Markers for detecting biological age and uses thereof
By using a composition containing 800 methylation markers, the instability of DNA methylation site prediction models in the prior art is solved, and more accurate biological age detection is achieved.
Patent Information
- Authority / Receiving Office
- CN · China
- Patent Type
- Applications(China)
- Current Assignee / Owner
- Filing Date
- 2025-01-21
- Publication Date
- 2026-03-10
AI Technical Summary
Existing age prediction models based on DNA methylation sites lack stability and cannot accurately predict biological age.
A composition containing at least 800 methylation markers was used to detect biological age, specifically including multiple methylation sites numbered in Table 1.
This improves the accuracy and stability of biological age detection and provides a more reliable method for quantifying the aging process.
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Figure BDA0005253543130000121 
Figure BDA0005253543130000131 
Figure BDA0005253543130000141
Abstract
Description
TECHNICAL FIELD
[0001] The present application belongs to the field of molecular biology, and relates to gene detection, in particular to a marker for detecting biological age and use thereof. BACKGROUND
[0002] Age is a key risk factor for diseases and disabilities in the elderly. In order to solve the problem of age-related diseases and prolong healthy life, it is proposed that intervention should be directly made on the aging process itself to restore physiological functions. To achieve this goal, it is necessary to measure the indicators of biological age and the rate of aging at the molecular level. With the progress of recent high-throughput omics technologies, a new generation of tools can now quantify the aging process at the molecular resolution. Relative to the genetic regulation of DNA sequences, epigenetic regulation processes are mostly reversible, and therefore, epigenetics has broad prospects for targeted intervention by external conditions and treatment of related diseases. Through the study of epigenetic changes in the aging process, it can also be better understood how to delay aging.
[0003] DNA methylation is an epigenetic marker that can be quantitatively detected in a population, and its state change is an important factor affecting aging. Many studies have shown that the overall level of genomic methylation decreases with the deepening of the degree of aging. Many recent studies have shown that methylation modification at some specific sites has a significant correlation with human age. There are currently methods for predicting the degree of human aging based on DNA methylation sites. Existing age prediction models are all based on methylation sites, and in many cases, a site may be directed to multiple genes, or multiple sites may be directed to a common gene, and in addition, methylation modification has a certain randomness on the genome, so site prediction of age lacks stability. SUMMARY
[0004] Based on the problems existing in the current age prediction, the purpose of the present application is to provide a marker, composition, kit for detecting biological age and use thereof.
[0005] The specific technical solutions of the present application are as follows:
[0006] 1. A methylation marker for detecting biological age, wherein the methylation marker comprises at least 800 markers in Table 1.
[0007] 2. The methylation marker according to item 1, wherein the methylation marker comprises the markers of Table 1 comprising the markers of the following numbers: 1-4, 20-22, 27, 29-30, 36, 43, 48-51, 54-57, 66-70, 73, 78-82, 87, 92, 94, 98, 100, 103-108, 110, 114-115, 119, 122-123, 129, 139-140, 146-147, 154, 159, 164-165, 173-178, 180, 184, 186, 188-189, 191, 193, 201-203, 210, 212, 219-225, 227, 229, 231-238, 240-241, 243-244, 246-247, 249, 255, 258-259, 261, 263-265, 272, 289, 292-294, 296-297, 305-312, 315-318, 323, 325, 327, 333, 335-336, 342-343, 351, 355-356, 360, 363, 372-373, 376, 382-384, 386-388, 390-393, 398, 400, 408-411, 413, 417, 419, 421, 423, 438, 443-446, 454-456, 459-463, 466, 476, 484-485, 491, 495-497, 499, 509, 515, 520-523, 527-534, 541-549, 555-556, 558-564, 566-567, 573-575, 585-588, 594, 596, 598-599, 608-610, 616, 628-630, 637, 643-644, 651, 662-663, 673-675, 686, 691-694, 698-700, 708-711, 714, 716-720, 722-726, 728-734, 736-737, 740, 743-744, 748-752, 754-755, 759, 765, 771, 776-777, 779-783, 786, 792-794, 803, 809, 811, 823, 827-829, 831-832, 834-841, 844-848, 850, 852, 855-856, 864-866, 868-869, 871, 875, 879, 891, 895-899, 904, 909-913, 921, 923-925, 930, 932-934, 936-939, 941-945, 950, 952, 960-961, 963-965, 968-969, 973, 975-977,996、1005、1012、1022、1028-1029、1034、1036-1046、1053-1057、1071-1076、1079、1090、1096-1098、1100-1101、1103-1104、1107、1109-1110、1115-1118、1122、1124-1125、1127、1130、1135、1138、1141-1142、1149-1150、1153、1155、1165-1168、1172-1173、1177-1180、1182-1186、1189-1191、1196-1202、1204-1207、1209、1212-1213、1223、1227-1230、1232-1233、1239、1245-1246、1253-1255、1257、1259、1261、1265-1266、1268、1279-1281、1285-1287、1293-1294、1297-1301、1304、1307-1309、1313、1318、1324-1327、1332、1336-1338、1346、1448-1349、1352、1354-1355、1357-1359、1361、1373-1374、1382、1386-1388、1395、1410-1412、1414-1415、1417-1418、1420-1423、1426、1428-1433、1436、1439-1440、1445-1446、1450-1452、1455、1470、1474、1476、1478、1485-1486、1490-1493、1496、1498-1501、1505-1506、1508、1512-1518、1520-1529、1537-1538、1543-1545、1554、1557-1560、1566-1567、1569-1584、1592、1599-1601、1605-1606、1609、1611-1612、1622、1628、1632-1633、1643-1646、1648、1650-1652、1654-1655、1660-1661、1664-1665、1667-1668、1670、1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695、1697、1704、1708、1717、1723、1725、1728、1736、1738、1744、1751, 1766, 1769-1770, 1773-1776, 1783-1785, 1789-1795, 1799-1806, 1809-1811, 1814, 1816, 1820, 1826-1827, 1829, 1831, 1833, 1837-1840, 1842-1844, 1847, 1850, 1852, 1864, 1866, 1869, 1876, 1882, 1884-1895, 1898-1908, 1912-1913, 1915-1916, 1921, 1925-1927, 1929, 1938, 1944-1946, 1952, 1956-1958, 1962, 1971-1972, 1974, 1977-1979, 1986, 1988-1993, 1995-1996, 1998-1999, 2005-2009, 2011-2013, 2016-2021, 2027-2030, 2034-2035, 2037, 2039, 2049-2055, 2057-2059, 2061-2064, 2068-2070, 2075-2079, 2095-2097, 2104-2105, 2107-2108, 2111, 2114, 2126, 2129-2132, 2136, 2141, 2144-2145, 2147-2152, 2154-2155, 2160, 2166, 2175, 2177-2178, 2180, 2183-2184, 2186, 2189-2190, 2199-2200, 2202-2205, 2207, 2213-2215, 2217-2218, 2227, 2229, 2231, 2235-2237, 2244, 2246, 2250, 2252, 2254, 2256, 2261, 2264-2267, 2282-2284, 2286-2290, 2297-2302, and 2305-2310.
[0008] 3. The methylation marker according to item 2, wherein the methylation marker comprises the markers of Table 1 comprising the markers of the following numbers: 1-6, 18-33, 36-37, 42-43, 48-51, 54-58, 60, 64-70, 72-74, 78-82, 85, 87, 91-94, 96, 98-110, 114-115, 118-123, 125-126, 129, 136, 138-141, 146-154, 158-159, 164-170, 173-178, 180-182, 184-186, 188-195, 201-203, 208-212, 215-216, 218-225, 227, 229, 231-238, 240-241, 243-244, 246-247, 249, 251, 253-255, 258-265, 267, 272-274, 280, 289, 292-294, 296-300, 304-312, 314-318, 323, 325, 327, 333, 335-336, 339, 342-344, 351, 355-356, 359-363, 365, 369-373, 375-376, 379, 381-384, 386-388, 390-394, 398-400, 403, 405, 407-415, 417, 421, 423, 425, 428, 435, 437-438, 441-449, 451, 454-456, 459-463, 466, 468, 470-472, 474-487, 491, 495-497, 499-500, 504, 508-510, 513-515, 517, 519-523, 526-538, 541-549, 553-564, 566-567, 573-575, 577, 581, 585-590, 592, 594-596, 598-603, 606-612, 616-617, 623, 628-631, 633-634, 637, 639, 642, 646, 648-652, 655, 657-660, 662-663, 665, 667-668, 670-677, 679, 685-686, 689-705, 707-714, 716-720, 722-737, 740, 742-744, 747-755, 757, 759, 765-773, 775-777, 779-783, 786-789, 791-794, 796, 798-800, 803, 805-812, 818, 821, 823, 826-829, 831-842, 844-848, 850-852, 854-861, 864-871,873-875、877-880、883-887、891-892、894-902、904-905、909-921、923-927、930、932-939、941-945、950、952、956、959-961、963-965、967-977、980、983、985-986、994-998、1001-1003、1005、1008-1015、1017、1021-1022、1025-1029、1034-1046、1049、1052-1057、1062-1066、1069、1071-1076、1079、1085、1090-1091、1094-1098、1100-1104、1107、1109-1110、1115-1119、1121-1122、1124-1125、1127、1129-1130、1132、1135、1138、1141-1142、1144、1146-1153、1155-1158、1160、1163-1175、1177-1180、1182-1191、1194-1202、1204-1207、1209-1214、1216-1217、1219、1221、1223、1225-1230、1232-1239、1245-1246、1253-1269、1277、1279-1281、1283-1289、1291、1293-1294、1297-1301、1303-1309、1311、1313、1318、1320、1323-1328、1332-1333、1335-1338、1340、1346、1348-1350、1352、1354-1355、1357-1361、1365-1366、1370、1373-1376、1378、1382、1384-1388、1391-1393、1395、1400-1415、1417-1423、1426、1428-1436、1438-1441、1445-1446、1450-1455、1457、1459-1461、1465、1467、1469-1470、1472-1474、1476、1478、1482-1486、1488、1490-1493、1496、1498-1501、1505-1506、1508、1511-1518、1520-1532、1535、1537-1538、1541-1545、1547-1548、1550-1551、1554、1557-1560、1562、1564-1567、1569-1584、1591-1595、1599-1601、1604-1606、1609、1611-1616、1620、1622、1624-1633、1635-1636、1643-1646、1648-1652、1654-1656、1660-1661、1664-1665、1667-1668、1670、1674-1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695-1700、1704-1705、1708、1710、1712、1714、1716-1717、1722-1729、1734-1736、1738、1740、1744-1749、1751、1758、1760、1762、1766、1769-1777、1783-1785、1789-1795、1797、1799-1806、1808-1811、1813-1814、1816、1820、1822-1823、1825-1829、1831、1833-1834、1837-1844、1846-1847、1850-1852、1855、1858-1859、1864、1866、1869、1872-1874、1876-1877、1879-1910、1912-1916、1918-1922、1924-1931、1936、1938、1944-1946、1950-1959、1961-1962、1964、1968、1971-1972、1974、1976-1981、1986、1988-1999、2004-2009、2011-2013、2015-2022、2027-2037、2039、2049-2055、2057-2059、2061-2070、2073-2085、2095-2097、2104-2105、2107-2112、2114-2126、2129-2132、2136-2138、2140-2145、2147-2155、2158、2160、2163、2166、2171、2173-2190、2192-2195、2198-2200、2202-2209、2211、2213-2215、2217-2218、2227、2229、2231-2233、2235-2242、2244-2246、2248、2250、2252-2254、2256、2261、2263-2268、2279、2282-2284、2286-2294, 2297-2303, and 2305-2310.
[0009] 4. The methylation markers according to item 2, wherein the methylation markers comprise the markers of Table 1 comprising the following numbers: 1-4, 7-10, 17-18, 20-22, 27, 29-30, 36-38, 40-45, 48-51, 54-59, 66-70, 73-76, 78-82, 84, 87, 92, 94-95, 97-108, 110, 112-115, 119, 121-123, 125, 129, 133, 139-144, 146-151, 153-156, 159, 164-166, 173-178, 180-181, 183-186, 188-189, 191-193, 196-198, 201-203, 206-212, 219-225, 227-241, 243-253, 255-256, 258-259, 261, 263-267, 269-270, 272-279, 282-283, 288-289, 292-294, 296-300, 303-313, 315-318, 323, 325, 327, 333-338, 342-343, 349-357, 359-360, 362-365, 368-373, 377-378, 381-384, 386-388, 390-393, 395-400, 402-404, 406, 408-411, 413, 417, 419, 421, 423, 428, 435, 437-438, 440, 443-446, 448, 450-456, 459-470, 472, 476, 479-480, 484-485, 488, 491, 495-497, 499-500, 507-509, 514-515, 517, 519-525, 527-534, 540-549, 551-552, 555-556, 558-564, 566-568, 570-571, 573-576, 579-580, 583-592, 594-596, 598-599, 602-610, 613-618, 625, 627-630, 637, 639, 642-646, 648-652, 659-660, 662-664, 671, 673-675, 678, 681, 686, 688-700, 707-720, 722-726, 728-741, 743-752, 754-757, 759-760, 764-771, 774-777, 779-783, 786, 788, 792-794, 799-800, 803, 808-809, 811-812, 820-824, 827-829, 831-841, 844-850,852-856、861-882、884、888-892、894-899、903-904、908-913、916、921、923-927、930、932-934、936-946、950-952、956、959-961、963-965、968-969、971-973、975-977、984-985、989、991、994-998、1001-1002、1004-1007、1012-1017、1021-1022、1024、1028-1029、1033-1034、1036-1048、1053-1062、1064-1067、1070-1076、1078-1079、1082-1087、1090、1092-1093、1096-1098、1100-1104、1106-1107、1109-1110、1112-1113、1115-1119、1121-1122、1124-1127、1130-1135、1137-1139、1141-1142、1144、1149-1153、1155、1158、1161、1163、1165-1168、1172-1173、1175、1177-1186、1189-1191、1194-1202、1204-1207、1209、1211、1212-1215、1217-1218、1220、1223、1225、1227-1230、1232-1236、1239、1241-1242、1245-1246、1248-1251、1253-1262、1265-1268、1271-1272、1275、1277、1279-1282、1285-1288、1290、1292-1294、1297-1305、1307-1309、1312-1315、1318、1323-1328、1332-1334、1336-1338、1340、1346、1348-1349、1351-1361、1364-1366、1373-1374、1381-1382、1386-1388、1393-1395、1400、1409-1412、1414-1418、1420-1423、1426、1428-1433、1436-1441、1445-1446、1449-1455、1457-1462、1465、1469-1471、1474、1476、1478-1480、1485-1486、1490-1496、1498-1501、1504-1508、1511-1530、1532、1535、1537-1538、1541-1545、1554、1557-1562、1565-1585、1588-1590、1592、1594、1599-1602、1605-1609、1611-1612、1615、1619-1620、1622-1625、1627-1634、1637-1641、1643-1646、1648-1652、1654-1655、1660-1661、1664-1668、1670-1672、1674-1675、1677、1679-1682、1684-1685、1687-1697、1700、1703-1704、1708、1716-1719、1723、1725、1728-1729、1733-1734、1736、1738、1743-1746、1749、1751-1753、1755、1759-1762、1766、1769-1777、1779-1785、1789-1795、1799-1806、1808-1812、1814-1816、1820、1823-1827、1829、1831-1835、1837-1848、1850、1852、1855-1858、1861、1864、1866-1878、1882-1910、1912-1913、1915-1922、1924-1931、1933-1934、1938、1941-1946、1952、1954-1958、1961-1962、1964、1971-1972、1974、1977-1981、1986、1988-1999、2004-2009、2011-2013、2016-2021、2023-2024、2026-2032、2034-2039、2042、2044-2047、2049-2055、2057-2059、2061-2070、2075-2079、2082-2083、2087-2097、2104-2105、2107-2108、2111、2119-2120、2122、2125-2127、2129-2132、2136、2138-2157、2160、2162、2166、2175、2177-2178、2180、2183-2184、2186、2188-2190、2196、2199-2200、2202-2205、2207-2210、2213-2219、2222、2225-2231、2233、2235-2238、2240, 2244-2252, 2254-2257, 2261, 2264-2267, 2274-2278, 2280-2292, 2294-2302, and 2304-2310.
