Anti-inflammatory and Anti-oxidative proteins

Abstract

Provided herein, are proteins such as recombinant proteins or recombinantly produced proteins. The proteins may be included in the thioredoxin superfamily, and may have anti-inflammatory effects. For example, the recombinant protein may be used to polarize macrophages to an M2 phenotype. Also disclosed are compositions that include the recombinant proteins, and methods of using or making them.

Description

ANTI-INFLAMMATORY AND ANTI-OXIDATIVE PROTEINSCROSS-REFERENCE

[0001] This application claims the benefit of PCT / CN2023 / 135098, filed November 29, 2023, which application is incorporated herein by reference. INCORPORATION BY REFERENCE OF SEQUENCE LISTING

[0002] The present application is being filed along with a Sequence Listing in electronic format. The Sequence Listing is provided as a file entitled 063653-502001WO. xml, created November 25, 2024, which is 73, 846 bytes in size. The information in the electronic format of the Sequence Listing is incorporated by reference in its entirety.BACKGROUND

[0003] Inflammatory diseases are common, and improved treatments are needed.SUMMARY

[0004] Provided herein, in some embodiments, are compositions comprising a protein such as a recombinant protein. Provided herein, in some embodiments, are compositions, comprising: a secreted protein from a Staphylococcus hominis, and a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the protein comprises a thioredoxin family protein. Provided herein, in some embodiments, are compositions, comprising: a recombinant thioredoxin family protein of a Staphylococcus, and a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the Staphylococcus comprises a Staphylococcus hominis. In some embodiments, the Staphylococcus comprises a 16S ribosomal RNA sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the protein comprises a molecular mass of 10-15 kDa. In some embodiments, the protein comprises a calculated molecular mass of about 12.6 kDa. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to SEQ ID NO: 2. In some embodiments, the protein is a fragment of MP003, homologue, or derivative thereof. In some embodiments, the fragment has a polypeptide length of 39-107 amino acids. In some embodiments, the protein omits 1-69 amino acids corresponding to an amino or carboxy end of SEQ ID NO: 2. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to SEQ ID NO: 3-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 3-13. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 14-19. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 20-31. Some embodiments include an amino acid sequence of any of SEQ ID NO: 33, 35, 36, or 37. In some embodiments, the protein is a fragment of MP003, homologue, or derivative thereof. In some embodiments, the fragment has a polypeptide length of 39-107 amino acids. In some embodiments, the protein omits 1-69 amino acids corresponding to an amino or carboxy end of SEQ ID NO: 2. In some embodiments, the protein is purified. In some embodiments, the protein is synthetic or recombinantly produced. In some embodiments, the pharmaceutically acceptable carrier comprises a buffer, saline, or distilled water. Some embodiments include an effective amount of the protein to reduce inflammation, prevent or treat an inflammatory disease, induce M2 macrophage polarization, or provide an antioxidant benefit.

[0005] Provided herein, in some embodiments, are methods, comprising: administering a protein such as a recombinant protein, or a composition comprising the protein to a subject. Provided herein, in some embodiments, are methods, comprising: administering a composition described herein to a subject. In some embodiments, the subject has been identified as: at risk of or in need of treatment for inflammation, or inflammatory bowel disease (IBD) , or irritable bowel syndrome (IBS) , in need of M2 macrophage polarization, or in need of antioxidant treatment. In some embodiments, the administration reduces inflammation in the subject. In some embodiments, the administration increases a M2 macrophage marker in the subject. In some embodiments, the administration increases the M2 macrophage marker by at least 10%relative to a baseline M2 macrophage marker amount. In some embodiments, the M2 macrophage marker comprises an mRNA or protein amount of arginase 1 (Arg1) , mannose receptor (Mrc1 or CD206) , or interleukin 10 (IL10) . In some embodiments, the administration decreases a M1 macrophage marker in the subject. In some embodiments, the administration decreases the M1 macrophage marker by at least 10%relative to a baseline M1 macrophage marker amount. In some embodiments, the M1 macrophage marker comprises an mRNA or protein amount of nitric oxide synthase 2 (Nos2) , tumor necrosis factor (TNF or TNFα) , interferon gamma (IFNγ) , or cluster of differentiation 86 (CD86) . In some embodiments, the administration decreases an oxidative stress measurement in the subject. In some embodiments, the administration decreases the oxidative stress measurement by at least 10%relative to a baseline oxidative stress measurement. In some embodiments, the oxidative stress measurement comprises DNA mutations or DNA cleavage. In some embodiments, the administration reduces treats, prevents, or reduces a symptom of IBD or IBS in the subject. In some embodiments, the symptom of IBD or IBS is reduced by at least 10%. In some embodiments, the symptom of IBD or IBS comprises diarrhea, a fecal index, weight loss, or colon atrophy. In some embodiments, the administration prevents weight loss, results in at least 1%weight gain, prevents or reduces diarrhea, prevents colon atrophy, or increases colon length by at least 1%. In some embodiments, the IBD or IBS comprises IBD. In some embodiments, the IBD comprises Crohn's disease or ulcerative colitis. In some embodiments, the IBD or IBS comprises IBS. In some embodiments, the administration does not adversely affect body mass, spleen mass, liver mass, a kidney function measurement, or a liver function measurement, in the subject. In some embodiments, the administration comprises oral administration, intravenous administration, or an injection. In some embodiments, the administration comprises intraperitoneal injection. In some embodiments, the administration comprises contacting a cell of the subject with the composition. In some embodiments, the cell comprises a blood cell or a myeloid cell. In some embodiments, the cell comprises an immune cell or an immune cell precursor. In some embodiments, the immune cell comprises a macrophage.

[0006] Provided herein, in some embodiments, are nucleic acids such as expression constructs. Provided herein, in some embodiments, are expression constructs, comprising: a nucleic acid comprising a coding region for a protein described herein, and a promoter operably coupled with the coding region, wherein the promoter is non-native with regard to the coding region. In some embodiments, the coding region comprises a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to SEQ ID NO: 38. In some embodiments, the coding region comprises a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-55. Some embodiments include a nucleotide sequence of any of SEQ ID NOs: 57, 59, 60, or 61.

[0007] Provided herein, in some embodiments, are methods of production, such as methods of making or purifying a protein. Provided herein, in some embodiments, are methods of making a recombinant protein, comprising: transfecting or cloning a nucleic acid encoding a protein described herein into a host cell; and collecting the protein from the host cell. Provided herein, in some embodiments, are methods of purifying protein, comprising: culturing a cell that produces a protein described herein in a medium; and separating the medium from the cell. In some embodiments, collecting the protein or separating the medium from the cell comprises purifying or enriching the protein. In some embodiments, the cell comprises Staphylococcus hominis. In some embodiments, the cell comprises bacterial species other than Staphylococcus hominis. In some embodiments, the cell comprises E. coli.BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS

[0008] FIG. 1A-1B include raw data of an analysis of fractions of ShC4 metabolites by thin-layer chromatography (TLC) and sodium dodecyl sulfate–polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) . FIG. 1A illustrates fractions of ShC4 metabolites collected through the size exclusion chromatography (SEC) , spotted on a TLC plate, and visualized by applying the ninhydrin spray solution. Lanes 16-19: 1#; lanes 20-23: 2#; lanes 24-28: 3#. FIG. 1B illustrates ShC4 metabolites analyzed by 4-20%SDS-PAGE.

[0009] FIG. 2 shows that macrophage cells were polarized to an M2 state by the addition of fraction 3#from ShC4 into culture medium. RNA levels of M1 polarization marker Nos2, and M2 polarization markers Arg1 and Mrc1, in THP-1 macrophages assessed by qPCR are shown. The mRNA levels in treatment groups were normalized to corresponding mRNA levels from PBS groups. Data were analyzed using an analysis of variance (ANOVA) for multiple comparisons (n = 3, *p <0.05) .

[0010] FIG. 3A-3C shows that M2 polarization of macrophages was induced by MP003 in a dose dependent manner. In particular, mRNA levels of M1 marker TNFα, and M2 markers Arg1 and Mrc1, in polarized THP-1 macrophage assessed by qPCR assay are shown. The mRNA levels in treatment groups were normalized to corresponding mRNA levels in control groups treated with PMA. Data were analyzed by a Tukey test for multiple comparisons (n = 3, *p < 0.05) . FIG. 3A includes TNF-α mRNA measurements. FIG. 3B includes ARG1 mRNA measurements. FIG. 3C includes MRC1 mRNA measurements.

[0011] FIG. 4 is a gel image showing an anti-oxidative activity of purified recombinant MP003 protein. The results show, in particular, the ability of recombinant MP003 protein to protect against DNA cleavage from oxidative stress induced by the addition of FeCl3. Lane 1: pET28a (+) without incubation; lane 2: pET28a (+) and 20 μM FeCl3; lanes 3-6: pET28a (+) , 20 μM FeCl3, MP003, and water; lanes 7-8: pET28a (+) , 20 μM FeCl3, human Trx1 (hT) , and water. Samples in Lanes 1 to 8 were incubated for 1 h at 37 ℃.

[0012] FIG. 5 shows that MP003 induced a stronger M2 polarization compared to hTrx1. The plot in the figure shows mRNA levels of M1 polarization markers TNFα and IFNγ, and M2 polarization markers Arg1, Mrc1 and IL-10, from THP-1 macrophage stimulated with MP003 or hT for indicated periods were assessed by qPCR and plotted in the figure. The mRNA levels from treated groups were normalized to corresponding control (Ctrl) groups with PMA induced. Data were analyzed using an ANOVA for multiple comparisons (n=3, *p < 0.05, ***p < 0.001. NS, non-significant) .

[0013] FIG. 6 shows that MP003 induced M2 polarization from both M0 and M1 macrophage, as demonstrated by a by flow cytometry. The plots include protein levels of M1 marker CD86, and M2 marker CD206, in the different macrophage populations. The figure includes an example of staining seen in three separate experiments. On the Y-axes, M0 represents THP-1 cells treated with PMA for 24 hours (e.g. as a negative control, or also treated with MP003) ; M1 represents M0 cells treated with LPS and IFN-γ for 24 hours (as a positive control, or also treated with MP003 or hTrx1) ; M2 represents M0 cells treated with IL-4 and IL-13 for 24 hours as a positive control. Data were analyzed using an ANOVA for multiple comparisons. (n=3, ***p < 0.001. NS, non-significant. )

[0014] FIG. 7 shows that body weight loss in an inflammatory bowel disease (IBD) mouse model was relieved by MP003 in a dose-dependent manner. Female C57BL / 6 mouse at 7-8 weeks of age were treated with 2%dextran sulfate sodium (DSS) dissolved in drinking water for 10 days (Day 0 to Day 10) . Control animals received normal drinking water only (H2O) . 2%DSS alone in drinking water (DSS) , azathioprine (2.25 mg / mL) alone suspended in 100 μL of distilled water by oral gavage (DSS+Aza_2.25 mg / mL) , a combination of DSS and MP003 (DSS + 003) at 1 , 0.3, and 0.1 mg / mL for 10 days, or a combination of DSS and HT at 0.3 mg / mL (DSS+HT) . Mouse body weights were recorded daily. Statistical significance between values of each group was assessed by a Student’s t-test (n = 10, *P < 0.05, **P < 0.01 and ***P < 0.001) .

