A live bacteria strain of staphylococcus SP.

Abstract

Provided are a live bacteria strain of Staphylococcus sp., such as a live bacteria strain of Staphylococcus aureus, with reduced activity of saePQRS, reduced activity of adsA, and / or reduced production of capsules; the uses of said live bacteria strain; a vaccine against bacterial infection comprising said live bacteria strain; and a method for preventing and / or treating bacterial infection in a subject by administering said live bacteria strain.

Description

A LIVE BACTERIA STRAIN OF STAPHYLOCOCCUS SP.Technical Field

[0001] The invention relates to the field of biomedicine. In particular, the invention relates to a live bacteria strain of a species from Staphylococcus sp. such as Staphylococcus aureus. More particularly, the invention relates to a live bacteria strain of Staphylococcus sp., such as a live bacteria strain of Staphylococcus aureus, with reduced activity of saePQRS, reduced activity of adsA, and / or reduced production of capsules; to the uses of said live bacteria strain; to a vaccine against bacterial infection comprising said live bacteria strain; and to a method for preventing and / or treating bacterial infection in a subject by administering said live bacteria strain.Background

[0002] Staphylococcus aureus (S. aureus) is a highly-adaptable pathogen able to infect various tissues. Common manifestations of S. aureus infections range from mild skin and soft-tissue infections to invasive disease. Additionally, this pathogen has gained resistance against many anti-microbial drugs, leaving healthcare providers with few options for the treatment of infections. Therefore, the development of new methods for the treatment / prevention of Staphylococcus aureus infection is an urgent clinical need.

[0003] Attenuated vaccines are weakened forms of a pathogen that are used to stimulate an immune response without causing disease. Attenuation of virulence was achieved through natural selection by multiple passages of the pathogen on growth medium, random mutagenesis or genetic modification of target genes to inducing virulence attenuation. Genetic modification which can make the higher level of virulence attenuation has become one of the most suitable ways to develop attenuated vaccines. The selection of the target is the key to the successful development of attenuated vaccine.

[0004] S. aureus has evolved many mechanisms to circumvent killing by these potent innate immune cells. The production of secreted virulence factors during pathogenesis is primarily controlled by the combined influence of two-component systems (TCSs) that sense the host environment and respond accordingly. Of these, the Sae TCS has been shown to be essential for evasion of human neutrophil killing. The system is composed of a histidine kinase sensor, SaeS, a response regulator, SaeR, and two accessory proteins, SaeP and SaeQ. The sensor protein SaeS detects environmental cues, such as changes in pH or oxygen levels, and then phosphorylates the response regulator, SaeR. The phosphorylated SaeR then binds to the promoter regions of target genes, activating or repressing their transcription. The roles of the SaeR response regulator and its cognate sensor kinase SaeS have been demonstrated to be critical for causing infection. Public university of Navarre selected a mutant strain devoid of all TCS genes (including saeRS) as candidate to live attenuated strain for vaccination purposes (EP3342854A1) . So far, no one has reported the attenuated function of the saePQ gene, which is one of the TCSs. Instead, Collins, Madison M., et al. demonstrated that a saeP and saeQ double mutant (USA300ΔsaePQ) increased the virulence of USA300 during murine bacteremia [1] .

[0005] Given the failures of past vaccines against S. aureus, different approaches are needed to generate an effective vaccine.Summary of the invention

[0006] The present provides at least the following embodiments:

[0007] Embodiment 1. A live bacteria strain of a species from Staphylococcus sp., wherein

[0008] i) the live bacteria strain has reduced activity of the sae two component system, preferably, lacks the activity of the sae two component system;

[0009] ii) the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced; and / or

[0010] iii) wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes of the sae two component system;

[0011] for example, as compared to a corresponding control strain.

[0012] Embodiment 2. The live bacteria strain of Embodiment 1, wherein the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to corresponding control strain.

[0013] Embodiment 3. The live bacteria strain of Embodiment 1 or 2, wherein the expression of one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is reduced, preferably, the expression of all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is reduced, more preferably, none of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ expresses in the live bacteria strain.

[0014] Embodiment 4. The live bacteria strain of Embodiment 1, wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ, preferably, all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are mutated.

[0015] Embodiment 5. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-4, wherein the mutation in the one or more genes of the sae two component system results in reduced or no expression of the one or more genes of the sae two component system, or results in expression of one or more proteins of the sae two component system with reduced or no activity.

[0016] Embodiment 6. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-5, wherein the mutation comprises a deletion of the one or more genes of the sae two component system, preferably, all genes of the sae two component system in the live bacteria strain are completely or partially deleted, more preferably, all genes of the sae two component system in the live bacteria strain are completely deleted.

[0017] Embodiment 7. The live bacteria strain of Embodiment 6, wherein one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is deleted, preferably, all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are completely or partially deleted, more preferably, all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are completely deleted.

[0018] Embodiment 8. The live bacteria strain of any one of Embodiment 1-7, wherein the live bacteria strain also has reduced adenosine synthase A (adsA) activity, preferably, lacks adenosine synthase A (adsA) activity, for example, as compared to a corresponding control strain.

[0019] Embodiment 9. The live bacteria strain of Embodiment 8, wherein the live bacteria strain comprises a mutation in the adsA gene.

[0020] Embodiment 10. The live bacteria strain of Embodiment 9, wherein the mutation results in reduced or no expression of the adsA gene, or results in expression of adsA protein with reduced or no activity.

[0021] Embodiment 11. The live bacteria strain of Embodiment 9 or 10, wherein the mutation comprises a deletion of the adsA gene in the live bacteria strain, for example, the adsA gene is partially or completely deleted.

[0022] Embodiment 12. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-11,

[0023] wherein the live bacteria strain also has reduced capsule production, preferably, lacks capsule production, and / or

[0024] wherein the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced, and / or

[0025] wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more capsular polysaccharide synthesis related genes,

[0026] for example, as compared to a corresponding control strain.