[0010] 5. The methylation marker according to item 2, wherein the methylation marker comprises the markers comprising the following numbers in Table 1 : 1-5, 8-12, 15-18, 20-22, 27, 29-30, 36-38, 40-45, 47-51, 54-57, 59, 62, 66-73, 76, 78-82, 84, 86-87, 92, 94-96, 98-110, 112-116, 118-119, 122-123, 125-127, 129, 134, 136, 139-142, 146-156, 159, 164-165, 167-178, 180, 184, 186, 188-189, 191, 193, 199-203, 205, 207, 209-212, 214, 216, 219-227, 229-238, 240-244, 246-249, 255, 257-261, 263-266, 271-274, 281-283, 287-289, 292-297, 301-302, 304-318, 321, 323, 325, 327, 333-336, 338, 342-348, 351, 355-356, 358-360, 362-363, 372-373, 376-379, 381-394, 398-402, 408-414, 416-421, 423-424, 426-428, 432-433, 435-438, 443-446, 448-449, 454-456, 458-464, 466, 476, 478-482, 484-485, 488, 491-492, 496-500, 505-506, 508-510, 514-515, 520-523, 527-538, 540-550, 555-564, 566-570, 573-575, 577-578, 582, 585-588, 593-594, 596-601, 604-610, 612, 616, 620-621, 625, 627-631, 633, 635, 637, 639-645, 647, 651, 653, 656-660, 662-665, 668-669, 673-679, 681-682, 684, 686, 688-695, 697-700, 708-712, 714, 716-720, 722-741, 743-744, 747-756, 758-760, 764-765, 771, 776-783, 785-786, 791-794, 801, 803-805, 808-812, 823, 826-829, 831-841, 844-848, 850, 852-853, 855-856,858-861、863-881、891、894-899、901-902、904、908-913、916-917、921-934、936-939、941-955、960-961、963-965、968-969、973、975-977、984、990-993、996、998-1000、1005、1012、1020-1023、1025、1027-1029、1031-1032、1034、1036-1050、1053-1058、1060-1068、1071-1076、1079、1081-1082、1085-1087、1090、1092-1094、1096-1098、1100-1101、1103-1118、1121-1122、1124-1125、1127-1128、1130-1132、1135、1138-1143、1149-1157、1160-1161、1163、1165-1173、1177-1207、1209-1210、1212-1213、1215、1223-1224、1227-1230、1232-1236、1239-1240、1244-1246、1251-1255、1257、1259-1261、1264-1268、1271、1275、1279-1289、1292-1294、1296-1301、1303-1304、1307-1309、1312-1314、1316、1318、1323-1327、1332、1334、1336-1338、1341-1349、1352、1354-1362、1365-1367、1371-1374、1376、1378-1379、1381-1383、1386-1390、1394-1395、1400、1405-1406、1408、1410-1415、1417-1418、1420-1423、1425-1436、1439-1440、1442-1453、1455、1457-1459、1466-1470、1474、1476、1478-1483、1485-1503、1505-1506、1508-1518、1520-1529、1532-1533、1535-1538、1543-1548、1554、1557-1560、1565-1584、1586-1587、1590、1592、1594、1599-1606、1608-1609、1611-1612、1615-1617、1620、1622, 1624-1628, 1630-1633, 1643-1646, 1648-1657, 1660-1661, 1664-1670, 1672, 1674-1677, 1679-1682, 1684-1685, 1687-1688, 1690, 1692-1695 5, 1697, 1702-1704, 1708, 1716-1717, 1720-1723, 1725-1728, 1730-1733, 1736, 1738, 1741, 1744, 1747, 1750-1754, 1758, 1761, 1766, 1769-1776, 1 778, 1783-1785, 1787-1797, 1799-1811, 1814-1817, 1820, 1823, 1826-1827, 1829-1833, 1837-1840, 1842-1847, 1850, 1852, 1858-1860, 1862, 1864 -1871, 1875-1877, 1880, 1882, 1884-1895, 1898-1908, 1912-1913, 1915-1916, 1918-1927, 1929, 1932, 1935-1936, 1938, 1942-1947, 1952-1953, 195 6-1958, 1962, 1971-1975, 1977-1980, 1984-2013, 2016-2021, 2023-2024, 2026-2030, 2033-2035, 2037, 2039-2042, 2044-2055, 2057-2064, 2066-2 070, 2072-2079, 2084, 2088, 2091, 2095-2097, 2099-2108, 2111-2114, 2116, 2121-2126, 2129-2134, 2136, 2138-2152, 2154-2155, 2158, 2160, 2162- 2164, 2166, 2168, 2173, 2175, 2177-2178, 2180, 2183-2184, 2186-2187, 2189-2191, 2193, 2197, 2199-2200, 2202-2205, 2207-2208, 2212-2218, 222 1. 2227, 2229, 2231, 2235-2237, 2241-2242, 2244, 2246, 2249-2250, 2252-2259, 2261, 2264-2267, 2272-2275, 2278-2292, 2295-2302, and 2305-2311.
[0011] 6. The methylation marker according to claim 2, wherein the methylation marker comprises the markers numbered below in Table 1: 1-4, 6-8, 17-22, 25-33, 36, 38, 43, 47-51, 54-57, 66-74, 76-85, 87, 92-95, 98, 100, 103-108, 110, 112-115, 118-119, 122-125, 129, 131-132, 134, 136-137, 139-140, 142, 145-149, 153-155, 159, 163-168, 170, 173-178, 180-181, 184, 186, 188-189, 191 -194, 200-205, 207-213, 216, 219-241, 243-244, 246-247, 249, 251, 255-256, 258-261, 263-265, 268, 270-272, 277, 280, 282-283, 285-286, 288-289, 292-297, 304-312, 314-318, 322-327, 329-340, 342-344, 351, 355-356, 358-367, 369, 371-374, 376-377, 379-384, 386-388, 390-394, 398, 400, 407-4 13, 415-417, 419-423, 429-431, 438, 441-446, 449, 451, 453-456, 458-464, 466-467, 469, 472, 476-477, 479, 484-485, 488-491, 494-502, 504-505, 5 09-511, 513, 515-517, 519-523, 526-536, 539-549, 555-564, 566-571, 573-575, 583, 585-594, 596, 598-603, 606-610, 616, 619, 626-632, 636-637, 64 3-644, 648-651, 653-654, 658-660, 662-665, 667-668, 672-675, 678, 680, 682, 684, 686, 688-700, 708-711, 713-720, 722-734, 736-737, 740, 743-757 759-765, 769-771, 776-777, 779-784, 786-788, 790-794, 796-798, 802-805, 809, 811-817, 819, 821-832, 834-841, 843-848, 850-852, 854-857, 861864-866、868-871、873-875、877-879、881-882、887、891-892、895-899、904、908-913、921、923-925、930、932-934、936-939、941-948、950-955、958-965、968-969、972-978、982、984-985、994-997、1001-1003、1005-1007、1011-1012、1021-1022、1025-1030、1032、1034-1049、1052-1057、1060、1071-1079、1082、1085-1090、1094、1096-1098、1100-1101、1103-1105、1107、1109-1110、1112、1115-1125、1127、1130、1132、1135、1138、1141-1142、1149-1151、1153、1155、1157-1162、1165-1168、1172-1173、1177-1186、1188-1191、1194-1202、1204-1207、1209、1212-1217、1222-1223、1227-1230、1232-1236、1239、1241-1243、1245-1247、1249、1251、1253-1255、1257-1259、1261-1262、1264-1266、1268-1271、1273-1274、1276-1283、1285-1289、1293-1294、1297-1301、1303-1310、1313-1314、1316、1318-1319、1324-1328、1330-1333、1336-1339、1342-1349、1352-1359、1361、1363、1367、1373-1374、1376-1378、1380-1383、1386-1388、1395-1397、1401-1406、1408-1412、1414-1415、1417-1418、1420-1423、1426-1433、1435-1436、1439-1441、1445-1446、1450-1452、1455、1460-1464、1466-1471、1474、1476-1478、1485-1488、1490-1496、1498-1501、1504-1509、1511-1518、1520-1529、1532-1534、1537-1547、1549、1551-1555、1557-1563、1565-1585、1589、1592、1594-1595、1599、1601-1602、1604-1606、1608-1613、1622、1627-1628、1632-1633、1635、1637-1641、1643-1646、1648-1656、1658-1661、1664-1668、1670、1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695-1697、1703-1704、1706、1708、1711-1715、1717、1723-1729、1731、1734、1736-1744、1751-1753、1755、1758-1762、1765-1766、1768-1777、1783-1785、1787-1796、1799-1806、1808-1811、1814-1818、1820-1823、1826-1829、1831、1833-1844、1847、1850、1852、1854-1855、1858、1864-1872、1874-1876、1879-1908、1912-1913、1915-1916、1918-1921、1925-1927、1929-1931、1935-1936、1938、1942-1946、1952、1956-1958、1962、1966-1967、1970-1975、1977-1979、1982、1986-1993、1995-1999、2004-2009、2011-2013、2016-2021、2024、2026-2032、2034-2035、2037、2039、2041、2043、2045、2047、2049-2064、2066-2079、2083、2086、2088、2095-2098、2104-2108、2110-2111、2114、2116、2119-2120、2122、2126-2132、2135-2136、2138、2141、2144-2145、2147-2156、2158-2163、2165-2167、2171、2173-2175、2177-2178、2180、2183-2184、2186-2187、2189-2190、2198-2208、2212-2219、2221、2223-2225、2227、2229、2231-2238, 2243-2246, 2248-2250, 2252-2257, 2261-2267, 2269-2271, 2277-2279, 2282-2290, 2294, 2297-2302, and 2304-2310.