[0015] FIG. 8 is a plot showing a diarrhea score of animals in an IBD mouse model experiment. In the experiment, the diarrhea of IBD mice was ameliorated by MP003 intraperitoneal (i. p. ) treatment in a dose-dependent manner. IBD was induced with 2%DSS in C57BL / 6 mice. Body weights of the mice were recorded daily. Diarrhea was graded on a scale from 0 to 4, where 0 represents no diarrhea (e.g. normal stool pellets) ; 1 represents slight diarrhea (e.g. soft stools that stick to a mouse’s cage) ; 2 represents moderate diarrhea (e.g. unformed stools) ; 3 represents acute diarrhea (e.g. watery stool) ; and 4 represents bloody stools. In the experiment, n=10.

[0016] FIG. 9 shows that colon length of subjects in an IBD mouse model experiment were restored by MP003 treatment. To obtain measurements, the colon from the ileocecal junction to the anus was stretched straight, washed with PBS, and the total length was measured. The statistical significance between values of each group was assessed by a Student’s t-test. (n = 10, ns: non-significant, **P < 0.01)

[0017] FIG. 10 shows body weights of female C57BL / 6 mice. The mice were randomly divided into two groups (8 mice in each group: a PBS group, and a MP003 treatment group. MP003 (0.3 mg / mL) was administered intraperitoneally once daily, and the body weights of all mice were recorded daily. Data are presented as means ± SEMs, n=8.

[0018] FIG. 11 shows that MP003 had no effect on a spleen or liver index in female C57BL / 6 mice. Mice were randomly divided into two groups (24 mice in each group) : a PBS group, and a MP003 treatment group. MP003 (0.3 mg / mL) was administered intraperitoneally once daily and the body weights of all mice were recorded daily. On day 1, day 4, and day 10 (8 mice in each group) , mice were killed and organs were weighed. Data are presented as means ± SEMs, n=8 (NS: non-significant, **p ≤ 0.01) .

[0019] FIG. 12 shows kidney function after MP003 treatment. Renal function was evaluated by analysis of serum biomarkers in female C57BL / 6 mice. Blood urea nitrogen (BUN) , uric acid (UA) and plasma creatinine (CREA) concentrations are shown. PBS: wild-type (WT) mice treated with PBS; 003: WT mice treated with MP003. Data are presented as mean ± SEM. (n = 10; NS: non-significant. )

[0020] FIG. 13A-13B show that liver function of female C57BL / 6 mice was not adversely affected by MP003 treatment. The liver function tests included alanine aminotransferase (ALT) , aspartate aminotransferase (AST) , γ-glutamyl transferase (γ-GT) , alkaline phosphatase (ALP) , total bilirubin (T-BIL) , direct bilirubin (D-BIL) , albumin (ALB) , and total bile acid (TBA) . PBS: WT mice treated with PBS; 003: WT mice treated with MP003. Data are presented as mean ± SEM (n = 10; ns: non-significant, **P < 0.01 and ***P < 0.001) . FIG. 13A includes ALT, AST, γ-GT, ALP, and AST / ALT measurements. FIG. 13B includes T-BIL, D-BIL, TBA, and ALB measurements.

[0021] FIG. 14 depicts top Protein BLAST results of a query using SEQ ID NO: 2 and default Protein BLAST parameters on Oct. 18, 2023 at blast. ncbi. nlm. nih. gov / Blast. cgi.

[0022] FIG. 15A-15F depict example amino acid sequences of MP003 (full length) , various truncation mutants and site-specific mutations that were generated. FIG. 15A includes depictions of example protein lengths. FIG. 15B shows parts of nucleotide and amino acid sequences of MP003 that were mutated (e.g. substituted or deleted) in some other examples. FIG. 15C shows parts of nucleotide and amino acid sequences of 003J that were mutated (e.g. substituted) relative to MP003. FIG. 15D shows parts of nucleotide and amino acid sequences of 003K that were mutated (e.g. substituted) relative to MP003 sequences. FIG. 15E shows parts of nucleotide and amino acid sequences of 003L that were mutated (e.g. substituted) relative to MP003 sequences. FIG. 15F shows parts of nucleotide and amino acid sequences of 003F that were mutated (e.g. deleted) relative to MP003 sequences.

[0023] M2 polarization of macrophages was induced by MP003 with site-specific mutations. FIG. 16A-16C include results showing qPCR measurements of M1 (e.g. TNF-α mRNA) and M2 (. g. ARG1 mRNA and MRC1 mRNA) expression profiles in polarized THP-1 macrophages. Similar assay method details were used as in Example 3. The mRNA levels of target genes in the treatment groups were normalized to corresponding control groups treated with PMA. Data were analyzed by a Tukey test for multiple comparisons (n = 3, *p＜0.05, **p＜0.01) . FIG. 16A includes TNF-αmRNA measurements. FIG. 16B includes ARG1 mRNA measurements. FIG. 16C includes MRC1 mRNA measurements.

[0024] M2 polarization of macrophages was induced by MP003 truncated protein / mutations. FIG. 17A-17C include further results showing qPCR measurements of M1 and M2 expression profiles in polarized THP-1 macrophages. Similar assay method details were used as in Example 3. The mRNA levels of target genes in the treatment groups were normalized to corresponding ctrl groups treated with PMA. Data were analyzed by a Tukey test for multiple comparisons (n = 3, *p＜0.05, **p＜0.01, ***p＜0.001, ****p＜0.0001) . FIG. 17A includes TNF-α mRNA measurements. FIG. 17B includes ARG1 mRNA measurements. FIG. 17C includes MRC1 mRNA measurements.DETAILED DESCRIPTION

[0025] Inflammation plays an important role in many diseases and tissue homeostasis. Macrophages, derived from myeloid precursors of bone marrow are often modulators of inflammation. Macrophages may be polarized into either of two distinct forms: a proinflammatory state referred to as M1, or an anti-inflammatory state referred to as M2. These states may be induced in vivo or in vitro. M2 macrophages may secrete anti-inflammatory factors such as cytokines, chemokines, or other metabolites, or may play a role in tissue repair, allergy, or regeneration. As such, it may be useful to polarize macrophages to the M2 state, and to avoid polarizing macrophages to M1.

[0026] Disclosed herein is a novel bacterial derived modality, termed MP003, with anti-inflammatory and anti-oxidative properties. MP003 may be considered as being within the thioredoxin (Trx) superfamily, which includes small ubiquitous redox proteins of approximately 12 kD. Some Trx superfamily proteins may play important roles in redox signaling, oxidative stress responses, or immunomodulation. Trx has thiol-disulfide reductase activity that may be influenced by a conserved active motif (-Cys32-Gly-ProCys35-) . Three human Trx homologues exist, Trx1, Trx2, and Trx3. Each may have its own sub-cellular location and inflammatory modulating effect. Trx1 promotes anti-inflammatory macrophages of the M2 phenotype.

[0027] An amino acid sequence for MP003 was identified, and found to have some degree of similarity to human Trx1 (hTrx1) . However, as disclosed herein, MP003 was found to have some surprisingly superior effects relative to Trx1 when used to polarize macrophages to M2, or used for treating subjects having an inflammatory disorder. For example, MP003 counteracted oxidative stress as demonstrated by one assay to a similar extent as Trx-1, which is an important characteristic of some Trx superfamily proteins. However, MP003 also displayed significantly stronger anti-inflammatory effects compared to hTrx1 at the same or even a lower protein concentrations. MP003 induced a stronger M2 polarization of macrophage cells (in vitro) , and ameliorated pathophysiology of animal subjects with inflammatory bowel disease (IBD) .

[0028] Provided herein, are recombinant MP003 proteins. Further provided are compositions that include anti-inflammatory proteins such as MP003 or MP003 derivatives. The MP003 proteins and compositions may be useful for polarizing macrophages to an M2 phenotype or reducing inflammation. In some embodiments, the MP003 proteins or compositions herein are useful treating an inflammatory disease such as inflammatory bowel disease. Also include are kits, expression constructs, and methods of making a MP003 protein or composition. Proteins

[0029] Disclosed herein, in some embodiments, are proteins. The protein may be included in a composition, method, or kit described herein. The protein may be encoded by an expression construct or nucleic acid. Some embodiments include a protein for use in a method herein. In some embodiments, the protein is purified. The protein may be synthetic or recombinantly produced. In some embodiments, the protein is synthetic.

[0030] The protein may be recombinant. For example, the protein may be recombinantly produced, or may be truncated or include modifications. In some embodiments, the protein is recombinantly produced. The protein may be recombinantly produced by an expression bacteria. For example, the expression bacteria may be transfected with an expression construct that encodes the protein.

[0031] The protein may include a bacterial protein. The bacteria may be or comprise a Staphylococcus. The Staphylococcus may be or include Staphylococcus hominis. The bacteria may be or comprise a Staphylococcus hominis. The protein may include a Staphylococcus protein. The protein may comprise a Staphylococcus hominis protein. The Staphylococcus hominis protein may include a MP003 protein. The Staphylococcus hominis protein may be a MP003 protein. The Staphylococcus may be from a Staphylococcus in FIG. 14. The protein may include a bacterial protein. The bacteria may include a 16S ribosomal RNA  sequence. For example, MP003 was identified in Staphylococcus hominis strain ShC4, which has a 16S rRNA comprising the sequence of SEQ ID NO: 1. The protein may comprise the 16S ribosomal RNA sequence of SEQ ID NO: 1. The protein may comprise a 16S ribosomal RNA sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to SEQ ID NO: 1. The protein may comprise a 16S ribosomal RNA sequence at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 1. The protein may comprise a 16S ribosomal RNA sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, or less than 99%identical to SEQ ID NO: 1. The protein may comprise a 16S ribosomal RNA sequence less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%identical to SEQ ID NO: 1. The protein may comprise a 16S ribosomal RNA sequence less than 100%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the Staphylococcus comprises a 16S ribosomal RNA sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to SEQ ID NO: 1. Table 1. Bacterial nucleic acid sequence

[0032] The protein may be or comprise MP003. An amino acid sequence for MP003 was identified as shown in Table 2A (see SEQ ID NO: 2) . This sequence is 108 amino acids long, and has a calculated molecular mass of 12.58 kDa. An amino acid sequence analysis was performed using NCBI BLAST, and the similarity between MP003 and human Trx (hTrx) was found to be 42% (37 out of 88 amino acids) , and the sequence identity was only 24% (21 out of 88 amino acids) . Top BLAST hits are shown in FIG. 14, and their associated sequences included in Table 2A. The similar BLAST results may have similar antioxidant or anti-inflammatory properties as MP003, and may be useful in compositions or methods herein. Table 2A. Protein sequences Table 2B. CXXC-related protein sequences

[0033] In some embodiments, the protein comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to SEQ ID NO: 2. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, or less than 99%identical to SEQ ID NO: 2. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence less than 100%identical to SEQ ID NO: 2. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to SEQ ID NO: 2. Any of the aforementioned proteins may be truncated or modified, such as is described below.

[0034] In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any of SEQ ID NOs: 2-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, or less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 2-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any of SEQ ID NOs: 3-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, or less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 3-31. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 2. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 2. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 3. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 3. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 4. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 4. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 5. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 5. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 6. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 6. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 7. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 7. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 8. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 8. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 9. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 9. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 10. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 10. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 11. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 11. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 12. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 12. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 13. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 13. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 14. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 14. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 15. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 15. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 16. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 16. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 17. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 17. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 18. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 18. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 19. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 19. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 20. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 20. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 21. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 21. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 22. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 22. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 23. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 23. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 24. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 24. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 25. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 25. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 26. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 26. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 27. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 27. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 28. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 28. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 29. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 29. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 30. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 30. Some embodiments include an amino acid sequence of SEQ ID NO: 31. Some embodiments include an amino acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%identical to SEQ ID NO: 31.