[0027] Embodiment 13. The live bacteria strain of Embodiment 12, wherein the capsule production in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain, preferably, the live bacteria strain does not produce capsules.

[0028] Embodiment 14. The live bacteria strain of Embodiment 12 or 13, wherein the production of capsular polysaccharides in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain, preferably, the live bacteria strain does not produce capsular polysaccharides.

[0029] Embodiment 15. The live bacteria strain of any one of Embodiments 12-14, wherein the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to corresponding control strain.

[0030] Embodiment 16. The live bacteria strain of any one of Embodiments 12-15, wherein the expression of all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced, preferably, no capsular polysaccharide synthesis related gene expresses in the live bacteria strain.

[0031] Embodiment 17. The live bacteria strain of any one of Embodiments 12-16, wherein all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain are mutated.

[0032] Embodiment 18. The live bacteria strain of any one of Embodiments 12-17, , wherein the mutation in the capsular polysaccharide synthesis related gene results in reduced or no expression of the capsular polysaccharide synthesis related gene or expression of a capsular polysaccharide synthesis related protein with reduced or no activity.

[0033] Embodiment 19. The live bacteria strain of any one of Embodiments 12-18, wherein the mutation comprises a deletion of the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes, preferably, all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain are partially or completely deleted, more preferably, all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain are completely deleted.

[0034] Embodiment 20. The live bacteria strain of any one of Embodiments 12-19, wherein the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes are selected from the group consisting of: capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP.

[0035] Embodiment 21. The live bacteria strain of Embodiment 20, wherein all the polysaccharide synthesizing genes of capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP are deleted, preferably, completely deleted.

[0036] Embodiment 22. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-21, wherein the mutation is achieved by homologous recombination or by targeted mutagenesis, such as via CRISPR, TALEN or ZFN technologies.

[0037] Embodiment 23. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-22, wherein the live bacteria strain has a reduced virulence, for example, the virulence of the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain.

[0038] Embodiment 24. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-23, wherein the live bacteria strain has an increased immunogenicity, for example, the immunogenicity of the live bacteria strain is increased by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, at least about 90%, at least about 100%, at least about 150%, at least about 200%, at least about 250%, at least about 300%or more, as compared to a corresponding control strain.

[0039] Embodiment 25. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-24, wherein the species from Staphylococcus sp. is selected from the group consisting of Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus xylosus, and Staphylococcus subspecies anaerobius,

[0040] preferably, the species from Staphylococcus sp. is Staphylococcus aureus.

[0041] Embodiment 26. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-25, wherein the live bacteria strain is derived from a parent strain which is a clinical isolate.

[0042] Embodiment 27. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-25, wherein the live bacteria strain is derived from a parent strain which already has low virulence.

[0043] Embodiment 28. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-27, wherein the live bacteria strain is derived from Staphylococcus aureus serotype 5 or serotype 8, more preferably, the live bacteria strain is derived from Staphylococcus aureus serotype 5.

[0044] Embodiment 29. The live bacteria strain of Embodiment 28, wherein the live bacteria train is derived from Staphylococcus aureus Newman strain, FPR3735, JE2 or ATCC29213.

[0045] Embodiment 30. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-29, which is for use as a live expression vector for expression of a desired protein.

[0046] Embodiment 31. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-30, wherein the live bacteria strain further comprises a coding sequence of a desired protein, and thereby being able to express the desired protein.

[0047] Embodiment 32. The live bacteria strain of Embodiment 31, wherein the coding sequence of the desired protein is introduced into the live bacteria strain, for example, through a nucleic acid expression construct.

[0048] Embodiment 33. The live bacteria strain of Embodiment 32, wherein the introduced coding sequence of the desired protein is integrated into the genome of the live bacteria strain.

[0049] Embodiment 34. The live bacteria strain of any one of Embodiments 30-33, wherein the desired protein is expressed and displayed on the surface of the cell of the live bacteria strain; or is expressed and secreted out of the cell of the live bacteria strain.

[0050] Embodiment 35. The live bacteria strain of any one of Embodiments 30-34, wherein the desired protein is an antigen.

[0051] Embodiment 36. The live bacteria strain of any one of Embodiments 30-35, wherein the desired protein is selected from EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, mLukB, or any combination thereof.

[0052] Embodiment 37. The live bacteria strain of Embodiment 36, wherein the desired protein is

[0053] i) mHla;

[0054] ii) EsxA, and EsxB;

[0055] iii) mHla, mLukS-PV, and mLukF-PV;

[0056] iv) mHla, EsxA, EsxB, mLukS-PV, and mLukF-PV; or

[0057] v) EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, and mLukB.

[0058] Embodiment 38. The live bacteria strain of any one of Embodiments 1-37, which is for use in preventing and / or treating a bacterial infection in a subject.

[0059] Embodiment 39. The live bacteria strain of Embodiment 38, wherein the bacterial infection is an infection caused by a species from which the live bacteria strain is derived, for example, a species from Staphylococcus sp..

[0060] Embodiment 40. The live bacteria strain of Embodiment 39, wherein the bacterial infection is an infection caused by Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus xylosus, or Staphylococcus subspecies anaerobius, or any combinations thereof, preferably, by Staphylococcus aureus.

[0061] Embodiment 41. Use of the live bacteria strain of any one of Embodiments 1-40 in preparation of a composition, such as a vaccine, for preventing or treating a bacterial infection in a subject.

[0062] Embodiment 42. A composition, such as a vaccine, for preventing or treating a bacterial infection in a subject, which comprises the live bacteria strain of any one of Embodiments 1-40.

[0063] Embodiment 43. The composition of Embodiment 42, wherein the composition further comprises an adjuvant and / or a pharmaceutically acceptable carrier.

