Tracking and modifying cluster location on nucleotide-sample slides in real time

A real-time tracking and modification system for nucleotide clusters on slides addresses inefficiencies by using imaging and data processing, improving analysis precision and speed.

WO2025072870A1PCT designated stage expired Publication Date: 2025-04-03ILLUMINA INC
View PDF 38 Cites 0 Cited by

Patent Information

Application Number
PCT/US2024/049122
Authority / Receiving Office
WO · WO
Patent Type
Applications
Current Assignee / Owner
Priority Date
2023-09-29
Filing Date
2024-09-27
Publication Date
2025-04-03

AI Technical Summary

Technical Problem

Current methods for tracking and modifying cluster location on nucleotide-sample slides in real-time are inadequate, leading to inefficiencies and inaccuracies in analysis.

Method used

A system and method for tracking and modifying cluster location on nucleotide-sample slides in real-time using a combination of imaging and data processing techniques, enabling precise and dynamic monitoring of nucleotide clusters.

Benefits of technology

Enables accurate and efficient real-time tracking and modification of nucleotide clusters, enhancing the precision and speed of analysis.

✦ Generated by Eureka AI based on patent content.

Smart Images

  • Figure US2024049122_03042025_PF_FP_ABST
    Figure US2024049122_03042025_PF_FP_ABST
Patent Text Reader

Abstract

This disclosure describes embodiments of methods, systems, and non-transitory computer readable media that can (i) estimate a location error for a predicted location of a cluster of oligonucleotides based on the cluster's signal and (ii) modify the predicted location of the cluster to improve signal detection and base calling on a sequencing device. For example, the disclosed systems can receive a signal from a cluster of oligonucleotides at a predicted location. The disclosed systems can further determine an intensity -value error between an intensity value and an expected intensity value for the signal at the predicted location. Based on the intensity -value error and intensity values from other locations (e.g., other clusters of oligonucleotides) within the region, the disclosed system can determine an estimated location error for the predicted location. The disclosed systems can modify the predicted location of the cluster of oligonucleotides based on the estimated location error.
Need to check novelty before this filing date? Find Prior Art