[0012] 7. The methylation marker according to claim 2, wherein the methylation marker comprises the markers numbered below in Table 1: 1-4, 7-10, 13-14, 19-22, 27-36, 38-59, 61, 63, 65-74, 78-82, 87-92, 94-95, 98-112, 114-119, 121-124, 127, 129-130, 134-135, 139-142, 146-147, 154, 156-162, 164-165, 167, 170, 173-178, 180, 184, 186-189, 191-193, 196, 200-204, 210, 212, 216-2 17, 219-225, 227, 229-238, 240-244, 246-247, 249-251, 255, 258-265, 272, 280, 283-286, 288-289, 292-297, 305-312, 314-319, 321, 323, 325-328, 3 33-336, 338-339, 341-344, 351, 355-356, 360, 363-365, 370, 372-373, 376-378, 382-384, 386-388, 390-394, 398-401, 408-414, 417-419, 421-423, 42 7-428, 430, 434-438, 442-449, 453-464, 466, 469, 472-473, 476, 484-485, 491, 493-497, 499, 503-504, 508-509, 512, 514-515, 517-523, 527-536, 54 1-549, 555-556, 558-568, 570, 572-575, 577-578, 583, 585-588, 592, 594, 596-599, 601, 608-612, 616, 622, 624, 627-631, 635, 637-639, 643-644, 648 -651, 656, 658, 662-663, 665-668, 673-675, 677-679, 681, 683, 685-688, 691-694, 696, 698-700, 705-706, 708-720, 722-741, 743-744, 746, 748-752 754-756, 758-761, 765-773, 776-784, 786, 788, 790-796, 803-805, 809, 811, 823, 825-829, 831-832, 834-841, 844-848, 850, 852, 854-857, 863-866868-869、871、875、879-882、891-893、895-899、901-902、904、906-913、921、923-925、930-934、936-939、941-948、950-952、955-957、960-961、963-966、968-969、973、975-977、979-981、987-988、994-997、1001-1003、1005、1012-1014、1017-1019、1022-1023、1025-1029、1033-1046、1048-1049、1051-1066、1070-1076、1078-1081、1090-1091、1093-1094、1096-1104、1106-1107、1109-1110、1112-1113、1115-1118、1122、1124-1125、1127、1129-1130、1135-1136、1138-1139、1141-1142、1145-1147、1149-1150、1152-1153、1155-1156、1160-1161、1163、1165-1167、1168-1173、1176-1180、1182-1186、1188-1191、1196-1202、1204-1210、1212-1217、1222-1223、1227-1230、1232-1233、1239、1241、1244-1247、1251-1255、1257-1262、1265-1268、1271、1277、1279-1281、1283-1287、1289、1292-1295、1297-1301、1304-1305、1307-1310、1313-1314、1316-1318、1320-1322、1324-1338、1341-1343、1346-1349、1352、1354-1359、1361、1367-1369、1373-1374、1376、1378-1379、1381-1383、1386-1389、1394-1395、1398-1402、1405、1408、1410-1412、1414-1418、1420-1426、1428-1433、1435-1436、1439-1441、1445-1446、1448-1458、1467-1468、1470、1474-1476、1478、1485-1496、1498-1501、1505-1506、1508、1512-1518、1520-1530、1534、1537-1538、1542-1548、1551、1554、1556-1560、1562-1563、1566-1584、1591-1592、1596-1602、1604-1606、1609、1611-1616、1618、1620-1625、1628、1630-1633、1637-1648、1650-1652、1654-1656、1659-1668、1670、1672-1681、1683-1688、1690、1692-1697、1699-1702、1704、1707-1710、1716-1717、1723、1725-1728、1736-1738、1740、1743-1744、1747、1751-1753、1755-1758、1761-1764、1766-1767、1769-1770、1773-1778、1782-1795、1798-1806、1809-1812、1814-1820、1826-1833、1835-1840、1842-1847、1849-1850、1852-1853、1855、1858-1859、1863-1864、1866、1869、1874-1878、1882-1913、1915-1916、1921、1925-1932、1936-1938、1940、1942-1949、1952-1953、1956-1958、1960-1967、1969、1971-1975、1977-1983、1986、1988-1993、1995-1996、1998-1999、2005-2014、2016-2021、2023-2030、2033-2037、2039-2040、2045-2047、2049-2059、2061-2064、2068-2070、2073-2079、2088、2095-2097、2104-2109、2111、2114、2116、2125-2126、2129-2132、2134、2136、2139-2145、2147-2155、2158、2160、2162、2166、2169-2172、2174-2175、2177-2178、2180、2183-2190、2193、2197、2199-2200、2202-2205、2207、2212-2221、2227-2229、2231、2233、2235-2240, 2244-2246, 2250, 2252-2261, 2263-2268, 2273, 2276-2279, 2282-2290, 2294-2295, 2297-2302, and 2305-2310.
[0013] 8. Use of any one of the methylation markers in the preparation of a kit for detecting biological age.
[0014] 9. A composition for detecting biological age, said composition comprising:
[0015] Nucleic acid for detecting the methylation status of any one of the methylation markers in items 1-7,
[0016] The methylation state of the methylation marker is characterized by the methylation of the target sequence of the methylation marker.
[0017] 10. A kit comprising reagents for detecting the methylation markers described in any one of items 1-7.
[0018] 11. The kit according to claim 10, wherein the samples for which the kit is used to detect include: cell lines, histological sections, tissue biopsy / paraffin-embedded tissue, body fluids, feces, colonic effluent, urine, plasma, serum, whole blood, isolated blood cells, cells isolated from blood, or combinations thereof.
[0019] This application has the following beneficial effects:
[0020] Interval methylation levels exhibit high stability. This application identifies stable methylation markers that can be used to assess human biological age by identifying CpG-rich regions and calculating interval methylation level biomarkers.
[0021] The composition of this application is used in a non-invasive manner for screening asymptomatic individuals, reducing the harm caused by invasive testing. The composition has higher sensitivity and accuracy, enabling real-time monitoring. Attached Figure Description
[0022] Figure 1 This is a diagram illustrating nested cross-validation.
[0023] Figure 2 Show the correlation between calendar age and predicted age in the training set;
[0024] Figure 3 Show the correlation between calendar age and predicted age in the test set;
[0025] Figure 4 This shows the correlation between calendar age and predicted age in the test set. Detailed Implementation
[0026] The present application will now be described in detail. While specific embodiments of the present application are shown, it should be understood that the present application can be implemented in various forms and should not be limited to the embodiments set forth herein. Rather, these embodiments are provided to enable a more thorough understanding of the present application and to fully convey the scope of the present application to those skilled in the art.
[0027] Unless otherwise stated, the implementation of this application will employ conventional molecular biology (including recombinant technology), microbiology, cell biology, biochemistry, and genetics techniques, all of which fall within the scope of conventional techniques in the art. Such techniques are described in detail in the literature, such as *Molecular Cloning: A Laboratory Manual*, 2nd edition (Sambrook et al., 1989); *Oligonucleotide Synthesis* (MJ Gait, 1984); *Animal Cell Culture* (RI Freshney, 1987); *Methods in Enzymology* (American Academic Publishing Co., Ltd.); *Current Protocols in Molecular Biology* (FMAusubel et al., 1987, and regularly updated); and *PCR: The Polymerase Chain Reaction* (Mullis et al., 1994). The primers, probes, blocking agents, and kits used in this application can be prepared using standard techniques known in the art.
[0028] Unless otherwise defined, the technical and scientific terms used in this application have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this application pertains.
[0029] definition
[0030] In this application, "DNA methylation" refers to the addition of a methyl group to the 5-position of cytosine (C), which is usually (but not necessarily) in the case of CpG (cytosine followed by guanine) dinucleotides. As a stable modification state, it can be inherited by newly formed daughter DNA during DNA replication under the action of DNA methyltransferases, and is an important epigenetic mechanism. During DNA methylation, methylation of the gene promoter region can lead to transcriptional silencing of tumor suppressor genes, thus it is closely related to tumorigenesis. Abnormal methylation includes hypermethylation of tumor suppressor genes and DNA repair genes, hypomethylation of repetitive DNA sequences, and loss of imprinting of certain genes, all of which are associated with the development of various tumors.
[0031] In the implementation scheme, a variety of different methods can be used to detect DNA methylation alterations. Methods for detecting DNA methylation include, for example, methylation-sensitive restriction endonuclease (MSRE) assays using Southern or polymerase chain reaction (PCR) analysis, methylation-specific or methylation-sensitive PCR (MS-PCR), methylation-sensitive single nucleotide primer extension (Ms-SnuPE), high-resolution melting (HRM) analysis, bisulfite sequencing, pyrosequencing, methylation-specific single-strand conformation analysis (MS-SSCA), combined bisulfite restriction analysis (COBRA), methylation-specific denaturing gradient gel electrophoresis (MS-DGGE), methylation-specific melting curve analysis (MS-MCA), methylation-specific denaturing high-performance liquid chromatography (MS-DHPLC), and methylation-specific microarrays (MSO). These assays can be PCR analysis, quantitative analysis using fluorescent labels, or Southern blot analysis.
[0032] In this application, "methylation assay" refers to any assay that determines the methylation status of one or more CpG dinucleotide sequences within a DNA sequence.
[0033] In this application, "detection" refers to any process of observing a biomarker or biomarker alteration (e.g., a change in the methylation state of a biomarker or the expression level of a nucleic acid or protein sequence) in a sample, regardless of whether the biomarker or biomarker alteration is actually detected. In other words, the act of detecting a biomarker or biomarker alteration in a sample is "detection," even if the biomarker is determined to be absent or below a sensitivity level. Detection can be a quantitative, semi-quantitative, or non-quantitative observation and can be based on comparison with one or more control samples.
[0034] In this application, "amplification" refers to the process of obtaining multiple copies of a nucleic acid from a specific locus, such as genomic DNA or cDNA. Amplification can be achieved using any of a variety of known methods, including but not limited to polymerase chain reaction (PCR), transcription-based amplification, and strand displacement amplification (SDA).
[0035] Nucleic acid molecules can be detected using a variety of different methods. Nucleic acid detection methods include, for example, PCR and nucleic acid hybridization (e.g., Southern blotting, Northern blotting, or in situ hybridization). Specifically, oligonucleotides capable of amplifying target nucleic acids (e.g., oligonucleotide primers) can be used in PCR reactions. PCR methods typically include the following steps: obtaining a sample, isolating nucleic acids (e.g., DNA, RNA, or both) from the sample, and contacting the nucleic acids with one or more oligonucleotide primers that specifically hybridize with the template nucleic acid under conditions that allow amplification of the template nucleic acid to occur. In the presence of the template nucleic acid, an amplification product is generated. The conditions for nucleic acid amplification and detection of the amplification product are known to those skilled in the art. Various improvements to basic PCR techniques have been developed, including but not limited to anchored PCR, RACE PCR, RT-PCR, and ligase chain reaction (LCR). In the amplification reaction, the primer pair must anneal to the opposite strands of the template nucleic acid and should be kept at an appropriate distance from each other so that the polymerase can efficiently polymerize across regions and so that the amplification product can be easily detected, for example, by electrophoresis. For example, computer programs such as OLIGO (Molecular Biology Insights Inc., Cascade, Colo.) can be used to design oligonucleotide primers to facilitate the design of primers with similar melting temperatures. Typically, oligonucleotide primers are 9–30, 40, or 50 nucleotides in length (e.g., lengths of 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, or 50 nucleotides), but oligonucleotide primers can be longer or shorter, provided appropriate amplification conditions are used.
[0036] Detection of amplification products or hybridization complexes is typically achieved using detectable labels. The term "label," when referring to nucleic acids, is intended to include both direct labeling of nucleic acids by coupling (i.e., physically linking) a detectable substance to the nucleic acid, and indirect labeling of nucleic acids by reacting with another reagent that has directly labeled the detectable substance. Detectable substances include a variety of enzymes, prosthetic groups, fluorescent materials, cryoluminescent materials, bioluminescent materials, and radioactive materials. Examples of suitable enzymes include horseradish peroxidase, alkaline phosphatase, β-galactosidase, or acetylcholinesterase; examples of suitable prosthetic group complexes include avidin / streptin and avidin / biotin; examples of suitable fluorescent materials include umbelliferone, luciferin, luciferin isothiocyanate, rhodamine, dichlorotriazineamine luciferin, dansyl chloride, or phycoerythrin; examples of cryoluminescent materials include luminol; and examples of bioluminescent materials include luciferase, insect luciferin, and jellyfish protein. Examples of indirect labeling include end-labeling of nucleic acids with biotin, making the nucleic acid detectable using fluorescently labeled avidin streptavidin.
[0037] In this application, "nested cross-validation" involves searching for hyperparameters by estimating the generalization error of the base model to obtain the optimal parameters for the model. The nested cross-validation process consists of two loops: an outer loop and an inner loop. The inner loop is the cross-validation function that searches for the optimal hyperparameters of the model, aiming to provide the outer loop with the best hyperparameters. Examples include random search or grid search. The outer loop provides training data to the inner loop while reserving some data for testing the inner loop model. This approach prevents information leakage from the data, resulting in a relatively low model scoring bias.
[0038] In this application, "biological age" refers to an individual's current age within their life course, representing the stage they have reached in their potential lifespan. It is an age measured from a medical and biological perspective, indicating the degree of a person's growth, maturity, or aging, and is an age-related representation of their physical condition. Biological age is not equivalent to chronological age; the former represents a person's developmental level, physical condition, and vitality, and is a comprehensive index of human health, an objective description of the degree of aging.
[0039] Assessing biological age is crucial for personal health management and disease prevention. Understanding one's biological age can help individuals take appropriate health measures, such as improving dietary habits, increasing physical activity, and reducing stress, to slow down the aging process and improve quality of life.
[0040] In this application, "calendar age," also known as decadal age, natural age, or chronological age, refers to age calculated according to a person's birth year and month. This is an age calculated purely from the passage of time, reflecting a person's life milestones and the length of their lifespan.
[0041] This application provides a methylation biomarker for detecting biological age, wherein the methylation biomarker includes at least 800 biomarkers listed in Table 1. The at least 800 biomarkers may be, for example, 800, 850, 900, 950, 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, 1500, 1550, 1600, 1650, 1700, 1750, 1800, 1850, 1900, 1950, 2000, 2050, 2100, 2150, 2200, 2250, 2300, 2311, or any value between these values.
[0042] In this application, the chromosome number and its start and end positions on the chromosome are all referenced to the human reference genome hg38.
