Antimicrobial compounds and methods of use thereof

Abstract

Compounds useful in the treatment of bacterial infections, pharmaceuticals comprising the same, and methods of use and preparation thereof. The compounds are believed to target protein-protein interactions involving RNA polymerase and sigma factors. The compounds exhibited antimicrobial activity, with minimum inhibitory concentrations (MICs) as low as 1 μg / mL, demonstrating their efficacy against bacteria. Furthermore, these compounds demonstrated low cytotoxicity.

Description

ANTIMICROBIAL COMPOUNDS AND METHODS OF USE THEREOF

[0001] CROSS-REFERENCE TO RELATED APPLICATIONS

[0002] The present application claims priority from U.S. Provisional Patent Application No. 63 / 579, 550, filed on August 30, 2023, which is hereby incorporated by reference in its entirety.TECHNICAL FIELD

[0003] The present disclosure relates to compounds useful as antimicrobial agents, pharmaceutical compositions comprising the same, and methods of use thereof.BACKGROUND

[0004] Bacterial transcription is a target for antimicrobial agent discovery, as rifampicin and fidaxomicin are two commercially available bacterial transcription inhibitors that target the core enzyme RNA polymerase (RNAP) . However, bacterial transcription also represents an underutilized target, because no other transcription inhibitors have been developed as antimicrobial drugs. Unfortunately, due to the flexible structure of RNAP, the use of rifampicin and fidaxomicin generate antimicrobial resistance (AMR) , which limits the potential of other natural products as bacterial transcription inhibitors in drug development.

[0005] Bacterial transcription is regulated by numbers of small proteins namely transcription factors. They bind to RNAP to form diverse transcription complexes for regulating RNA synthesis. Therefore, targeting the protein-protein interactions (PPI) in bacterial transcription may inhibit this essential biological process in bacteria and provide a solution for novel antibiotic discovery.

[0006] PPI used to be undruggable due to challenges to designing small molecules that target the large and flat interacting surface of proteins. However, some critical binding sites on the PPI interacting surface are sufficiently small and appropriate for drug design. Some PPI inhibitors have also been discovered as antimicrobials. However, there still exists a need to develop new compounds with improved antimicrobial properties.SUMMARY

[0007] In a first aspect, provided herein is a compound of Formula 1:

[0008] or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein

[0009] m is a whole number selected from 1-3;

[0010] n is a whole number selected from 1-3;

[0011] p is a whole number selected from 1-4;

[0012] X is -S-, -O-, -C (R) 2-, or -N (R) -;

[0013] R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;

[0014] R1 is alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CR62) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6; R6 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, and cycloalkyl; or two instances of R6 together with the carbon they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl; and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R;

[0015] R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R;

[0016] R3 is hydrogen or alkyl;

[0017] R4 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl,  heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R; and

[0018] R5 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R,

[0019] with the proviso that the compound of Formula 1 is not:

[0020] In certain embodiments, X is -S-or -O-.

[0021] In certain embodiments, R5 for each instance is independently selected from the group consisting of alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, perhaloalkoxyl, and halide.

[0022] In certain embodiments, R4 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, perhaloalkyl, nitrile, nitro, -C (O) R, -C (O) OR, -C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, and -S (O) 2N (R) 2.

[0023] In certain embodiments, R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2.

[0024] In certain embodiments, the compound has Formula 2:

[0025] or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein

[0026] m is a whole number selected from 1-3;

[0027] n is a whole number selected from 1-2;

[0028] p is a whole number selected from 1-2;

[0029] X is -S-or -O-;

[0030] R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;

[0031] R1 is alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CR62) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6; R6 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, and cycloalkyl; or two instances of R6 together with the carbon they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl; and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R;

[0032] R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2;

[0033] R3 is hydrogen or alkyl;

[0034] R4 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R; R5 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R;

[0035] R7 is perhaloalkyl, nitrile, nitro, -C (O) R, -C (O) OR, -C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, or -S (O) 2N (R) 2; and

[0036] R8 for each instance is independently selected from the group consisting of alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, perhaloalkoxyl, and halide.

[0037] In certain embodiments, R1 is cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6; and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R.

[0038] In certain embodiments, the compound has Formula 3:

[0039] or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein

[0040] m is a whole number selected from 1-3;

[0041] X is -S-or -O-;

[0042] R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;

[0043] R1 is cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6, and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R;

[0044] R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2;

[0045] R3 is hydrogen or C1-C3 alkyl;

[0046] R4 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R; and

[0047] R5 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R.

[0048] In certain embodiments, R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, -OR, and -SR.

[0049] In certain embodiments, m is 1 or 2; and R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, perhaloalkyl, halide, and -O- (C1-C6 alkyl) .

[0050] In certain embodiments, R1 is aralkyl or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-5, and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -C (O) R, -C (O) OR, -N (R) C (O) R, -N (R) C (O) OR, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) 2.

[0051] In certain embodiments, the compound has Formula 4:

[0052] or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein

[0053] m is a whole number selected from 1-2;

[0054] R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;

[0055] R1 is aralkyl or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-5, and Y is alkynyl, -OR, -CN, cycloalkyl optionally substituted with carbonyl, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, -C (O) OR, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -C (O) R, -N (R) C (O) OR, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) 2;

[0056] R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, perhaloalkyl, halide, or -O- (C1-C6 alkyl) ;

[0057] R3 is hydrogen or C1-C3 alkyl;

[0058] R4 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R; and

[0059] R5 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R.

[0060] In certain embodiments, each of R3, R4 and R5 is hydrogen.

[0061] In certain embodiments, R1 is selected from the group consisting of:

[0062] In certain embodiments, R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, methyl, fluoride, bromide, chloride, -CF3, or -OCH3.

[0063] In certain embodiments, R1 is selected from the group consisting of:

[0064] R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, methyl, fluoride, bromide, chloride, -CF3, or -OCH3; and R3 is hydrogen.

[0065] In certain embodiments, the compound has Formula 5:

[0066] or a pharmaceutically acceptable salts thereof, wherein R1 is selected from the group consisting of:

[0067] In certain embodiments, R1 is selected from the group consisting of:

[0068] In certain embodiments, the compound is selected from the group consisting of: and pharmaceutically acceptable salts thereof.

[0069] In a second aspect, provided herein is a pharmaceutical composition comprising a compound described herein and at least one pharmaceutically acceptable carrier or pharmaceutically acceptable excipient.

[0070] In a third aspect provided herein is a method of treating a bacterial infection in a subject in need thereof, the method comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein to the subject.

[0071] In certain embodiments, the bacterial infection results from a Graham positive bacteria.

[0072] In certain embodiments, the bacterial infection results from a Enterococcus faecalis, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus,  Streptococcus pneumoniae, Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, or vancomycin-resistant Staphylococcus aureus infection.

[0073] In certain embodiments, the bacterial infection results from an antibiotic resistant Staphylococcus aureus infection or from an antibiotic resistant Streptococcus pneumoniae infection.

[0074] BRIEF SUMMARY OF THE DRAWINGS

[0075] The above and other objects and features of the present disclosure will become apparent from the following description of the disclosure, when taken in conjunction with the accompanying drawings.

[0076] Figure 1 depicts the structure of A) the E. coli RNAP holoenzyme crystal complex and B) interactions at the interface of σ2.2 and β’CH.

[0077] Figure 2 depicts A) structures of C3 and C3-005; B) docking model of C3 to β’CH (surface view) .

[0078] Figure 3 depicts antimicrobial activity (MIC μg / mL) of the selected compounds against clinically important Gram-positive pathogens. EFAE: Enterococcus faecalis ATCC 19433, SAURa: Staphylococcus aureus ATCC 25923, SAURb: S. aureus ATCC 29213, SEPI: Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, SSAP: Staphylococcus saprophyticus ATCC 15305, SPNEa: Streptococcus pneumoniae ATCC 49619, SPNEb: S.pneumoniae strain TCH8431 (HM-145) , SPNEc: S. pneumoniae strain NP112 (NR-19213) , SPYO: Streptococcus pyogenes (group A Streptococcus) ATCC 19615, SAGA: Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus) ATCC 12386. Cip: Ciprofloxacin, Gen: Gentamicin, Oxa: Oxacillin, Van: Vancomycin.

[0079] Figure 4 depicts antimicrobial activity (MIC μg / mL) of the selected compounds against methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains. HA-MRSA: 232ST5: W-232 ST5, 233ST5: W-233 ST5, 234ST5: W-234 ST5, 235ST5: W-235 ST5, BAA-43: S. aureus ATCC BAA-43, BAA-44: S. aureus ATCC BAA-44, ST239: HA-MRSA 07B082243 ST239. CA-MRSA: 45ST59: W-45 ST59, 46ST59: W-46 ST59, 47ST59: W-47 ST30, 48ST217: W-48 ST217, ST22: CA-MRSA 11B086169 ST22, USA300: CA-MRSA strain USA300. Laboratory: 1199B: S. aureus SA-1199B, ANT4: S. aureus SA-ANT4’, APH2: S. aureus SA-APH2”-AAC6’, APH3: S. aureus SA-APH3’, pUL5054: S. aureus SA-RN4220-pUL5054. Marketed Antibiotics: Cip: Ciprofloxacin, Gen: Gentamicin, Oxa: Oxacillin, Van: Vancomycin. §M20-01:  CUHK_M20_01, M20-02: CUHK_M20_02, M20-03: CUHK_M20_03, M20-04: CUHK_M20_04, M20-05: CUHK_M20_05.

[0080] Figure 5 depicts antimicrobial activity (MIC μg / mL) of the selected compounds against VRSA strains. VRSA: NR-46410: S. aureus strain HIP11714, NR-46411: S. aureus strain HIP11983, NR-46412: S. aureus strain HIP13170, NR-46413: S. aureus strain HIP13419, NR-46414: S. aureus strain HIP14300, NR-46415: S. aureus strain HIP15178, NR-46416: S. aureus strain AIS2006032, NR-46417: S. aureus strain AIS2006045, NR-46418: S. aureus strain 71080, NR-46419: S. aureus strain AIS080003, NR-46420: S. aureus strain AIS1000505, NR-46421: S. aureus strain AIS1001095, NR-46422: S. aureus strain AID1001123. Cip: Ciprofloxacin, Gen: Gentamicin, Oxa: Oxacillin, Van: Vancomycin.

[0081] Figure 6 depicts A) epifluorescence microscopic image of B. subtilis BS1048; B) B. subtilis BS1048 treated with rifampicin; C) B. subtilis BS1048 treated with chloramphenicol; D) B. subtilis BS1048 treated with 5d (from left to right: 1, 2, 4, and 8 μg / mL) .

[0082] Figure 7 depicts compounds docked to β′CH using AutoDock Vina. (A) binding poses of 5d and 7d in complex with β′CH. Details of the interactions between β′CH and 5d (B) and 7d (C) . The images were generated by PyMol.DETAILED DESCRIPTION

[0083] The following terms shall be used to describe the present invention. In the absence of a specific definition set forth herein, the terms used to describe the present invention shall be given their common meaning as understood by those of ordinary skill in the art.

[0084] Throughout the present disclosure, unless the context requires otherwise, the word "comprise" or variations such as "comprises" or "comprising" , will be understood to imply the inclusion of a stated integer or group of integers but not the exclusion of any other integer or group of integers. It is also noted that in this disclosure and particularly in the claims and / or paragraphs, terms such as “comprises” , “comprised” , “comprising” and the like can have the meaning attributed to it in U.S. Patent law; e.g., they can mean “includes” , “included” , “including” , and the like; and that terms such as “consisting essentially of” and “consists essentially of” have the meaning ascribed to them in U.S. Patent law, e.g., they allow for elements not explicitly recited, but exclude  elements that are found in the prior art or that affect a basic or novel characteristic of the present invention.

[0085] Furthermore, throughout the present disclosure and claims, unless the context requires otherwise, the word “include” or variations such as “includes” or “including” , will be understood to imply the inclusion of a stated integer or group of integers, but not the exclusion of any other integer or group of integers.

[0086] The use of the singular herein includes the plural (and vice versa) unless specifically stated otherwise. In addition, where the use of the term "about" is before a quantitative value, the present teachings also include the specific quantitative value itself, unless specifically stated otherwise. As used herein, the term "about" refers to a ±10%, ±7%, ±5%, ±3%, ±1%, or ±0%variation from the nominal value unless otherwise indicated or inferred.

[0087] As used herein, the terms “treat” , "treating" , "treatment" , and the like refer to reducing or ameliorating a disorder / disease and / or symptoms associated therewith. It will be appreciated, although not precluded, treating a disorder or condition does not require that the disorder, condition, or symptoms associated therewith be completely eliminated. In certain embodiments, treatment includes prevention of a disorder or condition, and / or symptoms associated therewith. The term “prevention” or “prevent” as used herein refers to any action that inhibits or at least delays the development of a disorder, condition, or symptoms associated therewith. Prevention can include primary, secondary and tertiary prevention levels, wherein: a) primary prevention avoids the development of a disease; b) secondary prevention activities are aimed at early disease treatment, thereby increasing opportunities for interventions to prevent progression of the disease and emergence of symptoms; and c) tertiary prevention reduces the negative impact of an already established disease by restoring function and reducing disease-related complications.

[0088] The term "subject" as used herein, refers to an animal, typically a mammal or a human, that will be or has been the object of treatment, observation, and / or experiment. When the term is used in conjunction with administration of a compound described herein, then the subject has been the object of treatment, observation, and / or administration of the compound described herein.

[0089] The term "therapeutically effective amount" as used herein, means that amount of the compound or pharmaceutical agent that elicits a biological and / or medicinal response in a cell culture, tissue system, subject, animal, or human that is being sought by a researcher, veterinarian, clinician, or physician, which includes alleviation of the symptoms of the disease, condition, or disorder being treated.

[0090] The term "composition" is intended to encompass a product comprising the specified ingredients in the specified amounts, as well as any product that results, directly or indirectly, from combinations of the specified ingredients in the specified amounts.

[0091] The term "pharmaceutically acceptable carrier" refers to a medium that is used to prepare a desired dosage form of a compound. A pharmaceutically acceptable carrier can include one or more solvents, diluents, or other liquid vehicles; dispersion or suspension aids; surface active agents; isotonic agents; thickening or emulsifying agents; preservatives; solid binders; lubricants; and the like. Remington's Pharmaceutical Sciences, Fifteenth Edition, E. W. Martin (Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1975) and Handbook of Pharmaceutical Excipients, Third Edition, A. H. Kibbe ed. (American Pharmaceutical Assoc. 2000) , disclose various carriers used in formulating pharmaceutical compositions and known techniques for the preparation thereof.

[0092] As used herein, unless otherwise indicated, the term “halo” or “halide” includes fluoro, chloro, bromo or iodo.

[0093] As used herein, "alkyl" refers to a straight-chain or branched saturated hydrocarbon group. Examples of alkyl groups include methyl-, ethyl-, propyl (e.g., n-propyl and isopropyl) , butyl (e.g., n-butyl, iso-butyl, sec-butyl, tert-butyl) , pentyl groups (e.g., 1-methylbutyl, 2-methylbutyl, iso-pentyl, tert-pentyl, 1, 2-dimethylpropyl, neopentyl, and 1-ethylpropyl) , hexyl groups, and the like. In various embodiments, an alkyl group can have 1 to 40 carbon atoms (i.e., C1-40 alkyl group) , for example, 1-30 carbon atoms (i.e., C1-30 alkyl group) . In certain embodiments, an alkyl group can have 1 to 6 carbon atoms, and can be referred to as a "lower alkyl group. " Examples of lower alkyl groups include methyl, ethyl, propyl (e.g., n-propyl and isopropyl) , and butyl groups (e.g., n-butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl) . In certain embodiments, alkyl groups can be optionally substituted as described herein. An alkyl group is generally not substituted with another alkyl group, an alkenyl group, or an alkynyl group.

[0094] As used herein, "alkenyl" refers to a straight-chain or branched alkyl group having one or more carbon-carbon double bonds. Examples of alkenyl groups include ethenyl, propenyl, butenyl, pentenyl, hexenyl, butadienyl, pentadienyl, hexadienyl groups, and the like. The one or more carbon-carbon double bonds can be internal (such as in 2-butene) or terminal (such as in 1-butene) . In various embodiments, an alkenyl group can have 2 to 40 carbon atoms (i.e., C2-40 alkenyl group) , for example, 2 to 20 carbon atoms (i.e., C2-20 alkenyl group) . In certain embodiments, alkenyl groups can be substituted as described herein. An alkenyl group is generally not substituted with another alkenyl group, an alkyl group, or an alkynyl group.

[0095] As used herein, "cycloalkyl" by itself or as part of another substituent means, unless otherwise stated, a monocyclic hydrocarbon having between 3-12 carbon atoms in the ring system and includes hydrogen, straight chain, branched chain, and / or cyclic substituents. Exemplary cycloalkyls include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, and the like.

[0096] As used herein, "heteroatom" refers to an atom of any element other than carbon or hydrogen and includes, for example, nitrogen, oxygen, silicon, sulfur, phosphorus, and selenium.

[0097] The term "heterocycloalkyl” as used herein includes reference to a saturated heterocyclic moiety having 3, 4, 5, 6 or 7 ring carbon atoms and 1, 2, 3, 4 or 5 ring heteroatoms selected from nitrogen, oxygen, phosphorus and sulfur. The group may be a polycyclic ring system but more often is monocyclic. This term includes reference to groups such as azetidinyl, pyrrolidinyl, tetrahydrofuranyl, piperidinyl, oxiranyl, pyrazolidinyl, imidazolyl, indolizidinyl, piperazinyl, thiazolidinyl, morpholinyl, thiomorpholinyl, quinolizidinyl and the like.