Description

[0001]- - . ,, .. - “ . ,” , , , , - . “ ” - -- . , . . — — , - . . , .- , , - ., ., , ’ .., ’ , ’ . , .,-- - - - ’ . -- - . ’, - , - . , , - ., ,, , — , - . - .., .- — , , , - - , . .., --- . -. , - - - - - .., , . . - . . -, .-- . , - . , , - , . . , ,- -. , ’ , . . - - . , .., . . - ,. , , , . , , . , . .-- . . -- . -- .- . . - . -- . -- . - .. - . . .. . -- ’ . , -- - - . -- ,.., - -- . .-.- , , -- - . , -- .., . , -- , -- - . . - , -- , . ..,-- -- - . , - , -- . ..., , -- - .. .., ..,,,, , - . , -- .., . . ,.., -- - - , -- . . , , .-- , ,-- , , -.- . , , . . , , -- . . , , -- - . , , --- . , - . , ,-- , --, . - .., - - -- . . , -- . , -- .., ’ ’ . , -- .-- . , -- . — —-- , -- , , -- , --. . - , , - . , -- - , -- . . , - - . , -- . - .’ ’ , -- , , . - ,, , -- --, -- . - . .-- , -- . ,. , . , -- — , -- - . ’ . , “ ” -- . , - “ ” , , , , . . , , , , , . .. , , - - . , ., “ ” , ,.., . , . , . ,. , , . , -- . , -- .-- -- . , , - , .., “ - - . , , ” “ - ” - . , -. , , .., , . . , - , . . . , ., , . - , ,. , -, ., “, ” - . , , - .- ,” , “ - ” “ - - - . , - . , - .-- - ., . , .. .., - , - , “ ” . . , , , , , , -- - ., .-- , , , . - -- . , -, ,,- “ . - .” , -- , , . , , -- , . , “, ” -- ... , .., . , ,, . . , , -- . .., - , , “ ” . , .., . ..,, , ,,, , . - , .., ,,, . .-- . . , , “ - ” . , - . .., , “ ” . , .., .., ..,, , . , .., . , .., . , “,” “ ” .., ., “”,, “ ” . . -- ., , . , -- , . “” “” , “ ” .-- “ ”. , - “”. “” “” “”, , . . , “” “” , . , .., , , . , , ..., , “ .” . , . , , - . .., - - , .., . . , , .., . , , .., , -.- . .-- , “ - ” “ ”.., , . . , , - ..,- - - . , ..,, ,.., ,,, ,, . , , , , . , “ -- ” , .., - . , -- - , -- - . , , -- . , .. - -,,,, . ,- -- - .. , , , , ,. , , , , - - . , -- , “ ” . . , .., . , .-- -- . ,- . , , “ ” “” ’ ..., , , -- ..,. . . , , ., . - - , , - . , - . . , . , . -- .- ,. . ,- , ,..,., ., , , . .-- .. .. --. , ., , - ,. - . , .., .., , . , ., . - , ., . . , ., , -- , , ,-, -- . . , -- ,, -- , . - ., -- , . .-- . ., . ,. ,, -- , , , , , - . - , , - , . , . , , - , , , . , . , , . , , -, ,, ,., . , . , .., , -- - . , , ,. .. . ,, , , . - , , , , , , ... .-- . ., .., , . ,- .-- , ..,., -- . , --, -- , . . , ,-- , , --. . , -- -- . . ., -- , , , p,. . . , -- . , -- , -.- . , , .., --- - - . , -- .-- . ., -- , .,-- . , -- - - . , - -. , , . - - -- - . , -- .- - , . - .. ,, ,-- - - ,. p --, - . , -- . . -- - , , . , --, -- . , ,,,. .-- . , -- -., ^^ ^-- -. , ^ ^^!-- p . , p. -- , --.p, -- , ---p. , . ,. -,- , -- , , , , . -p- . , --p. , .p.., . ,, ---- ., ,-- , . . - , -- - . , - .--p -, -- - - . .., -. , ---. , - - .., . -, - , --- - . - ., -- --p. , .p- --. ^^!"# ^^!, ^^!#- ^^ ^^ ^^!, p.^^!, -- - . , -- - . , ..- -,- . , -- -- . , k .p- , .,p - . , -- -- . , , ., -- .-- . p , -- .p, --p,kp.p, --p, --. .., -p. , --p.p, , .,--- . . . -- . - ,..- ,. . , ., - - . - . . , . ,.. , - ., ., - , - . , .-- ” , . , “ - , ., , , - .. . ,. ,” ,., “ . , , . . , . ,.- . - - ,. , - . - - . ,-- .- ., -- “ “”” ., - - . . , - - .., - - - -- ., . - -- -- - , , -- - . .-- . .., ,. -.- ,. - . . - ,. .., .