises an aqueous buffer. In other embodiments, the buffered solution comprises a non-aqueous buffer. In some embodiments, the aqueous buffer is phosphate buffered saline (PBS).

[0585] In some embodiments, the method comprises the step of the modified oligonucleotide being dissolved in an aqueous solution to provide a modified oligonucleotide solution.

[0586] In some embodiments, the method comprises the step of the M-SH buffered solution being mixed with the modified oligonucleotide solution.

[0587] In some embodiments the reaction between the modified oligonucleotide and M-SH is performed between 10-50 °C. In some embodiments, the reaction between the modified oligonucleotide and M-SH is performed between 20-40 °C. In some embodiments, the reactionbetween the modified oligonucleotide and M-SH is performed between 25-40 °C. In some embodiments, the reaction between the modified oligonucleotide and M-SH is performed at 25 °C. In some embodiments, the reaction between the modified oligonucleotide and M-SH is performed at physiological temperatures. In some embodiments, the reaction between the modified oligonucleotide and M-SH is performed at 37 °C. In some embodiments, the solution resulting from the mixing of the M-SH buffered solution and the modified oligonucleotide solution has its temperature altered following the mixing. In some embodiments, the solution resulting from the mixing of the M-SH buffered solution and the modified oligonucleotide solution has a temperature between 10-50 °C. In some embodiments, the solution resulting from the mixing of the M-SH buffered solution and the modified oligonucleotide solution has a temperature between 20-40 °C. In some embodiments, the solution resulting from the mixing of the M-SH buffered solution and the modified oligonucleotide solution is heated to a temperature between 20-40 °C or 25-40 °C. In some embodiments, the solution resulting from the mixing of the M-SH buffered solution and the modified oligonucleotide solution has a temperature of 25 °C. In some embodiments, the solution resulting from the mixing of the M-SH buffered solution and the modified oligonucleotide solution is heated to a physiological temperature. In some embodiments, the solution resulting from the mixing of the M- SH buffered solution and the modified oligonucleotide solution is heated to 37 °C.

[0588] In some embodiments, the thiol-ene reaction step is performed in the presence of a radical initiator. A radical initiator is a substance or molecule which produces radical species under mild reaction conditions and therefor promotes radical reactions. These radical initiators will generally comprise a bond with a small bond dissociation energy, for example azo- or peroxide bonds. Common radical initiators include azobisisobutyronitrile (AIBN), l,l'-azobis(cyclohexanecarbonitrile) (ABCN), di=tert-butyl peroxide, benzoyl peroxide, methyl ethyl ketone peroxide, and acetone peroxide. In some embodiments, the thiol-ene reaction step is performed in the presence of dithiothreitol.EXAMPLESLinkers

[0589] The following linkers were synthesised.Table 1General Experimental Methods

[0590] All reactions were carried out under an atmosphere of argon. Reactions were monitored by TLC using aluminum backed silica gel 60 (F254) plates, visualized using UV 254 nm and vanillin dips. Flash column chromatography was carried out with silica gel (60-120 mesh). Reagents were used as received from commercial sources unless otherwise stated.1H NMR spectra were recorded on a Bruker Avance 400 Spectrometer (400 MHz). Chemical shifts are reported in 6 units (parts per million) and coupling constants (J) are measured in Hertz. The residual solvent signals were used as references.  Liquid  Chromatography  High  Resolution  Mass  spectra  were  recorded  on  QTOF  Premier  mass  spectrometer (Waters Ltd, UK) and Synapt XS mass spectrometer (Waters Ltd, UK). Dry solvents were  purchased and used as received.  Example 1: Synthesis of Linkers  General method for synthesis of linkers:  Method A  Step 1   4‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol

[0591] To a solution of 2,4‐dichloro‐pyrimidine (1.00 g, 6.7 mmol) in THF (10 mL) was added Et3N (2.5  eq, 0.43 mL) and commercially available  trans‐4‐(Methylamino)cyclohexanol  (1.5 eq, 10.05 mmol).  The mixture was stirred at ambient temperature for 7 hr and concentrated under reduced pressure.  The residue was dissolved in DCM and the solution was poured into saturated aqueous NaHCO3. The  two layers were separated, and the aqueous layer was extracted with DCM (2x25 mL). The combined  organic layer was dried over Na2SO4, filtered, concentrated under reduced pressure, and purified by  flash  chromatography  (silica  gel,  0‐100%  Hexane / EtOAc)  to  afford  4‐((2‐chloropyrimidin‐4‐ yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol  (major  product)  (925 mg,  57%)  as  pale  yellow  gum  and  4‐((4‐ chloropyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol (minor product) (140 mg, 8.6%) as yellow viscous  oil.

[0592] 1H NMR for 4‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol (major product)

[0593] NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.20 (d, J = 5.2 Hz, 1H), 6.58 (d, J = 5.1 Hz, 1H), 4.59 (p, J = 8.6 Hz,  1H), 3.58 (ddd, J = 15.3, 11.0, 4.3 Hz, 1H), 3.01 (s, 3H), 2.05 (d, J = 12.4 Hz, 2H), 1.72 (h, J = 3.3 Hz, 4H),  1.46 (dt, J = 21.5, 11.0 Hz, 2H). (One exchangeable proton of OH was not observed in CD3OD).

[0594] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 242.104, C11H17ClN3O+ required 242.105.

[0595] 1H NMR for 4‐((4‐chloropyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol (minor product)

[0596]

[0597] 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.09 (d, J = 6.4 Hz, 1H), 6.65 (dd, J = 17.3, 10.4 Hz, 1H), 6.58 –  6.41 (m, 1H), 5.63 (dd, J = 10.4, 2.1 Hz, 1H), 3.62 (dt, J = 11.1, 4.3 Hz, 1H), 2.97 (s, 3H), 2.09 – 2.01 (m,   2H), 1.74  (tt,  J = 6.1, 3.0 Hz, 3H), 1.57 – 1.44  (m, 2H).  (One exchangeable proton of OH was not  observed in CD3OD).

[0598] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 242.109, C11H17ClN3O+ required 242.105.  Step 2: Procedure 1  4‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐5‐yl)amino)cyclohexan‐1‐ol

[0599] To a solution of 4‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)cyclohexan‐1‐ol (140 mg, 0.58 mmol)  and potassium trifluorovinyl borate (1.67 eq, 130 mg) in ethanol (8 mL) under argon atmosphere was  added Et3N (2.1 eq, 0.17 ml). The mixture was degassed for 5 mins. Then the catalyst Pd(dppf)Cl2 (0.1  eq, 43 mg) was added  to  the mixture and  further degassed  for 5 mins. The  reaction mixture was  warmed upto 80 oC and stirred at this temperature for 6 hours. The reaction mixture was cooled to  room temperature, diluted with DCM  (10 mL) and  filtered through a bed of celite washing several  times with DCM (25 mL). Solvent was removed under vacuum. The residue was subjected to column  chromatography  (silica  gel,  0‐100%  Heptane / Ethyl  acetate)  to  afford  the  product  4‐(methyl(2‐ vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)cyclohexan‐1‐ol (128 mg, 95%) as a colourless gum.

[0600] 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.23 (d, J = 5.0 Hz, 1H), 6.67 – 6.50 (m, 2H), 6.37 (dd, J = 17.4, 1.7  Hz, 1H), 5.57 (dd, J = 10.5, 1.7 Hz, 1H), 4.63 (tt, J = 10.1, 4.9 Hz, 1H), 3.56 (tt, J = 11.0, 4.3 Hz, 1H), 2.99  (s, 3H), 2.13 – 1.95 (m, 2H), 1.85 – 1.55 (m, 4H), 1.55 – 1.37 (m, 2H). (One exchangeable proton of OH  was not observed in CD3OD).

[0601] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 234.161, C13H20N3O+ required 234.160.  Step 2: Procedure 2  4‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclohexan‐1‐ol

[0602] To  a  solution  of  4‐((4‐chloropyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol  (140  mg,  0.58  mmol) and vinyl boronate pinacol ester (3 eq, 0.3 mL) in Dioxane (4 mL) and water (1 mL) under argon   catalyst Pd(dppf)Cl2.DCM (0.1 eq, 49 mg) was added to the mixture and further degassed for 5 mins.  The reaction mixture was warmed upto 85 oC and stirred at this temperature for 18 hours. The reaction  mixture was  cooled  to  room  temperature, diluted with DCM and  filtered  through a bed of  celite  washing several times with DCM. Solvent was removed under vacuum. The residue was subjected to  column chromatography (silica gel, 0‐100% Heptane / Ethyl acetate) to afford the product 4‐(methyl(4‐ vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclohexan‐1‐ol (130 mg, 96%) as a pale yellow gum.

[0603] 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.08 (d, J = 6.3 Hz, 1H), 7.67 – 7.46 (m, 1H), 6.65 (dd, J = 17.4,  10.4 Hz, 1H), 6.60 – 6.37 (m, 2H), 5.63 (dd, J = 10.4, 2.1 Hz, 1H), 3.60 (tt, J = 11.1, 4.4 Hz, 1H), 2.95 (s,  3H), 2.18 – 1.97 (m, 2H), 1.72 (h, J = 3.4 Hz, 4H), 1.48 (dtt, J = 17.4, 11.5, 6.7 Hz, 2H). (One exchangeable  proton of OH was not observed in CD3OD).

[0604] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 234.168, C13H20N3O+ required 234.160.  Step 3  2‐cyanoethyl  (4‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)cyclohexyl)  diisopropylphosphoramidite  (Compound 5)

[0605] A  stirred  solution  of  4‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclohexan‐1‐ol  (128 mg,  0.55  mmol) (dried in high vac) in DCM (8 mL) was degassed by bubbling with argon for 5 mins. The solution  was cooled to 0 oC in ice bath and DIPEA (3 eq, 0.29 mL) was added followed by dropwise addition of  2‐Cyanoethyl N,N‐diisopropylchlorophosphoramidite  (1.5  eq,  0.18 mL).  The  reaction mixture was  allowed to gradually warm to room temperature and stirred for 6 hours. Solvent was removed under  vacuum.  The  residue  was  subjected  to  column  chromatography  (silica  gel,  0‐100%  Heptane  (1%Et3N) / EtOAc)  to afford product 2‐cyanoethyl  (4‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐5‐yl)amino)cyclohexyl)  diisopropylphosphoramidite (136 mg, 57.2%) as a colourless gum.