[0098] As used herein, "aryl" refers to an aromatic monocyclic hydrocarbon ring system or a polycyclic ring system in which two or more aromatic hydrocarbon rings are fused (i.e., having a bond in common with) together or at least one aromatic monocyclic hydrocarbon ring is fused to one or more cycloalkyl and / or heterocycloalkyl rings. An aryl group can have 6 to 24 carbon atoms in its ring system (e.g., C6-24 aryl group) , which can include multiple fused rings. In certain embodiments, a polycyclic aryl group can have 8 to 24 carbon atoms. Any suitable ring position of the aryl group can be covalently linked to the defined chemical structure.  Examples of aryl groups having only aromatic carbocyclic ring (s) include phenyl, 1-naphthyl (bicyclic) , 2-naphthyl (bicyclic) , anthracenyl (tricyclic) , phenanthrenyl (tricyclic) , pentacenyl (pentacyclic) , and like groups. Examples of polycyclic ring systems in which at least one aromatic carbocyclic ring is fused to one or more cycloalkyl and / or cycloheteroalkyl rings include, among others, benzo derivatives of cyclopentane (i.e., an indanyl group, which is a 5, 6-bicyclic cycloalkyl / aromatic ring system) , cyclohexane (i.e., a tetrahydronaphthyl group, which is a 6, 6-bicyclic cycloalkyl / aromatic ring system) , imidazoline (i.e., a benzimidazolinyl group, which is a 5, 6-bicyclic cycloheteroalkyl / aromatic ring system) , and pyran (i.e., a chromenyl group, which is a 6, 6-bicyclic cycloheteroalkyl / aromatic ring system) . Other examples of aryl groups include benzodioxanyl, benzodioxolyl, chromanyl, indolinyl groups, and the like. In certain embodiments, aryl groups can be optionally substituted.

[0099] The term "aralkyl" refers to an alkyl group substituted with an aryl group.

[0100] As used herein, "heteroaryl" refers to an aromatic monocyclic ring system containing at least one ring heteroatom selected from oxygen (O) , nitrogen (N) , sulfur (S) , silicon (Si) , and selenium (Se) or a polycyclic ring system where at least one of the rings present in the ring system is aromatic and contains at least one ring heteroatom. Polycyclic heteroaryl groups include those having two or more heteroaryl rings fused together, as well as those having at least one monocyclic heteroaryl ring fused to one or more aromatic carbocyclic rings, non-aromatic carbocyclic rings, and / or non-aromatic cycloheteroalkyl rings. A heteroaryl group, as a whole, can have, for example, 5 to 24 ring atoms and contain 1-5 ring heteroatoms (i.e., 5-20 membered heteroaryl group) . The heteroaryl group can be attached to the defined chemical structure at any heteroatom or carbon atom that results in a stable structure. Generally, heteroaryl rings do not contain O-O, S-S, or S-O bonds. However, one or more N or S atoms in a heteroaryl group can be oxidized (e.g., pyridine N-oxide thiophene S-oxide, thiophene S, S-dioxide) . Examples of heteroaryl groups include, for example, the 5-or 6-membered monocyclic and 5-6 bicyclic ring systems shown below: where T is O, S, NH, N-alkyl, N-aryl, N- (arylalkyl) (e.g., N-benzyl) , SiH2, SiH (alkyl) , Si (alkyl) 2, SiH(arylalkyl) , Si (arylalkyl) 2, or Si (alkyl) (arylalkyl) . Examples of such heteroaryl rings include pyrrolyl, furyl, thienyl, pyridyl, pyrimidyl, pyridazinyl, pyrazinyl, triazolyl, tetrazolyl, pyrazolyl, imidazolyl, isothiazolyl, thiazolyl, thiadiazolyl, isoxazolyl, oxazolyl, oxadiazolyl, indolyl, isoindolyl, benzofuryl, benzothienyl,  quinolyl, 2-methylquinolyl, isoquinolyl, quinoxalyl, quinazolyl, benzotriazolyl, benzimidazolyl, benzothiazolyl, benzisothiazolyl, benzisoxazolyl, benzoxadiazolyl, benzoxazolyl, cinnolinyl, lH-indazolyl, 2H-indazolyl, indolizinyl, isobenzofuyl, naphthyridinyl, phthalazinyl, pteridinyl, purinyl, oxazolopyridinyl, thiazolopyridinyl, imidazopyridinyl, furopyridinyl, thienopyridinyl, pyridopyrimidinyl, pyridopyrazinyl, pyridopyridazinyl, thienothiazolyl, thienoxazolyl, thienoimidazolyl groups, and the like. Further examples of heteroaryl groups include 4, 5, 6, 7-tetrahydroindolyl, tetrahydroquinolinyl, benzothienopyridinyl, benzofuropyridinyl groups, and the like. In certain embodiments, heteroaryl groups can be substituted as described herein. In certain embodiments, heteroaryl groups can be optionally substituted.

[0101] The term "optionally substituted" refers to a chemical group, such as alkyl, cycloalkyl aryl, and the like, wherein one or more hydrogen may be replaced with a substituent as described herein, for example, halogen, azide, alkyl, aralkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, hydroxyl, alkoxyl, amino, nitro, sulfhydryl, imino, amido, phosphonate, phosphinate, carbonyl, carboxyl, silyl, ether, alkylthio, sulfonyl, sulfonamido, ketone, aldehyde, ester, heterocyclyl, aromatic or heteroaromatic moieties, -CF3, -CN, or the like

[0102] The term "nitro" is art-recognized and refers to -NO2; the term "halogen" is art-recognized and refers to -F, -Cl, -Br or -I; the term "sulfhydryl" is art-recognized and refers to -SH; the term "hydroxyl" means -OH; and the term "sulfonyl" and “sulfone” is art-recognized and refers to -SO2-. "Halide" designates the corresponding anion of the halogens.

[0103] The symbol or or or in a chemical structure represents a position from where the specified chemical structure is bonded to another chemical structure.

[0104] As used herein, the term "pharmaceutically acceptable salt" refers to those salts which are, within the scope of sound medical judgment, suitable for use in contact with the tissues of subjects without undue toxicity, irritation, allergic response and the like, and are commensurate with a reasonable benefit / risk ratio. Pharmaceutically acceptable salts are well known in the art. For example, Berge et al. describes pharmaceutically acceptable salts in detail in J. Pharmaceutical Sciences (1977) 66: 1-19. Pharmaceutically acceptable salts of the compounds provided herein include those  derived from suitable inorganic and organic acids and bases. Examples of pharmaceutically acceptable, nontoxic acid addition salts are salts of an amino group formed with inorganic acids such as hydrochloric acid, hydrobromic acid, phosphoric acid, sulfuric acid and perchloric acid or with organic acids such as acetic acid, oxalic acid, maleic acid, tartaric acid, citric acid, succinic acid or malonic acid or by using other methods used in the art such as ion exchange. Other pharmaceutically acceptable salts include adipate, alginate, ascorbate, aspartate, benzenesulfonate, besylate, benzoate, bisulfate, borate, butyrate, camphorate, camphorsulfonate, citrate, cyclopentanepropionate, digluconate, dodecylsulfate, ethanesulfonate, formate, fumarate, glucoheptonate, glycerophosphate, gluconate, hemisulfate, heptanoate, hexanoate, hydroiodide, 2-hydroxy-ethanesulfonate, lactobionate, lactate, laurate, lauryl sulfate, malate, maleate, malonate, methanesulfonate, 2-naphthalenesulfonate, nicotinate, nitrate, oleate, oxalate, palmitate, pamoate, pectinate, persulfate, 3-phenylpropionate, phosphate, picrate, pivalate, propionate, stearate, succinate, sulfate, tartrate, thiocyanate, p-toluenesulfonate, undecanoate, valerate salts, and the like. In certain embodiments, organic acids from which salts can be derived include, for example, acetic acid, propionic acid, glycolic acid, pyruvic acid, oxalic acid, maleic acid, malonic acid, succinic acid, fumaric acid, tartaric acid, citric acid, benzoic acid, cinnamic acid, mandelic acid, methanesulfonic acid, ethanesulfonic acid, p-toluenesulfonic acid, salicylic acid, and the like.

[0105] Pharmaceutically acceptable salts derived from appropriate bases include alkali metal, alkaline earth metal, ammonium and N+ (C1-4alkyl) 4 salts. Representative alkali or alkaline earth metal salts include sodium, lithium, potassium, calcium, magnesium, iron, zinc, copper, manganese, aluminum, and the like. Further pharmaceutically acceptable salts include, when appropriate, non-toxic ammonium, quaternary ammonium, and amine cations formed using counterions, such as halide, hydroxide, carboxylate, sulfate, phosphate, nitrate, lower alkyl sulfonate, and aryl sulfonate. Organic bases from which salts can be derived include, for example, primary, secondary, and tertiary amines, substituted amines including naturally occurring substituted amines, cyclic amines, basic ion exchange resins, and the like, such as isopropylamine, trimethylamine, diethylamine, triethylamine, tripropylamine, and ethanolamine. In certain embodiments, the pharmaceutically acceptable base addition salt is chosen from ammonium, potassium, sodium, calcium, and magnesium salts.

[0106] The present disclosure provides a compound of Formula 1:

[0107] or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein

[0108] m is a whole number selected from 1-3;

[0109] n is a whole number selected from 1-3;

[0110] p is a whole number selected from 1-4;

[0111] A is a moiety having the structure:

[0112] X is -S-, -O-, -C (R) 2-, or -N (R) -;

[0113] R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;

[0114] R1 is alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CR62) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6; R6 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, and cycloalkyl; or two instances of R6 together with the carbon they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl; and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R;

[0115] R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, - C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R;

[0116] R3 is hydrogen or alkyl;

[0117] R4 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R; and

[0118] R5 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R,

[0119] with the proviso that the compound of Formula 1 is not:

[0120] The compounds described herein can encompass different positional isomers indicated by a bond that is not attached to the vertex of a chemical structure, such as illustrated using the model structure below:

[0121] In this model structure, the group R can be connected to any atom on the ring structure, valency permitting, i.e., carbons 2, 3, 4, 5, or 6 in the structure above.

[0122] In certain embodiments, m is a whole number selected from 1-3 or 1-2. In certain embodiments, m is 1, 2, or 3.

[0123] In certain embodiments, n is a whole number selected from 1-3 or 1-2. In certain embodiments, n is 1, 2, or 3.

[0124] In certain embodiments, p is a whole number selected from 1-4, 1-3, 2-3, or 1-2. In certain embodiments, p is 1, 2, or 3.

[0125] In instances in which m is 1 or 2, A can be represented by a moiety selected from the group consisting of:

[0126] wherein each of R2 and R3 are as defined in any embodiment described herein.

[0127] In certain embodiments, A is a moiety selected from the group consisting of:

[0128] wherein each of R2 and R3 are as defined in any embodiment described herein.

[0129] X can be -S-, -O-, -C (R) 2-, or -N (R) -, wherein each R is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl. In certain embodiments, X is -S-, -O-, -CH2-, -NH-, or -N (C1-C6 alkyl) -. In certain embodiments, X is -S-, -O-, -CH2-, -N (Me) -, or -NH-. In certain embodiments, X is -S-or -O-.

[0130] In certain embodiments, R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkylcycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl.

[0131] R1 can be C2-C12 alkyl, C3-C12 alkyl, C4-C12 alkyl, C3-C10 alkyl, C3-C8 alkyl, C3-C6 alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CR2) qY, wherein R6 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, and C1-C6 alkyl, q is a whole number selected from 0-6, and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R. In certain embodiments, R1 is cycloalkyl, aralkyl, or - (CR2) qY, wherein q is a whole number selected from 1-4, and Y is cycloalkyl, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, or -N (R) 2. Exemplary R1 moieties include but are not limited to:

[0132] R2 for each instance can be independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2. In certain embodiments, R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, -OR, and -SR. In certain embodiments, at least one R2 is C1-C6 alkyl, C1-C3 alkyl, C1-C2 alkyl, C1-C3 perhaloalkyl, C1-C2 perhaloalkyl, halide, -O- (C1-C6 alkyl) , -O- (C1-C3 alkyl) , or -O- (C1-C2 alkyl) . In certain embodiments, at least one R2 is methyl, -CF3, fluoride, chloride, bromide, or -OMe.

[0133] R3 can be hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C5 alkyl, C1-C4 alkyl, C1-C3 alkyl, or C1-C2 alkyl. In certain embodiments, R3 is hydrogen, methyl, or ethyl. In instances in which R3 is alkyl, the ester may be metabolised or hydrolysed under physiological conditions thereby forming the corresponding carboxylic acid, i.e., wherein R3 is hydrogen.

[0134] R4 for each instance can be independently selected from the group consisting of hydrogen, perhaloalkyl, nitrile, nitro, -C (O) R, -C (O) OR, -C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, and -S (O) 2N (R) 2. In certain embodiments, at least one R4 is nitrile, nitro, -C (O) OR, -C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, or -S (O) 2N (R) 2. In certain embodiments, at least one R4 is nitro.

[0135] R5 for each instance can be independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2. In certain embodiments, at least one or at least two R5 is C1-C3 alkyl,  C1-C3 haloalkyl, C1-C3 perhaloalkyl, halide, nitrile, or nitro. In certain embodiments, at least two R5 are methyl, halomethyl, perhalomethyl, fluoride, chloride, or nitrile. In certain embodiments, at least two R5 are methyl, FCH2-, F2CH-, CF3-, chloride, or nitrile.

[0136] In certain embodiments, the compound has Formula 5:

[0137] or a pharmaceutically acceptable salts thereof, wherein R1 is selected from the group consisting of:

[0138] In certain embodiments, the compound is selected from the group consisting of: and pharmaceutically acceptable salts thereof.

[0139] The present disclosure also provides a pharmaceutical composition comprising a compound described herein and at least one pharmaceutically acceptable excipient and / or pharmaceutically acceptable carrier.

[0140] The compounds described herein and their pharmaceutically acceptable salts can be administered to a subject either alone or in combination with pharmaceutically acceptable carriers or diluents in a pharmaceutical composition according to standard pharmaceutical practice. The compound can be administered parenterally. Parenteral administration includes intravenous, intramuscular, intraperitoneal, subcutaneous and topical.

[0141] Accordingly, the present disclosure provides pharmaceutically acceptable compositions, which comprise a therapeutically-effective amount of the compound described herein, formulated together with one or more pharmaceutically acceptable carriers (additives) and / or diluents. The pharmaceutical compositions of the present disclosure may be specially formulated for administration in liquid form, including those adapted for the following: (1) parenteral administration, for example, by intravenous as, for example, a sterile solution or suspension.

[0142] As set out herein, certain embodiments of the compound described herein may contain a basic functional group, such as amino, and are, thus, capable of forming pharmaceutically-acceptable salts with pharmaceutically-acceptable acids. The term  "pharmaceutically-acceptable salts" in this respect, refers to the relatively non-toxic, inorganic and organic acid addition salts of the compound of the present disclosure. These salts can be prepared in situ in the administration vehicle or the dosage form manufacturing process, or by separately reacting a purified compound of the invention in its free base form with a suitable organic or inorganic acid, and isolating the salt thus formed during subsequent purification. Representative salts include the bromide, chloride, sulfate, bisulfate, carbonate, bicarbonate, nitrate, acetate, valerate, oleate, palmitate, stearate, laurate, benzoate, lactate, phosphate, tosylate, citrate, maleate, fumarate, succinate, tartrate, napthylate, mesylate, glucoheptonate, lactobionate, and laurylsulphonate salts and the like.

[0143] The pharmaceutically acceptable salts of the compounds of the present disclosure include the conventional nontoxic salts or quaternary ammonium salts of the compounds, e.g., from nontoxic organic or inorganic acids. For example, such conventional nontoxic salts include those derived from inorganic acids such as hydrochloride, hydrobromic, sulfuric, sulfamic, phosphoric, nitric, and the like; and the salts prepared from organic acids such as acetic, propionic, succinic, glycolic, stearic, lactic, malic, tartaric, citric, ascorbic, palmitic, maleic, hydroxymaleic, phenylacetic, glutamic, benzoic, salicyclic, sulfanilic, 2-acetoxybenzoic, fumaric, toluenesulfonic, methanesulfonic, ethane disulfonic, oxalic, isothionic, and the like.

[0144] In other cases, the compound described herein may contain one or more acidic functional groups and, thus, are capable of forming pharmaceutically-acceptable salts with pharmaceutically-acceptable bases. The term "pharmaceutically-acceptable salts" in these instances refers to the relatively non-toxic, inorganic and organic base addition salts of the compound of the present invention. These salts can likewise be prepared in situ in the administration vehicle or the dosage form manufacturing process, or by separately reacting the purified compound in its free acid form with a suitable base, such as the hydroxide, carbonate or bicarbonate of a pharmaceutically-acceptable metal cation, with ammonia, or with a pharmaceutically-acceptable organic primary, secondary or tertiary amine. Representative alkali or alkaline earth salts include the lithium, sodium, potassium, calcium, magnesium, and aluminum salts and the like. Representative organic amines useful for the formation of base addition salts include ethylamine, diethylamine, ethylenediamine, ethanolamine, diethanolamine, piperazine and the like.

[0145] Wetting agents, emulsifiers and lubricants, such as sodium lauryl sulfate and magnesium stearate, as well as coloring agents, release agents, coating agents, sweetening, flavoring and perfuming agents, preservatives, solubilizing agents, buffers and antioxidants can also be present in the compositions.

[0146] Methods of preparing the pharmaceutical comprising the compound include the step of bringing into association a compound described herein with the carrier and, optionally, one or more accessory ingredients. In general, the formulations are prepared by uniformly and intimately bringing into association a compound described herein with liquid carriers (liquid formulation) , liquid carriers followed by lyophilization (powder formulation for reconstitution with sterile water or the like) , or finely divided solid carriers, or both, and then, if necessary, shaping or packaging the product.

[0147] Pharmaceutical compositions of the present disclosure suitable for parenteral administration comprise one or more compounds described herein in combination with one or more pharmaceutically-acceptable sterile isotonic aqueous or non-aqueous solutions, dispersions, suspensions or emulsions, or sterile powders which may be reconstituted into sterile injectable solutions or dispersions just prior to use, which may contain sugars (such as sucrose) , alcohols, non-ionic surfactants (such as Tween 20) , antioxidants, buffers, bacteriostats, chelating agents, solutes which render the formulation isotonic with the blood of the intended recipient or suspending or thickening agents.