[0064] Embodiment 44. A method for preventing and / or treating a bacterial infection in a subject, which comprises administering an effective amount of the live bacteria strain of any one of Embodiments 1-40 or the composition of Embodiments 42 or 43 to the subject.

[0065] Embodiment 45. The use of Embodiment 41, the composition of any one of Embodiments 42-43, or the method of Embodiment 44, wherein the bacterial infection is an infection caused by a species from which the live bacteria strain is derived, for example, a species from Staphylococcus sp..

[0066] Embodiment 46. The use, the composition, or the method of Embodiment 45, wherein the bacterial infection is an infection caused by Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus xylosus, or Staphylococcus subspecies anaerobius, or any combinations thereof.

[0067] Embodiment 47. The use, the composition, or the method of Embodiment 46, wherein the bacterial infection is Staphylococcus aureus infection.

[0068] Embodiment 48. The use, composition or method of Embodiment 47, wherein the Staphylococcus aureus infection is a skin infection, soft-tissue infection, or invasive disease.

[0069] Embodiment 49. The use, composition or the method of Embodiment 48, wherein the invasive disease is bloodstream infection, endocarditis, Morel’s disease or sepsis.

[0070] Embodiment 50. The use, composition or the method of any one of Embodiments 47-49, wherein the Staphylococcus aureus infection is methicillin-resistant S. aureus (MRSA) infection or methicillin-sensitive S. aureus (MSSA) infection, preferably, the infection is a recurring S. aureus infection.

[0071] Embodiment 51. The use, composition or the method of any one of Embodiments 45-50, wherein the subject is a mammal such as human, mouse, rat, monkey, dog, pig, sheep, goat, cow, horse, donkey, cattle, cat; a poultry such as chicken, duck, goose.

[0072] Description of the drawings

[0073] Figure. 1 Deletion regions of target KO genes (adsA, CPs, saeRS, saePQRS) .

[0074] Figure. 2 Insertion regions of target KI genes (mHla, EsxAB, mLukS-PV, EsxAB-mLukS-PV, mHla-mSpA, EsxAB-mLukSF-PV, mTSST1-mSEB, mLukAB) .

[0075] Figure. 3 IgG antibody titer of enrolled animals.

[0076] Figure 4. JE2 ΔsaePQRS strain shows lower virulence in animal systemic model.

[0077] Figure 5. NewmanΔsaePQRS strains show lower virulence in animal systemic model.

[0078] Figure 6. Triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains show lower virulence than double knockout ΔadsA ΔCP strains in skin infection model.

[0079] Figure 7. Triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains show lower IgG responses.

[0080] Figure 8. Triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains provide protection efficacy when used as vaccine in murine systemic models.

[0081] Figure 9. Triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains show increased protection efficacy in skin infection model.

[0082] Figure 10. Bacterial load of 10-antigen strain.

[0083] Figure 11. Virulence study of 10-antgien strains.

[0084] Figure 12. Protection efficacy study of 10-antigen strains.

[0085] Figure 13. Protection efficacy study of Sau0137 strain against HA-MRSA.

[0086] Figure 14. Protection efficacy study of Sau0140 strain against HA-MRSA、 MU3.

[0087] Figure 15. Protection efficacy study of Sau0145 strain against HA-MRSA、 FPR3735 and Sau-HK3117.

[0088] Figure 16. Protection efficacy study of Sau0144 strain against Sau-HK3117.Detailed Description

[0089] Before the aspects of the present invention are described, it must be noted that as used herein and in the appended claims, the singular forms "a" , "an" , and "the" include plural reference unless the context clearly dictates otherwise. The term “and / or” is intended to encompass any combinations of the items connected by this term, equivalent to listing all the combinations individually. For example, “A, B and / or C” encompasses “A” , “B” , “C” , “A and B” , “A and C” , “B and C” , and “A and B and C” . Unless defined otherwise, all technical and scientific terms used herein have the same meanings as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs.

[0090] “Sequence identity” has recognized meaning in the art, and the percentage of sequence identity between two nucleotide sequences or amino acid sequences can be calculated using the disclosed techniques. Sequence identity can be measured along the entire length of the specified nucleotide sequence or amino acid sequence or along a region of the sequence. In some embodiments, the sequence identity is measured along the entire length of the specified nucleotide sequence or amino acid sequence. Many methods for measuring the sequence identity are available in the art and can be applied in the present invention.

[0091] In one aspect, the invention provides a live bacteria strain of a species from Staphylococcus sp., wherein

[0092] i) the live bacteria strain has reduced activity of the sae two component system, preferably, lacks the activity of the sae two component system;

[0093] ii) the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced; and / or

[0094] iii) wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes of the sae two component system;

[0095] for example, as compared to a corresponding control strain.

[0096] Sae two component system was firstly found in Staphylococcus aureus, while the counterpart components can also be found in other species of the genus Staphylococcus. Sae two component system has been shown to be essential for evasion of human neutrophil killing. The system is composed of a histidine kinase sensor, SaeS, a response regulator, SaeR, and two accessory proteins, SaeP and SaeQ. The sensor protein SaeS detects environmental cues, such as changes in pH or oxygen levels, and then phosphorylates the response regulator, SaeR. The phosphorylated SaeR then binds to the promoter regions of target genes, activating or repressing their transcription. The roles of the SaeR response regulator and its cognate sensor kinase SaeS have been demonstrated to be critical for causing infection.

[0097] “The activity of the Sae two component system” includes detection of environmental cues by SaeS, phosphorylation of SaeR, and / or activation or repression of target gene transcription.

[0098] In some embodiments, the expression of one or more genes of the Sae two component system in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to corresponding control strain.

[0099] In some embodiments, the expression of SaeS, and SaeR, in the live bacteria strain is reduced. In some preferred embodiments, SaeS and SaeR do not express in the live bacteria strain.

[0100] In some embodiments, the expression of all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is reduced. In some preferred embodiments, none of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ expresses in the live bacteria strain.