- - ., ..,p0,p0-- . . , -- p0 .. .p0p-1, , “ ”.., . ., ..p0,p-1..,-,p0,-,. .p-1,..,p0, p- p-1. . ,1 p0p-1 p0p-. ., p0.1p-, -- .1, “p”0..,p+1.p+1, ..,- . , .--p0 .p0., -,. ,p+1.., pp+1. , . ,+1,p0.p+1 p-1,p0.p-1p+1, --p+1, --. . ,. -- -- . , .,. . . , -- . ., , , --- -- . , - , , , . - . -- , , - .. ,, -- . , -- . .., .-- , , -- , ,- . , , - . , .., , .. ,, . , , -- - .., - -. , , , , . , , , -- -- , -- . . , -- , .. , -,- --.., . .., , , -- , -- . .. , , -- , , . - , . .-- . , , , -- . . , , -- , , ---- -- . , ,., , “ .” . , ., . , . , .., , , . , -- . . -- - , , - .., . , --, - . “-” . - . , - , - . .-- , , -- ., -- . . , . - - , -- .., . , -- - . -- , . , -- .., , . - . - , ,,,. , .., ,,,. , . , . , , , . . .., , ” , -, “ . , .-- . -, , -- . - ..,-- - . - - ,- ^^ ^^ ^^ ^^. - . , -!^^ ^^ ^^! ^^ ^^ ^^!^^!^^!−^ ^^!,. ^^!^^!, - ^^ ^^ ^^!^^!, ^,^ ^^!.., , , ^ . .., ^ ,!, .., . “” , -- . ..., , “”-.- “” ,- ^^,^^ ^^! −^ ^^-- -: ^^ ^^!"^^! −^ ^^! .^^,,^,! " ^ ^^ ^^ ^ !-^^ ^^!,−^ ,- -^! .!.-^^ ^^ ^^!,^^! ^^!^^ ^^ ^^ = −^'2! −^' . - - −^.-- -'2'!!− ^.. , - , ^^ ^^ ^^!.'2!!.-- ,'!, - - ^^ ^^ ^-^! , , --!!^^ ^^ ^. , , - ^^ ^-^!^^!.!,^!-- . . ,^^!"# ^^! ^^ ^^^^ ^^!.:!#! ^^ ^^--, ..^,^ - ^^!"#^^!.., ^ ^^!#^^!^^!^ , --..^!., . ,- --^ ^^!# ^^!: ^^ ^^ ^^ ^^! ^^!"# ^^! −.. -,^^- ..,. , -- - -- . , -^^, ,^^^,-. , -,.- ^^ ^^ ^^!. , - . .-- . , , , --^^!"# ^^! −^ ^^!# ^^! ., -- . ^^!#^^ ^^!"#^^!. ,!-- ^^!"#^^!^^ , --!#^^!. . , -- ., . . , -- , . , . , -- . -- -- . , . , -, -- , . , -- . , -- . , -- .-- - , , - , . .., , -- . , -- . , -- , -- . , .. . . , ,, . , ,-- . ,. -- -- . , -- . , , . , , -- , - . ,- , . ., -- , , -.- - .-- , , -- . ,.,,. , . , , -- . , , ,,,. . -- , --- . , - ..,, -- . , ,- . , - . , -- , . . , .., . , . , -- ., -- . - - - , . , -- , -- . . , . , , , -- . .-- . , -- . , -- . , . , -- -- - - ., ,-. , -- - -- - .- . , -- . , -- . - , --- - . .., - . , , - -- - - . , , - . - - , , -- . .-- - - . - .., -. , -- . ,- --, -- . . -- -- , . , - --, -- . ..., , -- - -- , . , .-- , -- . , -.- . ,. , - . ,, . , , . .-- . , , , -- , , -- . , . , -- ., , . , -- ,. -- ,. -- . .., , -- . ,,, ,,, , , , , ,, , ,, , , -,- ,. , ..,- ,,,,,, -,,,,,,,, ,, , , .. , , - - . , - , - ., , - ,.., - . - .., -.- . - , ,. , , -. - --,- , .-- . ,- ., -- .. -- ., - . .., -. , - ..,. , -..,- ., . , -- - -, .-, , - - , -- .- , - . -- -- , - ,- . - ,-, - - , -- . , - , ,-, .-.,-.., - , -- . , -- . ..,, , -- .-- . - , -- . , -- - ,-, -, - .., . -, -,-- -. - - -, -- . , ---, , - . , .., , -.- , , . , -- --- -- - , . ., . , -- .., -. . , -- - . , -- - , ,.,, , , ,,,., - ,,,,, , , ., , , . .-- -.. -, . , -,- - . , - - - . --., - - - .., . - -.., , ,- -- . , -- - -. ---- , - - . - - - , -- . . - - , -- ..,,., , .., , .., , --- ,.., . , , . .. , , -- , .., . .-- , -- - , -- . . , -- . -- - ,. .., , -- .- , . - - ,- --- -- . ,-. - , -.- -,- , ,. . , , , --. , -- . , - , . , , -- , - ,. , -- - . .-- , -- -- .., , .--, --.., , -- . - . --- , - , .--- . , -- . - , , - . , -- - . , -- - . ,. -- - , .- , -- . , , ---- .-- , --. , -, . - , , -- . . , -- , -- , .., . , -- . ,, --. , , -- . , -- , . , -- , -- . , -- .., . --.. .- ,, , . , . , .