[0148] Examples of suitable aqueous and non-aqueous carriers which may be employed in the pharmaceutical compositions of the disclosure include water, ethanol, polyols (such as glycerol, propylene glycol, polyethylene glycol, and the like) , and suitable mixtures thereof, vegetable oils, such as olive oil, and injectable organic esters, such as ethyl oleate. Proper fluidity can be maintained, for example, by the use of coating materials, such as lecithin, by the maintenance of the required particle size in the case of dispersions, and by the use of surfactants.

[0149] These compositions may also contain adjuvants, such as preservatives, wetting agents, emulsifying agents and dispersing agents. Prevention of the action of microorganisms upon the compounds of the present disclosure may be ensured by the inclusion of various antibacterial and antifungal agents, for example, paraben, chlorobutanol, phenol sorbic acid, and the like. It may also be desirable to include  isotonic agents, such as sugars, sodium chloride, and the like into the compositions. In addition, prolonged absorption of the injectable pharmaceutical form may be brought about by the inclusion of agents which delay absorption such as aluminum monostearate and gelatin.

[0150] In another aspect, provided herein is a method of treating a bacterial infection in a subject in need thereof, the method comprising the step of administering a therapeutically effective amount of a compound described herein to the subject.

[0151] Exemplary bacterial infections include, but are not limited to, pneumonia, otitis media, sinusitus, bronchitis, tonsillitis, and mastoiditis related to infection by Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, E. faecium, E. casselflavus, S. epidermidis, S. haemolyticus, or Peptostreptococcus spp.; pharyngitis, rheumatic fever, and glomerulonephritis related to infection by Streptococcus pyogenes, Groups C and G streptococci, Corynebacterium diphtheriae, or Actinobacillus haemolyticum; respiratory tract infections related to infection by Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, or Chlamydia pneumoniae; blood and tissue infections, including endocarditis and osteomyelitis, caused by S. aureus, S. haemolyticus, E. faecalis, E. faecium, E. durans, including strains resistant to known antibacterials such as, but not limited to, beta-lactams, vancomycin, aminoglycosides, quinolones, chloramphenicol, tetracylines and macrolides; uncomplicated skin and soft tissue infections and abscesses, and puerperal fever related to infection by Staphylococcus aureus, coagulase-negative staphylococci (i.e., S. epidermidis, S. hemolyticus, etc. ) , Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcal groups C-F (minute-colony streptococci) , viridans streptococci, Corynebacterium minutissimum, Clostridium spp., or Bartonella henselae; uncomplicated acute urinary tract infections related to infection by Staphylococcus aureus, coagulase-negative staphylococcal species, or Enterococcus spp.; urethritis and cervicitis; sexually transmitted diseases related to infection by Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Treponema pallidum, Ureaplasma urealyticum, or Neiserria gonorrheae; toxin diseases related to infection by S. aureus (food poisoning and toxic shock syndrome) , or Groups A, B, and C streptococci; ulcers related to infection by Helicobacter pylori; systemic febrile syndromes related to infection by Borrelia recurrentis; Lyme disease related to infection by Borrelia burgdorferi; conjunctivitis,  keratitis, and dacrocystitis related to infection by Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, S. aureus, S. pneumoniae, S. pyogenes, H. influenzae, or Listeria spp.; disseminated Mycobacterium avium complex (MAC) disease related to infection by Mycobacterium avium, or Mycobacterium intracellulare; infections caused by Mycobacterium tuberculosis, M. leprae, M. paratuberculosis, M. kansasii, or M. chelonei; gastroenteritis related to infection by Campylobacter jejuni; intestinal protozoa related to infection by Cryptosporidium spp.; odontogenic infection related to infection by viridans streptococci; persistent cough related to infection by Bordetella pertussis; gas gangrene related to infection by Clostridium perfringens or Bacteroides spp.; and atherosclerosis or cardiovascular disease related to infection by Helicobacter pylori or Chlamydia pneumoniae. Bacterial infections and disorders related to such infections, which may be treated or prevented in animals include the following: bovine respiratory disease related to infection by P. haemolytica, P. multocida, Mycoplasma bovis, or Bordetella spp.; cow enteric disease related to infection by E. coli or protozoa (i.e., coccidia, cryptosporidia, etc. ) ; dairy cow mastitis related to infection by S. aureus, Strep. uberis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae, Klebsiella spp., Corynebacterium, or Enterococcus spp.; swine respiratory disease related to infection by A. pleuro., P. multocida, or Mycoplasma spp.; swine enteric disease related to infection by E. coli, Lawsonia intracellularis, Salmonella, or Serpulina hyodysinteriae; cow footrot related to infection by Fusobacterium spp.; cow metritis related to infection by E coli; cow hairy warts related to infection by Fusobacterium necrophorum or Bacteroides nodosus; cow pink-eye related to infection by Moraxella bovis; cow premature abortion related to infection by protozoa (i.e. neosporium) ; urinary tract infection in dogs and cats related to infection by E. coli; skin and soft tissue infections in dogs and cats related to infection by S. epidermidis, S. intermedius, coagulase neg. Staphylococcus or P. multocida; and dental or mouth infections in dogs and cats related to infection by Alcaligenes spp., Bacteroides spp., Clostridium spp., Enterobacter spp., Eubacterium, Peptostreptococcus, Porphyromonas, or Prevotella. Other bacterial infections and disorders related to such infections, which may be treated or prevented in accord with the method of the present invention are referred to in J. P. Sanford et al., “The Sanford Guide To Antimicrobial Therapy, ” 26 th Edition, (Antimicrobial Therapy, Inc., 1996) .

[0152] In certain embodiments, the bacteria is selected from the group consisting of Streptococcus agalactiae, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus saprophyticus, and Enterococcus faecium. In certain embodiments, the bacteria is SAUR ATCC 25923, SAUR ATCC 29213, or SPNE ATCC 49619.

[0153] The subject can be a canine, feline, bovine, equine, non-human primate, or human. In certain embodiments, the subject is a human.

[0154] In certain embodiments, the compounds described herein are bactericidal or bacteriostatic.

[0155] In another aspect, provided herein is the use of a compound described herein for the preparation of a medicament for the treatment of a bacterial infection.

[0156] In another aspect, provided herein is a method of treating a bacterial infection in a subject in need thereof, the method comprising the step of co-administering a therapeutically effective amount of a compound described herein and an antibacterial agent to the subject. The antibacterial agent can be any antibacterial agent known in the art.

[0157] Based on the structural information and biochemical validation, the major binding site between RNAP and the housekeeping sigma (σ) factor was studied. The latter is a small protein highly conserved in bacteria (namely σA in Gram-negative bacteria and σ70 in Gram-negative bacteria) and binds to RNAP to initiate bacterial transcription by recognizing DNA promoters (Fig. 1A) . The important amino acids at RNAP β’ subunit clamp-helix region (β’CH) for binding to σ region 2.2 (Fig. 1B) were validated, followed by adopting structure-based drug design and in silico screening of a drug-like compound library to identify several hit compounds including C3. Meanwhile, other RNAP-σ PPI inhibitors have also been identified.

[0158] Based on compound C3 (Fig. 2A) , structural modifications and antimicrobial activity testing were carried out. It was found that the benzoic acid moiety is the key structure for binding to β’CH and antimicrobial activity. Therefore, this new class of antimicrobial compounds was coined sigmacidin to address the structure-based design by mimicking σ factor and the key structure of benzoic acid. As the substituents on the left benzene ring significantly improved antimicrobial activity (C3-005) , in this study, the modifications of the carbonyl linker of C3-005 to the sulfonamidyl group was  examined. Antimicrobial activity and mechanism, cytotoxicity, pharmacokinetic properties were explored of the sulfonamidyl analogs.

[0159] In previous studies, the carbonyl, methylene, and aminomethylene linker provided superior antimicrobial activity to analogs with the amide linker. Herein, the sulfonamide moiety is selected as the linker to connect the diphenylsulfide moiety and the benzoic acid moiety to examined the structural requirements for the linker. Additionally, according to the pharmacophore docking model, the benzoic acid moiety is clamped by β’CH R278 and R281 (Fig. 1B &2B) , a substituted benzoic acid was designed to probe the small semi-pocket formed by β’CH for binding and examine the effect of substitutions on benzoic acid on the antimicrobial activity.

[0160] Compared to an amide, a sulfonamide has a more acidic proton suitable for substitution reactions. Modification of the sulfonamide nitrogen using different groups was explored to determine their impact on the antimicrobial activity of new analogs.

[0161] Compounds 5a –5j were synthesized as shown in Scheme 1.4-Chloro-3-nitrobenzenesulfonyl chloride was condensed with corresponding amines to provide compounds 3a –3j in 50 %–75 %yield, followed by the substitution of -Cl group with 3,4-dichlorobenzenethiol to afford intermediates 4a –4j in 70 %–95 %yield. Finally, the hydrolysis of the methyl ester group provided compounds 5a –5j. 5b was synthesized at the first stage for antimicrobial activity testing to probe the substitution effect at the sulfonamide nitrogen.

[0162] Scheme 1. Synthetic route to compounds 5a –5j. Reagents and conditions: a) Anilines, pyridine, dichloromethane (DCM) , 0 ℃, overnight, 50 %–75 %; b) 3, 4-dichlorobenzenethiol, NaOAc, EtOH, reflux, 6 h, 70 %–90 %; c) NaOH, H2O / dioxane,  50 ℃, overnight.

[0163] Through preliminary antimicrobial activity testing, it was observed that compound 5b as the methylated 5a at sulfonamide nitrogen exhibited reduced antibacterial activity. The result indicated that the modifications of the sulfonamide group might affect the activity. As shown in Scheme 2, sulfonamide intermediates 4c –4f were subjected to reaction with a series of organobromides in the presence of K2CO3 in DMF gave 6a –6h in 60 %–90 %yield. After hydrolysis of methyl esters, compounds 7a –7k were obtained.

[0164] Scheme 2. Synthetic route to compounds 7a –7k. Reagent and conditions: a) R1Br, K2CO3, DMF, 80 ℃, overnight, 60 %–90 %; b) NaOH, H2O / dioxane, 50 ℃, overnight.

[0165] Alkylamine derivatives were also synthesized as depicted in Scheme 3. Alkylation of 4c with 1, 4-dibromobutane in the presence of K2CO3 yielded compound 8 in 72 %yield, which was further aminated with various secondary amines to provide compounds 9a –9d. The methyl esters were finally hydrolyzed to furnish N-alkylamines 10a –10d.

[0166] Scheme 3. Synthetic route to compound 10a –10d. Reagent and conditions: a) 1, 4-Dibromobutane, K2CO3, DMF, 50 ℃, overnight, 72 %; b) amines, K2CO3, DMF,  40 ℃; 50 %–90 %; c) NaOH, H2O / dioxane, 50 ℃, overnight.

[0167] All the synthesized compounds were tested for antimicrobial activity against S. pneumoniae and Staphylococcus aureus, as two of the WHO priority pathogens for antibiotic R&D. Compounds 5a - 5j were first tested under the standard CLSI conditions and the antimicrobial activity was expressed as MIC values. 5a demonstrated antimicrobial activity against both bacteria, but S. pneumoniae is more susceptible than S. aureus under the treatment of 5a (MIC 2 μg / mL vs 8-16 μg / mL) , as similarly exhibited by previously designed and synthesized sigmacidin compounds with carbonyl, methylenyl, aminomethylenyl linkers. As mentioned above, compared to 5a, the antimicrobial activity of 5b dramatically dropped to MICs of 64-128 μg / mL, due to methyl substitution on the sulfonamidyl nitrogen of 5a. While leaving the sulfonamidyl nitrogen unsubstituted, 5c - 5j maintained or improved against some or all the bacteria tested, regardless of whether electron-withdrawing or -donating substituents were present. These results showed difference with previous results that electron-donating groups on the right benzene ring reduced antimicrobial activity whereas electron-withdrawing groups improved the activity. The greatest activity was observed when 5-trifluoro-2-benzoic acid bonding to the sulfonamidyl linker was used (5d) , which led to an enhanced antimicrobial activity with MICs of 2 and 4 μg / mL against S. pneumoniae and S. aureus, respectively. Note that clogP values of these compounds ranged from 6.73-8.14, while the antimicrobial activity did not show correlation with clogP values. This phenomenon was distinct from previous results with different linkers, indicating membrane permeability may not be very significantly related to antimicrobial activity of sulfonamidyl derivatives of sigmacidins.

[0168] Table 1. Antimicrobial activity and clogP values of synthesized compounds 5a-5j

[0169] SPNE: S. pneumoniae ATCC 49619, SAURa: S. aureus ATCC 29213, SAURb: S. aureus ATCC 29523

[0170] Although 5b showed reduced antimicrobial activity, it was observed that the substituents at the sulfonamidyl nitrogen may affect antimicrobial activity and intended to thoroughly study the influence of substitutions. 7a - 7k and 10a - 10d were tested for their antimicrobial activity against S. pneumoniae and S. aureus. Surprisingly, all these compounds demonstrated improved antimicrobial activity against some or all the tested bacterial strains. Both aryl and aliphatic substituents were acceptable, which demonstrated the potential of structural modifications on this site. Additionally, some compounds such as 7a, 7b, 10a - 10d displayed superior antimicrobial activity against S. aureus to S. pneumoniae. It was the first time being observed compared to other sigmacidin derivatives. The greatest activity against S. aureus was obtained with 7b with MIC values of 2 μg / mL. In these compounds, with the same cyclopropylmethyl substituent on the sulfonamidyl nitrogen, we also observed that the electron-donating groups on the right benzene ring (5-Me in 7a) provided slightly more contribution to antimicrobial activity over the electron-withdrawing groups (4-F in 7f, 4-Cl in 7i, and 5-F in 7j) .

[0171] Table 2. Antimicrobial activity and clogP values of synthesized compounds 7a-7k and 10a-10d

[0172] SPNE: S. pneumoniae ATCC 49619, SAURa: S. aureus ATCC 29213, SAURb: S. aureus ATCC 29523

[0173] With the preliminary antimicrobial activity in hand, selected compounds were screened against more bacterial species from the WHO priority pathogens list for guiding R&D of new antibiotics, such as Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus, and Streptococcus pneumoniae. Additionally, clinically complex pathogens such as Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus pyogenes, and Streptococcus agalactiae were tested to validate the clinical prospect of the compounds described herein.

[0174] The results depicted in Fig. 3 demonstrated the extensive antimicrobial potential of the compounds described herein against a wide range of Gram-positive bacteria, including clinically complex pathogens such as S. epidermidis, S. saprophyticus, S. pyogenes, and S. agalactiae, with most MICs ranging between 2 to 8 μg / mL. Notably, 5d, 7a, 7b and 7d presented robust antimicrobial activity against multiple Gram-positive bacteria, with an impressive MIC as low as 1 μg / mL against S. pneumoniae. Remarkably, 5d exhibited significant potency against Streptococci (MIC 1-2 μg / mL) , while 7a demonstrated remarkable efficacy against S. epidermidis (MIC 2 μg / mL) , showcasing the potential of our compounds in treating bacterial infections.

[0175] Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains represent some of the most challenging bacterial strains for treatment due to antibiotic resistance, including resistance to the “last resort” antimicrobial therapeutic agent, vancomycin, currently available in the market. In order to evaluate the efficacy of our compounds against MRSA strains, their activity against a series of representative clinically isolated lineages of hospital-acquired (HA-) and community-acquired (CA-) MRSA strains was tested, including vancomycin-resistant Staphylococcus aureus (VRSA) strains.

[0176] The HA-MRSA strains included W-231 ST45, W-232 ST5, W-233 ST5, W-234 ST-5, W-235 ST5, ATCC BAA-43, ATCC BAA-44, and ST239. The CA-MRSA strains, on the other hand, included W-45 ST59, W-46 ST59, W-47 ST30, W-48 ST217, ST22, ST338, and USA300. Several MRSA strains denoted as M20 were also included (N. Barua, et. al, Comparative Study of Two-Dimensional (2D) vs. Three-Dimensional (3D)  Organotypic Kertatinocyte-Fibroblast Skin Models for Staphylococcus aureus (MRSA) Infection, Int J Mol Sci, 23 (2021) ) . To further test the compounds described herein, the laboratory strains of known resistant mechanisms were included, for example, SA-APH2”-AAC6’, SA-APH3’, and SA-ANT4’, which are resistant to aminoglycosides due to the presence of aminoglycoside-modifying enzymes (AMEs) . SA-RN4220-pUL5054 was also included, which exhibits macrolide resistance, as well as SA-1199B, which is known to be resistant to fluoroquinolone.

[0177] As shown in Fig. 4, the compounds demonstrated antimicrobial activity against the tested MRSA strains, with the most potent MIC as low as 2 μg / mL. This efficacy outperformed currently used antibiotics such as ciprofloxacin, gentamicin, and oxacillin, especially for treating specific strains. Notably, most of the MRSA strains selected were resistant to oxacillin, the current first-line antibiotic used in the USA for MRSA infections, as well as other common drugs like the protein-synthesis inhibitor gentamicin. Thus, the compounds’ antimicrobial activity against MRSA strains with various individual resistance mechanisms indicated diverse modes of action without overlapping with existing antibiotics. Among the compounds tested, 5d, 7b, 7c, 7d, and 7i maintained consistent MIC values, ranging from 2 to 8 μg / mL, against a broad range of MRSA strains, particularly the aminoglycosides-resistant strain SA-APH3’, highlighting their potential for further development as treatments for MRSA infections.