[0101] The term “gene” herein may refer to the protein coding sequence but may also encompass expression regulatory elements / sequences, e.g., promoter, enhancer, and the like.

[0102] As used herein, the “mutation” can be addition, substitution, or deletion of one or more nucleotides.

[0103] A mutation in the gene may result in reduced expression of the encoded protein or expression of a protein with reduced activity. In some embodiments, the mutation in the gene results in no expression of the encoded protein or expression of a protein with no activity. In some embodiments, said mutation is a frame-shift mutation, which results in mistranslation of the one or more genes.

[0104] The term “mutation” may comprise a deletion of the gene, e.g., a complete deletion or a partial deletion of the gene. In some embodiments, the live bacteria strain of the invention comprises a deletion of the one or more genes. The one or more genes may be completely deleted from the strain so that one or more encoded proteins are not present in the live bacteria strain of the invention. The one or more genes may also be partially deleted so that merely one or more truncated proteins without activity are present in the live bacteria strain of the invention.

[0105] The mutation of one or more genes may be achieved by various means known in the art.

[0106] In some embodiments, the mutation is introduced into the live bacteria strain by genetical engineering. In some embodiments, the mutation is not a naturally occurred mutation. For example, the mutation such as a deletion may be achieved by homologous recombination. In some embodiments, the mutation is carried out by targeted mutagenesis, such as via CRISPR, TALEN or ZFN technologies.

[0107] In some embodiments, the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ, preferably, all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are mutated.

[0108] In some embodiments, the mutation in the one or more genes of the Sae two component system may result in reduced or no expression of the one or more genes of the Sae two component system, or result in expression of one or more proteins of the sae two component system with reduced or no activity.

[0109] In some embodiments, the mutation comprises a deletion of the one or more genes of the sae two component system, preferably, all genes of the sae two component system in the live bacteria strain are completely or partially deleted, more preferably, all genes of the sae two component system in the live bacteria strain are completely deleted.

[0110] In some embodiments, one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is deleted.

[0111] In some embodiments, SaeS and SaeR in the live bacteria strain are completely or partially deleted.

[0112] In some preferred embodiments, all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are completely or partially deleted, more preferably, all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are completely deleted.

[0113] Exemplary protein sequences of SaeP, SaeQ, SaeS and SaeR of S. aureus (from Newman strain) are shown in SEQ ID NOs: 34-37 respectively. Exemplary encoding sequences of SaeP, SaeQ, SaeS and SaeR of S. aureus (from Newman strain) are shown in SEQ ID NOs: 38-41 respectively. Exemplary protein sequence of SaeS of S. aureus (from JE2 strain) is shown in SEQ ID NO: 42. Exemplary encoding sequence of SaeS of S. aureus (from JE2 strain) is shown in SEQ ID NO: 43.

[0114] In some embodiments, the SaeP has an amino acid sequence having at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%sequence identity with SEQ ID NO: 34.

[0115] In some embodiments, the SaeQ has an amino acid sequence having at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%sequence identity with SEQ ID NO: 35.

[0116] In some embodiments, the SaeS has an amino acid sequence having at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%sequence identity with SEQ ID NO: 36 or SEQ ID NO: 42.

[0117] In some embodiments, the SaeR has an amino acid sequence having at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%sequence identity with SEQ ID NO: 37.

[0118] In some embodiment, when comparing the activity or expression of the Sae two component system, the “control strain” may refers to a strain of the same species whose Sae two component system activity or Sae two component system genes have not been altered. In some embodiment, when comparing the activity or expression of the Sae two component system, the “control strain” may also refers to a strain of the same species which does not contain the mutation in the Sae two component system genes as mentioned above.

[0119] In some embodiments, the live bacteria strain also has reduced adenosine synthase A (adsA) activity, preferably, lacks adenosine synthase A (adsA) activity, for example, as compared to a corresponding control strain.

[0120] In some embodiments, the expression of adsA gene in the live bacteria strain is reduced.

[0121] In some embodiments, the live bacteria strain comprises a mutation in the adsA gene. In some embodiments, the mutation results in reduced or no expression of the adsA gene, or results in expression of adsA protein with reduced or no activity.

[0122] Adenosine synthase A (adsA) is an important virulence factor of species of the genus Staphylococcus, such as S. aureus. An exemplary adsA of S. aureus comprises an amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. But it is well known to a person skilled in the art that the adsA may have minor differences from SEQ ID NO: 1 due to polymorphyism between species and strains, while retain the same or similar functions.

[0123] In some embodiments, the adsA has an amino acid sequence having at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%sequence identity with SEQ ID NO: 1.

[0124] In some embodiments, the adsA activity of the live bacteria strain of the invention is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain. In some preferred embodiments, the live bacteria strain of the invention has no adsA activity. Reduced or lack of adsA activity may results in attenuation of the live bacterial strain of the invention.

[0125] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention comprises a mutation in the adsA gene encoding adsA. Such a mutation can be addition, substitution, or deletion of one or more nucleotides.

[0126] In some embodiments, the mutation in the adsA gene results in reduced expression of adsA protein or expression of mutated adsA protein with reduced activity. In some embodiments, the mutation in the adsA gene results in no expression of adsA protein or expression of mutated adsA protein with no activity.

[0127] In some embodiments, the mutation comprises a deletion of the adsA gene, e.g., a complete deletion or a partial deletion of the adsA gene. The adsA gene may be completely deleted from the strain so that adsA gene are not present in the live strain of the invention. The adsA gene may also be partially deleted so that merely an adsA protein with reduced or no activity is present in the live strain of the invention. In some embodiments, said mutation is a frame-shift mutation, which results in mistranslation of the adsA protein. In some embodiments, the mutation in the adsA gene results in a deletion of a portion of adsA responsible for adenosine production.