[0035] In some embodiments, the protein comprises the amino acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 20-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to any of SEQ ID NOs: 20-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, or less than 99%identical to any of SEQ ID NOs: 20-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 20-31. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any of SEQ ID NOs: 20-31. Any of the aforementioned proteins may be truncated or modified, such as is described below.

[0036] The protein may be derived from a MP003 protein. Some examples of such proteins are shown in Table 2A, and annotated as 003A to 003H. These examples have N-terminal or C-terminal truncations relative to MP003. In some embodiments, the protein is a fragment of MP003 or of a MP003 derivative. In some embodiments, the protein is a fragment of MP003, homologue, or derivative thereof. In some embodiments, the fragment has a polypeptide length of 39-107 amino acids. For example, the fragment may have a polypeptide length of 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, or 107 amino acids, or a polypeptide length defined by any 2 of the aforementioned numbers of amino acids. In some embodiments, the fragment has a polypeptide length of about 39, about 40, about 45, about 50, about 55, about 60, about 65, about 70, about 75, about 80, about 85, about 90, about 95, about 100, about 105, or about 107 amino acids. In some embodiments, the protein omits 1-69 amino acids corresponding to an amino or carboxy end of SEQ ID NO: 2. For example, the protein may omit 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, or 69 amino acids of an amino or carboxy end, or a range of any 2 of the aforementioned numbers of amino acids. In some embodiments, the protein omits about 1, about 2, about 3, about 4, about 5, about 6, about 7, about 8, about 9, about 10, about 11, about 12, about 13, about 14, about 15, about 20, about 25, about 30, about 35, about 40, about 45, about 50, about 55, about 60, about 65, or about 69 amino acids of an amino or carboxy end. In some embodiments, amino acids are omitted from the carboxy end, relative to a native or wild-type protein. In some embodiments, amino acids are omitted from the carboxy end of a protein in Table 2A or a variant thereof. In some embodiments, amino acids are omitted from the carboxy end, relative to a mutant version of a protein. In some embodiments, amino acids are omitted from the amino end, relative to a native or wild-type protein. In some embodiments, amino acids are omitted from the amino end of a protein in Table 2A or a variant thereof. In some embodiments, amino acids are omitted from the amino end, relative to a mutant version of a protein.

[0037] In some embodiments the protein has an N-terminal truncation relative to MP003 or a sequence provided herein. For example, the protein may include an N-terminal truncation of 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 amino acids, or a range of amino acids defined by any two of the aforementioned integers. In some embodiments, the truncated protein is functional (e.g. a functional fragment) . The functional protein may retain or exhibit an antioxidant or anti-inflammatory activity.

[0038] In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence in Table 2A. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to a sequence in Table 2A. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, or less than 99%identical to a sequence in Table 2A. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 100%identical to a sequence in Table 2A.

[0039] In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence with 1 or 2 substitutions, insertions, or deletions, relative to an amino acid sequence in Table 2A. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence with 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 substitutions, insertions, or deletions, relative to an amino acid sequence in Table 2A, or a fragment thereof. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence with 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 substitutions, insertions, or deletions, relative to an amino acid sequence in Table 2A.

[0040] In some embodiments, the protein includes an amino acid sequence in Table 2B. In some embodiments, the protein includes an amino acid sequence with 1 or 2 substitutions, insertions, or deletions, relative to an amino acid sequence in Table 2B. Some embodiments include an amino acid sequence of any of NOs: 33, 35, 36, or 37. Some embodiments include the amino acid sequence, CXXC, where X is any amino acid. Some embodiments include the amino acid sequence of SEQ ID NO: 33. Some embodiments include the amino acid sequence, SV. Some embodiments include the amino acid sequence of SEQ ID NO: 35. Some embodiments include the amino acid sequence of SEQ ID NO: 36. Some embodiments include the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, the protein includes an amino acid sequence in FIG. 15A-15F (SEQ ID NOs: 62-76) . In some embodiments, the protein includes an amino acid sequence with 1 or 2 substitutions, insertions, or deletions, relative to an amino acid sequence in FIG. 15A-15F (SEQ ID NOs: 62-76) .

[0041] In some embodiments, the protein comprises or consists of the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 3-19. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to any of SEQ ID NOs: 3-19. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, or less than 99%identical to any of SEQ ID NOs: 3-19. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 3-19. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 3-19.

[0042] In some embodiments, the protein comprises or consists of the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 3-13. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to any of SEQ ID NOs: 3-13. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, or less than 99%identical to any of SEQ ID NOs: 3-13. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 3-13. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 3-13.

[0043] In some embodiments, the protein comprises or consists of the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 14-19. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to any of SEQ ID NOs: 14-19. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, or less than 99%identical to any of SEQ ID NOs: 14-19. In some embodiments, the protein comprises or consists of an amino acid sequence less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 14-19. In some embodiments, the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 14-19.

[0044] The protein may be or include a fragment of a protein described herein. The fragment may be or include a functional fragment. The functional fragment may retain or exhibit an antioxidant or anti-inflammatory activity. The fragment may be 107 amino acids, 106 amino acids, 105 amino acids, 104 amino acids, 103 amino acids, 102 amino acids, 101 amino acids, 100 amino acids, 99 amino acids, 98 amino acids, 97 amino acids, 96 amino acids, 95 amino acids, 94 amino acids, 93 amino acids, 92 amino acids, 91 amino acids, 90 amino acids, 89 amino acids, 88 amino acids, 87 amino acids, 86 amino acids, 85 amino acids, 84 amino acids, 83 amino acids, 82 amino acids, 81 amino acids, 80 amino acids, 75 amino acids, 70 amino acids, 65 amino acids, 50 amino acids, 45 amino acids, 40 amino acids, or 35 amino acids in length, or a range of lengths defined by any two of the aforementioned numbers of amino acids. The fragment may be a length of a polypeptide in Table 2A, or may include a range of lengths that includes a length of a polypeptide in Table 2A.

[0045] The protein may have a molecular mass. In some embodiments, the protein comprises a molecular mass of 10-15 kDa. In some embodiments, the protein has a molecular mass of about 10-15 kDa. In some embodiments, the molecular mass is about 10 kDa, about 11 kDa, about 12 kDa, about 12.5 kDa, about 13 kDa, about 14 kDa, or about 15 kDa, or a range of masses defined by any of the aforementioned molecular masses. In some embodiments, the protein comprises a calculated molecular mass of about 12.6 kDa.

[0046] The protein may include a secreted protein. The protein may be secreted from the Staphylococcus or Staphylococcus hominis. The protein may be secreted from the Staphylococcus or Staphylococcus hominis. The protein may be isolated from or found in an eluent fraction of a supernatant obtained by lysis and centrifugation of the bacteria.

[0047] In some embodiments, the protein comprises a thioredoxin family protein. The thioredoxin family protein may have antioxidant activity. The thioredoxin family protein may have anti-inflammatory activity. The protein may have antioxidant or anti-inflammatory activity. Disclosed herein, in some embodiments, are proteins that include recombinant thioredoxin family protein of a Staphylococcus.

[0048] In some embodiments, the protein reduces inflammation, prevents or treats an inflammatory disease, induces M2 macrophage polarization, or provides an antioxidant benefit.

[0049] In some embodiments, the protein has antioxidant activity. For example, the protein may reduce or prevent DNA cleavage induced by an oxidant. The oxidant may include a metal catalyzed oxidant. The oxidant may include a free radical. In some embodiments, the protein reduces or prevents DNA cleavage in an in vitro metal-catalyzed oxidation system.

[0050] In some embodiments, the protein has anti-inflammatory activity. For example, the protein may induce or enhance an M2 macrophage phenotype, or an M2 marker. Examples of M2 markers may include arginase 1 (Arg1) protein, mannose receptor (Mrc1 or CD206) protein, interleukin 10 (IL10) protein, Arg1 mRNA, Mrc1 mRNA, or IL10 mRNA. In some embodiments, the protein increases an anti-inflammatory marker.

[0051] In some embodiments, the protein reduces or prevents an M1 macrophage phenotype, or an M1 marker. Some examples of M1 markers may include nitric oxide synthase 2 (Nos2) , tumor necrosis factor (TNF or TNFα) , interferon gamma (IFNγ) , cluster of differentiation 86 (CD86) , Nos2 mRNA, TNF mRNA, IFNγ mRNA, or CD86 mRNA. In some embodiments, the protein reduces an inflammatory marker. Compositions

[0052] Disclosed herein, in some embodiments, are compositions. In some embodiments, the composition is a pharmaceutical composition. The composition may include a protein such as a recombinant protein described herein, a secreted protein. or a Staphylococcus protein. In some embodiments, the composition includes a MP003 protein. In some embodiments, the composition includes a carrier. For example, the composition may include a pharmaceutically acceptable carrier. Some embodiments relate to a composition, comprising: a secreted protein from a Staphylococcus hominis, and a pharmaceutically acceptable carrier. Some embodiments relate to a composition, comprising: a recombinant thioredoxin family protein of a Staphylococcus, and a pharmaceutically acceptable carrier.

[0053] Some embodiments include a carrier. Examples of carriers may include buffers, saline, or water. The carrier may be a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the pharmaceutically acceptable carrier comprises a buffer, saline, or distilled water.

[0054] In some embodiments, the composition comprises an effective amount of a protein herein. The effective amount may comprise an amount sufficient to reduce inflammation, prevent or treat an inflammatory disease, induce M2 macrophage polarization, or provide an antioxidant benefit.

[0055] Some of the composition include a nucleic acid. The nucleic acid may include an expression construct. The expression construct may be formulated with a carrier such as a buffer, saline, water, or a liposome.

[0056] The composition may be formulated for administration. For example, the composition may be formulated for an injection such as an intraperitoneal injection, or may be formulated for oral administration. Nucleic acids

[0057] Disclosed herein, in some embodiments, are nucleic acids encoding a protein herein. The nucleic acid may comprise an RNA. The RNA may be mRNA. The nucleic acid may comprise an DNA. The nucleic acid may comprise a replication construct. The nucleic acid may comprise an expression construct. The nucleic acid may be included in a composition here. The nucleic acid may be administered to a subject, or may otherwise be used in a method herein.

[0058] Disclosed herein, in some embodiments, are expression constructs. The expression construct may include a nucleic acid. The nucleic acid may include a coding region for a protein disclosed herein. The nucleic acid may include a promoter. The promoter may be operably coupled with the coding region. The promoter may be non-native with regard to the coding region. Disclosed herein, in some embodiments, are expression constructs, comprising: a nucleic acid comprising a coding region for a protein disclosed herein, and a promoter operably coupled with the coding region, wherein the promoter is non-native with regard to the coding region.

[0059] The nucleic acid may comprise a sequence in Table 3A. In some embodiments, the nucleic acid includes a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to a sequence in Table 3A. In some embodiments, the nucleic acid includes a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%, identical to a sequence in Table 3A. In some embodiments, the nucleic acid includes a sequence at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to a sequence in Table 3A. In some embodiments, the nucleic acid includes a sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or 100%identical to a sequence in Table 3A.

[0060] In some embodiments, the nucleic acid includes a nucleotide sequence with 1 or 2 substitutions, insertions, or deletions, relative to a nucleotide sequence in Table 3A. In some embodiments, the nucleic acid includes a nucleotide sequence with 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 substitutions, insertions, or deletions, relative to a nucleotide sequence in Table 3A.