[0178] The VRSA strains used were provided by the Network on Antimicrobial Resistance in S. aureus (NARSA) for distribution by BEI Resources, NIAID, NIH and administered by ATCC (Manassas, Virginia, United States) , which include: NR-46410 (S. aureus strain HIP11714) , NR-46411 (S. aureus strain HIP11983) , NR-46412 (S. aureus strain HIP13170) , NR-46413 (S. aureus strain HIP13419) , NR-46414 (S. aureus strain HIP14300) , NR-46415 (S. aureus strain HIP15178) , NR-46416 (S. aureus strain AIS 2006032) , NR-46417 (S. aureus strain AIS 2006045) , NR-46418 (S. aureus strain 71080) , NR-46419 (S. aureus strain AIS 080003) , NR-46420 (S. aureus strain AIS 1000505) , NR-46421 (S. aureus strain AIS 1001095) , and NR-46422 (S. aureus strain AID 1001123) .

[0179] As shown in Fig. 5, several compounds exhibited remarkable antimicrobial activity against the tested VRSA strains with MIC as low as 2 μg / mL, whereas, in contrast, most strains were resistant towards or desensitised to cell wall synthesis  inhibitors, vancomycin and oxacillin. The five compounds that effectively inhibit MRSA strains –5d, 7b, 7c, 7d, and 7i –consistently demonstrated antibacterial effects against VRSA strains, with MIC ranging from 2 to 8 μg / mL. Among these, 5d, 7c and 7d demonstrated exceptionally superior antibacterial activity, with 5d being highly effective in inhibiting strains NR-46418 and NR-46421 (MIC 2 μg / mL) . Therefore, the compounds appeared effective against an array of VRSA strains harbouring multiple mechanisms of drug resistance, which strongly supports their clinical prospect and warrants further development as potential new treatment options against increasingly untenable and severe infections caused by VRSA.

[0180] Taken together, the series of C3 compounds exhibited significant antibacterial effects against a range of pathogenic bacteria, including notoriously difficult-to-treat strains such as MRSA and VRSA. The unsubstituted sulfonamidyl compounds (5a-5j) maintained strong antimicrobial activity against S. pneumoniae than other Gram-positive bacteria, while the substitutions at the sulfonamidyl nitrogen improved the general antimicrobial activity of the resulting compounds (7a-7k) against S. aureus, which were demonstrated by the testing results against MRSA and VRSA strains. Among the 12 compounds tested, 5d and 7d stood out with the highest antibacterial activity against a variety of bacterial strains that are resistant to currently available antibiotics.

[0181] As PPI inhibitors, the inhibitory activity of representative sulfonamidyl compounds was examined. Previously, a luminescence-based protein complement assay was developed. By fusing RNAP β’CH and σ to the two complementary fragments of luciferase, respectively, if an PPI inhibitor of β’CH -σ is used in this assay, the luminescent signal released from the reformation of luciferase will decrease due to the inhibition of β’CH -σ PPI. The results were shown in Table 3. All the tested compounds showed inhibitory activity against β’CH -σ PPI.

[0182] Table 3. IC50 of selected compounds inhibiting β’CH -σ PPI.

[0183] Note that the tested IC50 values did not correlate to the antimicrobial activity. This phenomenon has been observed in the previous studies, as the latter is related to multiple factors such as cell membrane permeability and efflux effects, which significantly affect antimicrobial activity. Additionally, aqueous solubility of compounds may also affect the experimental process and so as IC50 values. Therefore, this assay should be used as a qualitative method to validate the molecular mechanism of compounds.

[0184] Compound 5d was examined for the sub-cellular effects on RNAP function by epifluorescence microscopy. B. subtilis BS1048 strain can display green fluorescence because of RNAP was tagged by the green fluorescent protein (GFP) . As shown in Fig. 6A, the GFP labeled RNAP localized to the bacterial nucleoid. Ribosome-targeting chloramphenicol did not affect RNAP function, while RNAP-targeting rifampicin could delocalize the transcription foci (Fig. 6B) and ribosome-targeting chloramphenicol did not affect it (Fig. 6C) . When compound 5d was added, delocalization of the fluorescence signal from the nucleoid could also be observed as rifampicin treated cells in a concentration-dependent manner (Figure 6D) , suggesting that 5d as an RNAP-σPPI inhibitor that also affected bacterial transcription as shown in the previous studies.

[0185] The molecular docking was performed as displayed in Fig. 7 for the calculated binding poses of 5d and 7d in complex with β′CH. As previously, the benzoic acid moieties of both ligands located in the positive charged area formed by residues include Arg275 and Arg278, while the 3, 4-dichlorophenyl ring fitted in a small pocket formed by hydrophobic residues. Additionally, the carboxyl group of 5d formed two hydrogen bonds with Arg278 (O…H ) and Asn274 (O…H ) of β′CH. Moreover, a H-bond was formed between the nitro group and Arg275 (O…H ) (Fig. 7B) . Fig. 7C showed the interactions between 7d and β′CH. The carboxyl group of 7d interacted with Arg275 (O…H ) and Arg278 (O…H ) through hydrogen bonds, respectively. Meanwhile, Arg278 also interacted with the nitro group (O…H ) . Overall, both compounds showed similar binding energies via the key interactions with the residues of β′CH including Arg275 and Arg278.

[0186] 2.7. Cytotoxicity

[0187] The cytotoxicity of selected compounds against human HepG2 hepatocellular carcinoma and A549 lung carcinoma cell lines. All tested compounds demonstrated  nearly no cytotoxicity to the two human cancer cell lines (Table 4) , indicating the compounds have potential for further therapeutic development.

[0188] Table 4. Cytotoxicity and therapeutic index of selected compounds

[0189] a Calculated by CC50  / 1 / 2 MIC.

[0190] b DDP: Cisplatin

[0191] Previously, indole derivatives were developed as RNAP-σ PPI inhibitors. In this article, we explored the structural diversity of sulfonamidyl derivatives of C3-005 (sigmacidins) , and validated the antimicrobial activity, mechanism of action, cytotoxicity, and pharmacokinetic properties. The results indicated the sulfonamidyl derivatives of C3-005 have potential for further development. Specifically, the sulfonamidyl nitrogen provided an additional and appropriate position for substitution without diminishing antimicrobial activity, in the contrast, the substituted derivatives demonstrated improved antimicrobial activity against S. aureus, including MRSA and VRSA. More structurally diverse derivatives of sigmacidin with excellent antimicrobial activity are expected to enrich the molecular pool of RNAP-σ PPI inhibitors for biomedical research and drug development..

[0192] 4.1.1. General methods

[0193] All reactions were monitored by thin-layer chromatography (TLC) on glass sheets (Silica gel F254) which can be visualized under UV light. Flash chromatography was carried out using silica-gel (200 –300 mesh) . Commercial reagents and anhydrous solvents were used without further purification. All yields reported are isolated yields. 1H NMR (400 MHz) and 13C NMR (100 MHz) spectra were measured on BRUKER AVANCE-III spectrometer with TMS as an internal standard. Chemical shifts are expressed in δ (ppm) and coupling constants (J) in Hz. High resolution MS spectra were measured using a QTOF-2 micromass Spectrometer by electron spray ionization. HPLC analysis was performed on an Agilent 1260 HPLC apparatus.

[0194] 4.1.2. General procedure for the synthesis of intermediates 3a –j (Scheme 1)

[0195] General procedure for the synthesis of compound 3a –3o

[0196] To a stirred solution of the anilines (1 mmol) in dichloromethane (DCM, 5 mL) at 0 ℃ was added pyridine (7.5 mmol) . 4-Chloro-3-nitrobenzenesulfonyl chloride (1.2 mmol) in DCM (5 mL) was then added slowly via syringe. The solution was allowed to warm to room temperature and stirred for another 24 hrs. The mixture was diluted with DCM (10 ml) and washed by 1 M HCl and brine, successively. The organic phase was dried by Na2SO4 and purified by chromatography to provide the titled compounds.

[0197] Methyl 2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (3a)

[0198] Yellow solid (208 mg, 56 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.81 (s, 1H) , 8.31 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.95 (ddd, J = 10.9, 8.2, 1.6 Hz, 2H) , 7.71 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.62 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.57 –7.51 (m, 1H) , 7.14 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 3.90 (s, 3H) .

[0199] Methyl 2- ( (4-chloro-N-methyl-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (3b)

[0200] White solid (227 mg, 59 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.12 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.91 (dd, J = 7.7, 1.6 Hz, 1H) , 7.77 (dd, J = 8.4, 2.0 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.52 (td, J = 7.7, 1.6 Hz, 1H) , 7.46 (td, J = 7.4, 0.9 Hz, 1H) , 7.10 (dd, J = 7.8, 0.7 Hz, 1H) , 3.81 (s, 3H) , 3.34 (s, 3H) .

[0201] Methyl 2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (3c) Red solid (196 mg, 51 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.55 (s, 1H) , 8.27 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.90 (dd, J = 8.4, 2.0 Hz, 1H) , 7.75 (s, 1H) , 7.61 (dd, J = 8.3, 6.4 Hz, 2H) , 7.34 (dd, J = 8.4, 1.2 Hz, 1H) , 3.88 (s, 3H) .

[0202] Methyl 4-chloro-2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (3d)

[0203] White solid (223 mg, 55 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.94 (s, 1H) , 8.36 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 8.00 (dd, J = 8.4, 2.0 Hz, 1H) , 7.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 7.77 F (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.13 (dd, J = 8.5, 1.8 Hz, 1H) , 3.94 (s, 3H) .

[0204] Methyl 2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-fluorobenzoate (3e)

[0205] White solid (202 mg, 52 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 11.08 (s, 1H) , 8.34 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 8.04 –7.95 (m, 2H) , 7.67 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.46 (dd, J = 10.4, 2.3 Hz, 1H) , 6.87 –6.76 (m, 1H) , 3.92 (s, 3H) .

[0206] Methyl 5-fluoro-2- ( (4-fluoro-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (3f)

[0207] Brown solid (208 mg, 56 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.44 (s, 1H) , 8.26 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.88 (dd, J = 8.5, 2.1 Hz, 1H) , 7.74 (dd, J = 9.1, 4.7 Hz, 1H) , 7.67 –7.58 (m, 2H) , 7.30 –7.24 (m, 1H) .

[0208] Methyl 2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) -4- (trifluoromethyl) benzoate (3g)

[0209] Yellow solid (272 mg, 62 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.93 (s, 1H) , 8.36 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 8.13 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 8.03 (s, 1H) , 7.99 (dd, J = 8.5, 2.1 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.40 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 3.98 (s, 3H) .

[0210] Methyl 2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-methoxybenzoate (3h)

[0211] White solid (200 mg, 50 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 11.04 (s, 1H) , 8.34 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.96 (dd, J = 8.5, 2.1 Hz, 1H) , 7.89 (d, J = 8.9 Hz, 1H) , 7.64 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.22 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 6.62 (dd, J = 8.9, 2.4 Hz, 1H) , 3.87 (s, 3H) , 3.86 (s, 3H) .

[0212] Methyl 2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) -4, 5-dimethoxybenzoate (3i)

[0213] Red solid (250 mg, 58 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.56 (s, 1H) , 8.26 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.85 (dd, J = 8.5, 2.1 Hz, 1H) , 7.60 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.31 (d, J = 11.0 Hz, 2H) , 3.97 (s, 3H) , 3.85 (s, 6H) .

[0214] Methyl 4-bromo-2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (3j) White solid (297 mg, 66 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.88 (s, 1H) , 8.34 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.97 (dd, J = 8.5, 2.1 Hz, 1H) , 7.91 (d, J = 1.5 Hz, 1H) , 7.82 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 7.67 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.28 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 3.91 (s, 3H) .

[0215] Methyl 1- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) cyclopropane-1-carboxylate (3k)

[0216] Yellow solid (241 mg, 72 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.33 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 8.00 (dd, J = 8.4, 2.0 Hz, 1H) , 7.72 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 5.62 (s, 1H) , 3.45 (s, 3H) , 1.54 (t, J = 2.7 Hz, 2H) , 1.51 (d, J = 3.3 Hz, 2H) .

[0217] Methyl ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-valinate (3l)

[0218] White solid (263 mg, 75 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.31 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.98 (dd, J = 8.5, 2.1 Hz, 1H) , 7.73 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 5.23 (d, J = 9.8 Hz, 1H) , 3.86 (dd, J = 10.0, 4.9 Hz, 1H) , 2.14 (qd, J = 12.1, 6.8 Hz, 1H) , 1.02 (d, J = 6.8 Hz, 3H) , 0.91 (d, J = 6.9 Hz, 3H) .

[0219] Methyl ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-phenylalaninate (3m)

[0220] White solid (275 mg, 69 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.12 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.77 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.58 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.27 –7.17 (m, 3H) , 7.06 (dd, J = 6.2, 2.9 Hz, 2H) , 5.25 (d, J = 9.4 Hz, 1H) , 4.29 (ddd, J = 9.3, 7.8, 5.1 Hz, 1H) , 3.70 (s, 3H) , 3.15 (dd, J = 13.9, 5.0 Hz, 1H) , 2.97 (dd, J = 13.9, 7.7 Hz, 1H) .

[0221] Methyl ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-alaninate (3n)

[0222] White solid (229 mg, 71 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.32 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.98 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.72 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 5.39 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 4.16 –4.03 (m, 1H) , 3.64 (s, 3H) , 1.45 (d, J = 7.2 Hz, 3H) .

[0223] 4-Chloro-N- (2- (hydroxymethyl) phenyl) -3-nitrobenzenesulfonamide (3o)

[0224] Pale yellow solid (257 mg, 75 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.27 (d, J =2.0 Hz, 1H) , 8.24 (s, 1H) , 7.89 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.63 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.51 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 7.31 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 7.14 (q, J = 7.2 Hz, 2H) , 4.49 (d, J = 4.6 Hz, 2H) , 2.09 –2.01 (m, 1H) .

[0225] General procedure for the synthesis of compound 4a –4o

[0226] To a flask was added compound 3a –3o (0.3 mmol) , 3, 4-dichlorobenzenethiol (0.5 mmol) , NaOAc (1.5 mmol) and ethanol (EtOH, 3 ml) , the mixture was heated to reflux for 6 hrs and then cooled to room temperature. The precipitate was collected by filtration and washed by a small amount of EtOH and water, successively. The filter cake was dried in vacuum to afford compound 4a –4o.

[0227] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (4a)

[0228] Yellow solid (116 mg, 75 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.82 (s, 1H) , 8.69 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.96 (dd, J = 7.9, 1.2 Hz, 1H) , 7.79 (dd, J = 8.7, 1.9 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.65 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.59 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.54 –7.46 (m, 1H) , 7.38 (dd, J = 8.2, 2.0 Hz, 1H) , 7.10 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.90 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.90 (s, 3H) .

[0229] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -N-methyl-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (4b)

[0230] Yellow solid (100 mg, 63 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.51 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.89 (dd, J = 7.6, 1.6 Hz, 1H) , 7.71 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.63 –7.58 (m, 2H) , 7.49 (td, J = 7.7, 1.7 Hz, 1H) , 7.46 –7.40 (m, 2H) , 7.08 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.94 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.82 (s, 3H) , 3.30 (s, 3H) .

[0231] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (4c)

[0232] Yellow solid (125 mg, 79 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.57 (s, 1H) , 8.65 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.75 (dd, J = 8.7, 1.9 Hz, 2H) , 7.65 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.60 (dd, J = 8.3, 5.5 Hz, 2H) , 7.38 (dd, J = 8.2, 2.0 Hz, 1H) , 7.31 (dd, J = 8.4, 1.5 Hz, 1H) , 6.88 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.87 (s, 3H) , 2.29 (s, 3H) .

[0233] Methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (4d)

[0234] Yellow solid (141 mg, 86 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.92 (s, 1H) , 8.72 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.90 (dd, J = 8.5, 3.6 Hz, 1H) , 7.81 (dd, J = 8.6, 2.0 Hz, 1H) , 7.70 (dd, J = 21.8, 1.9 Hz, 2H) , 7.60 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 7.39 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.07 (dd, J = 8.6, 1.8 Hz, 1H) , 6.94 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.91 (s, 3H) .

[0235] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-fluorobenzoate (4e)

[0236] Yellow solid (123 mg, 77 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 11.08 (s, 1H) , 8.73 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 8.00 (dd, J = 8.9, 6.3 Hz, 1H) , 7.82 (dd, J = 8.7, 1.8 Hz, 1H) , 7.67 (d, J = 1.7 Hz, 1H) , 7.60 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.41 (ddd, J = 10.1, 9.5, 2.1 Hz, 2H) , 6.93 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 6.78 (td, J = 9.0, 2.3 Hz, 1H) , 3.91 (s, 3H) .

[0237] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-fluorobenzoate (4f)

[0238] Yellow solid (128 mg, 80 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.49 (s, 1H) , 8.65 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.77 –7.70 (m, 2H) , 7.63 (ddd, J = 14.4, 8.3, 5.1 Hz, 3H) , 7.39 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.25 –7.21 (m, 1H) , 6.90 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.90 (s, 3H) .

[0239] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-(trifluoromethyl) benzoate (4g)

[0240] Yellow solid (141 mg, 81 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.96 (s, 1H) , 8.71 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 8.10 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.98 (s, 1H) , 7.81 (dd, J = 8.7, 1.9 Hz, 1H) , 7.65 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.60 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 7.43 –7.36 (m, 2H) , 7.33 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 6.94 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.95 (s, 1H) .

[0241] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-methoxybenzoate (4h)

[0242] Yellow solid (139 mg, 85 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 11.05 (s, 1H) , 8.73 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.88 (d, J = 8.9 Hz, 1H) , 7.79 (dd, J = 8.7, 2.0 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.60 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.39 (dd, J = 8.2, 2.0 Hz, 1H) , 7.23 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 6.91 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 6.59 (dd, J = 8.9, 2.4 Hz, 1H) , 3.86 (s, 3H) , 3.85 (s, 3H) .