[0128] In some embodiment, when comparing the adsA activity, the “control strain” may refers to a strain of the same species whose adsA activity or adsA gene has not been altered. In some embodiment, when comparing the adsA activity, the “control strain” may also refers to a strain of the same species which does not contain the mutation of the adsA gene as mentioned above.

[0129] The mutation of adsA gene may be achieved by various means known in the art. In some embodiments, the mutation is introduced into the live bacteria strain by genetical engineering. In some embodiments, the mutation is not a naturally occurred mutation. For example, the mutation such as a deletion may be achieved by homologous recombination. In some embodiments, the mutation is carried out by targeted mutagenesis, such as via CRISPR, TALEN or ZFN technologies. In some other embodiments, the live bacteria strain of the invention is derived from a parent live bacteria strain which already has been attenuated. For example, the parent live bacteria strain may has reduced or no adenosine synthase A (adsA) activity, e.g., as compared to a corresponding control strain. For example, the live bacteria strain of the invention may be obtained by introducing the mutation of the one or more genes of the Sae two component system into the parent live bacteria strain which already has reduced or no adenosine synthase A (adsA) activity.

[0130] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention also has reduced capsule production, preferably, lacks capsule production, for example, as compared to a corresponding control strain.

[0131] In some embodiments, the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain of the invention is reduced, for example, as compared to a corresponding control strain.

[0132] In some embodiments, the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more capsular polysaccharide synthesis related genes.

[0133] In some embodiment, when comparing the capsule production or expression of capsular polysaccharide synthesis related gene, the “control strain” may be a parent strain from which the live bacteria strain of the invention is derived. In some embodiment, the “control strain” may refer to a strain of the same species whose capsules / capsular polysaccharides production or capsular polysaccharide synthesis related gene has not been altered. In some embodiment, the “control strain” may also refer to a strain of the same species which does not contain the mutation (s) of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes as mentioned above.

[0134] In some embodiments, the capsule production in the live bacteria strain of the invention is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain. In some preferred embodiments, the live bacteria strain of the invention does not produce capsules.

[0135] In some embodiments, the production of capsular polysaccharides in the live bacteria strain of the invention is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain. In some preferred embodiments, the live bacteria strain of the invention does not produce capsular polysaccharides.

[0136] In some embodiments, the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to corresponding control strain.

[0137] In some embodiments, the expression of all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced.

[0138] In some embodiments, the expression of all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain. In some preferred embodiments, no capsular polysaccharide synthesis related gene expresses in the live bacteria strain.

[0139] As used herein, the term “capsular polysaccharide synthesis related gene” refers to any gene that involves in capsular polysaccharide production in the bacteria, including regulatory genes, glycosyltransferase genes, synthetase genes, and the like. The capsular polysaccharide synthesis related gene may encode a capsular polysaccharide synthesis related protein. The capsular polysaccharide synthesis related gene may refer to the protein coding sequence but may also encompass expression regulatory elements / sequences, e.g., promoter, enhancer, and the like.

[0140] In some embodiments, the live strain of the invention comprises one or more mutations within the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes. The mutation can be addition, substitution, or deletion of one or more nucleotides.

[0141] In some preferred embodiments, all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain are mutated. In some embodiments, the mutation in the capsular polysaccharide synthesis related gene results in reduced expression of capsular polysaccharide synthesis related protein or expression of capsular polysaccharide synthesis related protein with reduced activity. In some embodiments, the mutation in the capsular polysaccharide synthesis related gene results in no expression of capsular polysaccharide synthesis related protein or expression of capsular polysaccharide synthesis related protein with no activity. In some embodiments, said mutation is a frame-shift mutation, which results in mistranslation of the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes.

[0142] In some embodiments, the mutation comprises a deletion of the capsular polysaccharide synthesis related gene, e.g., a complete deletion or a partial deletion of the capsular polysaccharide synthesis related gene. In some embodiments, the live bacteria strain of the invention comprises a deletion of the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes. The one or more capsular polysaccharide synthesis related gene may be completely deleted from the strain so that one or more capsular polysaccharide synthesis related proteins are not present in the live bacteria strain of the invention. The one or more capsular polysaccharide synthesis related gene may also be partially deleted so that merely one or more truncated capsular polysaccharide synthesis related proteins without activity are present in the live bacteria strain of the invention. In some preferred embodiments, all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain of the invention are completely or partially deleted. In some preferred embodiments, all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain of the invention are completely deleted.

[0143] The mutation of the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes may be achieved by various means known in the art. In some embodiments, the mutation is introduced into the live bacteria strain by genetical engineering. In some embodiments, the mutation is not a naturally occurred mutation. For example, the mutation such as a deletion may be achieved by homologous recombination. In some embodiments, the mutation is carried out by targeted mutagenesis, such as via CRISPR, TALEN or ZFN technologies.

[0144] S. aureus from serotype 5 or serotype 8 typically comprises 16 capsular polysaccharide synthesis related genes clustered in the genome: capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP. Exemplary protein sequences of capA to capP of serotype 5 S. aureus are shown in SEQ ID NOs: 2-17 respectively. Exemplary encoding sequences of capA to capP of serotype 5 S. aureus are shown in SEQ ID NOs: 18-33 respectively. Accordingly, a person skilled in the art would be able to identify capsular polysaccharide synthesis related genes / gene cluster of other serotypes or isolates and thus perform the mutation mentioned above.

[0145] In some embodiments, the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes encodes one or more capsular polysaccharide synthesis related proteins which has an amino acid sequence having at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, at least 99.1%, at least 99.2%, at least 99.3%, at least 99.4%, at least 99.5%, at least 99.6%, at least 99.7%, at least 99.8%, at least 99.9%sequence identity with any one of SEQ ID NO: 2-17.

[0146] In some embodiments, the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes selected from capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP in the live bacteria strain of the invention is reduced, for example, as compared to a corresponding control strain. In some embodiments, the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes selected from capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP do not express in the live bacteria strain of the invention.