[0043] Table 1. Relevant information for 2311 markers
[0044]
[0045]
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[0069]
[0070]
[0071]
[0072] In one specific embodiment, the methylation markers include the markers numbered below in Table 1: 1-4, 20-22, 27, 29-30, 36, 43, 48-51, 54-57, 66-70, 73, 78-82, 87, 92, 94, 98, 100, 103-108, 110, 114-115, 119, 122-123, 129, 139-140, 146-147, 154, 159, 164-165, 173-178, 180, 184, 186, 188-189, 191, 193, 201-203, 210, 212, 219-225, 227, 229, 231-238, 24 0-241, 243-244, 246-247, 249, 255, 258-259, 261, 263-265, 272, 289, 292-294, 296-297, 305-312, 315-318, 323, 325, 327, 333, 335-336, 342-343, 351 355-356, 360, 363, 372-373, 376, 382-384, 386-388, 390-393, 398, 400, 408-411, 413, 417, 419, 421, 423, 438, 443-446, 454-456, 459-463, 466, 476 484-485, 491, 495-497, 499, 509, 515, 520-523, 527-534, 541-549, 555-556, 558-564, 566-567, 573-575, 585-588, 594, 596, 598-599, 608-610, 616, 6 28-630, 637, 643-644, 651, 662-663, 673-675, 686, 691-694, 698-700, 708-711, 714, 716-720, 722-726, 728-734, 736-737, 740, 743-744, 748-752, 75 4-755, 759, 765, 771, 776-777, 779-783, 786, 792-794, 803, 809, 811, 823, 827-829, 831-832, 834-841, 844-848, 850, 852, 855-856, 864-866, 868-869 871, 875, 879, 891, 895-899, 904, 909-913, 921, 923-925, 930, 932-934, 936-939, 941-945, 950, 952, 960-961, 963-965, 968-969, 973, 975-977, 9961005、1012、1022、1028-1029、1034、1036-1046、1053-1057、1071-1076、1079、1090、1096-1098、1100-1101、1103-1104、1107、1109-1110、1115-1118、1122、1124-1125、1127、1130、1135、1138、1141-1142、1149-1150、1153、1155、1165-1168、1172-1173、1177-1180、1182-1186、1189-1191、1196-1202、1204-1207、1209、1212-1213、1223、1227-1230、1232-1233、1239、1245-1246、1253-1255、1257、1259、1261、1265-1266、1268、1279-1281、1285-1287、1293-1294、1297-1301、1304、1307-1309、1313、1318、1324-1327、1332、1336-1338、1346、1448-1349、1352、1354-1355、1357-1359、1361、1373-1374、1382、1386-1388、1395、1410-1412、1414-1415、1417-1418、1420-1423、1426、1428-1433、1436、1439-1440、1445-1446、1450-1452、1455、1470、1474、1476、1478、1485-1486、1490-1493、1496、1498-1501、1505-1506、1508、1512-1518、1520-1529、1537-1538、1543-1545、1554、1557-1560、1566-1567、1569-1584、1592、1599-1601、1605-1606、1609、1611-1612、1622、1628、1632-1633、1643-1646、1648、1650-1652、1654-1655、1660-1661、1664-1665、1667-1668、1670、1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695、1697、1704、1708、1717、1723、1725、1728、1736、1738、1744、1751、1766, 1769-1770, 1773-1776, 1783-1785, 1789-1795, 1799-1806, 1809-1811, 1814, 1816, 1820, 1826-1827, 1829, 1831, 1833, 1837-1840, 1842-1844, 1847, 1850, 1852, 1864, 1866, 1869, 1876, 1882, 1884-1895, 1898-1908 1912-1913, 1915-1916, 1921, 1925-1927, 1929, 1938, 1944-1946, 1952, 1956-1958, 1962, 1971-1972, 1974, 1977-1979, 1986, 1988-1993, 1995-1996, 1998-1999, 2005-2009, 2011-2013, 2016-2021, 2027-2030, 2034-2035 5, 2037, 2039, 2049-2055, 2057-2059, 2061-2064, 2068-2070, 2075-2079, 2095-2097, 2104-2105, 2107-2108, 2111, 2114, 2126, 2129-2132, 2136, 2141, 2144-2145, 2147-2152, 2154-2155, 2160, 2166, 2175, 2177-2178, 21 80, 2183-2184, 2186, 2189-2190, 2199-2200, 2202-2205, 2207, 2213-2215, 2217-2218, 2227, 2229, 2231, 2235-2237, 2244, 2246, 2250, 2252, 2254, 2256, 2261, 2264-2267, 2282-2284, 2286-2290, 2297-2302, and 2305-2310.
[0073] This application also provides the use of the above-mentioned methylation markers in the preparation of kits for detecting biological age.
[0074] This application also provides a composition for detecting biological age, the composition comprising: a nucleic acid for detecting the methylation state of the above-mentioned methylation marker, wherein the methylation state of the methylation marker is characterized by the methylation of the target sequence of the methylation marker.
[0075] This application also provides a kit containing reagents for detecting the above-mentioned methylation markers.
[0076] This application makes no restrictions on the reagents described, which can be selected as needed, such as primers, probes, etc.
[0077] The kit of this application can be used to detect samples selected from cell lines, histological sections, tissue biopsies / paraffin-embedded tissues, body fluids, feces, colonic effluent, urine, plasma, serum, whole blood, isolated blood cells, cells isolated from blood, or combinations thereof. Preferred samples are plasma and tissue.
[0078] This application also provides a nucleic acid for targeting the aforementioned methylation markers.
[0079] This application obtained its biomarker from a large sample pool, which can be used as a stable methylation biomarker for assessing human biological age. The detection results of this application's methylation biomarker show that when used to detect age, the correlation coefficient between the detected age and the actual age can reach above 0.9, indicating good accuracy.
[0080] Example
[0081] The following description provides exemplary embodiments of this application, including various details to aid understanding, and should be considered merely exemplary. Therefore, those skilled in the art will recognize that various changes and modifications can be made to the embodiments described herein without departing from the scope and spirit of this application. Similarly, for clarity and brevity, descriptions of well-known functions and structures are omitted in the following description.
[0082] Unless otherwise specified, the experimental methods used in the following examples are conventional methods.
[0083] Unless otherwise specified, all materials and reagents used in the following examples are commercially available.
[0084] Example 1: Whole-genome methylation detection
[0085] 1. DNA extraction and quality control
[0086] 1.1 DNA Extraction
[0087] Sample lysis
[0088] Add 20 μl Proteinase K and 200 μl Leukocyte Lysis Buffer I to the sample storage tube using an electric continuous dispensing device, mix thoroughly, and incubate at 56°C for 30 min.
[0089] During sample lysis, the following reagents, as shown in Table 2, were added to the 96DW deep-well plate using a liquid workstation:
[0090] Table 2
[0091] Position Reagent & Amount Sample Plate Buffer ML: 200 μl Wash Plate I Buffer MWI: 750 μl Wash Plate II Buffer MWI: 750 μl Wash Plate III Buffer MWII: 750 μl Wash Plate IV Buffer MWIII: 750 μl Elution Plate Buffer EB: 150 μl
[0092] Then, it is verified in plasma samples, and the experimental detection method is as follows:
[0093] Machine extraction
[0094] Add the lysis products to the Sample Plate in sequence; (Note: To prevent the lysis products from being added to the wrong location, the area after adding the sample must be immediately sealed with a silicone cap before adding the next sample.)
[0095] Turn on the AE2130 instrument, place the deep well plate into the instrument in sequence, and then run the program '2517-lysis';
[0096] After about 20 minutes, the instrument was paused. The 'Sample Plate' was removed, and 310 μl of a well-mixed mixture of magnetic beads and binding fluid was added to the deep well plate using an electric continuous dispensing device.
[0097] Reinsert the 'Sample Plate' into the AE2130 instrument and continue running the program;
[0098] After about 25 minutes, the program will finish running. Remove the deep well plate and magnetic sleeve from the instrument, transfer the elution product from the 'Sample Plate' to a 1.5 mL EP tube, freeze it, and take a picture for record.
[0099] 1.2 DNA quality inspection
[0100] 1.2.1 Concentration and purity determination
[0101] On a NanoDrop 2000, 2 μl of the extracted product was taken for concentration and purity determination.
[0102] 1.2.2 Qubit Concentration Determination
[0103] Transfer 2 μl of the extracted product to a PCR plate using a variable-gap pipette, dilute 10-fold, mix well, and then determine the concentration in a Qubit.
[0104] Completeness test
[0105] Take 6 μl of the diluted product from 1.2.2 and perform agarose gel electrophoresis to detect genomic DNA integrity.
[0106] Note: Downstream warehousing will commence immediately after quality inspection.
[0107] 2. Construction of the WGBS Library
[0108] 2.1 DNA fragmentation and screening
[0109] After thawing, the DNA samples (including positive control samples) should be shaken and centrifuged, arranged in their original order, and temporarily stored at 4°C.
[0110] Sample homogenization: Take a low-adsorption PCR plate, add samples in a fixed order, and then add water to bring the volume to 130 μl;
[0111] Mechanical fragmentation procedure: Add 130 μl of the homogenized sample to the fragmentation tube, paying attention to the placement and order of the fragmentation tubes, and perform fragmentation according to the fragmentation procedure; after fragmentation, transfer 129 μl to a new purification plate, and add 1 μl of fragmented λDNA at a concentration of 0.05 ng / μl to each sample.
[0112] Interruption procedure: peak power 450, duty factor 30, cycle / burst 194, interrupt time 120s
[0113] Fragment screening: Balance the magnetic beads 30 minutes in advance and perform fragment screening on the automated workstation. Note that pipette tips and reagents should be prepared and the operating procedure verified 10 minutes in advance. Prepare the end-repair mix (see Table 2 for specific components) in advance and add it to a new low-adsorption PCR plate. The automated system will add the elution product to the mix and mix thoroughly (if paused, the elution product can be directly recovered and temporarily stored at -20℃).
[0114] Random sampling: The remaining products can be temporarily stored, and 1 to 3 samples from different locations will be randomly selected and diluted 10 times for concentration and peak quality inspection.
[0115] 2.2 Library Construction
[0116] 2.2.1 Terminal repair response + A-tail
[0117] The end-repair reaction solution can be prepared 10 minutes in advance according to the system shown in Table 3. After shaking and mixing, centrifuge at 400g for 5s, dispense into 8-tube PCR tubes, and then use a pipette to add the reaction solution to a new low-adsorption PCR plate on an ice box for later use.
[0118] Add 11 μl of the screened product to a low-adsorption PCR plate containing the end-repair mix, seal, shake, centrifuge, and run on the PCR machine.
[0119] Table 3
[0120] Reagent Individual Amount (μl) Enzyme 1-2 2 Buffer 1 1 Buffer U 1.5
[0121] Reaction program: Hot cap 66℃, 25℃ 30 min, 56℃ 20 min, 4℃ forever
[0122] 2.2.2 Add connector
[0123] The reaction solution can be prepared 5 minutes in advance according to the system shown in Table 4. After vortexing and mixing, centrifuge at 400g for 5 seconds, and aliquot into 8-tube PCR tubes for later use on an ice box. Use a multi-channel pipette to add the reaction solution to the PCR plate containing the end-repair products, seal the plate, vortex, centrifuge, and run the reaction.
[0124] Table 4
[0125] Reagent Individual Amount (μl) Enzyme 2 1 Buffer 2 1.5 Buffer U 0.5 Adapter (2 μm) 2
[0126] Reaction procedure: Close the hot lid, 22°C for 40 minutes, 4°C forever.
[0127] 2.2.3 Purification of adapter products
[0128] Prepare columns and collection tubes in advance. Label the columns with the corresponding numbers. Alternatively, prepare clean 1.5mL EP tubes in advance and label them with the corresponding numbers.
[0129] Add 140 μl of DNA Binding Buffer to the sample, mix 5 times, and then transfer the entire amount to the corresponding column.
[0130] Centrifuge at 13000 rcf for 30 seconds (to ensure complete separation of the liquid);
[0131] Add 200 μl of DNA Wash Buffer to the column, centrifuge at 13000 rcf for 30 seconds (to ensure complete separation of the liquid);
[0132] Repeat the previous step;
[0133] After centrifugation, place the column on a previously prepared 1.5 mL EP tube and add 22 μl of EB Buffer;
[0134] Centrifuge at 13000 rcf for 30 seconds (to ensure complete separation from the liquid);
[0135] Take 20 μl of the liquid and proceed to the next step, Mix, for reaction.
[0136] 2.2.4 Inactivation reaction
[0137] The reaction solution can be prepared 10 minutes in advance according to the system shown in Table 5. After vortexing and mixing, centrifuge at 400g for 5 seconds, and aliquot into 8-tube PCR tubes for later use on an ice box. Use a multipipe to add the reaction solution to a new low-adsorption PCR plate, then add the purified product, seal the plate, vortex, centrifuge, and run the reaction.
[0138] Table 5
[0139] Reagent Individual Amount (ul) Enzyme 4 0.2 Buffer 4.1 0.8 Buffer 4.2 1 Buffer U 2.5
[0140] Reaction procedure: 84℃ hot, 74℃ for 10 minutes, 4℃ forever
[0141] 2.3 Transformation
[0142] After inactivation, the sample was mixed with 130 μl of LC reagent using a 200 μl pipette, blow-mixed 10 times, sealed, and then subjected to the conversion reaction. After the reaction was completed, the sample could be stored at 4°C for 20 hours.
[0143] Reaction procedure: Hot cap 105℃. 98℃ for 8 minutes, 54℃ for 60 minutes, 4℃ forever.
[0144] After the reaction is complete, remove the sealing film and proceed with the following steps.
[0145] Prepare columns and collection tubes in advance. Write the corresponding numbers on the columns. Alternatively, prepare clean 1.5ml EP tubes in advance and write the corresponding numbers on them.
[0146] Add 600 μl of M-Binding Buffer to the column, then transfer all the sample to the column, cap it, and invert it 10 times.
[0147] Centrifuge at 13000 rcf for 30 seconds (to ensure complete separation from the liquid);
[0148] Add 100 μl of M-Wash Buffer to the column, centrifuge at 13000 rcf for 30 s (to ensure complete separation of liquid);
[0149] Add 200 μl L-Desulphonation Buffer, let stand at room temperature for 15 min, then centrifuge at 13000 rcf for 30 s (to ensure complete separation of the liquid);
[0150] Add 200 μl of M-Wash Buffer to the column, centrifuge at 13000 rcf for 30 s (to ensure complete separation of liquid);
[0151] Repeat the previous step;
[0152] After centrifugation, place the column on the previously prepared 1.5mL EP tube, add 10μl EB Buffer, 10000rcf, and centrifuge for 30s (to ensure complete separation of the liquid).
[0153] Take 9 μl of the liquid and proceed to the next step, Mix, for reaction.
[0154] 2.4 Library Amplification
[0155] The PCR reaction solution can be prepared 5 minutes in advance according to the system shown in Table 6, dispensed into 8-tube PCR tubes, and added to a new low-adsorption PCR plate using a pipette. Add index to each tube, record the results, and finally add the purified product. After sealing, shake, centrifuge, and run the PCR reaction.
[0156] Table 6
[0157] Reagent Individual Amount (ul) PCR Enzyme 0.5 2X PCR Buffer 12.5 P5N Primer (10 pmol / ul) 1.5 P7 Primer (10 pmol / ul) 1.5 (single addition)
[0158] Reaction program: Hot cap 105℃. 94℃ 2min; (98℃ 10s, 52℃ 30s, 68℃ 15s) 12 cycles; 72℃ 1min; 4℃ forever
[0159] 2.5 Library Purification
[0160] After the reaction is complete, remove the sealing film and proceed with purification on the automated workstation. Note that you should prepare the pipette tips and reagents 10 minutes in advance, take photos for documentation, and verify the operating procedure.
[0161] During automated operation, prepare 1.5ml low-adsorption EP tubes for shipment, and complete label printing, affixing, and shipment information preparation. After purification is complete, use an adjustable-gap pipette to transfer the purified product into the labeled tube and record the results.