[0606] 1H NMR (400 MHz, CD3CN) δ 8.29 (d, J = 4.9 Hz, 1H), 6.62 (dd, J = 17.4, 10.5 Hz, 1H), 6.54 (d, J  = 4.9 Hz, 1H), 6.42 (dd, J = 17.4, 1.8 Hz, 1H), 5.57 (dd, J = 10.5, 1.8 Hz, 1H), 4.76 – 4.63 (m, 1H), 3.78  (dtdd, J = 14.2, 10.5, 7.1, 5.1 Hz, 3H), 3.63 (dh, J = 10.0, 6.8 Hz, 2H), 3.01 (s, 3H), 2.70 – 2.65 (m, 2H),  2.14 (dt, J = 12.9, 3.3 Hz, 1H), 2.06 (dq, J = 10.6, 3.6 Hz, 1H), 1.75 – 1.66 (m, 4H), 1.54 (tdd, J = 11.5,  8.6, 4.4 Hz, 2H), 1.20 (dd, J = 6.8, 2.2 Hz, 12H).

[0607] 31P NMR (162 MHz, CD3CN) δ 145.45.

[0608] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 434.260, C22H37N5O2P+ required 434.268.  Method B  Step 1  2‐chloro‐4‐vinylpyrimidine

[0609] To  a  solution of 2,4‐dichlotopyrimidine  (519 mg, 3.48 mmol)  and potassium  trifluorovinyl  borate (1.1 eq, 500 mg)  in anhydrous 2‐propanol (10 mL) under argon atmosphere  in a microwave  tube  was  added  Et3N  (1  eq,  0.5 ml).  The mixture  was  degassed  for  5 mins.  Then  the  catalyst  Pd(dppf)Cl2.DCM (0.05 eq, 142 mg) was added to the mixture and further degassed for 5 mins. The  tube was sealed and the reaction mixture was warmed upto 90 oC and stirred at this temperature for  5 hours. The reaction mixture was cooled to room temperature, diluted with Ethyl acetate (25 mL)  and filtered through a bed of celite washing several times with Ethyl acetate (3x10 mL). Solvent was  removed  under  vacuum.  Column  chromatography  (silica  gel,  0‐100%  Heptane / EtOAc)  afforded  product 2‐chloro‐4‐vinylpyrimidine (296 mg, 60%) as pale yellow oil. 1H NMR data was consistent with  the literature data (Ref: Molecules 2010, 15(3), 1973‐1984).

[0610] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.57 (dd, J = 5.1, 1.3 Hz, 1H), 7.23 (dd, J = 5.1, 0.9 Hz, 1H), 6.71  (ddd, J = 17.4, 10.6, 1.4 Hz, 1H), 6.54 (ddd, J = 17.4, 1.7, 1.0 Hz, 1H), 5.80 (dt, J = 10.5, 1.3 Hz, 1H).  Step 2  1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)piperidin‐4‐ol

[0611] A solution of 2‐chloro‐4‐vinylpyrimidine (100 mg, 0.711 mmol), piperidin‐4‐ol (1.2 eq, 0.854  mmol) and anhydrous DIPEA (2.5 eq, 0.35 mL) in anhydrous DMF (1.5 mL) was stirred at 100 oC in a  sealed tube for 18 hours. The reaction mixture was cooled to room temperature and solvent removed  under vacuum. Column chromatography (silica gel, 0‐100% Heptane / Ethyl acetate) afforded product  1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)piperidin‐4‐ol (49 mg, 34%) as pale brown gum.

[0612] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.28 (d, J = 5.0 Hz, 1H), 6.59 (dd, J = 17.4, 10.5 Hz, 1H), 6.48 (d, J =  5.0 Hz, 1H), 6.37 (dd, J = 17.4, 1.6 Hz, 1H), 5.57 (dd, J = 10.5, 1.6 Hz, 1H), 4.62 – 4.40 (m, 2H), 3.94 (tt,   J = 8.7, 4.0 Hz, 1H), 3.31 (ddd, J = 13.4, 10.0, 3.3 Hz, 2H), 1.96 (dtdd, J = 8.5, 7.0, 4.0, 2.3 Hz, 3H), 1.63  – 1.42 (m, 2H).

[0613] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 206.122, C11H16N3O+ required 206.129.  Step 3 – same as Method A    Synthesis of specific linkers:  2‐cyanoethyl (1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)piperidin‐4‐yl) diisopropylphosphoramidite (Compound 8)

[0614] Starting  from  1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)piperidin‐4‐ol,  compound  2‐cyanoethyl  (1‐(4‐ vinylpyrimidin‐2‐yl)piperidin‐4‐yl)  diisopropylphosphoramidite  was  synthesized  in  67%  yield  as  a  colourless gum, following same synthetic procedure as mentioned in Method A Step 3.

[0615] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.29 (d, J = 5.0 Hz, 1H), 6.61 (dd, J = 17.3, 10.5 Hz, 1H), 6.50 (d, J  = 5.0 Hz, 1H), 6.40 (dd, J = 17.3, 1.7 Hz, 1H), 5.58 (dd, J = 10.5, 1.7 Hz, 1H), 4.24 – 4.10 (m, , 3H), 3.91  – 3.76 (m, 2H), 3.75 – 3.60 (m, 4H), 2.67 (t, J = 6.3 Hz, 2H), 2.02 – 1.87 (m, 2H), 1.71 (dqd, J = 12.0, 7.9,  3.8 Hz, 2H), 1.23 (dd, J = 6.8, 1.2 Hz, 12H).

[0616] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 146.14.

[0617] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 406.235, C20H33N5O2P+ required 406.237.  2‐cyanoethyl  (4‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclohexyl)  diisopropylphosphoramidite  (Compound 6)

[0618] Method  A  Step  3 was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  (4‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclohexyl)  diisopropylphosphoramidite  from  4‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclohexan‐1‐ol in 68% yield as a colourless gum.

[0619] 1H NMR (400 MHz, CD3CN) δ 8.15 (d, J = 6.2 Hz, 1H), 6.65 (dd, J = 17.3, 10.4 Hz, 1H), 6.48 –  6.33 (m, 1H), 5.57 (dd, J = 10.4, 2.4 Hz, 1H), 3.88 – 3.72 (m, 3H), 3.64 (dp, J = 10.1, 6.8 Hz, 2H), 2.90 (s,  3H), 2.67 (t, J = 6.0 Hz, 2H), 2.14 (dq, J = 10.7, 3.5 Hz, 1H), 2.06 (dt, J = 12.4, 3.5 Hz, 1H), 1.78 – 1.63 (m,  4H), 1.62 – 1.44 (m, 2H), 1.35 – 1.24 (m, 2H), 1.21 (dd, J = 6.8, 2.3 Hz, 12H).

[0620] 31P NMR (162 MHz, CD3CN) δ 145.49.

[0621] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 434.263, C22H37N5O2P+ required 434.268.  1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)azetidin‐3‐ol

[0622] Method A Step 1 was followed to synthesise 1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)azetidin‐3‐ol, starting  from  commercially  available  compounds  2,4‐dichloro‐pyrimidine  and  3‐Hydroxyazetidine  hydrochloride. Flash column chromatography (silica gel, 0‐50% DCM / MeOH) afforded compounds 1‐ (2‐chloropyrimidin‐4‐yl)azetidin‐3‐ol  (major  product)  in  78%  yield  as  yellow  gum  and  1‐(4‐ chloropyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐ol (minor product) in 4% yield as yellow oil.

[0623] 1H NMR for 1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)azetidin‐3‐ol (major product)

[0624] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.02 (d, J = 5.8 Hz, 1H), 6.10 (d, J = 5.9 Hz, 1H), 4.84 (brs, 1H), 4.49  – 4.27 (m, 2H), 4.11 – 3.97 (m, 2H), 2.54 (brs, 1H).

[0625] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 186.049, C7H9ClN3O+ required 186.043.

[0626] 1H NMR for 1‐(4‐chloropyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐ol (minor product)

[0627] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.18 (d, J = 5.2 Hz, 1H), 6.58 (d, J = 5.1 Hz, 1H), 4.81 (dtd, J = 10.7,  6.4, 4.3 Hz, 1H), 4.44 (ddd, J = 10.0, 6.6, 1.4 Hz, 2H), 4.05 (ddd, J = 10.0, 4.3, 1.3 Hz, 2H), 2.40 (brs, 1H).  1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐ol

[0628] Method A Step 2 Procedure 2 was followed to synthesise 1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐ ol  from  1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)azetidin‐3‐ol  in  70%  yield  as  pale  brown  gum.  Flash  column  chromatography (silica gel) was performed for purification using (0‐50%) DCM‐MeOH solvent system.

[0629] 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.08 (d, J = 6.0 Hz, 1H), 7.71 – 7.39 (m, 1H), 6.64 (dd, J = 17.3,  10.5 Hz, 1H), 6.46 (dd, J = 17.3, 2.1 Hz, 1H), 6.25 (d, J = 6.0 Hz, 1H), 5.64 (dd, J = 10.5, 2.0 Hz, 1H), 4.73  (td, J = 6.8, 3.4 Hz, 1H), 4.35 (dd, J = 9.7, 6.6 Hz, 2H), 3.91 (dd, J = 9.8, 4.3 Hz, 2H).

[0630] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 178.099, C9H12N3O+ required 178.097.  2‐cyanoethyl (1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)azetidin‐3‐yl) diisopropylphosphoramidite (Compound 4)

[0631] Method A Step 3 was followed to synthesise 2‐cyanoethyl (1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)azetidin‐ 3‐yl) diisopropylphosphoramidite from 1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐ol in 51% yield as colourless  gum.

[0632] 1H NMR (400 MHz, CD3CN) δ 8.17 (d, J = 5.8 Hz, 1H), 6.64 (dd, J = 17.3, 10.4 Hz, 1H), 6.46 (dd,  J = 17.3, 2.4 Hz, 1H), 6.20 (d, J = 5.9 Hz, 1H), 5.59 (dd, J = 10.4, 2.4 Hz, 1H), 4.85 (dtt, J = 9.0, 6.6, 4.4  Hz, 1H), 4.35 (ddt, J = 9.6, 6.6, 1.5 Hz, 2H), 4.00 (td, J = 10.4, 4.3 Hz, 2H), 3.82 (dddt, J = 22.4, 10.4, 7.8,  6.1 Hz, 2H), 3.66 (dq, J = 10.3, 6.8 Hz, 2H), 2.69 (t, J = 6.0 Hz, 2H), 1.21 (dd, J = 6.8, 2.1 Hz, 12H).