[0061] In some embodiments, the nucleic acid includes a nucleotide sequence in Table 3B. In some embodiments, the nucleic acid includes a nucleotide sequence with 1 or 2 substitutions, insertions, or deletions, relative to a nucleotide sequence in Table 3B. Some embodiments include a nucleotide sequence of any of SEQ ID NOs: 57, 59, 60, or 61. Some embodiments include the nucleotide sequence, TGTNNNNNNTGT, where N is any nucleotide. Some embodiments include the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 57. Some embodiments include the nucleotide sequence, TCAGTA. Some embodiments include the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 59. Some embodiments include the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 60. Some embodiments include the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 61. In some embodiments, the nucleic acid includes a nucleotide sequence in FIG. 15A-15F (SEQ ID NOs: 62-76) . In some embodiments, the nucleic acid includes a nucleotide sequence with 1 or 2 substitutions, insertions, or deletions, relative to an amino acid sequence in FIG. 15A-15F (SEQ ID NOs: 62-76) . Table 3A. Nucleic acid sequences Table 3B. CXXC-related nucleic acid sequences

[0062] In some embodiments, the protein is encoded by a nucleic acid. The nucleic acid may include a coding sequence. The nucleic acid may include a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any of SEQ ID NOs: 38-55. In some embodiments, the nucleic acid comprises a sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 38-55. The nucleic acid may include a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any of SEQ ID NOs: 39-55. In some embodiments, the nucleic acid comprises a sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to any of SEQ ID NOs: 39-55. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 38. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 38. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 39. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 39. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 40. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 40. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 41. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 41. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 42. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 42. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 43. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 43. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 44. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 44. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 45. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 45. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 46. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 46. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 47. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 47. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 48. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 48. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 49. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 49. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 50. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 50. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 51. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 51. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 52. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 52. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 53. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 53. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 54. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 54. Some embodiments include a nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 55. Some embodiments include a nucleic acid sequence at least: 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, or at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 55.

[0063] In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to SEQ ID NO: 38. In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to SEQ ID NO: 38. In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-55. In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-55. In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-49. In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-49. In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 50-55. In some embodiments, the protein is encoded by a nucleotide sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 50-55.

[0064] Disclosed herein, in some embodiments, are coding regions, which may be included in an expression vector or nucleic acid. In some embodiments, a coding region comprises a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to SEQ ID NO: 10. In some embodiments, the coding region comprises a nucleotide sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to SEQ ID NO: 10. In some embodiments, the coding region comprises a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-55. In some embodiments, the coding region comprises a nucleotide sequence less than 80%, less than 85%, less than 90%, less than 91%, less than 92%, less than 93%, less than 94%, less than 95%, less than 96%, less than 97%, less than 98%, less than 99%, less than 99.1%, less than 99.2%, less than 99.3%, less than 99.4%, less than 99.5%, less than 99.6%, less than 99.7%, less than 99.8%, less than 99.9%, or less than 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-55.

[0065] The nucleic acid may be modified. For example, the nucleic acid may include a modified internucleoside linkage, or include a nucleotide modification.

[0066] In some embodiments, the nucleic acid includes a modified internucleoside linkage. An example of a modified internucleoside linkage may include a phosphorothioate linkage.

[0067] In some embodiments, the nucleic acid includes a modified nucleotide. The modified nucleotide may include a modified ribose. The modified nucleotide may include a modified deoxyribose. Some examples of modified nucleotides may include 2’ O-methyl, 2’ O-methoxyethyl, 2’ fluoro, or a locked nucleic acid (LNA) . Kits

[0068] Disclosed herein, in some embodiments, are kits. The kit may include a protein herein. The kit may include a composition herein. The kit may include a nucleic acid herein.

[0069] The kit may include instructions for use. The instructions for use may be for use in a method described herein.

[0070] The kit may include a reagent for making a protein, nucleic acid, or construct herein. The kit may include instructions for using the reagent, or for making the protein, nucleic acid, or construct herein.

[0071] The kit may include a reagent for measuring a marker such as an M1 or an M2 marker. The marker may be an inflammatory marker. The marker may be an oxidative marker. The marker may be or include protein, RNA, DNA, a lipid, or a metabolite. Methods of making

[0072] Disclosed herein, in some embodiments, are methods of making a protein herein, such as a recombinant protein. Some embodiments include transfecting a nucleic acid. Some embodiments include cloning the nucleic acid. Some embodiments include replicating the nucleic acid. The nucleic acid may be transfected, cloned, or replicated in a host cell. The host cell may be cultured. Some embodiments include collecting the protein from a cell such as the host cell. Collecting the protein from the cell may include lysis of the cell. The method may include centrifugation, such as centrifuging a lysed cell. Disclosed herein, in some embodiments, are methods of making a recombinant protein, comprising: transfecting or cloning a nucleic acid encoding a protein disclosed herein into a host cell; and collecting the protein from the host cell.

[0073] Disclosed herein, in some embodiments, are methods of purifying a protein herein. Some embodiments, include culturing a cell. The cell may produce the protein. The cell may secrete the protein. The culture may be in a culture medium. Some embodiments include separating the protein from the cell or culture. Some embodiments include purifying the protein. Some embodiments include separating the medium from the cell. The medium may comprise the protein after culture. Disclosed herein, in some embodiments, are methods of purifying protein, comprising: culturing a cell that produces a protein disclosed herein in a medium; and separating the medium from the cell. In some embodiments, collecting the protein or separating the medium from the cell comprises purifying or enriching the protein.

[0074] In some embodiments, the cell (e.g. host cell) comprises a Staphylococcus. In some embodiments, the cell comprises Staphylococcus hominis.

[0075] In some embodiments, the cell comprises bacterial species other than a Staphylococcus. In some embodiments, the cell comprises bacterial species other than Staphylococcus hominis. In some embodiments, the cell comprises Escherichia coli (E. coli) . Methods of use

[0076] Disclosed herein, in some embodiments, are methods such as methods of use. The method may include administering a composition, a protein, or nucleic acid described herein to a subject. Some embodiments include administering a composition disclosed herein to a subject. Some embodiments include administering a protein disclosed herein to a subject.

[0077] Some embodiments include treating a disorder in a subject in need thereof. Some embodiments relate to use of a composition described herein in the method of treatment. Some embodiments include administering a composition described herein to a subject with the disorder. In some embodiments, the administration treats the disorder in the subject. In some embodiments, the composition treats the disorder in the subject.

[0078] In some embodiments, the treatment comprises prevention, inhibition, or reversion of the disorder in the subject. Some embodiments relate to use of a composition described herein in the method of preventing, inhibiting, or reversing the disorder. Some embodiments relate to a method of preventing, inhibiting, or reversing a disorder a disorder in a subject in need thereof. Some embodiments include administering a composition described herein to a subject with the disorder. In some embodiments, the administration prevents, inhibits, or reverses the disorder in the subject. In some embodiments, the composition prevents, inhibits, or reverses the disorder in the subject.

[0079] Some embodiments relate to a method of preventing a disorder a disorder in a subject in need thereof. Some embodiments relate to use of a composition described herein in the method of preventing the disorder. Some embodiments include administering a composition described herein to a subject with the disorder. In some embodiments, the administration prevents the disorder in the subject. In some embodiments, the composition prevents the disorder in the subject.

[0080] Some embodiments relate to a method of inhibiting a disorder a disorder in a subject in need thereof. Some embodiments relate to use of a composition described herein in the method of inhibiting the disorder. Some embodiments include administering a composition described herein to a subject with the disorder. In some embodiments, the administration inhibits the disorder in the subject. In some embodiments, the composition inhibits the disorder in the subject.

[0081] Some embodiments relate to a method of reversing a disorder a disorder in a subject in need thereof. Some embodiments relate to use of a composition described herein in the method of reversing the disorder. Some embodiments include administering a composition described herein to a subject with the disorder. In some embodiments, the administration reverses the disorder in the subject. In some embodiments, the composition reverses the disorder in the subject. Disorders

[0082] Some embodiments of the methods described herein include treating a disorder in a subject in need thereof. A disorder may be referred to as a disease. The disorder may include an oxidative disease or an inflammatory disease.

[0083] In some embodiments, the disorder is an inflammatory disease. Examples of inflammatory disease may include inflammatory bowel disease (IBD) or irritable bowel syndrome (IBS) . In some embodiments, the inflammatory disease is IBD. In some embodiments, IBD includes Crohn's disease or ulcerative colitis. In some embodiments, the IBD is Crohn's disease. In some embodiments, the IBD is ulcerative colitis. In some embodiments, the inflammatory disease is IBS. Subjects

[0084] Some embodiments of the methods described herein include treatment of a subject. Non-limiting examples of subjects include vertebrates, animals, mammals, dogs, cats, cattle, rodents, mice, rats, primates, monkeys, and humans. In some embodiments, the subject is a vertebrate. In some embodiments, the subject is an animal. In some embodiments, the subject is a mammal. In some embodiments, the subject is a dog. In some embodiments, the subject is a cat. In some embodiments, the subject is a cattle. In some embodiments, the subject is a mouse. In some embodiments, the subject is a rat. In some embodiments, the subject is a primate. In some embodiments, the subject is a monkey. In some embodiments, the subject is an animal, a mammal, a dog, a cat, cattle, a rodent, a mouse, a rat, a primate, or a monkey. In some embodiments, the subject is a human.

[0085] In some embodiments, the subject is male. In some embodiments, the subject is female.

[0086] In some embodiments, the subject has been identified as: at risk of or in need of treatment for inflammation, or inflammatory bowel disease (IBD) , or irritable bowel syndrome (IBS) , in need of M2 macrophage polarization, or in need of antioxidant treatment. Administration

[0087] Some embodiments include administering a composition nucleic acid herein to a subject. In some embodiments, the administration comprises oral administration, intravenous administration, or an injection. In some embodiments, the administration comprises intraperitoneal injection.

[0088] In some embodiments, the administration comprises contacting a cell of the subject with the composition. In some embodiments, the cell comprises a blood cell or a myeloid cell. In some embodiments, the cell comprises an immune cell or an immune cell precursor. In some embodiments, the immune cell comprises a macrophage. Baseline measurements

[0089] Some embodiments of the methods described herein include obtaining a baseline measurement from a subject. For example, in some embodiments, a baseline measurement is obtained from the subject prior to treating the subject. Non-limiting examples of baseline measurements include a baseline symptom (e.g. of a disorder such as an inflammatory disorder or an oxidative disorder) measurement, a baseline protective phenotype measurement, a baseline oligonucleotide (e.g. RNA or mRNA) measurement, or a baseline protein measurement.

[0090] In some embodiments, the baseline measurement is obtained directly from the subject. In some embodiments, the baseline measurement is obtained by observation, for example by observation of the subject or of the subject’s tissue. In some embodiments, the baseline measurement is obtained noninvasively using an imaging device. In some embodiments, the baseline measurement is obtained in a sample from the subject. In some embodiments, the baseline measurement is obtained in one or more histological tissue sections. In some embodiments, the baseline measurement is obtained by performing an assay such as an immunoassay, a colorimetric assay, or a fluorescence assay, on the sample obtained from the subject. In some embodiments, the baseline measurement is obtained by an immunoassay, a colorimetric assay, or a fluorescence assay. In some embodiments, the baseline measurement is obtained by PCR. In some embodiments, the baseline measurement is obtained by flow cytometry.