[0162] Subsequently, three samples were randomly selected for concentration and peak plot testing. Any abnormalities were reported to the person in charge of database construction.
[0163] 3. Document Quality Inspection
[0164] The Bioptic Qsep100 fully automated nucleic acid and protein analysis system or the Agilent 2100 bioanalyzer can be used to detect the fragment distribution of a library.
[0165] Effective concentration of qPCR quality control library.
[0166] 4. Lab session
[0167] The library sequencing platform was an Illumina Nova 6000 sequencer, and the sequencing mode was PE150.
[0168] 5. Data technical parameter requirements:
[0169] Sequencing data ≥90G / sample
[0170] BS conversion rate ≥99%,
[0171] Data redundancy <23% (number of duplicate reads in the mapping divided by the number of mapping reads).
[0172] Clean reads comprised >85% of the original data.
[0173] After deduplication: Genome coverage of 1× or higher >90%, Genome coverage of 5× or higher >85%
[0174] The coverage of 5×mCG (excluding sex chromosomes) is >70%.
[0175] Example 2: Biomarker Screening Process
[0176] The screening method for age-related methylation regions is as follows:
[0177] Quality control: We used quality control software such as FASTP to check the quality of 1238 raw WGBS sequencing data, and filtered, truncated or removed low-quality reads to obtain the corresponding clean data.
[0178] Alignment and deduplication: The quality-controlled clean data was aligned to the reference genome (hg38) using Bismark Bowtie2 alignment software; the BAM files from the initial alignment were deduplicated using deduplicate_bismark.
[0179] Extracting methylation site information: Using Bismark_methylation_extractor to extract the corresponding methylation site information, the final methylation CG file (including all individual CG site information files) is obtained;
[0180] Marker target area construction:
[0181] The entire genome is dissected to identify CpG-enriched regions, requiring that the distance between two CpG sites not exceed Lbp, resulting in candidate region1. Due to sequencing read length limitations, it is recommended to set L to a number less than 100, thus obtaining a shorter CG-enriched region.
[0182] Screening for age-related biomarkers: 1215 samples from batch 1 were sorted into... Figure 1The 5×5 nested cross-validation was split: the outer loop had 5 groups, and the training set for each outer loop group was further split into 5 groups. Taking the first outer loop as an example, its training set was split into 5 groups (i.e., the inner loop). For each group (a total of 5 groups) of the training set in the inner loop, Age was used as the response variable, methylation as the independent variable, and gender as the covariate. A multiple linear regression model was performed for each biomarker, using False Discovery. The Rate (FDR) method corrects the p-value corresponding to the age coefficient to obtain the corrected q-value. We select the top 1000 markers with the smallest q-values, and finally select the union of 5 groups of markers, totaling 1507 marker fragments (markers numbered as follows in Table 1: 1-6, 18-33, 36-37, 42-43, 48-51, 54-58, 60, 64-70, 72-74, 78-82, 85, 87, 91-94, 96, 98-110, 114-115, 118-123, 125-126, 129, 136, 138-14). 1, 146-154, 158-159, 164-170, 173-178, 180-182, 184-186, 188-195, 201-203, 208-212, 215-216, 218-225, 227, 229, 231-238, 240-241, 243-244, 246-247, 249, 251, 253-255, 258-265, 267, 272-274, 280, 289, 292-294, 296-300, 304-312, 314-318, 323, 325, 327, 333, 335-336, 339, 342-344, 351, 355-356, 359-363, 365, 369-373, 375-376, 379, 381-384, 386-388, 390-394, 398-400, 403, 405, 407-415, 417, 421, 423, 425, 428, 435, 437-438, 441-449, 451, 454-456, 459-463, 466, 468, 470-472, 474-487, 49 1. 495-497, 499-500, 504, 508-510, 513-515, 517, 519-523, 526-538, 541-549, 553-564, 566-567, 573-575, 577, 581, 585-590, 592, 594-596, 598-603, 606-612, 616-617, 623, 628-631, 633-634, 637, 639, 642, 646, 648-652, 655, 657-660, 662-663, 665667-668、670-677、679、685-686、689-705、707-714、716-720、722-737、740、742-744、747-755、757、759、765-773、775-777、779-783、786-789、791-794、796、798-800、803、805-812、818、821、823、826-829、831-842、844-848、850-852、854-861、864-871、873-875、877-880、883-887、891-892、894-902、904-905、909-921、923-927、930、932-939、941-945、950、952、956、959-961、963-965、967-977、980、983、985-986、994-998、1001-1003、1005、1008-1015、1017、1021-1022、1025-1029、1034-1046、1049、1052-1057、1062-1066、1069、1071-1076、1079、1085、1090-1091、1094-1098、1100-1104、1107、1109-1110、1115-1119、1121-1122、1124-1125、1127、1129-1130、1132、1135、1138、1141-1142、1144、1146-1153、1155-1158、1160、1163-1175、1177-1180、1182-1191、1194-1202、1204-1207、1209-1214、1216-1217、1219、1221、1223、1225-1230、1232-1239、1245-1246、1253-1269、1277、1279-1281、1283-1289、1291、1293-1294、1297-1301、1303-1309、1311、1313、1318、1320、1323-1328、1332-1333、1335-1338、1340、1346、1348-1350、1352、1354-1355、1357-1361、1365-1366、1370、1373-1376、1378、1382、1384-1388、1391-1393、1395、1400-1415、1417-1423、1426、1428-1436、1438-1441、1445-1446、1450-1455、1457、1459-1461、1465、1467、1469-1470、1472-1474、1476、1478、1482-1486、1488、1490-1493、1496、1498-1501、1505-1506、1508、1511-1518、1520-1532、1535、1537-1538、1541-1545、1547-1548、1550-1551、1554、1557-1560、1562、1564-1567、1569-1584、1591-1595、1599-1601、1604-1606、1609、1611-1616、1620、1622、1624-1633、1635-1636、1643-1646、1648-1652、1654-1656、1660-1661、1664-1665、1667-1668、1670、1674-1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695-1700、1704-1705、1708、1710、1712、1714、1716-1717、1722-1729、1734-1736、1738、1740、1744-1749、1751、1758、1760、1762、1766、1769-1777、1783-1785、1789-1795、1797、1799-1806、1808-1811、1813-1814、1816、1820、1822-1823、1825-1829、1831、1833-1834、1837-1844、1846-1847、1850-1852、1855、1858-1859、1864、1866、1869、1872-1874、1876-1877、1879-1910、1912-1916、1918-1922、1924-1931、1936、1938、1944-1946、1950-1959、1961-1962、1964、1968、1971-1972、1974、1976-1981、1986、1988-1999、2004-2009、2011-2013、2015-2022、2027-2037、2039、2049-2055、2057-2059、2061-2070、2073-2085、2095-2097、2104-2105、2107-2112、2114-2126、2129-2132、2136-2138, 2140-2145, 2147-2155, 2158, 2160, 2163, 2166, 2171, 2173-2190, 2192-2195, 2198-2200, 2202-2209, 2211, 2213-2215, 2217-2218, 2227 2229, 2231-2233, 2235-2242, 2244-2246, 2248, 2250, 2252-2254, 2256, 2261, 2263-2268, 2279, 2282-2284, 2286-2294, 2297-2303, and 2305-2310). The remaining four groups were then subjected to feature screening in the same manner as described above, resulting in 1507 markers (listed in Table 1 as follows: 1-4, 7-10, 17-18, 20-22, 27, 29-30, 36-38, 40-45, 48-51, 54-59, 66-70, 73-76, 78-82, 84, 87, 92, 94-95, 97-108, 110, 112-115, 119, 121-123, 125, 129, 133, 139-144, 146-151). 153-156, 159, 164-166, 173-178, 180-181, 183-186, 188-189, 191-193, 196-198, 201-203, 206-212, 219-225, 227-241, 243-253, 255-256, 258-259, 261, 263-267, 269-270, 272-279, 282-283, 288-289, 292-294, 296-300, 30 3-313, 315-318, 323, 325, 327, 333-338, 342-343, 349-357, 359-360, 362-365, 368-373, 377-378, 381-384, 386-388, 390-393, 395-400, 402-404, 406, 408-411, 413, 417, 419, 421, 423, 428, 435, 437-438, 440, 443-446, 448, 4 50-456, 459-470, 472, 476, 479-480, 484-485, 488, 491, 495-497, 499-500, 507-509, 514-515, 517, 519-525, 527-534, 540-549, 551-552, 555-556, 558-564, 566-568, 570-571, 573-576, 579-580, 583-592, 594-596, 598-599,602-610、613-618、625、627-630、637、639、642-646、648-652、659-660、662-664、671、673-675、678、681、686、688-700、707-720、722-726、728-741、743-752、754-757、759-760、764-771、774-777、779-783、786、788、792-794、799-800、803、808-809、811-812、820-824、827-829、831-841、844-850、852-856、861-882、884、888-892、894-899、903-904、908-913、916、921、923-927、930、932-934、936-946、950-952、956、959-961、963-965、968-969、971-973、975-977、984-985、989、991、994-998、1001-1002、1004-1007、1012-1017、1021-1022、1024、1028-1029、1033-1034、1036-1048、1053-1062、1064-1067、1070-1076、1078-1079、1082-1087、1090、1092-1093、1096-1098、1100-1104、1106-1107、1109-1110、1112-1113、1115-1119、1121-1122、1124-1127、1130-1135、1137-1139、1141-1142、1144、1149-1153、1155、1158、1161、1163、1165-1168、1172-1173、1175、1177-1186、1189-1191、1194-1202、1204-1207、1209、1211、1212-1215、1217-1218、1220、1223、1225、1227-1230、1232-1236、1239、1241-1242、1245-1246、1248-1251、1253-1262、1265-1268、1271-1272、1275、1277、1279-1282、1285-1288、1290、1292-1294、1297-1305、1307-1309、1312-1315、1318、1323-1328、1332-1334、1336-1338、1340、1346、1348-1349、1351-1361、1364-1366、1373-1374、1381-1382、1386-1388、1393-1395、1400、1409-1412、1414-1418、1420-1423、1426、1428-1433、1436-1441、1445-1446、1449-1455、1457-1462、1465、1469-1471、1474、1476、1478-1480、1485-1486、1490-1496、1498-1501、1504-1508、1511-1530、1532、1535、1537-1538、1541-1545、1554、1557-1562、1565-1585、1588-1590、1592、1594、1599-1602、1605-1609、1611-1612、1615、1619-1620、1622-1625、1627-1634、1637-1641、1643-1646、1648-1652、1654-1655、1660-1661、1664-1668、1670-1672、1674-1675、1677、1679-1682、1684-1685、1687-1697、1700、1703-1704、1708、1716-1719、1723、1725、1728-1729、1733-1734、1736、1738、1743-1746、1749、1751-1753、1755、1759-1762、1766、1769-1777、1779-1785、1789-1795、1799-1806、1808-1812、1814-1816、1820、1823-1827、1829、1831-1835、1837-1848、1850、1852、1855-1858、1861、1864、1866-1878、1882-1910、1912-1913、1915-1922、1924-1931、1933-1934、1938、1941-1946、1952、1954-1958、1961-1962、1964、1971-1972、1974、1977-1981、1986、1988-1999、2004-2009、2011-2013、2016-2021、2023-2024、2026-2032、2034-2039、2042、2044-2047、2049-2055、2057-2059, 2061-2070, 2075-2079, 2082-2083, 2087-2097, 2104-2105, 2107-2108, 2111, 2119-2120, 2122, 2125-2127, 2129-2132, 2136, 2138-2157, 2160, 2162, 2166, 2175, 2177-2178, 2180, 2183-2184, 2186, 2188-2190, 2196, 2199-2200, 2202-2205, 2207-2210, 2213-2219, 2222, 2225-2231, 2233, 2235-2238, 2240, 2244-2252, 2254-2257, 2261, 2264-2267, 2274-2278, 2280-2292, 2294-2302, and 2304-2310), 1519 (markers numbered 1-5, 8-12, 15-18 in Table 1), 20-22, 27, 29-30, 36-38, 40-45, 47-51, 54-57, 59, 62, 66-73, 76, 78-82, 84, 86-87, 92, 94-96, 98-110, 112-116, 118-119, 122-123, 125-127, 129, 134 136, 139-142, 146-156, 159, 164-165, 167-178, 180, 184, 186, 188-189, 191, 193, 199-203, 205, 207, 209-212, 214, 216, 219-227, 229-238, 240-244, 2 46-249, 255, 257-261, 263-266, 271-274, 281-283, 287-289, 292-297, 301-302, 304-318, 321, 323, 325, 327, 333-336, 338, 342-348, 351, 355-356, 35 8-360, 362-363, 372-373, 376-379, 381-394, 398-402, 408-414, 416-421, 423-424, 426-428, 432-433, 435-438, 443-446, 448-449, 454-456, 458-464 466, 476, 478-482, 484-485, 488, 491-492, 496-500, 505-506, 508-510, 514-515, 520-523, 527-538, 540-550, 555-564, 566-570, 573-575, 