[0633] 31P NMR (162 MHz, CD3CN) δ 147.25.

[0634] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 378.208, C18H29N5O2P+ required 378.205.  1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐ol

[0635] Method B Step 2 was followed to synthesise 1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐ol in 15% yield  as  pale  brown  viscous  oil  starting  from  2‐chloro‐4‐vinylpyrimidine  and  commercially  available  3‐ Hydroxyazetidine  hydrochloride.  Flash  column  chromatography  (silica  gel)  was  performed  for  purification using (0‐100%) DCM‐MeOH solvent system.

[0636] 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.25 (d, J = 5.2 Hz, 1H), 6.76 (d, J = 5.3 Hz, 1H), 6.70 – 6.55 (m,  1H), 6.40 (dd, J = 17.4, 1.4 Hz, 1H), 5.66 (dd, J = 10.7, 1.4 Hz, 1H), 4.69 (tt, J = 6.6, 4.4 Hz, 1H), 4.36  (ddd, J = 9.5, 6.6, 1.3 Hz, 2H), 3.93 (ddd, J = 7.8, 3.9, 2.6 Hz, 2H). (One exchangeable proton of OH was  not observed in CD3OD).

[0637] HRMS(ESI)m / zfound[M+H]+178.099,C9H12N3O+required178.097.  2‐cyanoethyl (1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)azetidin‐3‐yl) diisopropylphosphoramidite (Compound 3)

[0638] Method B Step 3 was followed to synthesise 2‐cyanoethyl (1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)azetidin‐ 3‐yl) diisopropylphosphoramidite from 1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)azetidin‐3‐ol in 50% yield as colourless  gum.     1H NMR (400 MHz, CD3CN) δ 8.31 (d, J = 5.1 Hz, 0.5H), 8.21 (d, J = 5.0 Hz, 0.5H), 6.74 – 6.44 (m, 1H),  6.40 (dd, J = 17.4, 1.7 Hz, 0.5H), 5.61 (dd, J = 10.6, 1.7 Hz, 0.5H), 4.81 (dddt, J = 11.1, 9.2, 6.6, 4.6 Hz,  1H), 4.41 – 4.23 (m, 2H), 4.00 (qd, J = 9.6, 4.4 Hz, 2H), 3.91 – 3.75 (m, 2H), 3.75 – 3.55 (m, 3H), 2.69 (t,  J = 5.9 Hz, 2H), 2.62 ‐ 2.56 (m, 1H), 1.23 – 1.19 (m, 12H).

[0639] 31P NMR (162 MHz, CD3CN) δ 147.02.

[0640] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 378.202, C18H29N5O2P+ required 378.205.  3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclopentan‐1‐ol

[0641] Method  B  Step  2  was  followed  to  synthesise  3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclopentan‐1‐ol  from  2‐chloro‐4‐vinylpyrimidine  and  commercially  available  3‐ Methylamino‐cyclopentanol hydrochloride in 61% yield as pale brown gum.

[0642] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.26 (dd, J = 16.3, 5.0 Hz, 1H), 6.74 – 6.26 (m, 3H), 5.57 (td, J =  10.6, 1.6 Hz, 1H), 4.76 – 4.25 (m, 2H), 3.23 (s, 1.5H), 3.03 (s, 1.5H), 2.37 – 1.99 (m, 3H), 1.98 – 1.62 (m,  4H).

[0643] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 220.146, C12H18N3O+ required 220.144.  2‐cyanoethyl  (3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclopentyl)  diisopropylphosphoramidite  (Compound 9)

[0644] Method  B  Step  3 was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  (3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclopentyl)  diisopropylphosphoramidite  from  3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclopentan‐1‐ol in 70% yield as colourless gum.

[0645] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.28 – 8.10 (m, 1H), 6.49 (ddd, J = 17.4, 10.5, 1.7 Hz, 1H), 6.41 –  6.22 (m, 2H), 5.51 – 5.40 (m, 1H), 4.59 – 4.20 (m, 1H), 3.80 – 3.65 (m, 2H), 3.54 (dtdt, J = 13.8, 6.9, 3.6,  1.5 Hz, 2H), 2.99 (d, J = 3.2 Hz, 1.5H), 2.92 (d, J = 1.9 Hz, 1.5H), 2.55 (dtd, J = 11.8, 6.8, 3.2 Hz, 2H), 2.23  – 1.51 (m, 7H), 1.13 – 1.08 (m, 12H).

[0646] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 146.62, 146.54, 146.43.

[0647] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 420.258, C21H35N5O2P+ required 420.252.  3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclobutan‐1‐ol

[0648] Method  B  Step  2  was  followed  to  synthesise  3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclobutan‐1‐ol  from  2‐chloro‐4‐vinylpyrimidine  and  commercially  available  3‐ (methylamino)cyclobutan‐1‐ol in 44% yield as yellow gum.

[0649] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.30 (dd, J = 5.0, 2.0 Hz, 1H), 6.67 – 6.58 (m, 1H), 6.50 (d, J = 5.0  Hz, 1H), 6.39 (ddd, J = 17.4, 4.7, 1.6 Hz, 1H), 5.65 – 5.51 (m, 1H), 4.70 (tt, J = 9.7, 7.4 Hz, 1H), 4.21 –  4.06 (m, 1H), 3.17 (d, J = 5.6 Hz, 3H), 2.79 – 2.52 (m, 2H), 2.40 – 2.11 (m, 3H).

[0650] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 206.121, C11H16N3O+ required 206.129.    2‐cyanoethyl  (3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)cyclobutyl)  diisopropylphosphoramidite  (Compound 10)

[0651] Method  B  Step  3 was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  (3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclobutyl)  diisopropylphosphoramidite  from  3‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)cyclobutan‐1‐ol in 72% yield as a colourless gum.

[0652] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.30 (t, J = 4.7 Hz, 1H), 6.62 (ddd, J = 17.3, 10.5, 1.3 Hz, 1H), 6.52  (d, J = 5.0 Hz, 1H), 6.47 – 6.36 (m, 1H), 5.58 (dd, J = 10.5, 1.7 Hz, 1H), 4.87 – 4.76 (m, 1H), 4.17 (dddd,  J = 14.3, 9.2, 7.6, 6.6 Hz, 1H), 3.94 – 3.76 (m, 2H), 3.76 – 3.54 (m, 2H), 3.17 (s, 3H), 2.82 – 2.54 (m, 4H),  2.51 – 2.23 (m, 2H), 1.23 (ddd, J = 6.8, 3.3, 1.5 Hz, 12H).

[0653] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 146.26, 145.38.

[0654] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 406.239, C20H33N5O2P+ required 406.237.  2‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)ethan‐1‐ol

[0655] Method  A  Step  2  Procedure  2  was  followed  to  synthesise  2‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)ethan‐1‐ol  from commercially available 2‐((4‐chloropyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)ethan‐1‐ ol in 79% yield as pale brown viscous oil.

[0656] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.26 (d, J = 5.0, 1H), 6.57 (dd, J = 17.4, 10.6, 1H), 6.51 (d, J = 5.0,  1H), 6.36 (dd, J = 17.4, 1.4, 1H), 5.59 (dd, J = 10.6, 1.4, 1H), 4.53 (s, 1H), 3.91 (dd, J = 5.4, 3.9, 2H), 3.80  (dd, J = 5.5, 4.0, 2H), 3.25 (s, 3H).

[0657] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 180.117, C9H14N3O+ required 180.113.  2‐cyanoethyl  (2‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)ethyl)  diisopropylphosphoramidite  (Compound 7)

[0658] Method  A  Step  3 was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  (2‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)amino)ethyl)  diisopropylphosphoramidite  from  2‐(methyl(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)amino)ethan‐1‐ol  in 69% yield as colourless gum.

[0659] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.17 ‐ 8.05 (m, 1H), 6.54 – 6.22 (m, 1.65 H), 5.45 (dd, J = 10.5, 1.7  Hz, 0.37 H), 3.88 – 3.60 (m, 6H), 3.57 – 3.36 (m, 2H), 3.12 (d, J = 10.1 Hz, 3H), 2.67 – 2.42 (m, 2H), 1.20  – 0.97 (m, 14H).

[0660] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 147.79, 147.63.

[0661] HRMS(ESI)m / zfound[M+H]+380225 C18H31N5O2P+required380221  2‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)ethan‐1‐ol

[0662] Method  A  Step  2  Procedure  1  was  followed  to  synthesise  2‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)amino)ethan‐1‐ol  from commercially available 2‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)ethan‐1‐ ol in 70% yield as pale brown oil.

[0663] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 6.63 – 6.51 (m, 1H), 6.36 (dd, J = 17.4, 1.4, 2H), 5.59 (dd, J = 10.5,  1.4,  1H),  4.53  (s,  1H),  3.91  (dd,  J  =  5.6,  3.8,  2H),  3.80  (dd,  J  =  5.6,  3.8,  2H),  3.25  (s,  3H).  (One  exchangeable proton of OH was not observed).

[0664] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 180.112, C9H14N3O+ required 180.113.  2‐cyanoethyl  (2‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)ethyl)  diisopropylphosphoramidite  (Compound 1)

[0665] Method  A  Step  3 was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  (2‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)amino)ethyl)  diisopropylphosphoramidite  from  2‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)ethan‐1‐ol  in 53% yield as a colourless gum.

[0666] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.18 (d, J = 6.2, 1H), 6.69 (dd, J = 17.3, 10.4, 1H), 6.48 (dd, J = 17.3,  2.1, 1H), 6.32 (d, J = 6.2, 1H), 5.58 (dd, J = 10.4, 2.1, 1H), 3.87 – 3.71 (m, 6H), 3.57 (dt, J = 10.2, 6.8, 2H),  3.13 (s, 3H), 2.59 (dd, J = 6.3, 0.7, 2H), 1.16 (d, J = 6.8, 6H), 1.12 (d, J = 6.8, 6H).

[0667] 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 148.0.

[0668] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 380.222, C18H31N5O2P+ required 380.221.  (S)‐1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐3‐ol

[0669] Method  A  Step  1  was  followed  to  synthesise  (S)‐1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐3‐ol  starting from commercially available compounds 2,4‐dichloropyrimidine and (S)‐3‐hydroxypyrrolidine.  Flash  column  chromatography  (silica  gel,  0‐100%  Heptane / EtOAc)  afforded  compounds  (S)‐1‐(2‐ chloropyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐3‐ol  (major  product)  in  55%  yield  as  a  white  solid  and  (S)‐1‐(4‐ chloropyrimidin‐2‐yl)pyrrolidin‐3‐ol (minor product) in 4% yield as a pale yellow solid.    .06 (m,  1H), 4.61 – 4.22 (m, 1H), 3.62 – 3.02 (m, 4H), 2.16 – 1.63 (m, 2H).