[0091] In some embodiments, the baseline measurement is a baseline symptom measurement. The symptom may be a symptom of a disorder associated with an oligonucleotide disease marker. The disorder may be an inflammatory disorder. Examples of symptoms may include IBD or IBS symptoms. The baseline measurement may include a baseline IBD or IBS symptom measurement. In some embodiments, the baseline measurement includes a baseline weight loss measurement. In some embodiments, the baseline measurement includes a baseline colon atrophy measurement.

[0092] In some embodiments, the baseline measurement includes a baseline diarrhea measurement. In some embodiments, the baseline measurement includes a baseline fecal index. The fecal index may include a diarrhea score. The fecal index may include a bleeding score. Example criteria for some fecal index scoring are shown in Table 4. Table 4. Example fecal index criteria

[0093] In some embodiments, the baseline measurement is a baseline protective phenotype measurement. The protective phenotype may protect a subject from having a disorder associated with an oligonucleotide disease marker. The protective phenotype may be inversely correlated with an incidence of the disorder.

[0094] In some embodiments, the baseline measurement is a baseline protein measurement. In some embodiments, the baseline protein measurement comprises a baseline protein level. In some embodiments, the baseline protein level is indicated as a mass or percentage of protein per sample weight. In some embodiments, the baseline protein level is indicated as a mass or percentage of protein per sample volume. In some embodiments, the baseline protein level is indicated as a mass or percentage of protein per total protein within the sample. In some embodiments, the baseline protein measurement is a baseline immune cell (e.g. macrophage) protein measurement such as a baseline immune cell marker measurement. The immune cell marker may include an M0 marker. The immune cell marker may include an M1 marker. The immune cell marker may include an M2 marker. In some embodiments, the baseline protein measurement is a baseline circulating protein measurement. In some embodiments, the baseline protein measurement is obtained by an assay such as an immunoassay, a colorimetric assay, or a fluorescence assay. In some embodiments, the baseline protein measurement is obtained by flow cytometry.

[0095] In some embodiments, the baseline measurement is a baseline mRNA measurement. In some embodiments, the baseline mRNA measurement comprises a baseline mRNA level. In some embodiments, the baseline mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per sample weight. In some embodiments, the baseline mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per sample volume. In some embodiments, the baseline mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per total mRNA within the sample. In some embodiments, the baseline mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per total nucleic acids within the sample. In some embodiments, the baseline mRNA level is indicated relative to another mRNA level, such as an mRNA level of a housekeeping gene, within the sample. In some embodiments, the baseline mRNA measurement is a baseline immune cell marker mRNA measurement. The immune cell marker may include an M0 marker. The immune cell marker may include an M1 marker. The immune cell marker may include an M2 marker. In some embodiments, the baseline marker mRNA measurement is obtained by an assay such as a polymerase chain reaction (PCR) assay. In some embodiments, the PCR comprises quantitative PCR (qPCR) . In some embodiments, the PCR comprises reverse transcription of the mRNA.

[0096] Some embodiments of the methods described herein include obtaining a sample from a subject. In some embodiments, the baseline measurement is obtained in a sample obtained from the subject. In some embodiments, the sample is obtained from the subject prior to administration or treatment of the subject with a composition described herein. In some embodiments, a baseline measurement is obtained in a sample obtained from the subject prior to administering the composition to the subject.

[0097] In some embodiments, the sample comprises a fluid. In some embodiments, the sample is a fluid sample. The sample may be or include a biofluid sample. The biofluid may include blood, plasma, or serum. In some embodiments, the sample is a blood, plasma, or serum sample. In some embodiments, the sample comprises blood. In some embodiments, the sample is a blood sample. In some embodiments, the sample is a whole-blood sample. In some embodiments, the blood is fractionated or centrifuged. In some embodiments, the sample comprises plasma. In some embodiments, the sample is a plasma sample. In some embodiments, the sample comprises serum. In some embodiments, the sample is a serum sample. The fluid sample may include a cell such as a blood cell. The blood cell may include an immune cell.

[0098] In some embodiments, the sample comprises a cell. In some embodiments, the sample is a cell sample. The cell may include an immune cell. The immune cell may include a macrophage.

[0099] In some embodiments, the sample comprises a tissue. The tissue may include infiltrating immune cells such as infiltrating macrophages. Effects

[0100] In some embodiments, the composition or administration of the composition affects a measurement such as symptom (e.g. of a disorder such as an inflammatory disorder or an oxidative disorder) measurement, a protective phenotype measurement, an oligonucleotide (e.g. mRNA) measurement or a protein measurement, relative to the baseline measurement. In some embodiments, the administration reduces treats, prevents, or reduces a symptom of IBD or IBS in the subject.

[0101] Some embodiments of the methods described herein include obtaining the measurement from a subject. For example, the measurement may be obtained from the subject after treating the subject. In some embodiments, the measurement is obtained in a second sample (such as a fluid or tissue sample described herein) obtained from the subject after the composition is administered to the subject. In some embodiments, the measurement is an indication that the disorder has been treated.

[0102] In some embodiments, the measurement is obtained directly from the subject. In some embodiments, the measurement is obtained noninvasively using an imaging device. In some embodiments, the measurement is obtained in a second sample from the subject. In some embodiments, the measurement is obtained in one or more histological tissue sections. In some embodiments, the measurement is obtained by performing an assay on the second sample obtained from the subject. In some embodiments, the measurement is obtained by an assay, such as an assay described herein. In some embodiments, the assay is an immunoassay, a colorimetric assay, a fluorescence assay, or a PCR assay. In some embodiments, the measurement is obtained by an assay such as an immunoassay, a colorimetric assay, or a fluorescence assay. In some embodiments, the measurement is obtained by PCR. In some embodiments, the measurement is obtained by flow cytometry. In some embodiments, the measurement is obtained by histology. In some embodiments, the measurement is obtained by observation. In some embodiments, additional measurements are made, such as in a 3rd sample, a 4th sample, or a fifth sample.

[0103] In some embodiments, the measurement is obtained within 1 hour, within 2 hours, within 3 hours, within 4 hours, within 5 hours, within 6 hours, within 12 hours, within 18 hours, or within 24 hours after the administration of the composition. In some embodiments, the measurement is obtained within 1 day, within 2 days, within 3 days, within 4 days, within 5 days, within 6 days, or within 7 days after the administration of the composition. In some embodiments, the measurement is obtained within 1 week, within 2 weeks, within 3 weeks, within 1 month, within 2 months, within 3 months, within 6 months, within 1 year, within 2 years, within 3 years, within 4 years, or within 5 years after the administration of the composition. In some embodiments, the measurement is obtained after 1 hour, after 2 hours, after 3 hours, after 4 hours, after 5 hours, after 6 hours, after 12 hours, after 18 hours, or after 24 hours after the administration of the composition. In some embodiments, the measurement is obtained after 1 day, after 2 days, after 3 days, after 4 days, after 5 days, after 6 days, or after 7 days after the administration of the composition. In some embodiments, the measurement is obtained after 1 week, after 2 weeks, after 3 weeks, after 1 month, after 2 months, after 3 months, after 6 months, after 1 year, after 2 years, after 3 years, after 4 years, or after 5 years, following the administration of the composition.

[0104] In some embodiments, the composition reduces the symptom measurement relative to the baseline symptom measurement. In some embodiments, the reduction is measured in a second tissue sample obtained from the subject after administering the composition to the subject. In some embodiments, the reduction is measured directly in the subject after administering the composition to the subject. In some embodiments, the symptom measurement is decreased by about 2.5%or more, about 5%or more, or about 7.5%or more, relative to the baseline symptom measurement. In some embodiments, the symptom measurement is decreased by about 10%or more, relative to the baseline symptom measurement. In some embodiments, the symptom measurement is decreased by about 20%or more, about 30%or more, about 40%or more, about 50%or more, about 60%or more, about 70%or more, about 80%or more, about 90%or more, relative to the baseline symptom measurement. In some embodiments, the symptom measurement is decreased by no more than about 2.5%, no more than about 5%, or no more than about 7.5%, relative to the baseline symptom measurement. In some embodiments, the symptom measurement is decreased by no more than about 10%, relative to the baseline symptom measurement. In some embodiments, the symptom measurement is decreased by no more than about 20%, no more than about 30%, no more than about 40%, no more than about 50%, no more than about 60%, no more than about 70%, no more than about 80%, no more than about 90%, or no more than about 100%relative to the baseline symptom measurement. In some embodiments, the symptom measurement is decreased by 2.5%, 5%, 7.5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, or 100%, or by a range defined by any of the two aforementioned percentages.

[0105] The symptom may be a symptom of a disorder associated with an oligonucleotide disease marker. The disorder may be an inflammatory disorder. Examples of symptoms may include IBD or IBS symptoms. The symptom measurement may include a IBD or IBS symptom measurement. In some embodiments, the measurement includes a weight loss measurement. In some embodiments, the measurement includes a colon atrophy measurement. In some embodiments, the measurement includes a diarrhea measurement. In some embodiments, the measurement includes a fecal index. In some embodiments, the administration reduces a symptom of IBD or IBS is reduced by at least 2.5%, by at least 5%, by at least 7.5%, by at least 10%, by at least 12.5%, or by at least 15%. In some embodiments, the administration reduces a symptom of IBD or IBS is reduced by less than 5%, by less than 7.5%, by less than 10%, by less than 12.5%, by less than 15%, by less than 20%, or by less than 25%. In some embodiments, the administration reduces a symptom of IBD or IBS is reduced by at least 10%. In some embodiments, the symptom of IBD or IBS comprises diarrhea, a fecal index, weight loss, or colon atrophy. In some embodiments, the administration prevents weight loss, results in at least 1%weight gain, prevents or reduces diarrhea, prevents colon atrophy, or increases colon length by at least 1%.

[0106] The symptom may include inflammation, or may include an M1 polarization measurement. In some embodiments, the administration reduces inflammation in the subject. In some embodiments, the administration decreases a M1 macrophage marker in the subject. In some embodiments, the administration decreases the M1 macrophage marker by at least 2.5%, by at least 5%, by at least 7.5%, by at least 10%, by at least 12.5%, or by at least 15%, relative to a baseline M1 macrophage marker amount. In some embodiments, the administration decreases the M1 macrophage marker by less than 5%, by less than 7.5%, by less than 10%, by less than 12.5%, by less than 15%, by less than 20%, by less than 25%, by less than 50%, by less than 75%, or by less than 100%, relative to a baseline M1 macrophage marker amount. In some embodiments, the administration decreases the M1 macrophage marker by at least 10%relative to a baseline M1 macrophage marker amount. In some embodiments, the M1 macrophage marker comprises an mRNA or protein amount of nitric oxide synthase 2 (Nos2) , tumor necrosis factor (TNF or TNFα) , interferon gamma (IFNγ) , or cluster of differentiation 86 (CD86) . In some embodiments, the M1 macrophage marker comprises Nos2 (e.g. Nos2 mRNA or protein) . In some embodiments, the M1 macrophage marker comprises TNF (e.g. TNF mRNA or protein) . In some embodiments, the M1 macrophage marker comprises IFNγ (e.g. IFNγ mRNA or protein) . In some embodiments, the M1 macrophage marker comprises CD86 (e.g. CD86 mRNA or protein) .