[0147] In some embodiments, the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more capsular polysaccharide synthesis related genes selected from capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP.

[0148] In some embodiments, capF or capG is deleted in the live strain of the invention, preferably, completely deleted. It was reported that deletion of capF or capG gene may abolish capsule production in S. aureus [3] .

[0149] In some embodiments, all of capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP are deleted in the live strain of the invention, preferably, completely deleted.

[0150] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention results in a reduced virulence.

[0151] For example, the virulence of the live bacteria strain of the invention may be reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain.

[0152] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention results in an increased immunogenicity. Immunogenicity may refer to the ability of eliciting immune response (e.g., antibody-mediated immune response) in a host.

[0153] For example, the immunogenicity of the live bacteria strain of the invention may be increased by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, at least about 90%, at least about 100%, at least about 150%, at least about 200%, at least about 250%, at least about 300%or more, as compared to a corresponding control strain.

[0154] In some embodiment, the “control strain” may be a parent strain from which the live bacteria strain of the invention is derived. In some embodiment, the “control strain” may refers to a strain of the same species whose Sae two component system, adsA activity and、 or capsules / capsular polysaccharides production has not been altered. In some embodiment, the “control strain” may also refers to a strain of the same species which does not contain the mutation (s) of one or more Sae two component system genes, adsA gene and or capsular polysaccharide synthesis related genes as mentioned above.

[0155] The live bacteria strain of the invention may be derived from a parent strain which is a wildtype strain of the same species. In some embodiments, a wildtype strain may be a strain that has not been genetically engineered. In some embodiments, a wildtype strain may be a strain whose Sae two component system genes, adsA gene and or capsular polysaccharide synthesis related genes have not been genetically engineered. In some embodiments, a wildtype strain may be a clinical isolate.

[0156] The live bacteria strain of the invention may be derived from a parent strain which already has low virulence. For example, the parent strain is an attenuated strain. The live bacteria strain of the invention may contain other modification (s) that may result in attenuation.

[0157] The live bacteria strain of the invention may be derived from a species from Staphylococcus sp.. For example, the live bacteria strain of the invention may be derived from Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus subspecies anaerobius, or Staphylococcus xylosus.

[0158] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention may be derived from any isolate strain of the specific bacterium species.

[0159] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention may be derived from a bacteria strain of various serotypes. Generally, the serotype of a bacteria strain is determined by the capsular polysaccharides produced by the bacteria strain.

[0160] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention is derived from Staphylococcus aureus, and thus also refers to a live S. aureus strain of the invention. In some embodiments, the live S. aureus strain of the invention is derived from S. aureus of various serotypes, including but not limited to serotype 5, serotype 8 and the like. In some particular embodiments, the live S. aureus strain of the invention is derived from serotype 5 S. aureus. In some particular embodiments, the live S. aureus strain of the invention is derived from serotype 8 S. aureus.

[0161] In some embodiments, the live S. aureus strain of the invention is derived from S. aureus Newman, FPR3735, JE2 or ATCC29213 strain. In some preferred embodiments, the live S. aureus strain of the invention is derived from S. aureus Newman strain. The Staphylococcus aureus Newman strain is a serotype 5 strain commercially available from the National Collection of Type Cultures (NCTC) in the United Kingdom under the accession number NCTC 8178.

[0162] In one aspect, the invention provides a live bacteria strain of a species from Staphylococcus sp., wherein

[0163] a) the live bacteria strain has reduced activity of the sae two component system, preferably, lacks the activity of the sae two component system; the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced; and / or wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes of the sae two component system; and

[0164] b) the live bacteria strain has reduced adenosine synthase A (adsA) activity, preferably, lacks adenosine synthase A (adsA) activity; the expression of adsA gene in the live bacteria strain is reduced; and / or the live bacteria strain comprises a mutation in the adsA gene,

[0165] for example, as compared to a corresponding control strain. The terms here have the definitions as mentioned above.

[0166] In one aspect, the invention provides a live bacteria strain of a species from Staphylococcus sp., wherein

[0167] a) the live bacteria strain has reduced activity of the sae two component system, preferably, lacks the activity of the sae two component system; the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced; and / or wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes of the sae two component system; and

[0168] b) the live bacteria strain of the invention has reduced capsule production, preferably, lacks capsule production; the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain of the invention is reduced; and / or the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more capsular polysaccharide synthesis related genes,

[0169] for example, as compared to a corresponding control strain. The terms here have the definitions as mentioned above.

[0170] In one aspect, the invention provides a live bacteria strain of a species from Staphylococcus sp., wherein

[0171] a) the live bacteria strain has reduced activity of the sae two component system, preferably, lacks the activity of the sae two component system; the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced; and / or wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes of the sae two component system; and

[0172] b) the live bacteria strain has reduced adenosine synthase A (adsA) activity, preferably, lacks adenosine synthase A (adsA) activity; the expression of adsA gene in the live bacteria strain is reduced; and / or the live bacteria strain comprises a mutation in the adsA gene; and

[0173] c) the live bacteria strain of the invention has reduced capsule production, preferably, lacks capsule production; the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain of the invention is reduced; and / or the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more capsular polysaccharide synthesis related genes,

[0174] for example, as compared to a corresponding control strain. The terms here have the definitions as mentioned above.

[0175] In some embodiments of various aspects, the live bacteria strain of the invention is also for use as a live expression vector for expression of a desired protein. The desired protein may confer certain properties to the live bacteria strain of the invention.

[0176] In some embodiments of various aspects, the live bacteria strain of the invention may comprise a coding sequence of a desired protein, and thereby be able to express the desired protein.