[0243] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4, 5-dimethoxybenzoate (4i)

[0244] Yellow solid (151 mg, 88 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.62 (s, 1H) , 8.65 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.71 (dd, J = 8.6, 1.9 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.60 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.38 (dd, J = 8.2, 1.9 Hz, 1H) , 7.32 (d, J = 1.4 Hz, 2H) , 6.87 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.96 (s, 3H) , 3.85 (s, 3H) , 3.84 (s, 3H) .

[0245] Methyl 4-bromo-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (4j)

[0246] White solid (170 mg, 96 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.88 (s, 1H) , 8.72 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.89 (d, J = 1.7 Hz, 1H) , 7.84 –7.77 (m, 2H) , 7.67 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.59 (s, 1H) , 7.40 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.23 (dd, J = 8.6, 1.7 Hz, 1H) , 6.94 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.91 (s, 3H) .

[0247] Methyl 1- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) cyclopropane-1-carboxylate (4k)

[0248] Yellow solid (113 mg, 79 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.71 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.82 (dd, J = 8.6, 1.9 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.62 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 6.98 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.45 (s, 3H) , 1.49 (q, J = 3.1 Hz, 4H) .

[0249] Methyl ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-valinate (4l)

[0250] Yellow solid (113 mg, 79 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.66 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.77 (dd, J = 8.7, 2.0 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.62 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 6.97 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 5.19 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.83 (dd, J = 8.6, 4.7 Hz, 1H) , 3.55 (s, 3H) , 2.09 (qt, J = 12.8, 6.5 Hz, 1H) , 0.98 (d, J = 6.8 Hz, 3H) , 0.88 (d, J = 6.9 Hz, 3H) .

[0251] Methyl ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-phenylalaninate (4m)

[0252] Yellow solid (135 mg, 83 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.47 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.64 –7.57 (m, 2H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.19 (dd, J = 4.9, 1.5 Hz, 3H) , 7.03 (dd, J = 6.5, 2.7 Hz, 2H) , 6.84 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 5.19 (s, 1H) , 4.23 (s, 1H) , 3.66 (s, 3H) , 3.10 (dd, J = 13.9, 5.1 Hz, 1H) , 2.94 (dd, J =13.9, 7.5 Hz, 1H) .

[0253] Methyl ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-alaninate (4n)

[0254] Yellow solid (107 mg, 77 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.71 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.81 (dd, J = 8.6, 2.0 Hz, 1H) , 7.72 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.64 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 7.45 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.00 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 5.32 (d, J = 2.7 Hz, 1H) , 4.09 (dd, J = 13.9, 6.9 Hz, 1H) , 3.66 (s, 3H) , 1.46 (d, J = 7.1 Hz, 3H) .

[0255] 4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -N- (2- (hydroxymethyl) phenyl) -3-nitrobenzenesulfonamide (4o)

[0256] Yellow solid (123 mg, 85 %) . mp 156 –158 ℃. 1H NMR (400 MHz, dimethyl sulfoxide (DMSO) -d6) δ 9.84 (s, 1H) , 8.44 (d, J = 1.7 Hz, 1H) , 8.01 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 7.85 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.77 (dd, J = 8.6, 1.8 Hz, 1H) , 7.65 (dd, J = 8.3, 1.8 Hz, 1H) , 7.44 (d, J = 7.4 Hz, 1H) , 7.23 (t, J = 7.3 Hz, 1H) , 7.19 –7.11 (m, 2H) , 6.89 (d, J = 7.8 Hz, 1H) , 5.18 (s, 1H) , 4.44 (s, 2H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 144.6, 142.9,  139.1, 138.2, 137.3, 136.0, 134.4, 133.3, 133.1, 132.9, 131.9, 130.7, 130.2, 128.1, 127.7, 127.2, 126.1, 124.6, 59.6. HRMS (ESI) : calcd for C19H13Cl2N2O5S2, [M-H] -482.9648, found 482.9647. HPLC purity: 98.68 %.

[0257] General procedure for the synthesis of compound 5a –5n.

[0258] The methyl esters of compounds (4a –4n) (0.1 mmol) were hydrolyzed with 1 M NaOH in dioxane (1 : 1) at 50 ℃ overnight. The mixture was then diluted with a small amount of water and washed twice by DCM. The aqueous solution was acidified by the addition of 2 M HCl. The precipitates were collected by filtration and washed with water to provide the title compounds 5a –5n.

[0259] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoic acid (5a)

[0260] Yellow solid (26 mg, 53 %) . mp 243 –245 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.57 (s, 1H) , 8.55 (s, 1H) , 7.99 (s, 1H) , 7.90 (d, J = 8.2 Hz, 2H) , 7.84 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.63 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 7.54 (t, J = 7.5 Hz, 1H) , 7.46 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 7.16 (t, J = 7.4 Hz, 1H) , 7.10 (d, J = 8.6 Hz, 1H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.8, 144.6, 143.5, 139.6, 137.4, 137.1, 136.1, 134.8, 134.6, 133.3, 133.0, 132.0, 131.9, 130.4, 130.2, 124.9, 124.3, 119.9, 118.8. HRMS (ESI) : calcd for C19H11Cl2N2O6S2, [M-H] -496.9441, found 496.9455. HPLC purity: 98.05 %.

[0261] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -N-methyl-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoic acid (5b)

[0262] Yellow solid (23 mg, 45 %) . mp 198 –200 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 12.81 (s, 1H) , 8.27 (s, 1H) , 8.03 (s, 1H) , 7.87 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.78 (d, J = 7.0 Hz, 1H) , 7.69 (t, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.55 –7.44 (m, 2H) , 7.16 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 7.08 (d, J = 7.4 Hz, 1H) , 3.21 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 167.5, 144.7, 142.9, 139.3, 137.3, 136.2, 136.0, 134.5, 133.4, 133.3, 133.0, 132.8, 132.4, 131.1, 130.7, 130.1, 129.6, 129.1, 125.0, 39.4. HRMS (ESI) : calcd for C20H13Cl2N2O6S2, [M-H] -510.9598, found 510.9595. HPLC purity: 97.12 %.

[0263] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (5c)

[0264] Yellow solid (31 mg, 60 %) . mp 128 –130 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.35 (s, 1H) , 8.51 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.98 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 7.84 (dd, J = 8.5, 2.7 Hz, 2H) , 7.69 (s, 1H) , 7.62 (dd, J = 8.3, 1.8 Hz, 1H) , 7.36 (s, 2H) , 7.08 (d, J = 8.7 Hz,  1H) , 2.24 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.7, 144.5, 143.4, 137.4, 137.1, 136.8, 136.1, 135.3, 134.6, 133.8, 133.3, 133.0, 132.0, 131.9, 130.4, 130.2, 124.8, 120.5, 119.2, 20.5. HRMS (ESI) : calcd for C20H13Cl2N2O6S2, [M-H] -510.9598, found 510.9607. HPLC purity: 99.67 %.

[0265] 4-Chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoic acid (5d)

[0266] Yellow solid (27 mg, 51 %) . mp 110 –112 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 12.71 (s, 1H) , 8.55 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.99 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.93 –7.86 (m, 2H) , 7.83 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.63 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.44 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.16 (dd, J = 8.5, 1.6 Hz, 1H) , 7.12 (d, J = 8.6 Hz, 1H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ168.8, 144.6, 143.2, 142.4, 138.7, 137.8, 137.4, 136.1, 134.5, 133.6, 133.3, 132.9, 131.8, 130.4, 130.3, 124.6, 123.4, 119.1, 118.1. HRMS (ESI) : calcd for C19H10Cl3N2O6S2, [M-H]-530.9051, found 530.9033. HPCL purity: 95.31 %.

[0267] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-fluorobenzoic acid (5e)

[0268] Yellow solid (34 mg, 66 %) . mp 218 –220 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.88 (s, 1H) , 8.59 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 8.00 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.99 –7.93 (m, 2H) , 7.84 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.64 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.23 (dd, J = 10.8, 2.4 Hz, 1H) , 7.11 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 7.00 (td, J = 8.6, 2.4 Hz, 1H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.1, δ 165.3 (d, J = 251.9 Hz) , 144.6, 143.8, 142.2, 142.1, 137.4, 136.8, 136.2, 134.9, 134.8, 134.6, 133.3, 133.0, 131.8, 130.33, 130.30, 124.9, 114.9, 111.2 (d, J =22.3 Hz) , 106.16 (d, J = 26.8 Hz) . HRMS (ESI) : calcd for C19H10Cl2FN2O6S2, [M-H] -514.9347, found 514.9360. HPLC purity: 98.91 %.

[0269] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-fluorobenzoic acid (5f)

[0270] Yellow solid (32 mg, 62 %) . mp 203 –205 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.48 (d, J = 1.3 Hz, 1H) , 7.98 (d, J = 1.4 Hz, 1H) , 7.82 (d, J = 8.2 Hz, 2H) , 7.62 (dd, J = 8.3, 1.6 Hz, 1H) , 7.56 (dd, J = 9.2, 3.0 Hz, 1H) , 7.40 (dd, J = 9.0, 4.8 Hz, 1H) , 7.27 (td, J = 8.6, 2.9 Hz, 1H) , 7.07 (d, J = 8.6 Hz, 1H) . 13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ168.1, 157.5 (d, J = 240.4 Hz) , 144.4, 142.3, 139.1, 138.5, 137.4, 136.1, 134.4, 133.3, 132.9, 131.8, 130.6, 130.1, 124.4, 122.9, 121.8 (d, J = 6.4 Hz) , 120.5 (d, J = 22.6 Hz) ,  117.2 (d, J = 23.3 Hz) . HRMS (ESI) : calcd for C19H10Cl2FN2O6S2, [M-H] -514.9347, found 514.9355. HPLC purity: 98.75 %.

[0271] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4- (trifluoromethyl) benzoic acid (5g)

[0272] Yellow solid (40 mg, 71 %) . mp 124 –126 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 14.56 (s, 1H) , 8.51 (d, J = 1.4 Hz, 1H) , 8.04 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 7.98 (d, J = 1.5 Hz, 1H) , 7.86 (dd, J = 8.6, 1.4 Hz, 1H) , 7.82 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.69 (s, 1H) , 7.62 (dd, J =8.3, 1.5 Hz, 1H) , 7.31 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 7.11 (d, J = 8.6 Hz, 1H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 168.1, 144.4, 143.7, 142.3, 139.2, 137.4, 136.1, 134.4, 133.3, 133.2 (q, J = 31.6 Hz) , 132.9, 132.8, 131.7, 130.6, 130.3, 124.2, 123.94 (q, J = 271.2 Hz) , 123.7, 118.2 (d, J = 3.4 Hz) , 115.7 (d, J = 3.9 Hz) . HRMS (ESI) : calcd for C20H10Cl2F3N2O6S2, [M-H] -564.9315, found 564.9323. HPLC purity: 99.48 %.

[0273] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-methoxybenzoic acid (5h)

[0274] Yellow solid (37 mg, 69 %) . mp 213 –215 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.96 –11.51 (m, 1H) , 8.58 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.99 (d, J = 1.3 Hz, 1H) , 7.94 (dd, J = 8.7, 1.9 Hz, 1H) , 7.85 (t, J = 8.5 Hz, 2H) , 7.63 (dd, J = 8.3, 1.7 Hz, 1H) , 7.12 (d, J =8.6 Hz, 1H) , 6.98 (d, J = 2.2 Hz, 1H) , 6.71 (dd, J = 8.9, 2.2 Hz, 1H) , 3.79 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.9, 164.1, 144.5, 143.9, 141.8, 137.5, 136.7, 136.2, 134.6, 134.1, 133.4, 133.0, 131.9, 130.4, 130.3, 124.9, 110.0, 109.9, 103.8, 56.1. HRMS (ESI) : calcd for C20H13Cl2N2O7S2, [M-H] -526.9547, found 526.9572. HPLC purity: 95.43 %.

[0275] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4, 5-dimethoxybenzoic acid (5i)

[0276] Yellow solid (34 mg, 61 %) . mp 273 –275 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.24 (s, 1H) , 8.51 (d, J = 1.5 Hz, 1H) , 7.98 (d, J = 1.5 Hz, 1H) , 7.82 (dd, J = 11.2, 4.8 Hz, 2H) , 7.62 (dd, J = 8.3, 1.7 Hz, 1H) , 7.31 (s, 1H) , 7.08 (t, J = 4.2 Hz, 2H) , 3.82 (s, 3H) , 3.72 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.5, 153.8, 145.4, 144.5, 143.6, 137.4, 136.6, 136.1, 134.6, 134.3, 133.3, 133.0, 132.0, 130.4, 130.2, 124.8, 113.3, 110.6, 104.0, 56.2, 56.1. HRMS (ESI) : calcd for C21H15Cl2N2O8S2, [M-H] -556.9652, found 556.9663. HPLC purity: 95.17 %.

[0277] 4-Bromo-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoic acid (5j)

[0278] Yellow solid (43 mg, 75 %) . mp 253 –255 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.49 (s, 1H) , 8.56 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.99 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.90 (dd, J = 8.7, 2.0 Hz, 1H) , 7.82 (dd, J = 11.5, 8.4 Hz, 2H) , 7.67 –7.57 (m, 2H) , 7.38 (dd, J = 8.5, 1.7 Hz, 1H) , 7.12 (d, J = 8.7 Hz, 1H) . 13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ 169.1, 144.6, 143.9, 140.5, 137.4, 136.7, 136.1, 134.6, 133.7, 133.4, 133.0, 131.8, 130.4, 130.3, 127.9, 127.5, 124.8, 122.5, 118.3. HRMS (ESI) : calcd for C19H10BrCl2N2O6S2, [M-H] -574.8546, found 574.8544. HPLC purity: 99.55 %.

[0279] 1- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) cyclopropane-1-carboxylic acid (5k)

[0280] Yellow solid (32 mg, 70 %) . mp 166 –168 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.50 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 8.02 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.90 –7.84 (m, 2H) , 7.66 (dd, J =8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.15 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 1.29 –1.21 (m, 2H) , 1.13 (dd, J = 7.5, 4.4 Hz, 2H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 173.5, 144.4, 141.8, 140.3, 137.3, 136.0, 134.4, 133.3, 132.9, 132.2, 130.8, 129.7, 124.6, 35.6, 16.3. HRMS (ESI) : calcd for C16H11Cl2N2O6S2, [M-H] -460.9441, found 460.9451. HPLC purity: 93.60 %.

[0281] ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-valine (5l)

[0282] Yellow solid (35 mg, 73 %) . mp 147 –149 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.55 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 8.33 (s, 1H) , 8.01 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.94 –7.88 (m, 1H) , 7.88 –7.84 (m, 1H) , 7.65 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.15 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.54 (d, J = 5.6 Hz, 1H) , 1.98 (dq, J = 13.2, 6.6 Hz, 1H) , 0.84 (d, J = 6.8 Hz, 3H) , 0.81 (d, J = 6.8 Hz, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 172.3, 144.4, 141.9, 139.4, 137.2, 136.0, 134.4, 133.3, 132.9, 132.2, 130.8, 129.9, 124.6, 62.0, 30.7, 19.5, 18.2. HRMS (ESI) : calcd for C17H15Cl2 N2O6S2, [M-H] -476.9754, found 476.9759. HPLC purity: 100.00 %.

[0283] ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-phenylalanine (5m)

[0284] Yellow solid (41 mg, 77 %) . mp 183 –185 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.22 (s, 1H) , 8.01 (s, 1H) , 7.87 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.64 (dd, J = 12.0, 9.3 Hz, 2H) , 7.07 (s, 5H) , 6.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.80 (dd, J = 8.9, 4.0 Hz, 1H) , 2.97 (dd, J = 13.6, 4.0 Hz, 1H) , 2.71 (dd, J = 13.5, 9.6 Hz, 1H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 172.5, 144.2, 141.7, 139.3, 137.9, 137.4, 136.1, 134.4, 133.3, 132.9, 131.6, 130.7, 129.8, 129.5,  128.2, 126.3, 124.1, 58.6, 38.3. HRMS (ESI) : calcd for C21H15Cl2N2O6S2, [M-H] -524.9754, found 524.9751. HPLC purity: 99.30 %.

[0285] ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonyl) -L-alanine (5n)

[0286] Yellow solid (34 mg, 76 %) . mp 133 –135 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 12.69 (s, 1H) , 8.55 (d, J = 1.8 Hz, 2H) , 8.02 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.97 –7.76 (m, 2H) , 7.66 (dd, J = 8.2, 2.0 Hz, 1H) , 7.16 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.83 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 1.20 (d, J = 7.1 Hz, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 173.4, 144.5, 142.0, 139.5, 137.3, 136.0, 134.4, 133.3, 132.9, 132.0, 130.8, 130.0, 124.5, 51.8, 18.9. HRMS (ESI) : calcd for C15H11Cl2N2O6S2, [M-H] -448.9441, found 448.9447. HPLC purity: 97.82 %.

[0287] General procedure for the synthesis of 6a –6k

[0288] To a solution of 4c –4f (0.1 mmol) in DMF were added brominated materials (0.15 mmol) and K2CO3 (27 mg, 0.2 mmol) at room temperature, the mixture was heated to 80 ℃ overnight. After cooling to ambient temperature, water was added. The mixture was extracted with ethyl acetate. The organic layer was successively washed with water, saturated NaCl aq. Solution, dried over Na2SO4 and concentrated. The residue was purified by column chromatography on silica gel to give the titled compounds.

[0289] Methyl 2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (6a)

[0290] Yellow solid (50 mg, 86 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.50 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.7 Hz, 2H) , 7.64 –7.57 (m, 2H) , 7.43 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.29 (s, 1H) , 7.11 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 6.90 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.72 (s, 3H) , 3.68 (s, 1H) , 3.40 (s, 1H) , 2.40 (s, 3H) , 1.04 –0.93 (m, 1H) , 0.43 (d, J = 7.8 Hz, 2H) , 0.07 (d, J = 24.7 Hz, 2H) .