[0672] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 200.059, C8H11ClN3O+ required 200.058.

[0673] 1H NMR for (S)‐1‐(4‐chloropyrimidin‐2‐yl)pyrrolidin‐3‐ol (minor product)

[0674] 1H NMR (400 MHz, DMSO‐d6) δ 8.27 (s, J = 5.1, 1H), 6.67 (d, J = 5.1, 1H), 4.99 (s, 1H), 4.36 (tt,  J = 4.6, 2.4, 1H), 4.06 – 3.04 (m, 4H), 1.99 (dtd, J = 13.1, 8.9, 4.5, 1H), 1.88 (dddd, J = 12.7, 6.8, 3.7, 1.5,  1H).  (S)‐1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐3‐ol

[0675] Method  A  Step  2  Procedure  1  was  followed  to  synthesise  (S)‐1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)pyrrolidin‐3‐ol from (S)‐1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐3‐ol in 60% yield as sticky yellow oil.

[0676] 1H NMR (400 MHz, DMSO‐d6) δ 8.13 (d, J = 6.0, 1H), 6.58 (dd, J = 17.3, 10.3, 1H), 6.40 (dd, J =  17.3, 2.5, 1H), 6.34 (d, J = 6.0, 1H), 5.56 (dd, J = 10.3, 2.5, 1H), 5.09 – 4.84 (m, 1H), 4.38 (s, 1H), 3.66 –  3.16 (m, 4H), 2.12 – 1.78 (m, 2H)

[0677] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 192.114, C10H14N3O+ required 192.113    2‐cyanoethyl (1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐3‐yl) diisopropylphosphoramidite (Compound 3)

[0678] Method A Step 3 was followed to synthesise 2‐cyanoethyl (1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐ 3‐yl) diisopropylphosphoramidite  from  (S)‐1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)pyrrolidin‐3‐ol  in 47%  yield  as  a  colourless sticky gum.

[0679] 1H NMR (400 MHz, CD3CN) δ 8.13 (dd, J = 6.0, 1.6, 1H), 6.62 (ddd, J = 17.3, 10.4, 3.0, 1H), 6.45  (ddd, J = 17.4, 5.2, 2.4, 1H), 6.28 (d, J = 5.8, 1H), 5.55 (dt, J = 10.4, 2.3, 1H), 4.66 – 4.61 (m, 1H), 3.85 –  3.74 (m, 2H), 3.67 – 3.52 (m, 4H), 2.63 (dt, J = 9.0, 6.0, 2H), 2.19 – 2.15 (m, 2H), 1.94 (t, J = 2.48, 2H),  1.17 (dd, J = 6.8, 2.9, 12H).

[0680] 31P NMR (162 MHz, CD3CN) δ 147.1.

[0681] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 392.226, C19H31N5O2P+ required 392.221.  (R)‐1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)pyrrolidin‐3‐ol

[0682] Method  A  Step  2  Procedure  2  was  followed  to  synthesise  (R)‐1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)pyrrolidin‐3‐ol  from  commercially  available  (R)‐1‐(4‐chloropyrimidin‐2‐yl)pyrrolidin‐3‐ol  in  45%  yield as yellow gum. Flash column chromatography (silica gel) was performed for purification using (0‐ 100%) Hexane‐EtOAc solvent system.

[0683] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.18 (d, J = 5.1 Hz, 1H), 6.50 (dd, J = 17.4, 10.5 Hz, 1H), 6.40 (d, J =  5.1 Hz, 1H), 6.28 (dd, J = 17.4, 1.6 Hz, 1H), 5.48 (dd, J = 10.5, 1.6 Hz, 1H), 4.62 – 4.37 (m, 1H), 3.77 –  3.48 (m, 4H), 2.79 (brs, 1H), 2.12 – 1.84 (m, 2H).

[0684] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 192.119, C10H14N3O+ required 192.113.            2‐cyanoethyl ((R)‐1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)pyrrolidin‐3‐yl) diisopropylphosphoramidite

[0685] Method  A  Step  3  was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  ((R)‐1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐ yl)pyrrolidin‐3‐yl)  diisopropylphosphoramidite  from  (R)‐1‐(4‐vinylpyrimidin‐2‐yl)pyrrolidin‐3‐ol    in  74% yield as colourless gum.

[0686] 1H NMR (400 MHz, CD3CN) δ 8.29 (dd, J = 5.0, 2.7 Hz, 1H), 6.76 – 6.54 (m, 2H), 6.41 (ddd, J =  17.4, 4.5, 1.8 Hz, 1H), 5.58 (ddd, J = 10.5, 2.4, 1.7 Hz, 1H), 3.98 – 3.43 (m, 9H), 2.73 – 2.59 (m, 2H), 2.18  – 2.10 (m, 2H), 1.21 – 1.14 (m, 12H).

[0687] 31P NMR (162 MHz, CD3CN) δ 147.05, 146.98.  1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)piperidin‐4‐ol

[0688] Method A Step 1 was followed to synthesise 1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)piperidin‐4‐ol starting  from    commercially  available  compounds  2,4‐dichloropyrimidine  and  piperidin‐4‐ol.  Flash  column  chromatography  (silica  gel,  0‐100%  Heptane / EtOAc)  afforded  compounds  1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐ yl)piperidin‐4‐ol (major product) in 65% yield as a white solid and 1‐(4‐chloropyrimidin‐2‐yl)piperidin‐ 4‐ol (minor product) in 8% yield as a pale yellow gum.

[0689] 1H NMR for 1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)piperidin‐4‐ol (major product)

[0690] 1H NMR (400 MHz, MeOD) δ 7.96 (d, J = 6.3 Hz, 1H), 6.71 (d, J = 6.4 Hz, 1H), 4.28 – 3.98 (m,  2H), 3.93 (tt, J = 8.3, 3.9 Hz, 1H), 3.43 – 3.33 (m, 2H), 2.00 – 1.87 (m, 2H), 1.62 – 1.44 (m, 2H). [One  exchangeable proton of OH was not observed in methanol‐d4].

[0691] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 214.077, C9H13ClN3O+ required 214.074.

[0692] 1H NMR of 1‐(4‐chloropyrimidin‐2‐yl)piperidin‐4‐ol (minor product)

[0693] 1H NMR (400 MHz, MeOD) δ 8.18 (d, J = 5.1 Hz, 1H), 6.56 (d, J = 5.1 Hz, 1H), 4.49 – 4.25 (m,  2H), 3.88 (tt, J = 8.7, 4.0 Hz, 1H), 3.33 (dt, J = 10.2, 3.3 Hz, 2H), 2.04 – 1.82 (m, 2H), 1.47 (dtd, J = 13.2,  9.4, 4.0 Hz, 2H). [One exchangeable proton of OH was not observed in methanol‐d4].

[0694] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 214.071, C9H13ClN3O+ required 214.074.  1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)piperidin‐4‐ol

[0695] Method A Step 2 Procedure 2 was followed to synthesise 1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)piperidin‐ 4‐ol from 1‐(2‐chloropyrimidin‐4‐yl)piperidin‐4‐ol in 52% yield as pale brown gum.

[0696] 1H NMR (400 MHz, MeOD) δ 8.08 (t, J = 6.2 Hz, 1H), 7.74 – 7.26 (m, 1H), 6.60 – 6.51 (m, 2H),  6.47 (dd, J = 17.3, 2.1 Hz, 1H), 5.76 – 5.55 (m, 1H), 4.23 (d, J = 13.6 Hz, 2H), 3.55 – 3.07 (m, 3H), 1.98 –  1.91 (m, 2H), 1.61 – 1.41 (m, 2H).

[0697] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 206.125, C11H16N3O+ required 206.129.  2‐cyanoethyl (1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)piperidin‐4‐yl) diisopropylphosphoramidite

[0698] Method A Step 3 was followed to synthesise 2‐cyanoethyl (1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)piperidin‐ 4‐yl)  diisopropylphosphoramidite  from  1‐(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)piperidin‐4‐ol  in  78%  yield  as  colourless gum.

[0699] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.12 – 8.01 (m, 1H), 6.63 – 6.48 (m, 1H), 6.37 (dd, J = 17.3, 2.3 Hz,  1H), 6.32 (d, J = 6.2 Hz, 1H), 5.53 – 5.41 (m, 1H), 4.15 – 3.95 (m, 1H), 3.87 – 3.62 (m, 4H), 3.63 – 3.34  (m, 4H), 2.54 (t, J = 6.2 Hz, 2H), 1.86 – 1.75 (m, 2H), 1.69 – 1.55 (m, 2H), 1.11 (d, J = 6.8 Hz, 12H).

[0700] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 146.39.  3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclobutan‐1‐ol

[0701] Method  A  Step  1  was  followed  to  synthesise  3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐ yl)(methyl)amino)cyclobutan‐1‐ol  starting  from  commercially  available  compounds  2,4‐ dichloropyrimidine  and  3‐(methylamino)cyclobutanol.  Flash  column  chromatography  (silica  gel,  0‐ 100% Heptane / EtOAc) afforded compounds 3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclobutan‐1‐  ol  (major  product)  in  62%  yield  as  a  sticky  white  solid  and  3‐((4‐chloropyrimidin‐2‐ yl)(methyl)amino)cyclobutan‐1‐ol (minor product) in 5% yield as yellow gum.

[0702] 1H NMR for 3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclobutan‐1‐ol (major product)

[0703] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.89 (dd, J = 7.4, 5.9 Hz, 1H), 6.34 – 6.19 (m, 1H), 4.68 – 4.32 (m,  1H), 4.11 – 4.03 (m, 1H), 2.97 (d, J = 5.2 Hz, 3H), 2.69 – 2.61 (m, 2H), 2.46 – 2.24 (m, 1H), 2.22 – 1.97  (m, 2H).

[0704] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 214.079, C9H13ClN3O+ required 214.074.