[0107] The symptom may include oxidative stress, or a marker thereof. In some embodiments, the administration decreases an oxidative stress measurement in the subject. In some embodiments, the administration decreases the oxidative stress measurement by at least 2.5%, by at least 5%, by at least 7.5%, by at least 10%, by at least 12.5%, or by at least 15%, relative to a baseline oxidative stress measurement. In some embodiments, the administration decreases the oxidative stress measurement by less than 5%, by less than 7.5%, by less than 10%, by less than 12.5%, by less than 15%, by less than 20%, by less than 25%, by less than 50%, by less than 75%, or by less than 100%, relative to a baseline oxidative stress measurement. In some embodiments, the administration decreases the oxidative stress measurement by at least 10%relative to a baseline oxidative stress measurement. In some embodiments, the oxidative stress measurement comprises DNA mutations or DNA cleavage.

[0108] In some embodiments, the composition increases the protective phenotype measurement relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the increase is measured in a second tissue sample obtained from the subject after administering the composition to the subject. In some embodiments, the increase is measured directly in the subject after administering the composition to the subject. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by about 2.5%or more, about 5%or more, or about 7.5%or more, relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by about 10%or more, relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by about 20%or more, about 30%or more, about 40%or more, about 50%or more, about 60%or more, about 70%or more, about 80%or more, about 90%or more, relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by about 100%or more, increased by about 250%or more, increased by about 500%or more, increased by about 750%or more, or increased by about 1000%or more, relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by no more than about 2.5%, no more than about 5%, or no more than about 7.5%, relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by no more than about 10%, relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by no more than about 20%, no more than about 30%, no more than about 40%, no more than about 50%, no more than about 60%, no more than about 70%, no more than about 80%, no more than about 90%, or no more than about 100%relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by no more than about 100%, increased by no more than about 250%, increased by no more than about 500%, increased by no more than about 750%, or increased by no more than about 1000%, relative to the baseline protective phenotype measurement. In some embodiments, the protective phenotype measurement is increased by 2.5%, 5%, 7.5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 250%, 500%, 750%, or 1000%, or by a range defined by any of the two aforementioned percentages.

[0109] The protective phenotype may include an M2 polarization measurement. In some embodiments, the administration increases a M2 macrophage marker in the subject. In some embodiments, the administration increases the M2 macrophage marker by at least 2.5%, by at least 5%, by at least 7.5%, by at least 10%, by at least 12.5%, or by at least 15%, relative to a baseline M2 macrophage marker amount. In some embodiments, the administration increases the M2 macrophage marker by less than 5%, by less than 7.5%, by less than 10%, by less than 12.5%, by less than 15%, by less than 20%, by less than 25%, by less than 50%, by less than 75%, by less than 100%, by less than 200%, by less than 300%, by less than 400%, or by less than 500%, relative to a baseline M2 macrophage marker amount. In some embodiments, the administration increases the M2 macrophage marker by at least 10%relative to a baseline M2 macrophage marker amount. In some embodiments, the M2 macrophage marker comprises the M2 macrophage marker comprises an mRNA or protein amount of arginase 1 (Arg1) , mannose receptor (Mrc1 or CD206) , or interleukin 10 (IL10) . In some embodiments, the M2 macrophage marker comprises Arg1 (e.g. Arg1 mRNA or protein) . In some embodiments, the M2 macrophage marker comprises Mrc1 (e.g. Mrc1 mRNA or protein) . In some embodiments, the M2 macrophage marker comprises IL10 (e.g. IL10 mRNA or protein) .

[0110] In some embodiments, the measurement is a protein measurement. The protein may be a disease marker. The protein may be an immune cell marker, or marker of an immune cell state. Some such examples may include protein markers of M0, M1, or M2 polarization. In some embodiments, the protein measurement comprises a protein level. In some embodiments, the protein level is indicated as a mass or percentage of protein per sample weight. In some embodiments, the protein level is indicated as a mass or percentage of protein per sample volume. In some embodiments, the protein level is indicated as a mass or percentage of protein per total protein within the sample. In some embodiments, the protein measurement is a cell (e.g. immune cell) protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is a tissue protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is a circulating protein measurement. In some embodiments, the baseline protein measurement is obtained by an assay such as an immunoassay, a colorimetric assay, or a fluorescence assay. In some embodiments, the protein measurement is obtained by flow cytometry.

[0111] In some embodiments, the composition reduces the protein measurement relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the composition reduces tissue protein levels relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the composition reduces cell protein levels (such as, but not limited to, immune cell protein levels) relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the composition reduces circulating protein levels relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the reduced protein levels are measured in a second sample obtained from the subject after administering the composition to the subject.

[0112] In some embodiments, the protein measurement is decreased. For example, an M1 marker protein measurement may be decreased. In some embodiments, the protein measurement is decreased by about 2.5%or more, about 5%or more, or about 7.5%or more, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is decreased by about 10%or more, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is decreased by about 20%or more, about 30%or more, about 40%or more, about 50%or more, about 60%or more, about 70%or more, about 80%or more, about 90%or more, or about 100%relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is decreased by no more than about 2.5%, no more than about 5%, or no more than about 7.5%, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is decreased by no more than about 10%, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is decreased by no more than about 20%, no more than about 30%, no more than about 40%, no more than about 50%, no more than about 60%, no more than about 70%, no more than about 80%, no more than about 90%, or about 100%relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is decreased by 2.5%, 5%, 7.5%, 19%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, or 100%, or by a range defined by any of the two aforementioned percentages.

[0113] In some embodiments, the protein measurement is increased. For example, an M2 marker protein measurement may be increased. In some embodiments, the protein measurement is increased by about 2.5%or more, about 5%or more, or about 7.5%or more, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by about 10%or more, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by about 20%or more, about 30%or more, about 40%or more, about 50%or more, about 60%or more, about 70%or more, about 80%or more, about 90%or more, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by about 100%or more, increased by about 250%or more, increased by about 500%or more, increased by about 750%or more, or increased by about 1000%or more, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by no more than about 2.5%, no more than about 5%, or no more than about 7.5%, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by no more than about 10%, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by no more than about 20%, no more than about 30%, no more than about 40%, no more than about 50%, no more than about 60%, no more than about 70%, no more than about 80%, no more than about 90%, or no more than about 100%relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by no more than about 100%, increased by no more than about 250%, increased by no more than about 500%, increased by no more than about 750%, or increased by no more than about 1000%, relative to the baseline protein measurement. In some embodiments, the protein measurement is increased by 2.5%, 5%, 7.5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 250%, 500%, 750%, or 1000%, or by a range defined by any of the two aforementioned percentages.

[0114] In some embodiments, the measurement is a mRNA measurement. The mRNA may be a disease marker. The mRNA may be an immune cell marker, or marker of an immune cell state. Some such examples may include mRNA markers of M0, M1, or M2 polarization. In some embodiments, the mRNA measurement comprises a mRNA level. In some embodiments, the mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per sample weight. In some embodiments, the mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per sample volume. In some embodiments, the mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per total mRNA within the sample. In some embodiments, the mRNA level is indicated as a mass or percentage of mRNA per total nucleic acids within the sample. In some embodiments, the mRNA level is indicated relative to another mRNA level, such as an mRNA level of a housekeeping gene, within the sample. In some embodiments, the mRNA measurement is obtained by an assay such as a PCR assay. In some embodiments, the PCR comprises qPCR. In some embodiments, the PCR comprises reverse transcription of the mRNA.

[0115] In some embodiments, the composition reduces the mRNA measurement relative to the baseline mRNA measurement. For example, an mRNA marker of M1 may be decreased. In some embodiments, the mRNA measurement is obtained in a second sample obtained from the subject after administering the composition to the subject. In some embodiments, the composition reduces mRNA levels relative to the baseline mRNA levels. In some embodiments, the reduced mRNA levels are measured in a second sample obtained from the subject after administering the composition to the subject. In some embodiments, the mRNA measurement is reduced by about 2.5%or more, about 5%or more, or about 7.5%or more, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is decreased by about 10%or more, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is decreased by about 20%or more, about 30%or more, about 40%or more, about 50%or more, about 60%or more, about 70%or more, about 80%or more, about 90%or more, or about 100%relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is decreased by no more than about 2.5%, no more than about 5%, or no more than about 7.5%, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is decreased by no more than about 10%, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is decreased by no more than about 20%, no more than about 30%, no more than about 40%, no more than about 50%, no more than about 60%, no more than about 70%, no more than about 80%, no more than about 90%, or about 100%relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is decreased by 2.5%, 5%, 7.5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, or by a range defined by any of the two aforementioned percentages.

[0116] In some embodiments, the mRNA measurement is increased. For example, an mRNA marker of M2 may be increased. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by about 2.5%or more, about 5%or more, or about 7.5%or more, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by about 10%or more, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by about 20%or more, about 30%or more, about 40%or more, about 50%or more, about 60%or more, about 70%or more, about 80%or more, about 90%or more, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by about 100%or more, increased by about 250%or more, increased by about 500%or more, increased by about 750%or more, or increased by about 1000%or more, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by no more than about 2.5%, no more than about 5%, or no more than about 7.5%, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by no more than about 10%, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by no more than about 20%, no more than about 30%, no more than about 40%, no more than about 50%, no more than about 60%, no more than about 70%, no more than about 80%, no more than about 90%, or no more than about 100%relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by no more than about 100%, increased by no more than about 250%, increased by no more than about 500%, increased by no more than about 750%, or increased by no more than about 1000%, relative to the baseline mRNA measurement. In some embodiments, the mRNA measurement is increased by 2.5%, 5%, 7.5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 250%, 500%, 750%, or 1000%, or by a range defined by any of the two aforementioned percentages.

[0117] In some embodiments, the administration does not adversely affect a subject’s spleen, liver, or kidneys. For example, in some embodiments, the administration does not reduce a weight of a subject’s spleen, liver, or kidneys. In some embodiments, the administration does not reduce the weight of a subject’s spleen, liver, or kidneys by more than 1%, by more than 2%, by more than 3%, by more than 4%, by more than 5%, by more than 6%, by more than 7%, by more than 8%, by more than 9%, or by more than 10%. In some embodiments, the administration does not adversely affect a subject’s spleen. In some embodiments, the administration does not adversely affect a subject’s liver. In some embodiments, the administration does not adversely affect a subject’s kidneys. In some embodiments, the administration does not adversely affect a subject’s body mass. In some embodiments, the administration does not adversely affect body mass, spleen mass, liver mass, a kidney function measurement, or a liver function measurement, in the subject. Definitions

[0118] Unless defined otherwise, all terms of art, notations and other technical and scientific terms or terminology used herein are intended to have the same meaning as is commonly understood by one of ordinary skill in the art to which the claimed subject matter pertains. In some cases, terms with commonly understood meanings are defined herein for clarity and / or for ready reference, and the inclusion of such definitions herein should not necessarily be construed to represent a substantial difference over what is generally understood in the art.

[0119] Throughout this application, various embodiments may be presented in a range format. It should be understood that the description in range format is merely for convenience and brevity and should not be construed as an inflexible limitation on the scope of the disclosure. Accordingly, the description of a range should be considered to have specifically disclosed all the possible subranges as well as individual numerical values within that range. For example, description of a range such as from 1 to 6 should be considered to have specifically disclosed subranges such as from 1 to 3, from 1 to 4, from 1 to 5, from 2 to 4, from 2 to 6, from 3 to 6 etc., as well as individual numbers within that range, for example, 1, 2, 3, 4, 5, and 6. This applies regardless of the breadth of the range.