[0291] Methyl 2- ( (N-benzyl-4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (6b)

[0292] Yellow solid (50 mg, 81%) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.42 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.68 (dd, J = 14.0, 1.8 Hz, 2H) , 7.61 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.55 (dd, J = 8.6, 1.9 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.21 –7.28 (m, 5H) , 7.16 (dd, J = 8.1, 1.6 Hz, 1H) , 6.88 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.74 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.06 (s, 1H) , 4.63 (s, 1H) , 3.70 (s, 3H) , 2.34 (s, 3H) .

[0293] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -N- (4-methoxybenzyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (6c)

[0294] Yellow solid (55 mg, 85%) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.41 (d, J = 1.7 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 1.2 Hz, 1H) , 7.60 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.54 (dd, J = 8.6, 1.7 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.15 (dd, J = 13.8, 5.0 Hz, 3H) , 6.87 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 6.76 (d, J = 8.5 Hz, 2H) , 6.70 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.03 (d, J =14.3 Hz, 1H) , 4.55 (d, J = 14.2 Hz, 1H) , 3.77 (s, 3H) , 3.71 (s, 3H) , 2.34 (s, 3H) .

[0295] 2- ( (N- (3-chlorobenzyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (6d)

[0296] Yellow solid (50 mg, 74 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.42 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.67 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 7.61 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.56 (dd, J = 8.5, 2.0 Hz, 1H) , 7.43 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.26 –7.08 (m, 5H) , 6.90 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.78 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 5.02 (s, 1H) , 4.62 (s, 1H) , 3.70 (s, 3H) , 2.36 (s, 3H) .

[0297] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (6e)

[0298] Yellow solid (58 mg, 82%) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.47 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.69 (s, 2H) , 7.65 (d, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.63 –7.60 (m, 1H) , 7.60 –7.58 (m, 1H) , 7.41 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.29 (s, 1H) , 7.23 (dd, J = 8.1, 1.6 Hz, 1H) , 6.98 (d, J =8.1 Hz, 1H) , 6.91 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.70 (s, 1H) , 5.18 (d, J = 15.8 Hz, 1H) , 4.75 (d, J = 15.3 Hz, 1H) , 3.71 (s, 3H) , 2.41 (s, 3H) , 2.36 (s, 3H) .

[0299] Methyl 2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-fluorobenzoate (6f)

[0300] Yellow solid (40 mg, 68 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.53 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.95 (dd, J = 8.8, 6.4 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.63 –7.57 (m, 2H) , 7.43 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.19 –7.13 (m, 1H) , 7.01 (dd, J = 9.0, 2.5 Hz, 1H) , 6.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.72 (s, 4H) , 3.39 (s, 1H) , 1.04 –0.94 (m, 1H) , 0.46 (d, J = 7.9 Hz, 2H) , 0.08 (d, J = 27.8 Hz, 2H) .

[0301] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) -4-fluorobenzoate (6g)

[0302] Yellow solid (50 mg, 71 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.50 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.95 (dd, J = 8.8, 6.3 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.60 (dd, J = 8.5, 2.2 Hz, 2H) , 7.41 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.28 (d, J = 8.5 Hz, 2H) , 7.14 (ddd, J = 8.9, 7.5, 2.6 Hz, 1H) , 6.93 (dd, J = 8.7, 1.4 Hz, 2H) , 6.68 (s, 1H) , 5.17 (s, 1H) , 4.78 (s, 1H) , 3.72 (s, 3H) , 2.42 (s, 3H) .

[0303] Methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) benzoate (6h)

[0304] Yellow solid (55 mg, 76 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.49 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.86 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.62 –7.56 (m, 2H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 2H) , 7.29 (d, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.16 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.68 (s, 1H) , 5.13 (s, 1H) , 4.76 (s, 1H) , 3.74 (s, 3H) , 2.42 (s, 3H) .

[0305] Methyl 4-chloro-2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (6i)

[0306] Yellow solid (42 mg, 70 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.53 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.86 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.64 –7.56 (m, 2H) , 7.46 –7.40 (m, 2H) , 7.23 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.74 (s, 3H) , 3.67 (s, 1H) , 3.41 (s, 1H) , 1.05 –0.93 (m, 1H) , 0.47 (d, J = 7.8 Hz, 2H) , 0.08 (d, J = 27.4 Hz, 2H) .

[0307] Methyl 2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-fluorobenzoate (6j)

[0308] Yellow solid (42 mg, 70 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.52 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.66 –7.53 (m, 3H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.26 –7.13 (m, 2H) , 6.92 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.77 –3.68 (m, 4H) , 3.38 (dd, J = 14.0, 7.3 Hz, 1H) , 0.97 (qd, J = 7.5, 3.7 Hz, 1H) , 0.43 (t, J = 9.6 Hz, 2H) , 0.07 (d, J = 35.8 Hz, 2H) .

[0309] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) -5-fluorobenzoate (6k)

[0310] Yellow solid (65mg, 93 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.49 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.65 (d, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.63 –7.55 (m, 3H) , 7.41 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.28 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 7.13 (dd, J = 6.0, 1.5 Hz, 2H) , 6.92 (d, J  = 8.7 Hz, 1H) , 6.67 (s, 1H) , 5.21 (d, J = 16.1 Hz, 1H) , 4.73 (d, J = 16.3 Hz, 1H) , 3.74 (s, 3H) , 2.42 (s, 3H) .

[0311] General procedure for the synthesis of 7a –7k

[0312] The methyl esters of the title compounds (6a –6k) (0.1 mmol) were hydrolyzed with 1 M NaOH in dioxane (1:1) at 50 ℃ overnight. The mixture was then diluted with a small amount of water and washed twice with DCM. The aqueous solution was acidified by the addition of 2 M HCl. The precipitate was collected by filtration and washed with water to provide the title compounds (7a –7k) .

[0313] 2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (7a)

[0314] Yellow solid (35 mg, 62 %) . mp 207 –209 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.55 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.84 (d, J = 1.3 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.61 –7.50 (m, 2H) , 7.42 –7.32 (m, 2H) , 7.14 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 6.91 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.70 (dd, J = 14.1, 6.7 Hz, 1H) , 3.41 (dd, J = 14.1, 7.4 Hz, 1H) , 2.44 (s, 3H) , 1.04 –0.93 (m, 1H) , 0.51 –0.40 (m, 2H) , 0.10 (d, J = 30.6 Hz, 2H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ169.5, 144.3, 143.4, 139.7, 137.6, 137.1, 135.7, 135.4, 134.8, 134.5, 134.2, 133.2, 132.3, 131.6, 129.7, 129.6, 128.4, 125.2, 57.5, 21.1, 10.4, 4.4, 3.8. HRMS (ESI) : calcd for C24H19Cl2N2O6S2, [M-H] -565.0067, found 565.0053. HPLC purity: 98.98 %.

[0315] 2- ( (N-benzyl-4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (7b)

[0316] Yellow solid (32 mg, 53 %) . mp 145 –147 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.52 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 7.81 (s, 1H) , 7.65 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.55 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 7.51 (dd, J = 8.6, 1.7 Hz, 1H) , 7.37 (dd, J = 8.2, 2.0 Hz, 1H) , 7.28 –7.20 (m, 6H) , 6.88 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.78 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.13 (d, J = 14.5 Hz, 1H) , 4.62 (d, J = 14.5 Hz, 1H) , 2.39 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 169.7, 144.4, 143.3, 139.6, 137.9, 137.1, 135.7, 135.5, 135.0, 134.8, 134.5, 134.3, 133.3, 133.0, 132.3, 131.6, 129.8, 129.5, 128.6, 128.4, 128.2, 125.3, 56.4, 21.0. HRMS (ESI) : calcd for C27H19Cl2N2O6S2, [M-H]-601.0067, found 601.0046. HPLC purity: 98.42 %

[0317] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -N- (4-methoxybenzyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (7c)

[0318] Yellow solid (42 mg, 66 %) . mp 143 –145 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.51 (d, J = 1.7 Hz, 1H) , 7.82 (s, 1H) , 7.64 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.54 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.50 (dd, J = 8.5, 1.7 Hz, 1H) , 7.36 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.23 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 7.16 (d, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.87 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.76 (t, J = 8.8 Hz, 3H) , 5.08 (d, J =14.6 Hz, 1H) , 4.55 (d, J = 14.6 Hz, 1H) , 3.77 (s, 3H) , 2.40 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 170.2, 159.4, 144.3, 143.2, 139.6, 138.1, 137.1, 135.6, 135.0, 134.8, 134.5, 134.3, 133.3, 133.1, 132.3, 131.6, 130.9, 129.8, 129.1, 128.4, 127.5, 125.2, 113.8, 55.9, 55.2, 21.1. HRMS (ESI) : calcd for C28H21Cl2N2O7S2, [M-H] -631.0173, found 631.0180. HPLC purity: 99.12 %.

[0319] 2- ( (N- (3-chlorobenzyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (7d)

[0320] Yellow solid (42 mg, 66 %) . mp 129 –131 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.52 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.83 (d, J = 1.4 Hz, 1H) , 7.66 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.56 (d, J =8.3 Hz, 1H) , 7.51 (dd, J = 8.6, 1.9 Hz, 1H) , 7.38 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.29 (d, J =1.3 Hz, 1H) , 7.26 –7.15 (m, 4H) , 6.90 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.83 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 5.10 (d, J = 15.0 Hz, 1H) , 4.58 (d, J = 15.0 Hz, 1H) , 2.41 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 169.6, 144.3, 143.6, 139.9, 137.73, 137.71, 137.1, 135.7, 134.9, 134.8, 134.5, 134.4, 133.5, 133.0, 132.3, 131.6, 129.9, 129.7, 129.4, 128.7, 128.4, 128.3, 127.6, 125.3, 55.8, 21.1. HRMS (ESI) : calcd for C27H18Cl3N2O6S2, [M-H] -634.9677, found 634.9681. HPLC purity: 96.91 %.

[0321] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (7e)

[0322] Yellow solid (40 mg, 58%) ; mp 191 –193 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.54 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.79 (d, J = 1.1 Hz, 1H) , 7.65 (dd, J = 11.2, 5.0 Hz, 3H) , 7.57 (td, J = 8.1, 3.9 Hz, 2H) , 7.38 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.30 –7.26 (m, 3H) , 6.99 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 6.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.64 (s, 1H) , 5.08 (d, J = 16.2 Hz, 1H) , 4.85 (d, J = 16.0 Hz, 1H) , 2.40 (s, 6H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.9, 167.1, 161.2, 144.6, 143.1, 140.9, 139.6, 137.2, 135.9, 134.8, 134.4, 133.6, 133.3, 132.9, 132.4, 132.3, 132.0, 130.7, 130.3, 130.0, 126.0, 125.1, 124.4, 100.1, 47.7, 21.5, 20.9. HRMS (ESI) : calcd for C31H22Cl2N3O7S2, [M-H] -682.0282, found 682.0290. HPLC purity: 97.92 %.

[0323] 2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-fluorobenzoic acid (7f)

[0324] Yellow solid (31 mg, 53 %) . mp 136 –138 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.59 (d, J = 1.4 Hz, 1H) , 8.13 –8.02 (m, 1H) , 7.66 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.57 (t, J = 9.1 Hz, 2H) , 7.39 (dd, J = 8.3, 1.8 Hz, 1H) , 7.26 –7.18 (m, 1H) , 7.05 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.92 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.72 (s, 1H) , 3.42 (s, 1H) , 0.99 (s, 1H) , 0.48 (d, J = 7.9 Hz, 2H) , 0.10 (d, J = 39.8 Hz, 2H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 168.3, 164.9 (d, J =257.3 Hz) , 144.3, 143.8, 140.7 (d, J = 10.9 Hz) , 137.4, 137.2, 135.8, 134.85, 134.80, 134.76, 134.6, 132.4, 131.5, 129.6, 128.5, 125.2, 120.4 (d, J = 22.1 Hz) , 116.5 (d, J =20.9 Hz) , 57.4, 10.3, 4.5, 3.7. HRMS (ESI) : calcd for C23H16Cl2 FN2O6S2, [M-H] -568.9816, found 568.9799. HPLC purity: 97.97 %.

[0325] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) -4-fluorobenzoic acid (7g)

[0326] Yellow solid (41 mg, 60 %) . mp 153 –155 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 13.15 (s, 1H) , 8.35 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 8.00 –7.89 (m, 2H) , 7.84 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.64 (ddd, J = 16.7, 8.6, 2.0 Hz, 2H) , 7.40 (dd, J = 8.3, 2.3 Hz, 1H) , 7.36 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 7.24 (dd, J = 9.5, 2.3 Hz, 1H) , 7.10 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.93 (s, 1H) , 5.11 (d, J = 14.5 Hz, 1H) , 4.83 (d, J = 14.6 Hz, 1H) , 2.38 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.9, 166.1, 163.8 (d, J = 250 Hz) , 161.0, 144.7, 143.3, 140.9, 137.2, 136.6, 135.9, 134.5, 134.3, 134.2 (d, = 10 Hz) , 133.4, 132.9, 132.4, 130.7, 130.3, 130.0, 129.1, 126.0, 125.3, 124.4, 119.4 (d, J = 23 Hz) , 116.9 (d, J = 21 Hz) , 100.1, 47.6, 21.5. HRMS (ESI) : calcd for C30H19Cl2FN3O7S2, [M-H] -686.0031, found 686.0015. HPLC purity: 92.97 %.

[0327] 4-Chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) benzoic acid (7h)

[0328] Yellow solid (47 mg, 66 %) . mp 241 –243 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.38 (s, 1H) , 7.99 (s, 1H) , 7.81 (t, J = 7.5 Hz, 2H) , 7.72 (d, J = 7.8 Hz, 2H) , 7.69 –7.56 (m, 2H) , 7.35 (d, J = 7.4 Hz, 3H) , 7.18 (s, 1H) , 7.07 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.98 (s, 1H) , 5.07 (s, 2H) , 2.38 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.8, 167.6, 161.9, 144.6, 142.4, 140.8, 137.5, 137.0, 136.7, 135.8, 134.2, 133.3, 133.0, 132.8, 132.7, 131.9, 131.1, 130.2, 129.6, 128.9, 126.0, 125.8, 124.5, 100.0, 47.6, 21.5. HRMS (ESI) : calcd for C30H19Cl3N3O7S2, [M-H] -701.9735, found 701.9742. HPLC purity: 99.04 %.

[0329] 4-Chloro-2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoic acid (7i)

[0330] Yellow solid (36 mg, 61 %) . mp 115 –117 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.58 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 7.99 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.67 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.59 (d, J =8.3 Hz, 1H) , 7.54 (dd, J = 8.6, 1.3 Hz, 1H) , 7.49 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.40 (dd, J = 8.2, 1.8 Hz, 1H) , 7.23 (s, 1H) , 6.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.68 (dd, J = 13.8, 6.9 Hz, 1H) , 3.41 (dd, J = 13.9, 6.9 Hz, 1H) , 1.06 –0.89 (m, 1H) , 0.48 (d, J = 7.8 Hz, 2H) , 0.21 –0.01 (m, 2H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 168.1, 150.7, 144.4, 143.9, 139.4, 139.3, 137.1, 135.8, 134.8, 134.6, 133.6, 132.7, 132.4, 131.6, 129.6, 129.5, 128.5, 125.2, 57.4, 10.3, 4.4, 3.9. HRMS (ESI) : calcd for C23H16Cl3N2O6S2, [M-H] -584.9521, found 584.9504. HPLC purity: 96.65 %.

[0331] 2- ( (N- (cyclopropylmethyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-fluorobenzoic acid (7j)

[0332] Yellow solid (27 mg, 52 %) . mp 69 –71 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.56 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.72 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.67 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.59 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.56 (dd, J = 8.7, 1.9 Hz, 1H) , 7.40 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.28 (dd, J = 6.1, 1.4 Hz, 2H) , 6.92 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.73 (dd, J = 14.2, 6.9 Hz, 1H) , 3.40 (dd, J = 14.2, 7.5 Hz, 1H) , 0.98 (dt, J = 7.5, 4.9 Hz, 1H) , 0.46 (t, J = 9.5 Hz, 2H) , 0.19 –0.01 (m, 2H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 168.0, 161.9 (d, J = 250.6 Hz) , 144.4, 143.7, 137.5, 137.2, 135.8, 134.8, 134.6, 134.5, 134.1 (d, J = 4.0 Hz) , 132.4, 132.0 (d, J = 8.0 Hz) , 131.5, 129.6, 128.5, 125.2, 120.5 (d , J = 23.0 Hz) , 119.5 (d, J = 25.0 Hz) , 57.5, 10.3, 4.4, 3.8. HRMS (ESI) : calcd for C23H16Cl2FN2O6S2, [M-H] -568.9816, found 568.9819. HPLC purity: 100.00 %.

[0333] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- ( (5- (p-tolyl) isoxazol-3-yl) methyl) phenyl) sulfonamido) -5-fluorobenzoic acid (7k)

[0334] Yellow solid (36 mg, 53 %) . mp 285 –287. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ8.37 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 8.01 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.86 –7.76 (m, 2H) , 7.72 (d, J = 8.1 Hz, 2H) , 7.66 (dd, J = 8.3, 1.8 Hz, 1H) , 7.35 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 7.27 (d, J = 7.7 Hz, 1H) , 7.15 –7.00 (m, 3H) , 6.92 (s, 1H) , 5.07 (s, 2H) , 2.38 (s, 3H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 169.7, 167.1, 161.8 (d, J = 245.0 Hz) , 161.9, 144.6, 142.3, 140.8, 137.8, 137.0, 135.8, 134.84, 134.76, 134.2, 133.2, 132.9, 132.8, 131.5, 131.2, 130.2, 129.7, 126.0, 125.7, 124.5, 117.1 (d, J = 22.9 Hz) , 115.4 (d, J = 23.0 Hz) , 100.0, 47.6, 21.5. HRMS (ESI) : calcd for C30H19Cl2FN3O7S2, [M-H] -686.0031, found 686.0036. HPLC purity: 99.48 %.