[0705] 1H NMR for 3‐((4‐chloropyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclobutan‐1‐ol (minor product)

[0706] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.08 (d, J = 5.1 Hz, 1H), 6.43 (dd, J = 5.0, 1.0 Hz, 1H), 4.55 (tt, J =  9.7, 7.5 Hz, 1H), 4.11 – 3.97 (m, 1H), 3.05 (d, J = 6.7 Hz, 3H), 2.66 ‐ 2.58 (m, 2H), 2.21 – 1.97 (m, 3H).

[0707] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 214.078, C9H13ClN3O+ required 214.074.  3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)cyclobutan‐1‐ol

[0708] Method  A  Step  2  Procedure  2  was  followed  to  synthesise  3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)amino)cyclobutan‐1‐ol from 3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclobutan‐1‐ol in 50% yield  as pale brown gum.

[0709] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.09 (t, J = 6.0 Hz, 1H), 6.67 (dd, J = 17.3, 10.4 Hz, 1H), 6.56 – 6.40  (m, 1H), 6.32 – 6.15 (m, 1H), 5.59 (dd, J = 10.4, 2.0 Hz, 1H), 4.55 – 4.30 (m, 1H), 4.10 (tt, J = 7.6, 6.5 Hz,  1H), 3.17 – 2.83 (m, 4H), 2.73 – 2.62 (m, 2H), 2.15 – 2.06 (m, 2H).

[0710] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 206.128, C11H16N3O+ required 206.129.  2‐cyanoethyl (3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)cyclobutyl) diisopropylphosphoramidite

[0711] Method  A  Step  3 was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  (3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)amino)cyclobutyl)  diisopropylphosphoramidite  from  3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)amino)cyclobutan‐1‐ol in 79% yield as colourless gum.

[0712] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.18 (d, J = 6.1 Hz, 1H), 6.80 – 6.63 (m, 1H), 6.60 – 6.43 (m, 1H),  6.43 – 6.19 (m, 1H), 5.58 (dd, J = 10.4, 2.3 Hz, 1H), 4.67 – 4.41 (m, 1H), 4.27 – 4.09 (m, 1H), 3.92 – 3.73  (m, 2H), 3.70 – 3.60 (m, 2H), 3.05 (d, J = 5.6 Hz, 3H), 2.91 – 2.53 (m, 4H), 2.39 – 2.16 (m, 2H), 1.27 –  1.17 (m, 12H).

[0713] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 145.70, 145.59.  (3‐(6‐vinyl‐9H‐purin‐9‐yl)phenyl)methanol

[0714] To a solution of (3‐(6‐chloro‐9H‐purin‐9‐yl)phenyl)methanol (120 mg, 0.46 mmol) and vinyl  boronate pinacol ester (3 eq, 0.25 mL) in Dioxane (5 mL) and water (0.5 mL) in microwave tube under  argon atmosphere was added K2CO3 (4 eq, 262 mg). The mixture was degassed for 5 mins. Then the  catalyst Pd(dppf)Cl2.DCM (0.1 eq, 38 mg) was added to the mixture and further degassed for 5 mins.  The tube was sealed and the reaction mixture was warmed up to 120 oC and stirred at this temperature  for 18 hours. The reaction mixture was cooled to room temperature, diluted with DCM (5 mL) and  filtered through a bed of celite washing several times with DCM (3 x 10 mL). Solvent was removed  under  vacuum.  The  residue  was  subjected  to  column  chromatography  (silica  gel,  0‐100%  Heptane / Ethyl acetate) to afford the product (3‐(6‐vinyl‐9H‐purin‐9‐yl)phenyl)methanol (60 mg, 50%)  as a pale yellow gum.

[0715] 1H NMR (400 MHz, MeOD) δ 8.87 (d, J = 7.5 Hz, 1H), 8.79 (s, 1H), 7.86 (d, J = 2.0 Hz, 1H), 7.75  (d, J = 7.9 Hz, 1H), 7.60 (t, J = 7.8 Hz, 1H), 7.52 (d, J = 7.7 Hz, 1H), 7.35 (dd, J = 17.5, 11.0 Hz, 1H), 7.05  (dd, J = 17.5, 1.7 Hz, 1H), 6.02 (dd, J = 11.0, 1.7 Hz, 1H), 4.76 (s, 2H). (One exchangeable proton of OH  was not observed in methanol‐d4).

[0716] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 253.109, C14H13N4O+ required 253.108.  2‐cyanoethyl (3‐(6‐vinyl‐9H‐purin‐9‐yl)benzyl) diisopropylphosphoramidite

[0717] Method A Step 3 was  followed to synthesise 2‐cyanoethyl  (3‐(6‐vinyl‐9H‐purin‐9‐yl)benzyl)  diisopropylphosphoramidite  from  (3‐(6‐vinyl‐9H‐purin‐9‐yl)phenyl)methanol  in  76%  yield  as  colourless gum.

[0718] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.81 (d, J = 13.3 Hz, 1H), 8.30 (s, 1H), 7.77 – 7.69 (m, 1H), 7.64 –  7.53 (m, 1H), 7.53 – 7.43 (m, 1H), 7.37 (dt, J = 7.9, 1.2 Hz, 1H), 7.26 (dd, J = 17.5, 10.9 Hz, 1H), 6.98 (dd,  J = 17.5, 1.8 Hz, 1H), 5.98 – 5.79 (m, 1H), 4.86 – 4.62 (m, 2H), 3.85 – 3.71 (m, 2H), 3.64 ‐ 3.53 (m, 2H),  2.64 – 2.47 (m, 2H), 1.17 – 1.07 (m, 12H).

[0719] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 148.79.   2‐((4‐hydroxycyclohexyl)(methyl)amino)pyrimidine‐5‐carbaldehyde

[0720] Method  B  Step  2  was  followed  to  synthesise  2‐((4‐ hydroxycyclohexyl)(methyl)amino)pyrimidine‐5‐carbaldehyde  from  commercially  available  2‐ chloropyrimidine‐5‐carbaldehyde and 4‐(methylamino)cyclohexan‐1‐ol  in 65% yield as yellow gum.  Flash column chromatography (silica gel) was performed for purification using (0‐100%) Hexane‐EtOAc  solvent system.

[0721] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 9.70 (s, 1H), 8.67 (s, 2H), 4.75 (tt, J = 11.7, 4.0 Hz, 1H), 3.60 (tt, J =  10.8, 4.3 Hz, 1H), 3.07 (s, 3H), 2.65 (s, 1H), 2.12 – 2.01 (m, 2H), 1.81 – 1.40 (m, 6H).

[0722] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 236.149, C12H18N3O2+ required 236.140.  4‐((5‐(2,2‐difluorovinyl)pyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol

[0723] 2‐((4‐hydroxycyclohexyl)(methyl)amino)pyrimidine‐5‐carbaldehyde (165 mg, 0.70 mmol) and  triphenylphosphine  (2 eq, 368 mg) were dissolved  in DMF  (2.5 mL) under argon atmosphere and  heated to 100 oC. Sodium chlorodifluoroacetate (3 eq, 314 mg) was added portionwise at 100 oC and  thereactionmixturewasstirredatthistemperaturefor24hours.Thereactionmixturewascooledto  room temperature and solvent was removed under vacuum. The residue was dissolved in DCM (10  mL) and washed with water (2.5 mL), 3% H2O2 in water (2.5 mL) and brine (2.5 mL). The organic layer  was dried over sodium sulphate and solvent was removed under vacuum. Column chromatography  with  (0‐100%)  Heptane / Ethyl  acetate afforded  4‐((5‐(2,2‐difluorovinyl)pyrimidin‐2‐ yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol (76 mg, 45%) as a pale brown oil.

[0724] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.21 (s, 2H), 4.99 (dd, J = 27.3, 2.8 Hz, 1H), 4.56 (tt, J = 11.7, 4.0  Hz, 1H), 3.55 (tt, J = 10.6, 4.3 Hz, 1H), 2.93 (s, 3H), 2.07 – 1.80 (m, 3H), 1.78 – 1.60 (m, 2H), 1.59 – 1.33  (m, 4H).

[0725] 19F NMR (376 MHz, CDCl3) δ ‐83.19 (dd, J = 36.1, 27.2 Hz, 1F), ‐85.40 (dd, J = 36.1, 2.7 Hz, 1F).

[0726] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 270.148, C13H18F2N3O+ required 270.141.  2‐cyanoethyl  (4‐((5‐(2,2‐difluorovinyl)pyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclohexyl)  diisopropylphosphoramidite

[0727] Method B Step 3 was followed to synthesise 2‐cyanoethyl (4‐((5‐(2,2‐difluorovinyl)pyrimidin‐ 2‐yl)(methyl)amino)cyclohexyl)  diisopropylphosphoramidite  from  4‐((5‐(2,2‐difluorovinyl)pyrimidin‐ 2‐yl)(methyl)amino)cyclohexan‐1‐ol in 75% yield as colourless gum.

[0728] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.18 (s, 2H), 5.01 (dd, J = 27.6, 3.0 Hz, 1H), 4.54 (tt, J = 11.3, 4.1  Hz, 1H), 3.80 – 3.61 (m, 3H), 3.57 – 3.48 (m, 2H), 2.90 (s, 3H), 2.55 (t, J = 6.3 Hz, 2H), 2.15 – 1.87 (m,  2H), 1.67 – 1.40 (m, 6H), 1.10 (dd, J = 6.9, 1.2 Hz, 12H).

[0729] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 145.90.

[0730] 19F NMR (376 MHz, CD2Cl2) δ ‐84.16 (dd, J = 37.8, 27.6 Hz, 1F), ‐86.60 (dd, J = 38.1, 3.4 Hz, 1F).  3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclopentan‐1‐ol

[0731] Method  A  Step  1  was  followed  to  synthesise  3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐ l)( th l) i ) l t 1 l t ti f i ll il bl d 24  dichloropyrimidine  and  3‐(methylamino)cyclopentan‐1‐ol  hydrochloride.  Flash  column  chromatography  (silica  gel,  0‐100% Heptane / EtOAc)  afforded  compounds  3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐ yl)(methyl)amino)cyclopentan‐1‐ol  (major  product)  in  68%  yield  as  a  sticky white  solid  and  3‐((4‐ chloropyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclopentan‐1‐ol (minor product) in 5% yield as yellow solid.