577-578582、585-588、593-594、596-601、604-610、612、616、620-621、625、627-631、633、635、637、639-645、647、651、653、656-660、662-665、668-669、673-679、681-682、684、686、688-695、697-700、708-712、714、716-720、722-741、743-744、747-756、758-760、764-765、771、776-783、785-786、791-794、801、803-805、808-812、823、826-829、831-841、844-848、850、852-853、855-856、858-861、863-881、891、894-899、901-902、904、908-913、916-917、921-934、936-939、941-955、960-961、963-965、968-969、973、975-977、984、990-993、996、998-1000、1005、1012、1020-1023、1025、1027-1029、1031-1032、1034、1036-1050、1053-1058、1060-1068、1071-1076、1079、1081-1082、1085-1087、1090、1092-1094、1096-1098、1100-1101、1103-1118、1121-1122、1124-1125、1127-1128、1130-1132、1135、1138-1143、1149-1157、1160-1161、1163、1165-1173、1177-1207、1209-1210、1212-1213、1215、1223-1224、1227-1230、1232-1236、1239-1240、1244-1246、1251-1255、1257、1259-1261、1264-1268、1271、1275、1279-1289、1292-1294、1296-1301、1303-1304、1307-1309、1312-1314、1316、1318、1323-1327、1332、1334、1336-1338、1341-1349、1352、1354-1362、1365-1367、1371-1374、1376、1378-1379、1381-1383、1386-1390、1394-1395、1400、1405-1406、1408、1410-1415、1417-1418、1420-1423、1425-1436、1439-1440、1442-1453、1455、1457-1459、1466-1470、1474、1476、1478-1483、1485-1503、1505-1506、1508-1518、1520-1529、1532-1533、1535-1538、1543-1548、1554、1557-1560、1565-1584、1586-1587、1590、1592、1594、1599-1606、1608-1609、1611-1612、1615-1617、1620、1622、1624-1628、1630-1633、1643-1646、1648-1657、1660-1661、1664-1670、1672、1674-1677、1679-1682、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1695、1697、1702-1704、1708、1716-1717、1720-1723、1725-1728、1730-1733、1736、1738、1741、1744、1747、1750-1754、1758、1761、1766、1769-1776、1778、1783-1785、1787-1797、1799-1811、1814-1817、1820、1823、1826-1827、1829-1833、1837-1840、1842-1847、1850、1852、1858-1860、1862、1864-1871、1875-1877、1880、1882、1884-1895、1898-1908、1912-1913、1915-1916、1918-1927、1929、1932、1935-1936、1938、1942-1947、1952-1953、1956-1958、1962、1971-1975、1977-1980、1984-2013、2016-2021、2023-2024、2026-2030、2033-2035、2037、2039-2042、2044-2055、2057-2064、2066-2070、2072-2079、2084、2088、2091、2095-2097、2099-2108、2111-2114、2116、2121-2126, 2129-2134, 2136, 2138-2152, 2154-2155, 2158, 2160, 2162-2164, 2166, 2168, 2173, 2175, 2177-2178, 2180, 2183-2184, 2186-2187, 2189 -2191, 2193, 2197, 2199-2200, 2202-2205, 2207-2208, 2212-2218, 2221, 2227, 2229, 2231, 2235-2237, 2241-2242, 2244, 2246, 2249-2250, 2252-2259, 2261, 2264-2267, 2272-2275, 2278-2292, 2295-2302, and 2305-2311), 1511 (markers with the following numbers in Table 1: 1-4, 6-8, 17-22, 25-33, 36, 38, 43, 47-51, 54-57, 66-74, 76) -85, 87, 92-95, 98, 100, 103-108, 110, 112-115, 118-119, 122-125, 129, 131-132, 134, 136-137, 139-140, 142, 145-149, 153-155, 159, 163-168, 170, 1 73-178, 180-181, 184, 186, 188-189, 191-194, 200-205, 207-213, 216, 219-241, 243-244, 246-247, 249, 251, 255-256, 258-261, 263-265, 268, 270-2 72, 277, 280, 282-283, 285-286, 288-289, 292-297, 304-312, 314-318, 322-327, 329-340, 342-344, 351, 355-356, 358-367, 369, 371-374, 376-377, 37 9-384, 386-388, 390-394, 398, 400, 407-413, 415-417, 419-423, 429-431, 438, 441-446, 449, 451, 453-456, 458-464, 466-467, 469, 472, 476-477, 479 484-485, 488-491, 494-502, 504-505, 509-511, 513, 515-517, 519-523, 526-536, 539-549, 555-564, 566-571, 573-575, 583, 585-594, 596, 598-603606-610、616、619、626-632、636-637、643-644、648-651、653-654、658-660、662-665、667-668、672-675、678、680、682、684、686、688-700、708-711、713-720、722-734、736-737、740、743-757、759-765、769-771、776-777、779-784、786-788、790-794、796-798、802-805、809、811-817、819、821-832、834-841、843-848、850-852、854-857、861、864-866、868-871、873-875、877-879、881-882、887、891-892、895-899、904、908-913、921、923-925、930、932-934、936-939、941-948、950-955、958-965、968-969、972-978、982、984-985、994-997、1001-1003、1005-1007、1011-1012、1021-1022、1025-1030、1032、1034-1049、1052-1057、1060、1071-1079、1082、1085-1090、1094、1096-1098、1100-1101、1103-1105、1107、1109-1110、1112、1115-1125、1127、1130、1132、1135、1138、1141-1142、1149-1151、1153、1155、1157-1162、1165-1168、1172-1173、1177-1186、1188-1191、1194-1202、1204-1207、1209、1212-1217、1222-1223、1227-1230、1232-1236、1239、1241-1243、1245-1247、1249、1251、1253-1255、1257-1259、1261-1262、1264-1266、1268-1271、1273-1274、1276-1283、1285-1289、1293-1294、1297-1301、1303-1310、1313-1314、1316、1318-1319、1324-1328、1330-1333、1336-1339、1342-1349、1352-1359、1361、1363、1367、1373-1374、1376-1378、1380-1383、1386-1388、1395-1397、1401-1406、1408-1412、1414-1415、1417-1418、1420-1423、1426-1433、1435-1436、1439-1441、1445-1446、1450-1452、1455、1460-1464、1466-1471、1474、1476-1478、1485-1488、1490-1496、1498-1501、1504-1509、1511-1518、1520-1529、1532-1534、1537-1547、1549、1551-1555、1557-1563、1565-1585、1589、1592、1594-1595、1599、1601-1602、1604-1606、1608-1613、1622、1627-1628、1632-1633、1635、1637-1641、1643-1646、1648-1656、1658-1661、1664-1668、1670、1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695-1697、1703-1704、1706、1708、1711-1715、1717、1723-1729、1731、1734、1736-1744、1751-1753、1755、1758-1762、1765-1766、1768-1777、1783-1785、1787-1796、1799-1806、1808-1811、1814-1818、1820-1823、1826-1829、1831、1833-1844、1847、1850、1852、1854-1855、1858、1864-1872、1874-1876、1879-1908、1912-1913、1915-1916、1918-1921、1925-1927、1929-1931、1935-1936、1938、1942-1946、1952、1956-1958、1962、1966-1967、1970-1975、1977-1979、1982、1986-1993、1995-1999、2004-2009、2011-2013、2016-2021、2024、2026-2032、2034-2035、2037、2039、2041, 2043, 2045, 2047, 2049-2064, 2066-2079, 2083, 2086, 2088, 2095-2098, 2104-2108, 2110-2111, 2114, 2116, 2119-2120, 2122, 2126-2132, 2135 -2136, 2138, 2141, 2144-2145, 2147-2156, 2158-2163, 2165-2167, 2171, 2173-2175, 2177-2178, 2180, 2183-2184, 2186-2187, 2189-2190, 2198-2208 2212-2219, 2221, 2223-2225, 2227, 2229, 2231-2238, 2243-2246, 2248-2250, 2252-2257, 2261-2267, 2269-2271, 2277-2279, 2282-2290, 2294, 2297-2302, and 2304-2310), 1484 (markers numbered below in Table 1: 1-4, 7-10, 13-14, 19-22, 27-36, 38-59, 61, 63, 65-74, 78-82, 87-92, 94-95, 98-112, 114-119, 121-124, 12 7, 129-130, 134-135, 139-142, 146-147, 154, 156-162, 164-165, 167, 170, 173-178, 180, 184, 186-189, 191-193, 196, 200-204, 210, 212, 216-217, 21 9-225, 227, 229-238, 240-244, 246-247, 249-251, 255, 258-265, 272, 280, 283-286, 288-289, 292-297, 305-312, 314-319, 321, 323, 325-328, 333-336 338-339, 341-344, 351, 355-356, 360, 363-365, 370, 372-373, 376-378, 382-384, 386-388, 390-394, 398-401, 408-414, 417-419, 421-423, 427-428 430, 434-438, 442-449, 453-464, 466, 469, 472-473, 476, 484-485, 491, 493-497, 499, 503-504, 508-509, 512, 514-515, 517-523, 527-536, 541-549555-556、558-568、570、572-575、577-578、583、585-588、592、594、596-599、601、608-612、616、622、624、627-631、635、637-639、643-644、648-651、656、658、662-663、665-668、673-675、677-679、681、683、685-688、691-694、696、698-700、705-706、708-720、722-741、743-744、746、748-752、754-756、758-761、765-773、776-784、786、788、790-796、803-805、809、811、823、825-829、831-832、834-841、844-848、850、852、854-857、863-866、868-869、871、875、879-882、891-893、895-899、901-902、904、906-913、921、923-925、930-934、936-939、941-948、950-952、955-957、960-961、963-966、968-969、973、975-977、979-981、987-988、994-997、1001-1003、1005、1012-1014、1017-1019、1022-1023、1025-1029、1033-1046、1048-1049、1051-1066、1070-1076、1078-1081、1090-1091、1093-1094、1096-1104、1106-1107、1109-1110、1112-1113、1115-1118、1122、1124-1125、1127、1129-1130、1135-1136、1138-1139、1141-1142、1145-1147、1149-1150、1152-1153、1155-1156、1160-1161、1163、1165-1167、1168-1173、1176-1180、1182-1186、1188-1191、1196-1202、1204-1210、1212-1217、1222-1223、1227-1230、1232-1233、1239、1241、1244-1247、1251-1255、1257-1262、1265-1268、1271、1277、1279-1281、1283-1287、1289、1292-1295、1297-1301、1304-1305、1307-1310、1313-1314、1316-1318、1320-1322、1324-1338、1341-1343、1346-1349、1352、1354-1359、1361、1367-1369、1373-1374、1376、1378-1379、1381-1383、1386-1389、1394-1395、1398-1402、1405、1408、1410-1412、1414-1418、1420-1426、1428-1433、1435-1436、1439-1441、1445-1446、1448-1458、1467-1468、1470、1474-1476、1478、1485-1496、1498-1501、1505-1506、1508、1512-1518、1520-1530、1534、1537-1538、1542-1548、1551、1554、1556-1560、1562-1563、1566-1584、1591-1592、1596-1602、1604-1606、1609、1611-1616、1618、1620-1625、1628、1630-1633、1637-1648、1650-1652、1654-1656、1659-1668、1670、1672-1681、1683-1688、1690、1692-1697、1699-1702、1704、1707-1710、1716-1717、1723、1725-1728、1736-1738、1740、1743-1744、1747、1751-1753、1755-1758、1761-1764、1766-1767、1769-1770、1773-1778、1782-1795、1798-1806、1809-1812、1814-1820、1826-1833、1835-1840、1842-1847、1849-1850、1852-1853、1855、1858-1859、1863-1864、1866、1869、1874-1878、1882-1913、1915-1916、1921、1925-1932、1936-1938、1940、1942-1949、1952-1953、1956-1958、1960-1967、1969、1971-1975、1977-1983, 1986, 1988-1993, 1995-1996, 1998-1999, 2005-2014, 2016-2021, 2023-2030, 2033-2037, 2039-2040, 2045-2047, 2049-2059, 2061-2064, 2068-2070, 2073-2079, 2088, 2095-2097, 2104-2109, 2111, 2114, 2116, 2125-2126, 2129-2132, 2134, 2136, 2139-2145, 2147-2155, 2 158, 2160, 2162, 2166, 2169-2172, 2174-2175, 2177-2178, 2180, 2183-2190, 2193, 2197, 2199-2200, 2202-2205, 2207, 2212-2221, 2227-2229, 2231, 2233, 2235-2240, 2244-2246, 2250, 2252-2261, 2263-2268, 2273, 2276-2279, 2282-2290, 2294-2295, 2297-2302, and 2305-2310) markers. The union of the five selected markers is 2311 (as shown in Table 1).
[0183] Example 3: Construction and Evaluation of Age Prediction Model
[0184] First, regarding the first group of outer loops in Example 2 ( Figure 1 Using age as the response variable and 1507 biomarkers as independent variables, an age prediction model based on DNA methylation was constructed using an elastic regression network on the training set. The model was used to predict ages on both the training and test sets, and the correlation coefficient (R), mean absolute error (MAE), and root mean squared error (RMSE) between the predicted age and calendar age were calculated. The results objectively reflect the model's prediction accuracy and numerically evaluate its performance. Specifically, the closer R is to 1, the higher the consistency between the predicted age and the actual age of the sample; the closer MAE and RMSE are to 0, the smaller the error between the predicted age and the actual age of the sample. The evaluation index for the training set was calculated to be R = 0.96. Figure 2 MAE = 3.62, RMSE = 3.96, and the evaluation metric R for the test set = 0.94. Figure 3The MAE was 3.85 and RMSE was 4.12, indicating that the model's performance on the training and test sets was basically the same. The test set results for the remaining four groups are shown in Table 7.
[0185] Table 7
[0186] R RMSE MAE Group 2 0.945 3.96 3.88 Group 3 0.956 4.13 3.72 Group 4 0.932 4.2 3.92 Group 5 0.961 3.91 3.68
[0187] Example 4: External Validation Set Evaluation
[0188] Similarly, using the model obtained in Example 3, the test was conducted on a 23-case external validation set, and the evaluation index R = 0.93 was calculated. Figure 4 The results show that the model can still achieve stable prediction results on the cross-platform external validation set, with MAE = 4.1 and RMSE = 4.25.
[0189] The above description is merely a preferred embodiment of this application and is not intended to limit the application in any other way. Any person skilled in the art may make changes or modifications to the disclosed technical content to create equivalent embodiments. However, any simple modifications, equivalent changes, and modifications made to the above embodiments based on the technical essence of this application without departing from the scope of the technical solution of this application shall still fall within the protection scope of this application.
Claims
1. A methylation marker for detecting biological age, wherein the methylation marker comprises at least 800 markers in Table 1.