[0335] Synthesis of methyl 2- ( (N- (3-bromopropyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (8)

[0336] To a solution of 4c (2.64 g, 5 mmol) in DMF in acetone were added 1, 4-dibromobutane (7.5 mmol) and K2CO3 (1.38g, 10 mmol) at room temperature, the mixture was heated to 60 ℃ overnight. After cooling to ambient temperature, water was added. The mixture was extracted with ethyl acetate. The organic layer was successively washed with water, saturated NaCl aq. Solution, dried over Na2SO4 and concentrated. The residue was purified by column chromatography on silica gel to give the titled compound, yellow jelly (2.33 g, 72 %) ; 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.43 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.9 Hz, 2H) , 7.61 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.55 (dd, J = 8.6, 1.9 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.30 (dd, J = 8.0, 1.5 Hz, 1H) , 6.98 (d, J =8.1 Hz, 1H) , 6.91 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.74 (s, 3H) , 3.65 (dd, J = 16.0, 6.9 Hz, 2H) , 3.38 (d, J = 3.8 Hz, 2H) , 2.40 (s, 3H) , 1.99 –1.86 (m, 2H) , 1.71 (dt, J = 14.7, 7.3 Hz, 2H) .

[0337] General procedure for the synthesis of compound 9a –9d

[0338] To a solution of 8 (133 mg, 0.2 mmol) in DMF in acetone were added amine (0.3 mmol) and K2CO3 (55 mg, 0.4mmol) at room temperature, the mixture was heated to 40 ℃ overnight. After cooling to ambient temperature, water was added. The mixture was extracted with ethyl acetate. The organic layer was successively washed with water, saturated NaCl aqueous solution, dried over Na2SO4 and concentrated. The residue was purified by column chromatography on silica gel to give compound 9a –9d.

[0339] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -N- (4- (diethylamino) butyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (9a)

[0340] Yellow solid (120 mg, 92 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.39 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.71 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.68 (s, 1H) , 7.62 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.52 (dd, J = 8.6, 1.9 Hz, 1H) , 7.44 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.30 (d, J = 1.7 Hz, 1H) , 6.91 (dd, J = 10.6, 8.5 Hz, 2H) , 3.77 (s, 3H) , 3.71 –3.55 (m, 2H) , 2.97 (d, J = 5.9 Hz, 4H) , 2.84 (s, 2H) , 2.40 (s, 3H) , 1.71 –1.56 (m, 4H) , 1.33 –1.28 (m, 6H) .

[0341] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- (4- (pyrrolidin-1-yl) butyl) phenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (9b)

[0342] Yellow solid (70 mg, 54 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.42 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.70 (dd, J = 5.6, 1.7 Hz, 2H) , 7.61 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.55 (dd, J = 8.6, 1.9 Hz, 1H) , 7.43 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.29 (dd, J = 8.2, 1.6 Hz, 1H) , 6.93 (dd, J = 12.1,  8.4 Hz, 2H) , 3.75 (s, 3H) , 3.63 (t, J = 7.1 Hz, 2H) , 2.71 (d, J = 48.5 Hz, 6H) , 2.40 (s, 3H) , 1.90 (s, 4H) , 1.71 (s, 2H) , 1.66 –1.59 (m, 2H) .

[0343] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -N- (4- (3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl) butyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (9c)

[0344] Yellow solid (90 mg, 65 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.43 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.8 Hz, 2H) , 7.61 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.55 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.0 Hz, 1H) , 7.30 (dd, J = 8.1, 1.5 Hz, 1H) , 6.98 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 6.91 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 4.05 (d, J = 5.6 Hz, 2H) , 3.73 (s, 3H) , 3.69 –3.47 (m, 6H) , 2.40 (s, 3H) , 2.33 (td, J = 13.3, 6.8 Hz, 2H) , 1.66 (s, 4H) .

[0345] Methyl 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -N- (4-morpholinobutyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoate (9d)

[0346] Yellow solid (104 mg, 78 %) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.45 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.5 Hz, 2H) , 7.61 (d, J = 8.2 Hz, 1H) , 7.55 (dd, J = 8.7, 1.8 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.30 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.99 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 6.90 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.74 (s, 3H) , 3.69 –3.58 (m, 6H) , 2.40 (s, 3H) , 2.37 (s, 4H) , 2.31 –2.25 (m, 2H) , 1.58 –1.63 (m, 2H) , 1.47 (dt, J = 14.0, 7.1 Hz, 2H) .

[0347] General procedure for the synthesis of 10a –10d

[0348] The methyl esters of the title compounds (9a –9d) (0.1 mmol) were hydrolyzed with 1 M NaOH in dioxane (1 : 1) at 50 ℃ overnight. The mixture was then diluted with a small amount of water and washed twice with DCM. The aqueous solution was acidified by the addition of 2 M HCl. The precipitate was collected by filtration and washed with water to provide the title compounds 10a –10d.

[0349] 2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -N- (4- (diethylamino) butyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (10a)

[0350] Yellow solid (15 mg, 23 %) . mp 196 –198 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.32 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 8.01 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.87 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.67 (td, J = 8.4, 1.6 Hz, 2H) , 7.50 (s, 1H) , 7.25 (d, J = 7.9 Hz, 1H) , 7.10 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.98 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 3.60 –3.50 (m, 2H) , 2.82 (q, J = 6.3 Hz, 4H) , 2.71 (s, 2H) , 2.32 (s, 3H) , 1.55 –1.40 (m, 4H) , 1.07 (t, J = 7.1 Hz, 6H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 168.0, 144.1, 141.9, 138.0, 136.6, 135.4, 133.9, 133.2, 132.8, 132.4, 132.0, 131.1, 130.8, 130.2, 130.1, 129.24, 129.19, 124.7, 50.7, 50.6, 46.0, 45.9, 25.4, 21.3, 20.4, 9.2,  9.1. HRMS (ESI) : calcd for C28H30Cl2N3O6S2, [M-H] -638.0959, found 638.0968. HPLC purity: 93.37 %.

[0351] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- (4- (pyrrolidin-1-yl) butyl) phenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (10b)

[0352] Yellow solid (52 mg, 41 %) . mp 221 –223 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.54 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 7.70 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.64 –7.56 (m, 3H) , 7.44 (dd, J =8.2, 2.0 Hz, 1H) , 7.11 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 6.93 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.80 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 3.64 (s, 2H) , 3.23 (s, 6H) , 3.00 –2.94 (m, 2H) , 2.34 (s, 3H) , 2.04 (s, 4H) , 1.66 –1.52 (m, 2H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 170.9, 144.3, 143.0, 138.9, 137.5, 137.3, 137.1, 135.6, 134.9, 134.4, 133.2, 132.3, 132.1, 131.7, 130.9, 129.8, 129.0, 128.4, 125.5, 55.0, 53.5, 51.3, 25.7, 23.3, 23.0, 21.0. HRMS (ESI) : calcd for C28H28Cl2N3O6S2, [M-H]-636.0802, found 636.0811. HPCL purity: 97.78 %.

[0353] 2- ( (4- ( (3, 4-Dichlorophenyl) thio) -N- (4- (3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl) butyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -5-methylbenzoic acid (10c)

[0354] Yellow solid (54 mg, 40 %) . mp 98 –100 ℃. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ8.50 (s, 1H) , 7.83 (s, 1H) , 7.66 (d, J = 1.5 Hz, 1H) , 7.56 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.51 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.44 –7.32 (m, 2H) , 7.04 (d, J = 7.9 Hz, 1H) , 6.91 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 4.06 (s, 2H) , 3.75 –3.49 (m, 6H) , 2.43 (s, 3H) , 2.32 (dd, J = 12.6, 6.4 Hz, 2H) , 1.67 (s, 4H) . 13C NMR (100 MHz, CDCl3) δ 169.8, 154.7, 144.8, 143.5, 139.6, 137.2, 137.1, 135.7, 135.0, 134.9, 134.5, 134.2, 133.2, 132.3, 131.6, 131.3, 129.9 (t, J = 248.6 Hz) , 129.7, 128.4, 125.2, 65.0, 52.7 (td, J = 32.2 Hz, 12.0 Hz) , 51.9 (d, J = 9.1 Hz) , 43.6, 33.7 (dt, J = 45.6 Hz, 24.3 Hz) , 26.2, 25.2 (d, J = 8.6 Hz) , 21.0. HRMS (ESI) : calcd for C28H26Cl2F2N3 O6S2, [M-H] -672.0614, found 672.0608. HPLC purity: 96.69 %.

[0355] 4-Chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -N- (4-morpholinobutyl) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoic acid (10d)

[0356] Yellow solid (25 mg, 39 %) . mp 163 –165 ℃. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.26 (d, J = 1.8 Hz, 1H) , 8.02 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 7.87 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.67 (dd, J = 8.3, 1.9 Hz, 1H) , 7.65 –7.57 (m, 2H) , 7.35 (d, J = 6.7 Hz, 1H) , 7.12 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 7.03 (d, J = 8.1 Hz, 1H) , 3.80 (s, 4H) , 3.61 (t, J = 6.1 Hz, 4H) , 2.96 (s, 4H) , 2.35 (s, 3H) , 1.69 (s, 2H) , 1.46 (s, 2H) . 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) δ 167.4, 144.7, 142.8, 139.0, 137.2, 136.7, 136.0, 134.5, 133.4, 133.2, 133.1, 133.0, 132.4, 132.0, 130.8,  130.7, 130.0, 124.9, 63.8, 56.0, 51.5, 51.2, 25.7, 20.9, 20.6. HRMS (ESI) : calcd for C28H28Cl2N3O7S2, [M-H] -652.0751, found 652.0759. HPLC purity: 99.12 %.

[0357] Procedure for the synthesis of compound C3-332

[0358] Scheme 4. Synthesis of C3-332

[0359] Synthesis of Methyl 4-chloro-2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (4d)

[0360] 4-chloro-3-nitrobenzenesulfonyl chloride 1 (3.0 mg, 16 mmol, 1 equiv) was dissolved in DCM. Pyridine (9.76 mL, 120 mmol, 7.5 equiv) was added to the reaction mixture and cooled to 0℃. Methyl 2-amino-4-chlorobenzoate dissolved in DCM was slowly added to the reaction mixture and stirred at room temperature overnight. Water was added to the reaction mixture and the aqueous phase was extracted with DCM. The combined organic phase was purified through column chromatography to provide 4d as yellow solid, 2.569 g, 39%yield. 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 10.69 (s, 1H) , 8.49 (d, J = 1.9 Hz, 1H) , 8.04 (dd, J = 8.5, 2.0 Hz, 1H) , 8.00 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.84 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.44 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.40 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 3.76 (s, 3H) .

[0361] Synthesis of Methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (6d)

[0362] Intermediate 4d (2.56 g, 6.3 mmol, 1 equiv) and sodium acetate (2.59 g, 32 mmol, 5 equiv) was dissolved in EtOH. 3, 4-dichlorobenzenethiol (1.89 g, 11 mmol, 1.67 equiv) was added to the reaction mixture and heated to reflux for 6 h. The reaction mixture was then cooled to room temperature. The precipitate was collected by filtration and washed by a small amount of EtOH and water successively. The filter cake was dried in oven to provide 6d as yellow solid, 2.89 g, 84%yield. 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 10.66 (s, 1H) , 8.52 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.01 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.88 (dd, J = 8.6, 2.1 Hz, 1H) , 7.86 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.73 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.65 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.41 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.24 (s, 1H) , 7.14 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.75 (s, 3H) .

[0363] Synthesis of Tert-butyl 4- ( ( (N- (5-chloro-2- (methoxycarbonyl) phenyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) methyl) piperidine-1-carboxylate (11)

[0364] Intermediate 6d (300 mg, 0.55 mmol, 1 eq) , potassium carbonate (302 mg, 2.19 mmol, 4 equiv) and potassium iodide (9 mg, 0.055 mmol, 0.1 equiv) were dissolved in DMF. Tert-butyl 4- (bromomethyl) piperidine-1-carboxylate (609 mg, 2.19 mmol, 4 equiv) was added to the reaction mixture and heated to 100℃ overnight. Water was added to the reaction mixture and the aqueous phase was extracted with ethyl acetate. The combined organic phase was purified through column chromatography to provide 11 as yellow solid, 127 mg, 31%yield. 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 8.20 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.02 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.86 (dd, J = 15.5, 8.4 Hz, 2H) , 7.67 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.60 (dd, J = 8.5, 2.0 Hz, 1H) , 7.56 (dd, J = 8.6, 2.1 Hz, 1H) , 7.34 (d, J = 2.0  Hz, 1H) , 7.16 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.76 (s, 3H) , 3.48 (q, J = 6.7 Hz, 2H) , 2.96 –2.55 (m, 4H) , 1.95 (d, J = 13.2 Hz, 1H) , 1.79 –1.44 (m, 4H) , 1.39 (s, 9H) .

[0365] Synthesis of Methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- (piperidin-4-ylmethyl) phenyl) sulfonamido) benzoate (12)

[0366] Intermediate 11 (120 mg, 0.16 mmol, 1 equiv) was dissolved in 3 mL DCM. 1 mL TFA was slowly added to the reaction mixture, the ratio of DCM to TFA is 3: 1. The reaction mixture was stirred for 1 h at room temperature. K2CO3 solid was slowly added into the reaction mixture to adjust the pH to 8-10. Water was added and the aqueous phase was extracted with DCM. The combined organic phase was purified by column chromatography to provide 12 as yellow solid, 87 mg, 84%yield. 1H NMR (600 MHz, DMSO) δ 8.19 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.01 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.86 (dd, J = 21.3, 8.4 Hz, 2H) , 7.66 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.61 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.53 (dd, J = 8.7, 2.1 Hz, 1H) , 7.35 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.14 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.75 (s, 3H) , 3.51 (dd, J =6.8, 4.4 Hz, 2H) , 3.24 (dd, J = 46.9, 12.6 Hz, 2H) , 2.79 (ddd, J = 23.0, 13.8, 10.8 Hz, 2H) , 2.20 (d, J = 13.7 Hz, 1H) , 1.77 –1.64 (m, 2H) , 1.39 –1.19 (m, 3H) .

[0367] Synthesis of 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- (piperidin-4-ylmethyl) phenyl) sulfonamido) benzoic acid (C3-332)

[0368] Intermediate 12 was dissolved in 5 ml 1, 4-dioxane and stirred at 40℃. 5 mL 1N NaOH solution was added to the reaction mixture and stirred for 2 h. The dioxane was removed under vacuum and the product on the container walls was dispersed into the  solution using ultrasonication. The reaction mixture was acidified with 1N HCl solution to pH 6-7. The product was precipitated from the water and was allowed to stir at room temperature for about 30 mins. The precipitate was collected by filtration and washed by a small amount of water. The filter cake was dried in oven to provide C3-332 as yellow solid, 61.5 mg, 79%yield. 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 8.26 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 8.00 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.85 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.65 (ddd, J = 8.7, 4.0, 2.1 Hz, 2H) , 7.61 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.41 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.27 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.07 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.14 (s, 4H) , 2.71 (d, J = 12.4 Hz, 2H) , 1.85 (d, J = 66.9 Hz, 4H) , 1.21 (d, J = 26.5 Hz, 2H) .

[0369] Scheme 5. Synthesis of C3-341-342 and 345

[0370] Synthesis of Methyl 2- ( (N- (3- ( (tert-butoxycarbonyl) amino) propyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-chlorobenzoate (13)

[0371] Compound 13 was prepared from intermediate 6d (1.0 g, 1.83 mmol, 1 equiv) and tert-butyl (3-bromopropyl) carbamate (1.7 g, 7.3 mmol, 4 equiv) by the same method that used for compound 11 in Scheme 4. Yellow solid, 785 mg, 61%yield. 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 8.26 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.02 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.87 (t, J = 8.7 Hz, 2H) , 7.67 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.60 (td, J = 8.9, 2.1 Hz, 2H) , 7.29 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.16 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.79 (t, J = 5.7 Hz, 1H) , 3.75 (s, 3H) , 3.70 –3.49 (m, 2H) , 2.93 (q, J = 6.2 Hz, 2H) , 1.58 (d, J = 53.3 Hz, 2H) , 1.35 (s, 9H) .

[0372] Synthesis of Methyl 2- ( (N- (3-aminopropyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-chlorobenzoate (14)

[0373] Compound 14 was prepared from intermediate 13 (770 mg, 1.09 mmol, 1 equiv) by the same method that used for compound 12 in Scheme 4. Yellow solid, 574 mg, 87%yield. 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 8.26 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.03 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.89 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.86 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.68 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.61 (td, J = 8.9, 2.1 Hz, 2H) , 7.29 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.17 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 5.77 (s, 1H) , 3.76 (s, 3H) , 3.57 (s, 2H) , 2.61 (t, J = 6.8 Hz, 2H) , 1.56 (d, J = 42.3 Hz, 2H) .

[0374] Synthesis of methyl 2- ( (N- (3-acetamidopropyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-chlorobenzoate (15)

[0375] DIPEA (165 μL, 0.94 mmol, 3 equiv) was added to intermediate 14 (190 mg, 0.31 mmol, 1 equiv) dissolved in DCM. Acetic anhydride (45 μL, 0.47 mmol, 1.5 equiv)  was added to the reaction mixture and stirred at room temperature for 2 h. Water was added and the aqueous phase was extracted with DCM. The combined organic phase was purified by column chromatography to provide 15 as yellow solid, 122 mg, 60%yield. 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 8.25 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.03 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.88 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.86 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.79 (t, J = 5.6 Hz, 1H) , 7.68 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.61 (ddd, J = 8.9, 6.9, 2.1 Hz, 2H) , 7.31 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.17 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 3.75 (s, 3H) , 3.70 –3.50 (m, 2H) , 3.03 (q, J = 6.7 Hz, 2H) , 1.75 (s, 3H) , 1.67 –1.49 (m, 2H) .

[0376] General procedure for the synthesis of C3-341, 342, and 345

[0377] C3-341-342, and 345 were prepared from the corresponding intermediate by the same method that was used for C3-332 in Scheme 4.