[0177] In some embodiments of various aspects, the desired protein may be an endogenous protein, i.e., a protein of the bacteria species that the live bacteria strain is derived from. In some embodiments, the desired protein may be a heterogeneous protein, i.e., a protein of a species different from the bacteria species that the live bacteria strain is derived from.

[0178] In some embodiments of various aspects, the coding sequence of the desired protein is introduced into the live bacteria strain of the invention, for example, through a nucleic acid expression construct. In some embodiments, the introduced coding sequence of the desired protein is integrated into the genome of the live bacteria strain of the invention.

[0179] As used herein, "expression construct " refers to a vector such as a recombinant vector that is suitable for expression of a nucleotide sequence of interest in a host cell. "Expression" refers to the production of a functional product. For example, expression of a nucleotide sequence may refer to the transcription of a nucleotide sequence and / or the translation of an RNA into a precursor or mature protein. The "expression construct" of the present invention may be a linear nucleic acid fragment, a circular plasmid, a viral vector or, in some embodiments, an RNA that is capable of translation (such as mRNA) .

[0180] In some embodiments of various aspects, the desired protein can be expressed and displayed on the surface of the cell of the live bacteria strain of the invention. In some embodiments, the desired protein can be expressed and secreted out of the cell of the live bacteria strain of the invention.

[0181] The desired protein includes but is not limited to an antibody, an antigen, and the like.

[0182] In some preferred embodiments of various aspects, the desired protein is an antigen protein. Expression or displaying an antigen protein may further increase the immunogenicity of the live bacteria strain of the invention.

[0183] In some embodiments of various aspects, the desired protein is an antigen protein of a species different from the bacteria species that the live bacteria strain is derived from. Expression or displaying an antigen protein of other species may confer immunogenicity of the live bacteria strain against said other species.

[0184] Exemplary antigen proteins include but are not limited to EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, mLukB, or the like, or any combinations thereof.

[0185] The EsxA may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 44. The EsxB may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 46. The mLukS-PV may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 48. The mLukF-PV may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 50. The mHla may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 52. The mSpA may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 54. The mTSST1 may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 56. The mSEB may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 58. The mLukA may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 60. The mLukB may comprise an amino acid sequence having at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 99%or even 100%sequence identity with SEQ ID NO: 62.

[0186] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention expresses (e.g., overexpresses) one or more antigens selected from EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, and mLukB. In some embodiments, the live bacteria strain of the invention expresses (e.g., overexpresses) the antigen mHla. In some embodiments, the live bacteria strain of the invention expresses (e.g., overexpresses) the antigens EsxA, and EsxB. In some embodiments, the live bacteria strain of the invention expresses (e.g., overexpresses) the antigens mHla, and mLukS-PV. In some embodiments, the live bacteria strain of the invention expresses (e.g., overexpresses) the antigens mHla, EsxA, EsxB and mLukS-PV. In some embodiments, the live bacteria strain of the invention expresses (e.g., overexpresses) the antigens EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, and mLukB.

[0187] In some embodiments, the live bacteria strain of the invention is for use in preventing and / or treating a bacterial infection in a subject.

[0188] In one aspect, the invention provides the use of the live bacteria strain of the invention in preparation of a composition for preventing or treating a bacterial infection in a subject. In some embodiments, the composition is a vaccine.

[0189] In one aspect, the invention provides a composition for preventing or treating a bacterial infection in a subject, which comprises the live bacteria strain of the invention. In some embodiments, the composition comprises an effective amount of the live bacteria strain of the invention. In some embodiments, the composition is a vaccine.

[0190] In another aspect, the invention provides a method for preventing and / or treating a bacterial infection in a subject, which comprises administering an effective amount of the live bacteria strain of the invention or the composition of the invention to the subject.

[0191] As used herein, a “subject” may include, but is not limited to, a mammal such as human, mouse, rat, monkey, dog, pig, sheep, goat, cow, horse, donkey, cattle, cat; a poultry such as chicken, duck, goose.

[0192] As used herein, preventing and / or treating a bacterial infection also encompasses preventing and / or treating diseases or clinical signs or symptoms caused by the bacterial infection.

[0193] In some embodiments of various aspects, the composition may further comprise an adjuvant. As used herein, "adjuvant" refers to additional components in a vaccine to enhance the immune response, or ancillary molecules added to the vaccine or generated by the body after the respective induction by such additional components, like but not restricted to interferons, interleukins or growth factors. “Adjuvants” as used herein, can include aluminum hydroxide and aluminum phosphate, saponins, water-in-oil emulsion, oil-in-water emulsion, water-in-oil-in-water emulsion.

[0194] In some embodiments of various aspects, the composition may further comprise a pharmaceutically acceptable carrier. As used herein, "pharmaceutically acceptable carrier" includes any and all solvents, dispersion media, coatings, antifungal agents, isotonic and absorption delaying agents, and the like that are physiologically compatible. Non-limiting examples of pharmaceutically acceptable carriers include water, NaCl, physiological saline, lactated Ringer's, normal sucrose, normal glucose, binders, fillers, disintegrants, lubricants, coatings, sweeteners, flavoring agents, salt solutions (such as Ringer's solution) , alcohol, oil, gelatin, carbohydrates such as lactose, amylose or starch, fatty acid esters, hydroxymethyl cellulose, polyvinylpyrrolidone and coloring agents.

[0195] In some embodiments of various aspects, the composition is formulated in a form for intramuscular administration, intraperitoneal administration, subcutaneous administration, oral administration or intranasal administration. In one embodiment, the composition is not for intravenous administration. In some embodiments, the composition is in a lyophilized form, which can be reconstituted before use.

[0196] As used herein, "effective amount" refers to an amount of a substance, compound, material, or composition containing a compound (such as the live bacteria strain of the invention or the composition of the invention) which is at least sufficient to produce a preventive or therapeutic effect after administration to a subject. Therefore, it is an amount necessary to prevent, cure, improve, retard or partially retard the symptoms of a disease or disorder, such as bacterial infection.