[0732] 1H NMR for 3‐((2‐chloropyrimidin‐4‐yl)(methyl)amino)cyclopentan‐1‐ol (major product)

[0733] 1H NMR (400 MHz, MeOD) δ 7.96 (dd, J = 6.3, 3.2 Hz, 1H), 6.70 – 6.50 (m, 1H), 4.48 – 4.25 (m,  1H), 3.04 (s, 1.5H) 2.95 (s, 1.5H), 2.25 (ddd, J = 14.0, 9.5, 5.9 Hz, 1H), 2.16 – 2.05 (m, 1H), 1.97 – 1.84  (m, 2H), 1.79 (dt, J = 10.4, 5.3 Hz, 1H), 1.77 – 1.46 (m, 2H). [One exchangeable proton of OH was not  observed in methanol‐d4].

[0734] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 228.709, C10H15ClN3O+ required 228.700.

[0735] 1H NMR for 3‐((4‐chloropyrimidin‐2‐yl)(methyl)amino)cyclopentan‐1‐ol (minor product)

[0736] 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.07 (t, J = 5.2 Hz, 1H), 6.41 (dd, J = 7.5, 5.1 Hz, 1H), 4.68 (p, J = 9.2  Hz, 1H), 4.26 (tt, J = 5.1, 2.5 Hz, 1H), 3.09 (s, 1.5H), 2.92 (s, 1.5H),  2.19 (ddd, J = 14.3, 10.3, 5.9 Hz,  0.5H), 2.01 (dddd, J = 12.6, 10.0, 7.9, 5.4 Hz, 1.5H), 1.92 – 1.49 (m, 5H).

[0737] HRMS (ESI) m / z found [M+H]+ 228.698, C10H15ClN3O+ required 228.700.  3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐yl)amino)cyclopentan‐1‐ol

[0741] Method  A  Step  3 was  followed  to  synthesise  2‐cyanoethyl  (3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)amino)cyclopentyl)  diisopropylphosphoramidite  from  3‐(methyl(2‐vinylpyrimidin‐4‐ yl)amino)cyclopentan‐1‐ol in 50% yield as colourless gum.

[0742] 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2) δ 8.16 – 7.96 (m, 1H), 6.69 – 6.50 (m, 1H), 6.50 – 6.28 (m, 1H), 6.30  – 6.11 (m, 1H), 5.47 – 5.37 (m, 1H), 5.31 – 5.11 (m, 1H), 4.44 – 4.27 (m, 1H), 3.82 – 3.62 (m, 2H), 3.59  – 3.49 (m, 2H), 2.89 – 2.79 (m, 3H), 2.64 – 2.45 (m, 2H), 2.18 (dddd, J = 14.2, 9.7, 5.9, 2.0 Hz, 1H), 2.03  – 1.89 (m, 1H), 1.85 – 1.57 (m, 4H), 1.13 – 1.09 (m, 12H).

[0743] 31P NMR (162 MHz, CD2Cl2) δ 146.78, 146.53.    Example 2: Modified Oligonucleotides  General method for oligonucleotide synthesis and linker‐oligonucleotide conjugation

[0744] DNA phosphoramidites were dissolved in acetonitrile (0.08M). Linker phosphoramidites were  dissolved in a mixture 50:50 THF:DCM (0.08M). Solvents were moisture controlled with less than 30  ppm water content.

[0745] The oligonucleotide synthesis was performed using conventional solid phase synthesis on a  base‐functionalised solid support. This procedure consisted of deblocking (detritylation) using an acid  solution (normally TCA 3% in DCM); activation / coupling of the phosphoramidite using a tetrazole‐like  reagent  such  as  BTT  or  ETT;  capping  using  a  solution  containing  acetic  anhydride  and  N‐ methylimidazole; and oxidation using iodine in a THF / pyridine / water solution or sulphurisation.

[0746] For the addition of the linker to the 5’ end of oligonucleotide, the synthetic cycle was modified  removing the capping steps and the final addition of TCA since there was no DMT group and to avoid  degradation of the linker compound. Also, the coupling time for the phosphoramidites were increased  to 8 mins using 3 consecutive coupling steps.

[0747] To exemplify, the following oligonucleotides (DNA sequences) were used during the synthesis.  Oligo 1 – SEQ. ID NO: 1 – CGACGCTTGCAGCT  Oligo 2 – SEQ. ID NO: 2 – CTACACTTCCATCT

[0748] The linker addition to the oligonucleotide was performed using the following compounds.

[0749] The conjugation and reactivity of Oligo 1 and Oligo 2 with compounds of the invention were  tested as set out in Example 3.  General method for the deprotection (cleavage from the solid support and removal of the protecting  groups) of linker‐conjugated oligonucleotides.  Method A:

[0750] Representative example: Deprotection of Compound 5‐Oligo1 conjugate

[0751] 5 mg of Compound 5‐Oligo1 conjugate on CPG solid support was placed in a vial, treated with  100 μL of 0.4 M NaOH in MeOH / water (4:1) solution and shaken (Eppendorf ThermoMixerC) for 20  min at 80 °C. The sample was cooled down to room temperature, spun down and filtered. The filtrate  was  frozen  and  freeze‐dried.  The  sample was  desalted  on  Glen  Gel‐Pak™  0.2  Desalting  Column  (catalogue no 61‐5002‐50) following the manufacturer’s protocol. The collected sample was frozen,   LCMS (Waters LCMS system with Acquity QDa detector, ACQUITY PREMIER Oligonucleotide BEH C18  column (130 Å; 2.1 x 50 mm, 1.7 µm; Waters) at 65 °C with a flow rate of 0.3 mL / min. Eluent A: 7 mM  TEA, 80 mM HFIP in water; eluent B: 3.5 mM TEA, 40 mM HFIP in 50% ACN; gradient 5 ‐ 30% B in 8  min).

[0752] Compound 5_oligo 1: LCMS (ESI‐) m / z [M‐H]‐ mass calculated: 4534.07, mass found: 4534.09.  Method B:

[0753] Representative example: Deprotection of Compound 7‐Oligo2 conjugate.

[0754] 5 mg of Compound 7 ‐ Oligo 2 conjugate on CPG solid support was placed in vial, treated with  100  μL  of  32%  aq.  ammonia  solution  and  shaken  (Eppendorf  ThermoMixerC)  overnight  at  room  temperature. Sample was spun down and filtered. The filtrate was frozen and freeze‐dried. Sample  was  desalted  on  Glen  Gel‐Pak™  0.2  Desalting  Column  (catalogue  no  61‐5002‐50)  following  manufacturer’s protocol. Collected sample was frozen, freeze‐dried and analysed on LCMS. Sample  was dissolved  in 150 µL of water and analysed on  LCMS  (Waters  LCMS  system with Acquity QDa  detector, ACQUITY PREMIER Oligonucleotide BEH C18 column (130 Å; 2.1 x 50 mm, 1.7 µm; Waters)  at 65 °C with a flow rate of 0.3 mL / min. Eluent A: 7 mM TEA, 80 mM HFIP in water; eluent B: 3.5 mM  TEA, 40 mM HFIP in 50% ACN; gradient 5 ‐ 30% B in 8 min).

[0755] Compound 7_oligo 2: LCMS (ESI‐) m / z [M‐H]‐ mass calculated: 4371.77, mass found: {[M‐H]‐+H2O} 4389.77.  Specific deprotection examples:

[0756] Following Method B, Compound 1‐Oligo2 was deprotected and analysed.

[0757] Compound 1_oligo 2: LCMS (ESI‐) m / z [M‐H]‐ mass calculated: 4371.77, mass found: {[M‐H]‐+H2O} 4389.75.

[0758] Following Method A, Compound 5 – oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0759] Compound 5_oligo 2: LCMS (ESI‐) m / z [M‐H]‐ mass calculated: 4428.02, mass found: 4428.09.

[0760] Following Method A, Compound 6 – oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0761] Compound 6_oligo 2: LCMS (ESI‐) m / z [M‐H]‐ mass calculated: 4428.02, mass found: {[M‐H]‐+MeOH} 4460.03.

[0762] Following Method A, Compound 6 – oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0763] Compound 6_oligo 1: LCMS (ESI‐) m / z [M‐H]‐ mass calculated: 4534.07, mass found: {[M‐H]‐+MeOH} 4566.12.

[0764] Following Method B, Compound 9‐oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0765] Compound 9_oligo 1: LCMS (ESI‐) m / z [M‐H]‐ mass calculated: 4520.05, mass found: 4520.09.

[0766] Following Method B, Compound 9‐oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0767] Compound9 oligo2:LCMS(ESI‐)m / z[M‐H]‐masscalculated:441401 massfound:441409

[0768] Following Method A, Compound 8-oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0769] Compound 8_oligo 1: LCMS (ESI-) m / z [M-H]' mass calculated: 4506.02, mass found: 4506.09.

[0770] Following Method A, Compound 8-oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0771] Compound 8_oligo 2: LCMS (ESI-) m / z [M-H]' mass calculated: 4400.00, mass found: 4400.08.

[0772] Following Method B, Compound 3-oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0773] Compound 3_oligo 1: LCMS (ESI-) m / z [M-H]' mass calculated: 4479.01, mass found: 4479.03.

[0774] Following Method A, Compound 4 - oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0775] Compound 4_oligo 2: LCMS (ESI-) m / z [M-H]' mass calculated: 4371.69, mass found: 4371.68.

[0776] Following Method A, Compound 2 - oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0777] Compound 2_oligo 2: LCMS (ESI-) m / z [M-H]' mass calculated: 4387.01, mass found: 4387.08.

[0778] Following Method B, Compound 3_Oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0779] Compound 3_Oligo 2: LCMS (ESI ) m / z [M]' mass found: 4371.03, mass calculated: 4371.76.

[0780] Following Method A, Compound 7_Oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0781] Compound 7_Oligo 1: LCMS (ESI ) m / z {[M]'+MeOH]} mass found: 4511.73, mass calculated: 4511.90.

[0782] Following Method A, Compound 10_Oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0783] Compound 10_Oligo 1: LCMS (ESI-) m / z [M-H]- mass found: 4504.50, mass calculated:4504.96.

[0784] Following Method A, Compound 12_Oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0785] Compound 12_oligo 1: LCMS (ESI ) m / z [M]' mass found: 4505.03, mass calculated: 4505.95.

[0786] Following Method A, Compound 12_Oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0787] Compound 12_oligo 2: LCMS (ESI ) m / z [M-H]' mass found: 4398.50, mass calculated: 4398.94.

[0788] Following Method A, Compound ll_Oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0789] Compound ll_oligo 1: LCMS (ESI ) m / z [M]' mass found: 4491.80, mass calculated: 4491.96.

[0790] Following Method A, Compound ll_Oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0791] Compound ll_oligo 2: LCMS (ESI ) m / z [M]' mass found: 4385.50, mass calculated: 4385.91.