[0378] 2- ( (N- (3- ( (tert-butoxycarbonyl) amino) propyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-chlorobenzoic acid (C3-341)

[0379] Yellow solid, 152 mg, 86%yield. 1H NMR (600 MHz, DMSO) δ 13.22 –13.05 (m, 1H) , 8.28 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.01 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.86 (dd, J = 17.5, 8.3 Hz, 2H) , 7.67 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.62 –7.56 (m, 2H) , 7.28 –7.23 (m, 1H) , 7.13 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 6.78 (t, J = 5.8 Hz, 1H) , 3.64 –3.53 (m, 2H) , 2.90 (d, J = 6.4 Hz, 2H) , 1.56 (d, J = 79.1 Hz, 2H) , 1.34 (s, 9H) . 13C NMR (151 MHz, DMSO) δ 166.46, 156.00, 144.77, 143.09, 138.75, 137.22, 136.81, 136.10, 135.99, 134.48, 133.38, 133.08, 132.98, 132.38, 132.27, 130.75, 130.05, 129.36, 125.02, 77.99, 49.59, 37.72, 28.66, 22.54.

[0380] Synthesis of 2- ( (N- (3-aminopropyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-chlorobenzoic acid (C3-342)

[0381] Yellow solid, 50 mg, 27%yield. 1H NMR (600 MHz, DMSO) δ 8.37 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.02 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.85 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.74 (dd, J = 8.6, 2.1 Hz, 1H) , 7.67 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.51 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.35 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.13 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 7.02 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 3.62 (s, 2H) , 2.79 (t, J = 6.6 Hz, 2H) , 1.68 (s, 2H) .

[0382] Synthesis of 2- ( (N- (3-acetamidopropyl) -4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) -4-chlorobenzoic acid (C3-345)

[0383] Yellow solid, 101 mg, 88%yield. 1H NMR (600 MHz, DMSO) δ 8.28 (d, J =2.1 Hz, 1H) , 8.02 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.87 (d, J = 8.3 Hz, 1H) , 7.83 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.79 (t, J = 5.6 Hz, 1H) , 7.67 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.62 (dd, J = 8.7, 2.1 Hz, 1H) , 7.58 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.26 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.14 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.58 (d, J = 9.7 Hz, 2H) , 3.00 (q, J = 6.6 Hz, 2H) , 1.74 (s, 3H) , 1.56 (d, J = 47.5 Hz, 2H) . 13C NMR (151 MHz, DMSO) δ 169.48, 166.54, 144.75, 143.09, 138.63, 137.23, 136.68, 135.99, 134.47, 133.37, 133.02, 132.97, 132.43, 130.73, 130.64, 130.05, 129.35, 125.09, 49.53, 36.46, 28.71, 22.99.

[0384] Synthetic route for C3-347

[0385] Methyl 4-chloro-2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (4d)

[0386] To a solution of methyl 2-amino-4-chlorobenzoate (3.00 g, 16.20 mmol, 1.00 equiv) in DCM (25 mL) was added pyridine (9.76 mL, 121.20 mmol, 7.50 equiv) at 0 ℃. A solution of 4-chloro-3-nitrobenzenesulfonyl chloride (5.00 g, 19.40 mmol, 1.20 equiv) in DCM (25 mL) was added dropwise to the mixture at 0 ℃ . The mixture was allowed to warm to room temperature and was stirred at 25 ℃ overnight. After the reaction completed, water was added to quench the reaction, and the resulting solution was extracted with EtOAc (3 ′10 mL) . The combined organic layer was washed with brine, dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by column chromatography (hexane / EtOAc = 10 / 1) to obtain the titled compound. Pale yellow solid (2.47 g, 37.76%) . 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 10.69 (s, 1H) , 8.46 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.02 (dd, J = 8.5, 2.2 Hz, 2H) , 7.97 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.42 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 3.75 (s, 4H) .

[0387] Methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (6d)

[0388] To a solution of methyl 4-chloro-2- ( (4-chloro-3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (2.47 g, 6.10 mmol, 3.00 equiv) in EtOH (20 mL) was added NaOAc (2.50 g, 30.50 mmol, 15.00 equiv) . 3, 4-dichlorobenzenethiol (1.82 g, 10.17 mmol, 5.00 equiv) was added to the mixture. The mixture was stirred for 6 hours at 80 ℃. After the reaction completed, water was added to quench the reaction, and the resulting solution was extracted with EtOAc (3 ′10 mL) . The combined organic layer was washed with brine, dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by column chromatography (Hexane / EtOAc = 10 / 1) to obtain the titled compound. Yellow solid (2.89 g, 86.44%) . 1H NMR (400 MHz, DMSO) δ 10.66 (s, 1H) , 8.52 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 8.01 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.90 –7.82 (m, 3H) , 7.65 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.43 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.36 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.15 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.76 (s, 3H) .

[0389] Methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- (prop-2-yn-1-yl) phenyl) sulfonamido) benzoate (16)

[0390] To a solution of methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (300.00 mg, 0.55 mmol, 1.00 equiv) in DMF (1.80 mL) was added potassium carbonate (150.00 mg, 1.10 mmol, 2.00 equiv) . 3-bromoprop-1-yne (70.00 mL, 0.82 mmol, 1.50 equiv) was added to the mixture. The mixture was stirred at 80 ℃ overnight. Water was added to quench the reaction, and the resulting solution was extracted with EtOAc (3 ′10 mL) . The combined organic  layer was washed with brine and dried over anhydrous Na2SO4. The solution was then filtered through a short pad of silica gel, washed with EtOAc, and concentrated in vacuo. The residue was re-dissolved in DCM (2 mL) , followed by adding hexane (20 mL) and Et2O (1 mL) , and stirred at room temperature for 10 mins. The yellow precipitation was filter offed, and the obtained solid was washed with hexane / Et2O (v / v = 3 / 1) to obtain the titled compound. Pale brown solid (268 mg, 83.53%) . 1 H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.65 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.88 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.71 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.64 –7.60 (m, 2H) , 7.47 –7.42 (m, 2H) , 7.18 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 6.95 (d, J = 8.7 Hz, 1H) , 3.83 (s, 3H) , 2.35 (d, J = 5.0 Hz, 1H) .

[0391] 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitro-N- (prop-2-yn-1-yl) phenyl) sulfonamido) benzoic acid (C3-347)

[0392] To a solution of methyl 4-chloro-2- ( (4- ( (3, 4-dichlorophenyl) thio) -3-nitrophenyl) sulfonamido) benzoate (268 mg, 0.46 mmol, 1.00 equiv) in 1, 4-dioxane (4 mL) was added with 1 N NaOH (4 mL) , and the mixture was stirred at 40 ℃ for 3 hours. After the reaction completed, the mixture was acidified with 1 N HCl to pH 3. The resulting suspension was extracted with DCM (3 ′10 mL) . The combined organic layer was washed with brine, dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and evaporated in vacuo. The residue was purified by semi-preparative HPLC [15-100% (ACN)  /  (0.1%HCOOH in H2O) ] to obtain the titled compound. Yellow solid (18.9 mg, 6.45%) . 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.68 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.99 (d, J = 8.5 Hz, 1H) , 7.69 (d, J = 2.1 Hz, 1H) , 7.59 (dd, J = 8.5, 2.0 Hz, 2H) , 7.52 (dd, J = 8.4, 2.1 Hz, 1H) , 7.42 (dd, J = 8.3, 2.1 Hz, 1H) , 7.26 (s, 1H) , 6.95 (d, J = 8.6 Hz, 1H) , 4.94 (s, 1H) , 4.23 (s, 1H) , 2.37 (t, J =2.4 Hz, 1H) . 13C NMR (151 MHz, CDCl3) δ 169.05, 144.30, 144.28, 139.36, 138.70, 137.15, 137.06, 135.83, 134.81, 134.61, 133.48, 132.46, 132.37, 131.66, 130.10, 129.56, 128.49, 125.51, 77.60, 75.03, 41.82. HRMS (ESI-TOF) m / z: calcd for [C22H12Cl3N2O6S2] - ( [M -H] -) : 568.9208, found 568.9214. HPLC purity: 97.30 %.

[0393] 4.2 Biology

[0394] 4.2.1. Determination of minimum inhibitory concentration (MIC)

[0395] The antimicrobial activity of the compounds was determined by broth microdilution according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) guidelines (Clinical &Laboratory Standards Institute, 2020) . The test medium was cation-adjusted Mueller-Hinton broth (MHB) if not specified elsewhere or brain heart infusion (BHI) broth as indicated in the main text. Serial two-fold dilutions of the tested compound were performed for the tested chemicals starting from 256 μg / mL to 0.25 μg / mL, and the bacterial cell inoculum was adjusted to approximately 5 × 105 CFU per mL.Results were taken after 20-hour of incubation at 37℃. The MIC was defined as the lowest concentration of antibiotic with no visible growth. Experiments were performed in duplicates.

[0396] Antimicrobial Activity of C3-332, C3-341, C3-342, C3-345, and C3-347

[0397] We examined the antibacterial spectra of the representative compounds. The bacterial panel we used consisted of 3 Gram-positive pathogens on most recent “WHO priority pathogens list for guiding R&D of new antibiotics” consisting of Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumonia, Klebsiella pneumoniae, Actinobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter cloacae, Escherichia coli. In general, the compounds demonstrated broad-spectrum antimicrobial activity against all tested Gram-positive bacteria as shown in Table 5.

[0398] Table 5. Antibacterial Activity (MIC mg / ml) of C3 compounds against 9 Representative Bacterial Strains in the WHO Priority Pathogens List for Guiding R&D of New Antibiotics.

[0399] 4.2.2. Determination of inhibitory activity to β’CH-σ interaction

[0400] Previously established protocols were used for inhibitor testing (Tsang et al., 2019) . Protein overproduction and purification were performed as detailed previously (Tsang et al., 2019) . C-SmBiT-CH (40 μL, 2.5 μM in PBS) was added to 96-well plates and then mixed with 20 μL of compound at desired concentrations. The mixture was incubated for 10 min at 37℃. C-LgBiT-σA (40 μL, 2.5 μM in PBS) was then added to each well, followed by incubation for 10 min at 37℃. After the final incubation step, an equal volume of Promega Luciferase Assay Substrate (Promega, Madison, Wisconsin, United States) was added to the reaction mixture. Luminescence emitted was measured using a Victor X3 Multilabel plate reader (Waltham, Massachusetts, United States) . Experiment was performed in triplicates with technical repeats for consistent results.

[0401] 4.2.3. Epifluorescence microscopy

[0402] B. subtilis strain BS1048 was grown on LB agar plate mixed with 5 mg / mL chloramphenicol and 0.5% (w / v) xylose. A single colony was incubated in LB medium mixed with 5 mg / mL chloramphenicol and 0.5% (w / v) xylose at 37 ℃ until OD600 ～0.6. Chloramphenicol, rifampicin, or compound was then added to the culture and allowed to incubate for further 15 min. 2.5 μL of cell culture was placed onto 1.2%freshly made agarose plate and covered with a coverslip prior to imaging. Nikon eclipse Ti2-E live-cell fluorescence imaging system equipped with 63 ×  / 1.4 oil objective and LED illumination system was used to capture the fluorescence images. The fluorescence images were processed with Nikon NIS-Elements and MetaMorph software.

[0403] 4.2.4. Molecular docking

[0404] Molecular docking of the compounds into β′CH extracted from structure of E. coli. RNAP (PDB: 4LJZ) was performed using AutoDock Vina. The AutoDock Tools-1.5.7 were used to prepare the ligands and macromolecule to generated PDBQT files. The binding pocket was defined with center of (8.242, -53.403, -46.042) and sizes of (13, 13, 13) . Finally, the docking poses were visually prepared using Pymol academic version ( LLC) .

[0405] 4.2.5. Cytotoxicity assay

[0406] Lung carcinoma A549 and hepatocellular carcinoma HaCaT cell lines were used to assess the cytotoxicity of antimicrobial compounds and assay was performed as previously. On Day 0, cells were seeded at 2.5 × 105 per well in a 96-well plate. Following 24 hrs overnight incubation at 37℃, test compounds and the positive control cisplatin were added in two-fold serial dilutions ranging from 1.562 mg / mL to 50 μg / mL. Plates were then incubated at 37 ℃, and CCK-8 assay was performed at 48 hrs and 72 hrs following addition of compounds to determine cell viability. Results were presented as 50%cytotoxic concentraiont (CC50) values alongside their respective standard deviations, referring to the concentrations of compounds that reduced cell viability by 50%compared to untreated control.

Claims

1.A compound of Formula 1: or a pharmaceutically acceptable salt thereof, whereinm is a whole number selected from 1-3;n is a whole number selected from 1-3;p is a whole number selected from 1-4;X is -S-, -O-, -C (R) 2-, or -N (R) -;R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;R1 is alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CR62) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6; R6 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, and cycloalkyl; or two instances of R6 together with the carbon they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl; and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R;R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R;R3 is hydrogen or alkyl;R4 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R; andR5 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R,with the proviso that the compound of Formula 1 is not:2.The compound of claim 1, wherein X is -S-or -O-.3.The compound of claim 1, wherein R5 for each instance is independently selected from the group consisting of alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, perhaloalkoxyl, and halide.4.The compound of claim 1, wherein R4 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, perhaloalkyl, nitrile, nitro, -C (O) R, -C (O) OR, -C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, and -S (O) 2N (R) 2.5.The compound of claim 1, wherein R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2.6.The compound of claim 1, wherein the compound has Formula 2: or a pharmaceutically acceptable salt thereof, whereinm is a whole number selected from 1-3;n is a whole number selected from 1-2;p is a whole number selected from 1-2;X is -S-or -O-;R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;R1 is alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CR62) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6; R6 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, and cycloalkyl; or two instances of R6 together with the carbon they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl; and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R;R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2;R3 is hydrogen or alkyl;R4 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R;R5 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, and -N (R) S (O) 2R;R7 is perhaloalkyl, nitrile, nitro, -C (O) R, -C (O) OR, -C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, or -S (O) 2N (R) 2; andR8 for each instance is independently selected from the group consisting of alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, perhaloalkoxyl, and halide.7.The compound of claim 6, wherein R1 is cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6; and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R.8.The compound of claim 1, wherein the compound has Formula 3: or a pharmaceutically acceptable salt thereof, whereinm is a whole number selected from 1-3;X is -S-or -O-;R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;R1 is cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-6, and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R;R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, and -C (O) N (R) 2;R3 is hydrogen or C1-C3 alkyl;R4 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R; andR5 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R.9.The compound of claim 8, wherein R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, halide, nitrile, nitro, -OR, and -SR.10.The compound of claim 8, wherein m is 1 or 2; and R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, perhaloalkyl, halide, and -O- (C1-C6 alkyl) .11.The compound of claim 8, wherein R1 is aralkyl or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-5, and Y is alkynyl, cycloalkyl optionally substituted with a carbonyl moiety, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -C (O) R, -C (O) OR, -N (R) C (O) R, -N (R) C (O) OR, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) 2.12.The compound of claim 1, wherein the compound has Formula 4: or a pharmaceutically acceptable salt thereof, whereinm is a whole number selected from 1-2;R for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, ether, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, and aralkyl; or two instances of R together with the atom they are covalently bonded form a 3-6 membered cycloalkyl or heterocyloalkyl;R1 is aralkyl or - (CH2) qY, wherein q is a whole number selected from 0-5, and Y is alkynyl, -OR, -CN, cycloalkyl optionally substituted with carbonyl, heteroaryl, heterocycloalkyl, 3, 3-difluoropyrrolidin-1-yl, -C (O) OR, N-phthalimide, arginine, -CN, -OR, -C (O) R, -N (R) C (O) OR, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) 2;R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, alkyl, perhaloalkyl, halide, or -O- (C1-C6 alkyl) ;R3 is hydrogen or C1-C3 alkyl;R4 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) -N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R; andR5 is hydrogen, alkyl, haloalkyl, perhaloalkyl, alkenyl, alkynyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, heteroaryl, aralkyl, perhaloalkoxyl, halide, nitrile, nitro, azido, -OR, -SR, -N (R) 2, -C (O) R, -C (O) OR, -OC (O) R, -N (R) C (O) R, -C (O) N (R) 2, -N (R) C (O) OR, -OC (O) N (R) -, -OC (O) OR, -N (R) C (O) N (R) 2, -S (O) 2R, -S (O) 2N (R) 2, or -N (R) S (O) 2R.13.The compound of claim 12, wherein each of R3, R4 and R5 is hydrogen.14.The compound of claim 12, wherein R1 is selected from the group consisting of: 15.The compound of claim 12, wherein R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, methyl, fluoride, bromide, chloride, -CF3, or -OCH3.16.The compound of claim 12, wherein R1 is selected from the group consisting of: R2 for each instance is independently selected from the group consisting of hydrogen, methyl, fluoride, bromide, chloride, -CF3, or -OCH3; and R3 is hydrogen.17.The compound of claim 1, wherein the compound has Formula 5: or a pharmaceutically acceptable salts thereof, wherein R1 is selected from the group consisting of:18.The compound of claim 17, wherein R1 is selected from the group consisting of: 19.The compound of claim 1, wherein the compound is selected from the group consisting of: and pharmaceutically acceptable salts thereof.20.A pharmaceutical composition comprising a compound of claim 1 and at least one pharmaceutically acceptable carrier or pharmaceutically acceptable excipient.21.A method of treating a bacterial infection in a subject in need thereof, the method comprising administering a therapeutically effective amount of a compound of claim 1 to the subject.22.The method of claim 21, wherein the bacterial infection results from a Graham positive bacteria.23.The method of claim 21, wherein the bacterial infection results from a Enterococcus faecalis, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, or vancomycin-resistant Staphylococcus aureus infection.24.The method of claim 21, wherein the bacterial infection results from an antibiotic resistant Staphylococcus aureus infection or from an antibiotic resistant Streptococcus pneumoniae infection.

Images