[0120] As used in the specification and claims, the singular forms “a” , “an” and “the” include plural references unless the context clearly dictates otherwise. For example, the term “a sample” includes a plurality of samples, including mixtures thereof.

[0121] The terms “determining, ” “measuring, ” “evaluating, ” “assessing, ” “assaying, ” and “analyzing” are often used interchangeably herein to refer to forms of measurement. The terms include determining if an element is present or not (for example, detection) . These terms can include quantitative, qualitative or quantitative and qualitative determinations. Assessing can be relative or absolute. “Detecting the presence of” can include determining the amount of something present in addition to determining whether it is present or absent depending on the context.

[0122] A percent sequence identity may be determined by comparing two optimally aligned sequences over a comparison window, wherein the portion of the polynucleotide or polypeptide sequence in the comparison window may comprise additions or deletions (i.e., gaps) as compared to the reference sequence (which does not comprise additions or deletions) for optimal alignment of the two sequences. The percentage may be calculated by determining the number of positions at which the identical nucleic acid base or amino acid residue occurs in both sequences to yield the number of matched positions, dividing the number of matched positions by the total number of positions in the window of comparison and multiplying the result by 100 to yield the %sequence identity. A sequence identity may include a sequence identity to a reverse complement.

[0123] In determining a sequence identity, thymine (T) and uracil (U) may be interchangeable. T and U may be interchangeable when describing an oligonucleotide. In some embodiments, Ts and Us are interchangeable depending on whether the oligonucleotide is an RNA or DNA, where RNA includes U and DNA includes T.

[0124] Any discrepancies between the written description and a sequence listing submitted herein may typically be resolved in favor of the written description.

[0125] The terms “subject, ” “individual, ” or “patient” are often used interchangeably herein. A “subject” can be a biological entity containing expressed genetic materials. The biological entity can be a plant, animal, or microorganism, including, for example, bacteria, viruses, fungi, and protozoa. The subject can be tissues, cells and their progeny of a biological entity obtained in vivo or cultured in vitro. The subject can be a mammal. The mammal can be a primate. The mammal can be a human. The subject may be diagnosed or suspected of being at high risk for a disease. In some cases, the subject is not necessarily diagnosed or suspected of being at high risk for the disease.

[0126] As used herein, the term “about” a number refers to that number plus or minus 15%of that number. The term “about” a range refers to that range minus 15%of its lowest value and plus 15%of its greatest value.

[0127] As used herein, the terms “treatment” or “treating” are used in reference to a pharmaceutical or other intervention regimen for obtaining beneficial or desired results in the recipient. Beneficial or desired results include but are not limited to a therapeutic benefit and / or a prophylactic benefit. A therapeutic benefit may refer to eradication or amelioration of symptoms or of an underlying disorder being treated. Also, a therapeutic benefit can be achieved with the eradication or amelioration of one or more of the physiological symptoms associated with the underlying disorder such that an improvement is observed in the subject, notwithstanding that the subject may still be afflicted with the underlying disorder. A prophylactic effect includes delaying, preventing, or eliminating the appearance of a disease or condition, delaying or eliminating the onset of symptoms of a disease or condition, slowing, halting, or reversing the progression of a disease or condition, or any combination thereof. For prophylactic benefit, a subject at risk of developing a particular disease, or to a subject reporting one or more of the physiological symptoms of a disease may undergo treatment, even though a diagnosis of this disease may not have been made.

[0128] The section headings used herein are for organizational purposes only and are not to be construed as limiting the subject matter described. EXAMPLESExample 1: Identification of a novel modality (MP003) from a skin commensal strain ShC4, which induces M2 polarization

[0129] Several skin commensal bacterial strains have been identified for inducing M2 polarization. Among them, a Staphylococcus hominis strain named ShC4 was selected for further studies due to its high potential on inducing both M2 polarization and the stemness of several skin cell lines. ShC4 or its metabolites may be useful for promoting hair growth, skin care, or cosmetic applications.

[0130] Here, secreted proteins were harvested from supernatants of ShC4 overnight culture medium, protein fractions capable of inducing M2 polarization were separated by SDS-PAGE and sequenced by LC-MS. A protein with molecular mass of 12 kD was identified and named as MP003. Next, recombinant protein of MP003 was expressed in an E. coli BL21 strain, purified with an AKTA systems to minimize impurities. In vitro cellular assays were performed to validate its anti-inflammatory effects. Bacterial cultivation and chromatography for separation of metabolites

[0131] ShC4 was incubated overnight in tryptic soy broth (TSB) medium at 37 ℃, and the supernatant was collected by centrifugation. Fractions of ShC4 metabolites were collected through size exclusion chromatography (SEC) , spotted onto a thin-layer chromatography (TLC) plate, and visualized by applying a ninhydrin spray solution to detect amino acids (FIG. 1A) . Each of 3 fractions (1#to 3#) showed distinct staining patterns. The fractions were separately freeze-dried to powder and stored at -80℃. Screening functional molecules for M2

[0132] The fractions were examined for their ability to induce M2 polarization in THP-1 cells, a human monocytic leukemia cell line. THP-1 cells were differentiated into M0 macrophages by treatment with 100 ng / mL phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA) for 24 hours. Subsequently, the fractions were co-cultivated with M0 THP-1 cells for 24 hours. Meanwhile, classical M1-like macrophages induced by LPS and IFN-γ and M2-like macrophages induced by IL-4 and IL-13 were utilized as control groups. Cells were harvested, RNA was isolated and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) was performed to evaluate transcriptional expression levels of Arg1 and Mrc1 (makers of M2-like macrophages) . Results are shown in FIG. 2, and demonstrate that the expression of Arg1 and MRC1 genes significantly increased upon addition of fraction 3#. FIG. 2 includes data generated from using a fraction of ShC4, in addition to a similar fraction from another bacteria termed ShC8 for comparison. C4 and C8 are closely related strains isolated from the skin samples of the same volunteer, and both are Staphylococcus hominis strains. Identification of proteins in fraction 3#by mass spectrometry

[0133] Major components of fraction 3#were visualized as a band of proteins by TLC (FIG. 1A) . The molecular mass of the proteins were around 10 kDa, as seen via SDS-PAGE (FIG. 1B) . The gel band of fraction 3#was cut, recovered, purified, and analyzed using Agilent 1260 HPLC+Q Exactive Mass Spectrometry (MS) . More than 20 proteins in the band were identified by MS, and 13 proteins with possible immunomodulatory effects were further analyzed. Recombinant expression and purification of candidate proteins

[0134] The coding sequences of the 13 proteins were individually identified from the isolated genome of ShC4, separately cloned into a pET28a (+) plasmid, and transformed into E. coli BL21. The recombinant BL21 / pET28a (+) -MP00X (X indicates the cloned proteins, in a numerical order from 1 to 13) strains were constructed.

[0135] The BL21 / pET28a (+) -MP00X strains were individually cultured in lysogeny broth (LB) . 0.5 mM isopropyl β-d-1-thiogalactopyranoside (IPTG) was added to induce protein expression, when the bacterial cultures reached an OD600 between 0.6 and 0.8. Then, overnight cultures at 22℃ were collected. After cell lysis, supernatants were obtained by centrifugation. The resulting supernatants were subjected to Ni-His column affinity chromatography, and the purified proteins were desalted, freeze-dried, and stored at -80℃.

[0136] The purified proteins were investigated for their ability to induce a transition of macrophages from M0 to M2 similar to the experiment described in the subsection titled, “Screening functional molecules for M2) , and MP003 displayed the strongest M2 induction ability of the purified proteins that were tested. The data for MP003 shown in FIG. 3A-3C indicate that MP003 induced M2 polarization while limiting proinflammatory cytokine production.Example 2: Antioxidant Activity of MP003 against DNA Cleavage in Vitro

[0137] The recombinant MP003 protein was tested for its antioxidant capacity, a characteristic typical of thioredoxin (Trx) superfamily proteins. An experiment was performed using a metal-catalyzed oxidation (MCO) reaction system, in which supercoiled DNA was totally nicked whereas supercoiled DNA incubated with individual components of the MCO system (DDT, FeCl3) was slightly damaged. Ferric ions from FeCl3 generate ROS through the Fenton reaction, and hence the radicals are generated. Then, in the assay, DNA cleavage results in DNA nicking from the supercoiled plasmid pET28a (+) . Data are shown in FIG. 4, with figure details outlined in Table 5. When MP003 was added to the MCO reaction system, supercoiled DNA nicking was significantly reduced, in a dose-dependent manner (FIG. 4, Lanes 3-6) . Similarly, the DNA nicking was also significantly reduced when human Trx1 (hTrx1 or hT) was added as a positive control (FIG. 4, Lanes 7-8) . Overall, MP003 was shown to have antioxidant activity. Table 5. Gel setup Example 3: MP003 induces M2 polarization in a dose-dependent manner Cultivation and polarization of macrophage cells

[0138] M0 macrophages were obtained by treating THP-1 cells with 100 ng / mL PMA for 48 h. To acquire the M1 subtype, M0 macrophages were treated with 100 ng / ml LPS and 100 ng / mL IFN-γfor 24 h. In contrast, M0 macrophages were induced with 100 ng / mL IL-4 and 100 ng / mL IL-13 for 24 h to acquire the M2 subtype. Relative polarization status was confirmed through examining gene expression by qPCR, and flow cytometry. RNA extraction and quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR)

[0139] TRIzol reagent was used to extract total RNA from tissues, organoids, and cells. RNA purity and concentration were measured using a spectrophotometer. Reverse transcription (RT) of RNA to complementary DNA (cDNA) was performed using a cDNA reverse transcription kit. Real-time PCR was performed using an ABI Q6 Real-Time PCR System, according to the SYBR Green detection protocol. GAPDH was used as a housekeeping gene, TNF-α was used as an M1-like macrophage classic marker, and Mrc1 / Arg1 as M2-like classic marker. The 2-ΔΔCT method was used to analyze data. Results are shown in FIG. 5. The results surprisingly indicated that MP003 enhanced M2 polarization to a greater extent than human thioredoxin (shown as “hT” in the figure) . Flow cytometry analysis

[0140] Functional markers were applied to categorize different macrophage subtypes. To evaluate macrophage polarization, expression of CD86 (an M1 marker) and CD206 (an M2 marker) were assessed. Macrophage cells were pelleted at 300×g for 5 min at room temperature (RT) , washed in 3 mL FCM-PBS (PBS with 1%bovine serum albumin) , and centrifuged again at 300 × g for 5 min at RT. Cells were collected and adjusted to a density of 1 × 106 / mL with PBS. Cells were initially stained for CD86. Flow cytometry was performed using a Beckman instrument to detect the M1 (CD86+) and M2 (CD206+) phenotypes, and the data were analyzed using FlowJo Version X. Results are shown in FIG. 6. The results surprisingly indicated that MP003 (denoted as “003” in the figure) inhibited M1 polarization and again enhanced M2 polarization to a greater extent than human thioredoxin (shown as “hT” in the figure) .Example 4: Validation of MP003 as an active pharmaceutical ingredient (API) in a model of inflammatory bowel disease (IBD)

[0141] Therapeutic usefulness of MP003 was evaluated in a dextran sulfate sodium (DSS) drinking water induced mouse model of inflammatory bowel disease (IBD) . Mouse IBD model

[0142] DSS includes a sulfated polysaccharide with variable molecular mass. Administration of DSS to mice via oral gavage causes human ulcerative colitis-like pathology due to its toxicity to colonic epithelial cells, which results in a compromised mucosal barrier function. Pathophysiological characteristics as shown in human IBD diseases in the DSS-induced colitis mouse model are commonly observed, including weight loss, diarrhea and occult blood in stool. Acute DSS colitis may involve activation of neutrophils and macrophages, while lymphocytes may also be activated in chronic DSS-induced colitis.