[0792] Following Method A, Compound 14_Oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0793] Compound 14_oligo 1: LCMS (ESI ) m / z {[M]'+MeOH} mass found: 4585.80, mass calculated:4585.95.

[0794] Following Method A, Compound 14_Oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0795] Compound 14_oligo 2: LCMS (ESI ) m / z {[M]'+MeOH} mass found: 4478.50, mass calculated:4478.96.

[0796] Following Method B, Compound 15_Oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0797] Compound 15_oligo 1: LCMS (ESI ) m / z [M]' mass found: 4570.00, mass calculated: 4569.99.

[0798] Following Method A, Compound 15_Oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0799] Compound 15_oligo 2: LCMS (ESI ) m / z {[M] +MeOH } mass found: 4495.60, mass calculated: 4495.98.

[0800] Following Method A, Compound 13_Oligo 1 conjugate was deprotected and analysed.

[0801] Compound 13_oligo 1: LCMS (ESI ) m / z [M-H]' mass found: 4504.50, mass calculated 4504.96.

[0802] Following Method A, Compound 13_Oligo 2 conjugate was deprotected and analysed.

[0803] Compound 13_oligo 2: LCMS (ESI ) m / z [M]’ mass found: 4399.50, mass calculated 4399.94.Example 3: Thiol-Ene Click ReactionsMethod ARepresentative example: Click reaction with Compound 5_oligo 1.

[0804] A solution of 100 mM P-mercaptoethanol (P-ME) in the conjugation buffer was freshly prepared: 1.4 pL of P-mercaptoethanol was added to 200 pL of 5x PBS (phosphate-buffered saline) buffer. Then, the oligo sample (dissolved in around 50 pL of water) was mixed with 50 pL of water and 25 pL of conjugation buffer (with P-mercaptoethanol) and incubated for 2 h at 37 °C. LCMS (conditions as described previously) analysis was performed after 1 h (by mixing 10 pL of sample with 10 pL of water).

[0805] Compound 5_oligo 1 + P-ME: LCMS (ESI) m / z {[M-H]+P-ME}_mass calculated: 4611.20, mass found: 4611.27.Method BGeneral Method for Thiol-ene click reaction with Glutathione

[0806] The glutathione (GSH) reaction was performed by mixing 50 pM in IX PBS with 250 pM of the freshly prepared glutathione solution in water. The reaction was prepared in a vial by mixing 24 pL of the linker containing oligo (83.4 pM in water), 8 pL of 5X PBS (prepared from tablets), and 8 pL of the freshly prepared glutathione solution (1.25 mM in water) at 37 - 55 °C for 6 - 24 hours.Representative example: Click reaction with Compound 2-oligo2

[0807] The glutathione (GSH) reaction was performed, according to Method B, by mixing 50 pM in IX PBS with 250 pM of the freshly prepared glutathione solution in water. The reaction was prepared in a vial by mixing 24 pL of Compound 2_oligo 2 (83.4 pM in water), 8 pL of 5X PBS (prepared from tablets), and 8 pL of the freshly prepared glutathione solution (1.25 mM in water).

[0808] The reaction was monitored by HPLC every 30 minutes. For this, HPLC was performed using a Waters Acquity system equipped with an ACQUITY PREMIER Oligonucleotide BEH C18 (Pore size: 130 A, particle size: 1.70 pm, Inner diameter:2.1 mm, length: 50 mm). Buffer A: 7 mM Et3N 80 mMhexafluoro-2-propanol (HFIP) in water, Buffer B: Acetonitrile. 0%B to 15%B in 8 min at 0.5 mL / min. Injection volume = 2 uL. The HPLC time course monitoring is shown in Figure 1.

[0809] The area under the oligo peak and the product (oligo-protein conjugate) peak was automeasured using the integrate function on MassLynx. The area under curve for the oligo peak and oligo- protein conjugate versus time is shown in Figure 2. The mass spectra of the two peaks were determined using the LCMS (conditions as described previously) for the unconjugated oligo [M-H]': 4387.01 and for the conjugated oligonucleotide [M-H+GSH]': 4693.39 confirming that the conjugate formed. A control of oligo 50 pM in 1XPBS was also analyzed in between each reaction sample. No reduction in the oligo peak was observed for the control experiments.

[0810] Compound 2_oligo2_GSH: LCMS (ESI-) m / z [M-H+GSH]' mass calculated: 4693.33, mass found: 4693.39.

[0811] Following Method A, Compound 5_oligo 2 was subjected to the thiol-ene click reaction and analysed.

[0812] Compound 5_oligo 2 + P-ME: LCMS (ESI ) m / z {[M]+P-ME}‘ mass found: 4506.98, mass calculated: 4506.15.

[0813] Following Method A, Compound 6_oligo 1 was subjected to the thiol-ene click reaction and analysed.

[0814] Compound 6_oligo 1 + P-ME: LCMS (ESI ) m / z {[M]+P-ME}‘ mass found: 4612.90, mass calculated: 4612.25.

[0815] Following Method A, Compound 6_oligo 2 was subjected to the thiol-ene click reaction and analysed.

[0816] Compound 6_oligo 2 + P-ME: LCMS (ESI ) m / z {[M]+P-ME}‘ mass found: 4506.00, mass calculated: 4506.15.

[0817] Following Method A, Compound 7_oligo 1 was subjected to the thiol-ene click reaction and analysed.

[0818] Compound 7_oligo 1 + P-ME: LCMS (ESI ) m / z {[M]+P-ME}- mass found: 4506.00, mass calculated: 4506.15.

[0819] Following Method B, Compound 5_oligo 2 was subjected to the thiol-ene click reaction and analysed.

[0820] Compound 5_oligo 2 + GSH: LCMS (ESI ) m / z [M+GSH]' mass found: 4735.98, mass calculated: 4735.30.

[0821] Following Method B, Compound 12_Oligo 1 was subjected to the thiol-ene click reaction and analysed.

[0822] Compound 12_Oligo 1 + GSH: LCMS (ESI ) m / z [M+GSH]' mass found: 4813.30, mass calculated: 4813.00.

[0823] Following Method B, Compound ll_Oligo 1 was subjected to the thiol-ene click reaction and analysed.

[0824] Compound ll_Oligo 1 + GSH: LCMS (ESI-) m / z [M+GSH]' mass found: 4799.60, mass calculated: 4799.28.

[0825] Following Method B, Compound 14_Oligo 1 was subjected to thiol-ene click reaction (in this case the reaction was carried out at an elevated temperature of 75 °C) and analysed.

[0826] Compound 14_Oligo 1 + GSH: LCMS (ESI ) m / z [M+GSH]' mass found: 4860.80, mass calculated: 4860.25.Conjugation of linker-oligonucleotide with Human Serum Albumen (HSA) protein (Compound 2- oligo2 and HSA)

[0827] The reaction with HSA was performed using Dithiothreitol (DTT, 3.62 pL, 5 mM in IX PBS) in a solution of HSA (35.8 pL, 253 pM) in PBS (200 pL, xl). The resulting solution was vortexed and incubated at 37 °C for 2 h. Removal of excess reagents and buffer exchange to the required solvent was achieved by repeated ultracentrifugation into IX PBS using an Amicon Ultra centrifugal filter (10k MWCO, Merck Millipore)

[0828] Electrophoresis was performed using a NuPAGE™ 4 to 12%, Bis-Tris, 1.0 mm, Mini Protein Gel, 12-well with IX NuPAGE MES SDS running buffer.

[0829] The 0.2 ug / well samples were prepared as follows:

[0830] 1 pL of the reaction was diluted with 100 pL of water and 33.3 pL of 4X NuPage LDS sample buffer was added. The sample was heated to 70 °C for 10 min, cooled to room temperature, and 10 pL was loaded per well on to the gel.

[0831] For 1 ug / well, samples were prepared as follows:

[0832] 1 pL was diluted with 20 pL of water and 7 pL of the 4X NuPage LDS sample buffer was added. The sample was heated to 70 °C for 10 min, cooled to room temperature, and 10 pL was loaded per well on to the gel.

[0833] After electrophoresis, the gel was stained using 20 mL of SimpleBlueTM SafeStain, with gentle rocking for 2 h and washed three times with 15 mL water for 15 min.

[0834] The SDS-PAGE for the formation of the Compound 2-Oligo2+HAS is shown in Figure 3.

[0835] The lanes of the SDS-page display (from left to right):1. 3 uL of Precision Plus Protein™ Kaleidoscope™ Prestained Protein Standards #1610375 fromBioRad2. 0.2 ug of HSA incubated over the weekend in IX PBS.3. 0.2 ug of HSA incubated with 1 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend.4. 0.2 ug of HSA incubated with 10 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend.5. 0.2 ug of HSA incubated with 50 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend. 6. 50 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend.7. 3 uL of Precision Plus Protein™ Kaleidoscope™ Prestained Protein Standards #1610375 from BioRad8. 1 ug of HSA incubated over the weekend in IX PBS.9. 1 ug of HSA incubated with 1 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend. 10. 1 ug of HSA incubated with 10 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend.11. 1 ug of HSA incubated with 50 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend.12. 50 eq of Compound 2-Oligo2 in IX PBS over the weekend.

[0836] The gel shows the formation of a second band in lanes 4, 5, 10, and 11 (the oligo-protein conjugate) appearing with increasing intensity just above the HSA. The results are consistent with similar experiments in the literature (References: Bioconjugate Chem. 2022, 33, 1254-1260, Chem. Sci. 2021, 12, 9060-9068).