2. The methylation marker of claim 1, wherein the methylation marker comprises the markers of Table 1 comprising markers numbered: 1-4, 20-22, 27, 29-30, 36, 43, 48-51, 54-57, 66-70, 73, 78-82, 87, 92, 94, 98, 100, 103-108, 110, 114-115, 119, 122-123, 129, 139-140, 146-147, 154, 159, 164-165, 173-178, 180, 184, 186, 188-189, 191, 193, 201-203, 210, 212, 219-225, 227, 229, 231-238, 240-241, 243-244, 246-247, 249, 255, 258-259, 261, 263-265, 272, 289, 292-294, 296-297, 305-312, 315-318, 323, 325, 327, 333, 335-336, 342-343, 351, 355-356, 360, 363, 372-373, 376, 382-384, 386-388, 390-393, 398, 400, 408-411, 413, 417, 419, 421, 423, 438, 443-446, 454-456, 459-463, 466, 476, 484-485, 491, 495-497, 499, 509, 515, 520-523, 527-534, 541-549, 555-556, 558-564, 566-567, 573-575, 585-588, 594, 596, 598-599, 608-610, 616, 628-630, 637, 643-644, 651, 662-663, 673-675, 686, 691-694, 698-700, 708-711, 714, 716-720, 722-726, 728-734, 736-737, 740, 743-744, 748-752, 754-755, 759, 765, 771, 776-777, 779-783, 786, 792-794, 803, 809, 811, 823, 827-829, 831-832, 834-841, 844-848, 850, 852, 855-856, 864-866, 868-869, 871, 875, 879, 891, 895-899, 904, 909-913, 921, 923-925, 930, 932-934, 936-939, 941-945, 950, 952, 960-961, 963-965, 968-969, 973.975-977、996、1005、1012、1022、1028-1029、1034、1036-1046、1053-1057、1071-1076、1079、1090、1096-1098、1100-1101、1103-1104、1107、1109-1110、1115-1118、1122、1124-1125、1127、1130、1135、1138、1141-1142、1149-1150、1153、1155、1165-1168、1172-1173、1177-1180、1182-1186、1189-1191、1196-1202、1204-1207、1209、1212-1213、1223、1227-1230、1232-1233、1239、1245-1246、1253-1255、1257、1259、1261、1265-1266、1268、1279-1281、1285-1287、1293-1294、1297-1301、1304、1307-1309、1313、1318、1324-1327、1332、1336-1338、1346、1448-1349、1352、1354-1355、1357-1359、1361、1373-1374、1382、1386-1388、1395、1410-1412、1414-1415、1417-1418、1420-1423、1426、1428-1433、1436、1439-1440、1445-1446、1450-1452、1455、1470、1474、1476、1478、1485-1486、1490-1493、1496、1498-1501、1505-1506、1508、1512-1518、1520-1529、1537-1538、1543-1545、1554、1557-1560、1566-1567、1569-1584、1592、1599-1601、1605-1606、1609、1611-1612、1622、1628、1632-1633、1643-1646、1648、1650-1652、1654-1655、1660-1661、1664-1665、1667-1668、1670、1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695、1697、1704、1708、1717、1723、1725、1728、1736、1738, 1744, 1751, 1766, 1769-1770, 1773-1776, 1783-1785, 1789-1795, 1799-1806, 1809-1811, 1814, 1816, 1820, 1826-1827, 1829, 1831, 1833, 1837-1840, 1842-1844, 1847, 1850, 1852, 1864, 1866, 1869, 1876, 1882, 1884-1895, 1898-1908, 1912-1913, 1915-1916, 1921, 1925-1927, 1929, 1938, 1944-1946, 1952, 1956-1958, 1962, 1971-1972, 1974, 1977-1979, 1986, 1988-1993, 1995-1996, 1998-1999, 2005-2009, 2011-2013, 2016-2021, 2027-2030, 2034-2035, 2037, 2039, 2049-2055, 2057-2059, 2061-2064, 2068-2070, 2075-2079, 2095-2097, 2104-2105, 2107-2108, 2111, 2114, 2126, 2129-2132, 2136, 2141, 2144-2145, 2147-2152, 2154-2155, 2160, 2166, 2175, 2177-2178, 2180, 2183-2184, 2186, 2189-2190, 2199-2200, 2202-2205, 2207, 2213-2215, 2217-2218, 2227, 2229, 2231, 2235-2237, 2244, 2246, 2250, 2252, 2254, 2256, 2261, 2264-2267, 2282-2284, 2286-2290, 2297-2302, and 2305-2310.
3. The methylation marker of claim 2, wherein the methylation marker comprises the markers comprising the following numbers in Table 1: 1-6, 18-33, 36-37, 42-43, 48-51, 54-58, 60, 64-70, 72-74, 78-82, 85, 87, 91-94, 96, 98-110, 114-115, 118-123, 125-126, 129, 136, 138-141, 146-154, 158-159, 164-170, 173-178, 180-182, 184-186, 188-195, 201-203, 208-212, 215-216, 218-225, 227, 229, 231-238, 240-241, 243-244, 246-247, 249, 251, 253-255, 258-265, 267, 272-274, 280, 289, 292-294, 296-300, 304-312, 314-318, 323, 325, 327, 333, 335-336, 339, 342-344, 351, 355-356, 359-363, 365, 369-373, 375-376, 379, 381-384, 386-388, 390-394, 398-400, 403, 405, 407-415, 417, 421, 423, 425, 428, 435, 437-438, 441-449, 451, 454-456, 459-463, 466, 468, 470-472, 474-487, 491, 495-497, 499-500, 504, 508-510, 513-515, 517, 519-523, 526-538, 541-549, 553-564, 566-567, 573-575, 577, 581, 585-590, 592, 594-596, 598-603, 606-612, 616-617, 623, 628-631, 633-634, 637, 639, 642, 646, 648-652, 655, 657-660, 662-663, 665, 667-668, 670-677, 679, 685-686, 689-705, 707-714, 716-720, 722-737, 740, 742-744, 747-755, 757, 759, 765-773, 775-777, 779-783, 786-789, 791-794, 796, 798-800, 803, 805-812, 818, 821, 823, 826-829, 831-842, 844-848, 850-852, 854-861, 864-871,873-875、877-880、883-887、891-892、894-902、904-905、909-921、923-927、930、932-939、941-945、950、952、956、959-961、963-965、967-977、980、983、985-986、994-998、1001-1003、1005、1008-1015、1017、1021-1022、1025-1029、1034-1046、1049、1052-1057、1062-1066、1069、1071-1076、1079、1085、1090-1091、1094-1098、1100-1104、1107、1109-1110、1115-1119、1121-1122、1124-1125、1127、1129-1130、1132、1135、1138、1141-1142、1144、1146-1153、1155-1158、1160、1163-1175、1177-1180、1182-1191、1194-1202、1204-1207、1209-1214、1216-1217、1219、1221、1223、1225-1230、1232-1239、1245-1246、1253-1269、1277、1279-1281、1283-1289、1291、1293-1294、1297-1301、1303-1309、1311、1313、1318、1320、1323-1328、1332-1333、1335-1338、1340、1346、1348-1350、1352、1354-1355、1357-1361、1365-1366、1370、1373-1376、1378、1382、1384-1388、1391-1393、1395、1400-1415、1417-1423、1426、1428-1436、1438-1441、1445-1446、1450-1455、1457、1459-1461、1465、1467、1469-1470、1472-1474、1476、1478、1482-1486、1488、1490-1493、1496、1498-1501、1505-1506、1508、1511-1518、1520-1532、1535、1537-1538、1541-1545、1547-1548、1550-1551、1554、1557-1560、1562、1564-1567、1569-1584、1591-1595、1599-1601、1604-1606、1609、1611-1616、1620、1622、1624-1633、1635-1636、1643-1646、1648-1652、1654-1656、1660-1661、1664-1665、1667-1668、1670、1674-1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695-1700、1704-1705、1708、1710、1712、1714、1716-1717、1722-1729、1734-1736、1738、1740、1744-1749、1751、1758、1760、1762、1766、1769-1777、1783-1785、1789-1795、1797、1799-1806、1808-1811、1813-1814、1816、1820、1822-1823、1825-1829、1831、1833-1834、1837-1844、1846-1847、1850-1852、1855、1858-1859、1864、1866、1869、1872-1874、1876-1877、1879-1910、1912-1916、1918-1922、1924-1931、1936、1938、1944-1946、1950-1959、1961-1962、1964、1968、1971-1972、1974、1976-1981、1986、1988-1999、2004-2009、2011-2013、2015-2022、2027-2037、2039、2049-2055、2057-2059、2061-2070、2073-2085、2095-2097、2104-2105、2107-2112、2114-2126、2129-2132、2136-2138、2140-2145、2147-2155、2158、2160、2163、2166、2171、2173-2190、2192-2195、2198-2200、2202-2209、2211、2213-2215、2217-2218、2227、2229、2231-2233、2235-2242、2244-2246、2248、2250、2252-2254、2256、2261、2263-2268、2279、2282-2284、2286-2294, 2297-2303, and 2305-2310.
4. The methylation marker of claim 2, wherein the methylation marker comprises the markers comprising the following numbers in Table 1: 1-4, 7-10, 17-18, 20-22, 27, 29-30, 36-38, 40-45, 48-51, 54-59, 66-70, 73-76, 78-82, 84, 87, 92, 94-95, 97-108, 110, 112-115, 119, 121-123, 125, 129, 133, 139-144, 146-151, 153-156, 159, 164-166, 173-178, 180-181, 183-186, 188-189, 191-193, 196-198, 201-203, 206-212, 219-225, 227-241, 243-253, 255-256, 258-259, 261, 263-267, 269-270, 272-279, 282-283, 288-289, 292-294, 296-300, 303-313, 315-318, 323, 325, 327, 333-338, 342-343, 349-357, 359-360, 362-365, 368-373, 377-378, 381-384, 386-388, 390-393, 395-400, 402-404, 406, 408-411, 413, 417, 419, 421, 423, 428, 435, 437-438, 440, 443-446, 448, 450-456, 459-470, 472, 476, 479-480, 484-485, 488, 491, 495-497, 499-500, 507-509, 514-515, 517, 519-525, 527-534, 540-549, 551-552, 555-556, 558-564, 566-568, 570-571, 573-576, 579-580, 583-592, 594-596, 598-599, 602-610, 613-618, 625, 627-630, 637, 639, 642-646, 648-652, 659-660, 662-664, 671, 673-675, 678, 681, 686, 688-700, 707-720, 722-726, 728-741, 743-752, 754-757, 759-760, 764-771, 774-777, 779-783, 786, 788, 792-794, 799-800, 803, 808-809, 811-812, 820-824, 827-829, 831-841, 844-850,852-856、861-882、884、888-892、894-899、903-904、908-913、916、921、923-927、930、932-934、936-946、950-952、956、959-961、963-965、968-969、971-973、975-977、984-985、989、991、994-998、1001-1002、1004-1007、1012-1017、1021-1022、1024、1028-1029、1033-1034、1036-1048、1053-1062、1064-1067、1070-1076、1078-1079、1082-1087、1090、1092-1093、1096-1098、1100-1104、1106-1107、1109-1110、1112-1113、1115-1119、1121-1122、1124-1127、1130-1135、1137-1139、1141-1142、1144、1149-1153、1155、1158、1161、1163、1165-1168、1172-1173、1175、1177-1186、1189-1191、1194-1202、1204-1207、1209、1211、1212-1215、1217-1218、1220、1223、1225、1227-1230、1232-1236、1239、1241-1242、1245-1246、1248-1251、1253-1262、1265-1268、1271-1272、1275、1277、1279-1282、1285-1288、1290、1292-1294、1297-1305、1307-1309、1312-1315、1318、1323-1328、1332-1334、1336-1338、1340、1346、1348-1349、1351-1361、1364-1366、1373-1374、1381-1382、1386-1388、1393-1395、1400、1409-1412、1414-1418、1420-1423、1426、1428-1433、1436-1441、1445-1446、1449-1455、1457-1462、1465、1469-1471、1474、1476、1478-1480、1485-1486、1490-1496、1498-1501、1504-1508、1511-1530、1532、1535、1537-1538、1541-1545、1554、1557-1562、1565-1585、1588-1590、1592、1594、1599-1602、1605-1609、1611-1612、1615、1619-1620、1622-1625、1627-1634、1637-1641、1643-1646、1648-1652、1654-1655、1660-1661、1664-1668、1670-1672、1674-1675、1677、1679-1682、1684-1685、1687-1697、1700、1703-1704、1708、1716-1719、1723、1725、1728-1729、1733-1734、1736、1738、1743-1746、1749、1751-1753、1755、1759-1762、1766、1769-1777、1779-1785、1789-1795、1799-1806、1808-1812、1814-1816、1820、1823-1827、1829、1831-1835、1837-1848、1850、1852、1855-1858、1861、1864、1866-1878、1882-1910、1912-1913、1915-1922、1924-1931、1933-1934、1938、1941-1946、1952、1954-1958、1961-1962、1964、1971-1972、1974、1977-1981、1986、1988-1999、2004-2009、2011-2013、2016-2021、2023-2024、2026-2032、2034-2039、2042、2044-2047、2049-2055、2057-2059、2061-2070、2075-2079、2082-2083、2087-2097、2104-2105、2107-2108、2111、2119-2120、2122、2125-2127、2129-2132、2136、2138-2157、2160、2162、2166、2175、2177-2178、2180、2183-2184、2186、2188-2190、2196、2199-2200、2202-2205、2207-2210、2213-2219、2222、2225-2231、2233、2235-2238、2240, 2244-2252, 2254-2257, 2261, 2264-2267, 2274-2278, 2280-2292, 2294-2302, and 2304-2310.