-- ., . ., - - ,, ,. -- . ., .., . .,-- .. - . , ,. - . , ,---- . , .,-, ., - ,- --... , . , . , . . , . . .. , , , . , - , . , , - .-- , .., , .. , - , ., .. , -, , , . ,.: - , : - - ,, - , , . - . , . - , :. . - , .. . - , : .-- , , . ,. - , , : , - , , , . - ,. - -: - - - . . - , - - : - - - . . - , : .-- , - , , , .. - , : - . -. , : - . - . - , : , -, . - , . .. - , , , - . .-- . - , , , : . . , , . ..., - , . -- . , . . , , . , . - , . - ,, , . , ,.. , . , . , , .-- , , , . , ,... ,., ,., ,., , .",. ,. "-,- ,.., ",. , ." . ,- .” , .... “.,, ... -.... .,, .,,,, - . , ..,,,., . . , . , , . ., - ., , , , . ..,..,,, . . ,, , - . . - .-- - . , , , , .. , . . ,, , . . . , , , . - , . , . . , . . ', , . , .:- : - , ., ' . , .- - . . , . .. .... ....,,, ..,,, .-- ,.. ... ,.. ... . ,.. ..,,, , . ,. . , . , . . . . ,,.. , .. .. . , , .. . ,. .. , , . , .., , ,.. . , , . . , .. - .. , .. , . , , .. .-- . ,, .. , . - - . , . , . . , . .. . , , , . - ,,,....,,, .. .... ...,,, " : ." ,...,,-. ...,:.-. , ",.,. ,. ,. ". , " , .. .: - ". .- , , . , - , - . .....,, ,.. ,, "-. - .".. - ,,... ",,.,- ,.- , ." ., . - .. " - . .".. .,- , , , .-- . , - . . , , ..-. - -,, .,, .... - , ,....,, . , ,....,, .. - - . ,.,.-. "- - ,,-. ." .".. .. " ,.. " .".... , - .- , , , . . , ,, , . . , . , . , . , - , . .-- . , , . . , . ,,2,,2, ,,,2,,2,22. , ,,,2, .2,,2,,2, . , . , , , , , ,. , , . . . ,. ,, . , . , .. ,,TM. , , ,., , - . . ,,, "" . ., , ,,, ,, .-- ., , , - , - - , - , . , , , , , , . , . . . ., - . , , , , , , ,, - , , ,,, , , , . . , , .- , , , , , . ,. - . , , , , . , , , , , , , , , . ,, , . , .-- , , , , , , , . , , , , . , -. ,,, . . ,. -, . - , . - , . , -- , - -- , - .., . -- ., ,- -- . , , - -- . , ---- , -, , - , , - . , -, -- . , , -- , “ ,” “ , , . ,,”. “ ,” “ ,” .-- . - , , ,. , - .- , -..,.., - , - .-,.., ,., , , . , -- - - .- - - - .., - , ,- :- - -- , -. , , , ,- ,.., ,, , - , ”- - “ - . . , , , . - - . - . - ,- , .-- , -- - . .., , . , - - - . , -, ,, , ., -, - - -. - , , ., , , .. , , , , , ,- , , -, , - , , , , , . , , , , , ,, ,. . , . , “ ” . - -, . , . .-- - -- , , , . - , , , , , , , , , . ,- , , , . ., “- ” . . . ., -- ,, , , . , ... , . ,, . ,, ., , , , , -. , , , , , . . , ,, ,, , , ., , , .., , , , , , . .., , , . . .-- , , . , , - , . , , - , , -. . , . . ,, , . . , ., , . , . . , . . . . , , . , . . , . .--

Claims

. : : - , : , , , - - , , - , ., . , . , . : , . , , . . , . : , , , . .--. , ,: , , , , - , , . , . , , , : - - - - -.. , , , - :- - - - . , . , : , .--, - , , , . . , ,: , - . ,. , : , - . . , ,: , - , -,. , , . . , . , .--, , . - . , , , , :, . - . , , : - - ,, - , . , . - , . - , .: . - , . . - , : . .--, , .. , - , , : , - , , . , . - , - -: - - -.. - , - - : - - .- - , : . , - .--, , , . .- , : - . - . , : - . - . - , : , - ,. - , ... - , , , . - - . , : .--, , . .--

Citation Information

Patent Citations

  • Stencil mask and method of producing the same

    US20050100800A1

  • Labelled nucleotides

    US20060188901A1

  • Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues

    US20060240439A1

  • Polymerases

    US20060281109A1

  • Modified nucleotides

    US20070166705A1