Claims

CLAIMS  1.  A compound of formula (I):   A is mono‐ or bicyclic heteroaryl group in which at least one carbon ring‐atom is replaced with N;  X, Y, and Z are each independently selected from C1‐30 alkyl, C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m,  C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, C5‐10 heteroaryl, or absent;  wherein at least one of X, Y and Z is present;  wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl is  optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6,  C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3;   n is 1 or 2;  m is an integer from 1‐30;   each   is either a single bond or double bond;  W is OR2 or NR3R4;  R1 and R2 are each independently selected from H and a base labile protecting group;  R3 and R4 are each independently selected from H and an optionally substituted C1‐10 alkyl;  R5 is absent, is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl;  R6 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R7 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R8 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R9, is selected from H, C1‐10 alkyl, halide, C(O)C1‐10 alkyl, C1‐10 haloalkyl, C(O)OR12, C(O)SR12,  C(O)NR13R14, CN, or NO2;   R10, and R11 are each independently selected from H, C1‐10 alkyl, halide, or C1‐10 haloalkyl;  R12 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  R13 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;  and  R14 is a base labile protecting group, or is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

2. The compound of claim 1 wherein A is a natural or artificial nucleobase.

3. The compound of claim 1 or 2, wherein A is selected from ;  wherein:   each   is either a single bond or double bond;  each of A1, A2, A3 is selected from NR18 and CR19, where at least one of A1, A2, and A3 is NR18;  each of A4, A5, A6, and A7 is selected from NR18 and CR19 where at least one of A4, A5, A6, and A7 is  NR18;  at least one R15, R16, or R17 group is present and independently selected from H, OR20, SR20, =O, =S,  NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo, wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl is optionally substituted with at least one group selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7,  SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;   R18, if present, is H, an optionally substituted C1‐10 alkyl group, or a base labile protecting group;  R19 is selected from H, OR20, SR20, =O, =S, NR21R22, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, C2‐10 alkynyl, and halo,  wherein the C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl is optionally substituted with at least one group  selected from halo, OR5, C(O)OR5, C(O)NR6R7, SR5, S(O)R5, S(O)2R5, P(O)(OR5)2, CN, NO2, and N3;  R20 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl;   R21 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl; and  R22 is a base labile protecting group, or selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

4. The compound of claim 3, wherein A is selected from:

5. The compound of claim 4, wherein A is selected from:  .

6. The compound of claim 5, wherein A is selected from:

7. The compound of claim 1, wherein A is selected from:

8. The compound of any preceding claim, wherein R1 is selected from H, cyanoethyl,  trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, or phthalimidyl.

9. The compound of any preceding claim, wherein R2 is selected from H, cyanoethyl,  trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, or phthalimidyl.

10. The compound of any preceding claim, wherein R3 and R4 are each an optionally substituted  C1‐10 alkyl.

11. The compound of claim 10, wherein R3 and R4 are each an unsubstituted branched chain C1‐10 alkyl.

12. The compound of claim 11, wherein R3 and R4 are each isopropyl.

13. The compound of any preceding claim, wherein R5 is absent, or is selected from trialkylsilyl,  tert‐butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

14. The compound of claim 13, wherein R5 is absent.

15. The compound of claim 13, wherein R5 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

16. The compound of claim 13, wherein R5 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

17. The compound of any preceding claim, wherein R6 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

18. The compound of claim 17, wherein R6 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

19. The compound of claim 17, wherein R6 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

20. The compound of any preceding claim, wherein R7 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

21. The compound of claim 20, wherein R7 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

22. The compound of claim 20, wherein R7 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

23. The compound of any preceding claim, wherein R8 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

24. The compound of claim 23, wherein R8 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

25. The compound of claim 23, wherein R8 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

26. The compound of any preceding claim, wherein R12 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

27. The compound of claim 26, wherein R12 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

28. The compound of claim 26, wherein R12 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

29. The compound of any preceding claim, wherein R13 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

30. The compound of claim 29, wherein R13 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

31. The compound of claim 29, wherein R13 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

32. The compound of any preceding claim, wherein R14 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

33. The compound of claim 32, wherein R14 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

34. The compound of claim 32, wherein R14 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

35. The compound of any one of claims 3‐34, wherein R18 is selected from H, an optionally  substituted C1‐10 alkyl group, trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, and  phthalimidyl.

36. The compound of claim 35, wherein R18 is selected from H and an optionally substituted C1‐10  alkyl group.    37  The compound of claim 35, wherein R18 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

38. The compound of any one of claims 3‐37, wherein R20 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

39. The compound of claim 38, wherein R20 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

40. The compound of claim 38, wherein R20 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

41. The compound of any one of claims 3‐40, wherein R21 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

42. The compound of claim 41, wherein R21 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

43. The compound of claim 41, wherein R21 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

44. The compound of any one of claims 3‐43, wherein R22 is selected from trialkylsilyl, tert‐ butyldiphenylsilyl, acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl, H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10 alkynyl.

45. The compound of claim 44, wherein R22 is selected from trialkylsilyl, tert‐butyldiphenylsilyl,  acetyl, trihaloacetyl, and phthalimidyl.

46. The compound of claim 44, wherein R22 is selected from H, C1‐10 alkyl, C2‐10 alkenyl, and C2‐10  alkynyl.

47. The compound of any of claims 3‐46, wherein the trialkylsilyl group, if present, has the  formula Si(C1‐C4 alkyl)3.

48. The compound of claim 47, wherein the trialkylsilyl group, if present, is selected from  trimethylsilyl (TMS), triethylsilyl (TES), tert‐butyldimethylsilyl (TBS), and triisopropylsilyl (TIPS).

49. The compound of any of claims 4‐48, wherein the trihaloacetyl group, if present, is  trichloroacetyl or trifluoroacetyl.

50. The compound of claim 49, wherein the trihaloacetyl group, if present, is trifluoroacetyl.

51. The compound of any preceding claim, wherein R9, R10, and R11 are each H.

52. The compound of any one of claims 1‐50, wherein R10 and R11 are each F.

53. The compound of any one of claims 3‐52, wherein R15 is selected from H, OR20, SR20, =O, =S,  NR21R22, and C1‐10 alkyl.

54. The compound of claim 53, wherein R15 is selected from H, =O, and NR21R22.

55. The compound of any one of claims 3‐54, wherein R16 is selected from H, OR20, SR20, =O, =S,  NR21R22, and C1‐10 alkyl.

56. The compound of claim 55, wherein R16 is selected from H, =O, and NR21R22.

57. The compound of any one of claims 3‐56, wherein R17 is selected from H, OR20, SR20, =O, =S,  NR21R22, and C1‐10 alkyl.

58. The compound of claim 57, wherein R17 is selected from H, =O, and NR21R22.

59. The compound of any preceding claim, wherein Z is absent and X and Y are each  independently selected from C1‐30 alkyl, C1‐30 alkenyl, (S)n, (O)n, NR5, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10 cycloalkyl,  C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, or C5‐10 heteroaryl;   wherein each C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl or C5‐10 heteroaryl is  optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6,  C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3.

60. The compound of any preceding claim, wherein X is selected from NR5, C3‐10 cycloalkyl, C3‐10  heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl;   wherein each is optionally substituted with at least one group selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6,  C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2, and N3.

61. The compound of claim 60, wherein X is selected from NR5, C3‐10 cycloalkyl, C3‐10  heterocycloalkyl, C5‐10 cycloalkenyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl.

62. The compound of claim 60 or 61, wherein X is selected from NR5 and C3‐10 heterocycloalkyl.

63. The compound of claim 62, wherein X is selected from NR5, azetidine, pyrrolidine, and  piperidine.

64. The compound of any preceding claim, wherein Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m,  C(O)n, C3‐10 cycloalkyl, and C3‐10 heterocycloalkyl;   wherein each C3‐10 cycloalkyl or C3‐10 heterocycloalkyl is optionally substituted with at least one group  selected from halo, C1‐10 alkyl, OR6, C(O)OR6, C(O)NR7R8, SR6, S(O)R6, S(O)2R6, P(O)(OR6)2, CN, NO2,  and N3.

65. The compound of claim 64, wherein Y is selected from C1‐30 alkyl, (CH2CH2O)m, C(O), C3‐10  cycloalkyl, and C3‐10 heterocycloalkyl.

66. The compound of claim 64 or 65, wherein Y is selected from C1‐30 alkyl, C(O), and C3‐10  cycloalkyl.  group.

68. The compound of any preceding claim, wherein X‐Y‐Z comprises at least one tertiary amine.

69. The compound of any preceding claim, wherein X‐Y‐Z comprises at least one of NR5, C(O), C3‐10 cycloalkyl, C3‐10 N‐heterocycloalkyl, C6‐10 aryl, and C5‐10 heteroaryl.

70. The compound of any preceding claim, wherein X‐Y‐Z is selected from:

71. The compound of claim 70, wherein X‐Y‐Z is selected from:

72. The compound of any preceding claim, wherein the compound is selected from:

73. The compound of claim 72, wherein the compound is selected from:

75. The compound of claim 74, wherein the compound is selected from:

76. The compound of any preceding claim, wherein the compound is selected from Table 1.

77. A modified oligonucleotide, wherein the 5’ end of the oligonucleotide is attached to a  compound of any preceding claim via a covalent bond which replaces the W moiety to give a  modified oligonucleotide of formula (II):   wherein Q is S or O.

78. A modified oligonucleotide conjugate, wherein the modified oligonucleotide of claim 77 is  conjugated to a thiol‐containing moiety (M‐SH) via the vinyl group to provide a conjugate of formula  (II):   wherein Q is S or O.

79. The modified oligonucleotide conjugate of claim 78, wherein M is a small molecule.

80. The modified oligonucleotide conjugate of claim 78, wherein M is a polypeptide.    ein.

82. The modified oligonucleotide conjugate of claim 80 or 81, wherein the modified  oligonucleotide is connected to M via a cysteine residue.

83. A method of conjugating the modified oligonucleotide of claim 77 to a thiol‐containing  molecule (M‐SH) to form the modified oligonucleotide conjugate of any one of claims 78‐82,  wherein the method comprises a thiol‐ene reaction between the M‐SH thiol and the vinyl group of  the modified oligonucleotide of claim 77.

84. The method of claim 83, wherein M is a small molecule, polypeptide, or protein.

85. The method of claim 83 or 84, wherein the method comprises the step of M‐SH being  dissolved in a buffered solution to provide a M‐SH buffered solution.

86. The method of claim 85, wherein the buffered solution comprises an aqueous buffer, or a  non‐aqueous buffer.

87. The method of any one of claims 83‐86, wherein the method comprises the step of the  modified oligonucleotide being dissolved in an aqueous solution to provide a modified  oligonucleotide solution.

88. The method of claim 87, wherein the method comprises the step of the M‐SH buffered  solution being mixed with the modified oligonucleotide solution.

89. The method of any one of claims 83‐88, wherein the reaction between the modified  oligonucleotide and M‐SH is performed between 10‐50 °C.

90. The method of claim 89, wherein the reaction between the modified oligonucleotide and  M‐SH is performed between 20‐40 °C.

91. The method of any one of claims 83‐90, wherein the thiol‐ene reaction step is performed in  the presence of a radical initiator.

92. The method of claim 91, wherein the thiol‐ene reaction step is performed in the presence of  dithiothreitol.

Images