[0143] To induce colitis, male C57 mice at 7-8 weeks of age were treated with 2%DSS dissolved in drinking water for 10 days (Day 0 to Day 10) . DSS solutions in the water bottles are replaced every 2 to 3 days. In the control Sham group, animals received regular drinking water only. Specific experimental settings are illustrated in Table 6. Animals were inspected daily for body weight, drink water consumption, diarrhea and fecal bleeding conditions. For the determination of blood in feces, a haemoccult test was used. Body weights (FIG. 7) were recorded after treatment. A disease activity index (DAI) for diarrhea and bleeding was used as a fecal index (FIG. 8) . The colon from the ileocecal junction to the anus was stretched straight, and washed with PBS, the total length was measured, and demonstrated in FIG. 9. Table 6. Experimental groups

[0144] The data indicate that MP003 reduced or prevented body weight loss, depending on dose, improved fecal index, and improved or prevented colon atrophy as indicated by colon length loss. These results indicate that MP003 was surprisingly effective, and the results for MP003 were superior to human thioredoxin (HT) or azathioprine (Aza) for at least some indices such as body weight and colon length. Azathioprine is a medication used in treatment of inflammatory bowel disease. These results indicate that the IBD was alleviated, and the subjects were healthier upon MP003 treatment than with other treatments.Example 5: Safety assessment of MP003

[0145] Sixteen mice (C57BL / 6, 7-8 weeks old, female) were randomly divided into two groups to evaluate a safety profile for MP003. The two groups were given phosphate buffered saline (PBS) and MP003 once a day for a total of ten days (Day 0 to Day 9) . The state and weight of mice were monitored every day during the experiment (FIG. 10) . Mice were killed on the 11th day (Day 10) , spleens and livers (FIG. 11) were weighed, and blood was taken for biochemical analysis to evaluation liver function (FIG. 12) and renal function (FIG. 13A-13B) . Liver function tests were performed using fully automated analyzers, based on principles of photometry, which is the measurement of light absorbed in the ultraviolet (UV) to visible (VIS) to infrared (IR) range. Liver function

[0146] The liver plays a significant role in metabolism, digestion, and detoxification. Liver function analysis typically include alanine aminotransferase (ALT) , aspartate aminotransferase (AST) , γ-glutamyl transferase (γ-GT) , alkaline phosphatase (ALP) , total bilirubin (T-BIL) , direct bilirubin (D-BIL) , albumin (ALB) , and total bile acid (TBA) . The ratio of AST / ALT is useful when it comes to diagnosing liver diseases. An elevation in alkaline phosphatase and bilirubin in disproportion to ALT and AST would characterize a cholestatic pattern. Besides, the histopathological analysis may help to determine any area (s) of liver where damage may occur. Here, no adverse effect on the liver was seen in response to MP003. Renal function

[0147] The kidneys have homeostatic, regulatory, and excretory roles and, depending on their ability to function, they can exhibit a variety of pathological conditions. Liver function tests may typically include blood urea nitrogen (BUN) , Uric acid (UA) and plasma creatinine (CREA) concentrations. Here, no adverse effects on the kidneys were seen in response to MP003.Example 6: Recombinant protein generation and testing

[0148] Recombinant proteins were expressed and purified (see FIG. 15A-15F) . The recombinant proteins included truncated versions of MP003 shown in FIG. 15A, and mutations in FIG. 15C-15F (SEQ ID NOs: 65-76) .

[0149] The proteins were expressed using a cell-free protein synthesis (CFPS) kit (PLD TECHNOLOGY) . Coding sequences of 11 mutations protein were cloned into the plasmid PC and transformed into E. coli strain DH5α. The recombinant DH5α / PC-MP003X (X indicates the mutations, in an alphabetical order from A to L) strains were constructed.

[0150] The PC-MP003X plasmids were individually cultured in a CFPS reaction. Then, the overnight cultures at 25℃ were collected. The resulting supernatants were subjected to Ni-His column affinity chromatography, and the purified proteins were desalted, freeze-dried, and stored at -80℃.

[0151] The purified proteins were investigated for their ability to induce the transition of M0 macrophage cells into M2 polarized cells (FIG. 16A-17C) . Of the purified proteins, MP003 displayed the strongest M2 induction ability.

[0152] While preferred embodiments of the present invention have been shown and described herein, it will be obvious to those skilled in the art that such embodiments are provided by way of example only. Numerous variations, changes, and substitutions will now occur to those skilled in the art without departing from the invention. It should be understood that various alternatives to the embodiments of the invention described herein may be employed in practicing the invention. It is intended that the following claims define the scope of the invention and that methods and structures within the scope of these claims and their equivalents be covered thereby.

Claims

1.A composition, comprising:a secreted protein of a Staphylococcus hominis, and a pharmaceutically acceptable carrier.2.The composition of claim 1, wherein the secreted protein comprises a thioredoxin family protein.3.A composition, comprising:a recombinant thioredoxin family protein of a Staphylococcus, and a pharmaceutically acceptable carrier.4.The composition of claim 3, wherein the Staphylococcus comprises a Staphylococcus hominis.5.The composition of claim 3, wherein the Staphylococcus comprises a 16S ribosomal RNA sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to SEQ ID NO: 1.6.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein comprises a molecular mass of 10-15 kDa.7.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein comprises a calculated molecular mass of about 12.6 kDa.8.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%identical to SEQ ID NO: 2.9.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2.10.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 20-31.11.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein comprises a MP003 protein.12.The composition of claim 3, wherein the protein is a fragment of MP003, or a homologue or derivative thereof.13.The composition of claim 12, wherein the fragment has a polypeptide length of 39-107 amino acids.14.The composition of claim 12, wherein the protein omits 1-69 amino acids corresponding to an amino or carboxy end of SEQ ID NO: 2.15.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein comprises an amino acid sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 3-19.16.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein is produced by a cell from a recombinant expression vector that is heterologous to the cell.17.The composition of claim 1 or 3, wherein the protein is purified.18.The composition of claim 1 or 3, wherein the pharmaceutically acceptable carrier comprises a buffer, saline, or distilled water.19.The composition of claim 1 or 3, comprising an effective amount of the protein to reduce inflammation, prevent or treat an inflammatory disease, induce M2 macrophage polarization, or provide an antioxidant benefit.20.The composition of claim 1 or 3, formulated for administration to a subject, the administration comprising oral administration, intravenous administration, or an injection.21.A method, comprising:administering the composition of claim 1 or 3 to a subject.22.The method of claim 21, wherein the subject has been identified as: at risk of or in need of treatment for inflammation, or inflammatory bowel disease (IBD) , or irritable bowel syndrome (IBS) , in need of M2 macrophage polarization, or in need of antioxidant treatment.23.The method of claim 22, wherein the administration reduces inflammation in the subject.24.The method of claim 22, wherein the administration increases a M2 macrophage marker in a cell, tissue, or biofluid sample of the subject.25.The method of claim 24, wherein the administration increases the M2 macrophage marker by at least 10%relative to a baseline M2 macrophage marker amount.26.The method of claim 24, wherein the M2 macrophage marker comprises arginase 1 (Arg1) protein, Arg1 mRNA, mannose receptor (Mrc1 or CD206) protein, Mrc1 mRNA, interleukin 10 (IL10) protein, or IL10 mRNA.27.The method of claim 22, wherein the administration decreases a M1 macrophage marker in a cell, tissue, or biofluid sample of the subject.28.The method of claim 27, wherein the administration decreases the M1 macrophage marker by at least 10%relative to a baseline M1 macrophage marker amount.29.The method of claim 27, wherein the M1 macrophage marker comprises nitric oxide synthase 2 (Nos2) protein, Nos2 mRNA, tumor necrosis factor (TNF or TNFα) protein, TNF mRNA, interferon gamma (IFNγ) protein, IFNγ mRNA, cluster of differentiation 86 (CD86) protein, or CD86 mRNA.30.The method of claim 22, wherein the administration decreases an oxidative stress measurement in the subject.31.The method of claim 30, wherein the administration decreases the oxidative stress measurement by at least 10%relative to a baseline oxidative stress measurement.32.The method of claim 30, wherein the oxidative stress measurement comprises a measurement or assessment of DNA mutations or DNA cleavage.33.The method of claim 22, wherein the administration reduces treats, prevents, or reduces a symptom of IBD or IBS in the subject.34.The method of claim 33, wherein the symptom of IBD or IBS is reduced by at least 10%.35.The method of claim 33, wherein the symptom of IBD or IBS is diarrhea, a fecal index, weight loss, or colon atrophy.36.The method of claim 33, wherein the administration prevents weight loss, results in at least 1%weight gain, prevents or reduces diarrhea, prevents colon atrophy, or increases colon length by at least 1%.37.The method of claim 33, wherein the IBD or IBS comprises IBD.38.The method of claim 37, wherein the IBD comprises Crohn's disease.39.The method of claim 37, wherein the IBD comprises ulcerative colitis.40.The method of claim 33, wherein the IBD or IBS comprises IBS.41.The method of claim 33, wherein the administration does not adversely affect body mass, spleen mass, liver mass, a kidney function measurement, or a liver function measurement, in the subject.42.The method of claim 21, wherein the administration comprises oral administration, intravenous administration, or an injection.43.The method of claim 21, wherein the administration comprises intraperitoneal injection.44.The method of claim 21, wherein the administration comprises contacting a cell of the subject with the composition.45.The method of claim 44, wherein the cell comprises a blood cell or a myeloid cell.46.The method of claim 44, wherein the cell comprises an immune cell or an immune cell precursor.47.The method of claim 46, wherein the immune cell comprises a macrophage.48.An expression construct, comprising:a nucleic acid comprising a coding region for the protein of claim 1 or 3, and a promoter operably coupled with the coding region, wherein the promoter is non-native with regard to the coding region.49.The expression construct of claim 48, wherein the coding region comprises a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to SEQ ID NO: 38.50.The expression construct of claim 48, wherein the coding region comprises a nucleotide sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%, or 100%identical to any one of SEQ ID NOs: 39-55.51.A manufacturing method, comprising:introducing a heterologous nucleic acid encoding the protein of claim 1 or 3 into a host cell.52.The method of claim 51, wherein introducing the heterologous nucleic acid into the host cell comprises transfecting or transduction.53.The method of claim 51, further comprising: collecting the protein from the host cell; or collecting the protein from a medium or fluid in contact with the host cell, wherein the host cell secretes the protein into the medium or fluid prior to said collecting.54.A manufacturing method, comprising:culturing a host cell comprising a heterologous nucleic acid encoding the protein of claim 1 or 3; andcollecting the protein from the host cell or from a fluid in contact with the host cell.55.The method of claim 54, further comprising purifying or enriching the protein.56.The method of claim 54, wherein the host cell comprises bacterial species other than Staphylococcus hominis.57.The method of claim 54, wherein the host cell comprises E. coli.58.A purification method, comprising:culturing a cell in a medium, wherein the cell produces the protein of claim 1 or 3 and secretes the protein into the medium; andseparating the medium from the cell.59.The method of claim 58, further comprising concentrating the protein or separating the protein from the medium.60.The method of claim 58, wherein the cell comprises Staphylococcus hominis.

Images