5. The methylation marker of claim 2, wherein the methylation marker comprises the markers comprising the following numbers in Table 1: 1-5, 8-12, 15-18, 20-22, 27, 29-30, 36-38, 40-45, 47-51, 54-57, 59, 62, 66-73, 76, 78-82, 84, 86-87, 92, 94-96, 98-110, 112-116, 118-119, 122-123, 125-127, 129, 134, 136, 139-142, 146-156, 159, 164-165, 167-178, 180, 184, 186, 188-189, 191, 193, 199-203, 205, 207, 209-212, 214, 216, 219-227, 229-238, 240-244, 246-249, 255, 257-261, 263-266, 271-274, 281-283, 287-289, 292-297, 301-302, 304-318, 321, 323, 325, 327, 333-336, 338, 342-348, 351, 355-356, 358-360, 362-363, 372-373, 376-379, 381-394, 398-402, 408-414, 416-421, 423-424, 426-428, 432-433, 435-438, 443-446, 448-449, 454-456, 458-464, 466, 476, 478-482, 484-485, 488, 491-492, 496-500, 505-506, 508-510, 514-515, 520-523, 527-538, 540-550, 555-564, 566-570, 573-575, 577-578, 582, 585-588, 593-594, 596-601, 604-610, 612, 616, 620-621, 625, 627-631, 633, 635, 637, 639-645, 647, 651, 653, 656-660, 662-665, 668-669, 673-679, 681-682, 684, 686, 688-695, 697-700, 708-712, 714, 716-720, 722-741, 743-744, 747-756, 758-760, 764-765, 771, 776-783, 785-786, 791-794, 801, 803-805, 808-812, 823, 826-829, 831-841, 844-848, 850, 852-853, 855-856,858-861、863-881、891、894-899、901-902、904、908-913、916-917、921-934、936-939、941-955、960-961、963-965、968-969、973、975-977、984、990-993、996、998-1000、1005、1012、1020-1023、1025、1027-1029、1031-1032、1034、1036-1050、1053-1058、1060-1068、1071-1076、1079、1081-1082、1085-1087、1090、1092-1094、1096-1098、1100-1101、1103-1118、1121-1122、1124-1125、1127-1128、1130-1132、1135、1138-1143、1149-1157、1160-1161、1163、1165-1173、1177-1207、1209-1210、1212-1213、1215、1223-1224、1227-1230、1232-1236、1239-1240、1244-1246、1251-1255、1257、1259-1261、1264-1268、1271、1275、1279-1289、1292-1294、1296-1301、1303-1304、1307-1309、1312-1314、1316、1318、1323-1327、1332、1334、1336-1338、1341-1349、1352、1354-1362、1365-1367、1371-1374、1376、1378-1379、1381-1383、1386-1390、1394-1395、1400、1405-1406、1408、1410-1415、1417-1418、1420-1423、1425-1436、1439-1440、1442-1453、1455、1457-1459、1466-1470、1474、1476、1478-1483、1485-1503、1505-1506、1508-1518、1520-1529、1532-1533、1535-1538、1543-1548、1554、1557-1560、1565-1584、1586-1587、1590、1592、1594、1599-1606、1608-1609、1611-1612、1615-1617、1620、1622, 1624-1628, 1630-1633, 1643-1646, 1648-1657, 1660-1661, 1664-1670, 1672, 1674-1677, 1679-1682, 1684-1685, 1687-1688, 1690, 1692-1695, 1697, 1702-1704, 1708, 1716-1717, 1720-1723, 1725-1728, 1730-1733, 1736, 1738, 1741, 1744, 1747, 1750-1754, 1758, 1761, 1766, 1769-1776, 1778, 1783-1785, 1787-1797, 1799-1811, 1814-1817, 1820, 1823, 1826-1827, 1829-1833, 1837-1840, 1842-1847, 1850, 1852, 1858-1860, 1862, 1864-1871, 1875-1877, 1880, 1882, 1884-1895, 1898-1908, 1912-1913, 1915-1916, 1918-1927, 1929, 1932, 1935-1936, 1938, 1942-1947, 1952-1953, 1956-1958, 1962, 1971-1975, 1977-1980, 1984-2013, 2016-2021, 2023-2024, 2026-2030, 2033-2035, 2037, 2039-2042, 2044-2055, 2057-2064, 2066-2070, 2072-2079, 2084, 2088, 2091, 2095-2097, 2099-2108, 2111-2114, 2116, 2121-2126, 2129-2134, 2136, 2138-2152, 2154-2155, 2158, 2160, 2162-2164, 2166, 2168, 2173, 2175, 2177-2178, 2180, 2183-2184, 2186-2187, 2189-2191, 2193, 2197, 2199-2200, 2202-2205, 2207-2208, 2212-2218, 2221, 2227, 2229, 2231, 2235-2237, 2241-2242, 2244, 2246, 2249-2250, 2252-2259, 2261, 2264-2267, 2272-2275, 2278-2292, 2295-2302, and 2305-2311.
6. The methylation markers of claim 2, wherein the methylation markers comprise the markers of Table 1 comprising the following numbers: 1-4, 6-8, 17-22, 25-33, 36, 38, 43, 47-51, 54-57, 66-74, 76-85, 87, 92-95, 98, 100, 103-108, 110, 112-115, 118-119, 122-125, 129, 131-132, 134, 136-137, 139-140, 142, 145-149, 153-155, 159, 163-168, 170, 173-178, 180-181, 184, 186, 188-189, 191-194, 200-205, 207-213, 216, 219-241, 243-244, 246-247, 249, 251, 255-256, 258-261, 263-265, 268, 270-272, 277, 280, 282-283, 285-286, 288-289, 292-297, 304-312, 314-318, 322-327, 329-340, 342-344, 351, 355-356, 358-367, 369, 371-374, 376-377, 379-384, 386-388, 390-394, 398, 400, 407-413, 415-417, 419-423, 429-431, 438, 441-446, 449, 451, 453-456, 458-464, 466-467, 469, 472, 476-477, 479, 484-485, 488-491, 494-502, 504-505, 509-511, 513, 515-517, 519-523, 526-536, 539-549, 555-564, 566-571, 573-575, 583, 585-594, 596, 598-603, 606-610, 616, 619, 626-632, 636-637, 643-644, 648-651, 653-654, 658-660, 662-665, 667-668, 672-675, 678, 680, 682, 684, 686, 688-700, 708-711, 713-720, 722-734, 736-737, 740, 743-757, 759-765, 769-771, 776-777, 779-784, 786-788, 790-794, 796-798, 802-805, 809, 811-817, 819, 821-832, 834-841, 843-848, 850-852, 854-857, 861,864-866、868-871、873-875、877-879、881-882、887、891-892、895-899、904、908-913、921、923-925、930、932-934、936-939、941-948、950-955、958-965、968-969、972-978、982、984-985、994-997、1001-1003、1005-1007、1011-1012、1021-1022、1025-1030、1032、1034-1049、1052-1057、1060、1071-1079、1082、1085-1090、1094、1096-1098、1100-1101、1103-1105、1107、1109-1110、1112、1115-1125、1127、1130、1132、1135、1138、1141-1142、1149-1151、1153、1155、1157-1162、1165-1168、1172-1173、1177-1186、1188-1191、1194-1202、1204-1207、1209、1212-1217、1222-1223、1227-1230、1232-1236、1239、1241-1243、1245-1247、1249、1251、1253-1255、1257-1259、1261-1262、1264-1266、1268-1271、1273-1274、1276-1283、1285-1289、1293-1294、1297-1301、1303-1310、1313-1314、1316、1318-1319、1324-1328、1330-1333、1336-1339、1342-1349、1352-1359、1361、1363、1367、1373-1374、1376-1378、1380-1383、1386-1388、1395-1397、1401-1406、1408-1412、1414-1415、1417-1418、1420-1423、1426-1433、1435-1436、1439-1441、1445-1446、1450-1452、1455、1460-1464、1466-1471、1474、1476-1478、1485-1488、1490-1496、1498-1501、1504-1509、1511-1518、1520-1529、1532-1534、1537-1547、1549、1551-1555、1557-1563、1565-1585、1589、1592、1594-1595、1599、1601-1602、1604-1606、1608-1613、1622、1627-1628、1632-1633、1635、1637-1641、1643-1646、1648-1656、1658-1661、1664-1668、1670、1675、1677、1679、1684-1685、1687-1688、1690、1692-1693、1695-1697、1703-1704、1706、1708、1711-1715、1717、1723-1729、1731、1734、1736-1744、1751-1753、1755、1758-1762、1765-1766、1768-1777、1783-1785、1787-1796、1799-1806、1808-1811、1814-1818、1820-1823、1826-1829、1831、1833-1844、1847、1850、1852、1854-1855、1858、1864-1872、1874-1876、1879-1908、1912-1913、1915-1916、1918-1921、1925-1927、1929-1931、1935-1936、1938、1942-1946、1952、1956-1958、1962、1966-1967、1970-1975、1977-1979、1982、1986-1993、1995-1999、2004-2009、2011-2013、2016-2021、2024、2026-2032、2034-2035、2037、2039、2041、2043、2045、2047、2049-2064、2066-2079、2083、2086、2088、2095-2098、2104-2108、2110-2111、2114、2116、2119-2120、2122、2126-2132、2135-2136、2138、2141、2144-2145、2147-2156、2158-2163、2165-2167、2171、2173-2175、2177-2178、2180、2183-2184、2186-2187、2189-2190、2198-2208、2212-2219、2221、2223-2225、2227、2229、2231-2238, 2243-2246, 2248-2250, 2252-2257, 2261-2267, 2269-2271, 2277-2279, 2282-2290, 2294, 2297-2302, and 2304-2310.
7. The methylation marker of claim 2, wherein the methylation marker comprises the markers comprising the following numbers in Table 1: 1-4, 7-10, 13-14, 19-22, 27-36, 38-59, 61, 63, 65-74, 78-82, 87-92, 94-95, 98-112, 114-119, 121-124, 127, 129-130, 134-135, 139-142, 146-147, 154, 156-162, 164-165, 167, 170, 173-178, 180, 184, 186-189, 191-193, 196, 200-204, 210, 212, 216-217, 219-225, 227, 229-238, 240-244, 246-247, 249-251, 255, 258-265, 272, 280, 283-286, 288-289, 292-297, 305-312, 314-319, 321, 323, 325-328, 333-336, 338-339, 341-344, 351, 355-356, 360, 363-365, 370, 372-373, 376-378, 382-384, 386-388, 390-394, 398-401, 408-414, 417-419, 421-423, 427-428, 430, 434-438, 442-449, 453-464, 466, 469, 472-473, 476, 484-485, 491, 493-497, 499, 503-504, 508-509, 512, 514-515, 517-523, 527-536, 541-549, 555-556, 558-568, 570, 572-575, 577-578, 583, 585-588, 592, 594, 596-599, 601, 608-612, 616, 622, 624, 627-631, 635, 637-639, 643-644, 648-651, 656, 658, 662-663, 665-668, 673-675, 677-679, 681, 683, 685-688, 691-694, 696, 698-700, 705-706, 708-720, 722-741, 743-744, 746, 748-752, 754-756, 758-761, 765-773, 776-784, 786, 788, 790-796, 803-805, 809, 811, 823, 825-829, 831-832, 834-841, 844-848, 850, 852, 854-857, 863-866,868-869、871、875、879-882、891-893、895-899、901-902、904、906-913、921、923-925、930-934、936-939、941-948、950-952、955-957、960-961、963-966、968-969、973、975-977、979-981、987-988、994-997、1001-1003、1005、1012-1014、1017-1019、1022-1023、1025-1029、1033-1046、1048-1049、1051-1066、1070-1076、1078-1081、1090-1091、1093-1094、1096-1104、1106-1107、1109-1110、1112-1113、1115-1118、1122、1124-1125、1127、1129-1130、1135-1136、1138-1139、1141-1142、1145-1147、1149-1150、1152-1153、1155-1156、1160-1161、1163、1165-1167、1168-1173、1176-1180、1182-1186、1188-1191、1196-1202、1204-1210、1212-1217、1222-1223、1227-1230、1232-1233、1239、1241、1244-1247、1251-1255、1257-1262、1265-1268、1271、1277、1279-1281、1283-1287、1289、1292-1295、1297-1301、1304-1305、1307-1310、1313-1314、1316-1318、1320-1322、1324-1338、1341-1343、1346-1349、1352、1354-1359、1361、1367-1369、1373-1374、1376、1378-1379、1381-1383、1386-1389、1394-1395、1398-1402、1405、1408、1410-1412、1414-1418、1420-1426、1428-1433、1435-1436、1439-1441、1445-1446、1448-1458、1467-1468、1470、1474-1476、1478、1485-1496、1498-1501、1505-1506、1508、1512-1518、1520-1530、1534、1537-1538、1542-1548、1551、1554、1556-1560、1562-1563、1566-1584、1591-1592、1596-1602、1604-1606、1609、1611-1616、1618、1620-1625、1628、1630-1633、1637-1648、1650-1652、1654-1656、1659-1668、1670、1672-1681、1683-1688、1690、1692-1697、1699-1702、1704、1707-1710、1716-1717、1723、1725-1728、1736-1738、1740、1743-1744、1747、1751-1753、1755-1758、1761-1764、1766-1767、1769-1770、1773-1778、1782-1795、1798-1806、1809-1812、1814-1820、1826-1833、1835-1840、1842-1847、1849-1850、1852-1853、1855、1858-1859、1863-1864、1866、1869、1874-1878、1882-1913、1915-1916、1921、1925-1932、1936-1938、1940、1942-1949、1952-1953、1956-1958、1960-1967、1969、1971-1975、1977-1983、1986、1988-1993、1995-1996、1998-1999、2005-2014、2016-2021、2023-2030、2033-2037、2039-2040、2045-2047、2049-2059、2061-2064、2068-2070、2073-2079、2088、2095-2097、2104-2109、2111、2114、2116、2125-2126、2129-2132、2134、2136、2139-2145、2147-2155、2158、2160、2162、2166、2169-2172、2174-2175、2177-2178、2180、2183-2190、2193、2197、2199-2200、2202-2205、2207、2212-2221、2227-2229、2231、2233、2235-2240, 2244-2246, 2250, 2252-2261, 2263-2268, 2273, 2276-2279, 2282-2290, 2294-2295, 2297-2302, and 2305-2310.
8. Use of the methylation marker of any one of claims 1-7 in the manufacture of a kit for detecting biological age.
9. A composition for detecting biological age, the composition comprising: a nucleic acid for detecting the methylation status of the methylation marker of any one of claims 1-7, wherein the methylation status of the methylation marker is characterized by methylation of a target sequence of the methylation marker.
10. A kit comprising reagents for detecting the methylation markers of any one of claims 1-7, preferably, the kit is for detecting a sample comprising: a cell line, a histological section, a tissue biopsy, a paraffin-embedded tissue, a bodily fluid, a stool, a colonic effluent, a urine, a plasma, a serum, a whole blood, an isolated blood cell, a cell isolated from blood, or a combination thereof.