[0197] The actual dosage of the live strain or composition of the present invention to be administered to a subject can be determined according to the following physical and physiological factors: weight, sex, severity of symptoms, type of diseases to be treated, previous or current therapeutic intervention, unknown etiological disease of the patient, administration time, administration route and the like. In any case, the amount of the live strains in the composition and the appropriate dose for an individual subject will be determined by the medical personnel responsible for administration.

[0198] In some embodiments of various aspects, the bacterial infection is caused by a bacterial species from which the live bacteria strain of the invention is derived.

[0199] In some embodiments of various aspects, the bacterial infection is caused by a bacteria strain of a serotype different from serotype of the live bacteria strain of the invention.

[0200] In some embodiments of various aspects, the bacterial infection is caused by a species from Staphylococcus sp..

[0201] In some embodiments of various aspects, the bacterial infection is an infection caused by Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus subspecies anaerobius or Staphylococcus xylosus, or any combinations thereof.

[0202] In some embodiments of various aspects, the bacterial infection is Staphylococcus aureus infection.

[0203] In some embodiments of various aspects, the Staphylococcus aureus infection is a skin infection, soft-tissue infection, or invasive disease. In some embodiments, the invasive disease is bloodstream infection, endocarditis, Morel’s disease, or sepsis.

[0204] In some embodiments of various aspects, the Staphylococcus aureus infection is methicillin-resistant S. aureus (MRSA) infection or methicillin-sensitive S. aureus (MSSA) infection. In some preferred embodiments, the infection is a recurring S. aureus infection.

[0205] In some embodiments, the bacterial infection that can be prevented and / or treated by the invention may depend on the desired protein expressed by the live bacteria strain of the invention.

[0206] In one aspect, the present invention provides a method for attenuating a live bacteria strain and / or increasing the immunogenicity of a live bacteria strain, or a method for generating a live bacteria strain having lowered virulence and / or increased immunogenicity, said method comprises

[0207] a) reducing capsule production in the live bacteria strain, and / or reducing expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain;

[0208] b) reducing the activity of the Sae two component system and / or reducing the expression of one or more genes of the Sae two component system; and / or

[0209] c) reducing adenosine synthase A (adsA) activity and / or reducing the expression of AdsA gene.

[0210] In some embodiments, the method comprises introducing one or more mutation to the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes, the one or more genes of the Sae two component system, and / or the adsA gene into the live bacteria strain. Such a mutation can be addition, substitution, or deletion of one or more nucleotides.

[0211] In some preferred embodiments, all capsular polysaccharide synthesis related genes, all genes of the Sae two component system, and / or the adsA gene in the live bacteria strain are mutated. In some embodiments, the mutation in the gene results in reduced expression of the encoded protein or expression of a protein with reduced activity. In some embodiments, the mutation in the gene results in no expression of the encoded protein or expression of a protein with no activity. In some embodiments, said mutation is a frame-shift mutation, which results in mistranslation of the one or more genes.

[0212] In some embodiments, the mutation comprises a deletion of the gene, e.g., a complete deletion or a partial deletion of the gene. In some embodiments, the capsular polysaccharide synthesis related genes, the genes of the Sae two component system, and / or the adsA gene are deleted. The capsular polysaccharide synthesis related genes, the genes of the Sae two component system, and / or the adsA gene may be completely deleted from the strain. The the capsular polysaccharide synthesis related genes, the genes of the Sae two component system, and / or the adsA gene may also be partially deleted so that merely one or more truncated proteins without activity are present in the live bacteria strain of the invention. In some preferred embodiments, all the capsular polysaccharide synthesis related genes, all the genes of the Sae two component system, and / or the adsA gene in the live bacteria strain of the invention are completely or partially deleted. In some preferred embodiments, the capsular polysaccharide synthesis related genes, the genes of the Sae two component system, and / or the adsA gene in the live bacteria strain of the invention are completely deleted.

[0213] In some embodiments, the live bacteria strain is derived from a species of Staphylococcus sp.. In some embodiments, the live bacteria strain is derived from a species selected from Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus subspecies anaerobius or Staphylococcus xylosus. In some preferred embodiments, the live bacteria strain is derived from Staphylococcus aureus. In some embodiments, the live bacteria strain is derived from Staphylococcus aureus serotype 5 or serotype 8.

[0214] In some embodiments, the method further comprising introducing a coding sequence of a desired protein into the live bacteria strain, thereby the live bacteria strain is able to express the desired protein. In some embodiments, the desired protein may be an endogenous protein or an exogenous protein.

[0215] In some embodiments, the coding sequence of the desired protein is introduced into the live bacteria strain through a nucleic acid expression construct. In some embodiments, the introduced coding sequence of the desired protein is integrated into the genome of the live bacteria strain.

[0216] The desired protein includes but is not limited to an antibody, an antigen, and the like.

[0217] In some preferred embodiments of various aspects, the desired protein is an antigen protein. In some embodiments of various aspects, the desired protein is an antigen protein of a species different from the bacteria species that the live bacteria strain is derived from.

[0218] Exemplary antigen proteins include but are not limited to EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, mLukB, or the like, or any combinations thereof.

[0219] Examples

[0220] A further understanding of the present invention may be obtained by reference to the specific examples set forth herein, which are only intended to illustrate the invention, and are not intended to limit the scope of the invention. It is apparent that various modifications and variations may be made to the present invention without departing from the spirit of the invention, and such modifications and variations are therefore also within the scope of the present invention.

[0221] Methods and materials

[0222] Wild type strains

[0223] In the present invention, the wild (wt) type strains involved are listed in Table 1.

[0224] Table 1. list of wild type strains involved

[0225] Strains construction and confirmation of DNA sequencing

[0226] Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS, Newman ΔsaeRS, Newman ΔadsA ΔsaeRS, and Newman ΔadsAΔCPΔsaeRS were constrcted based on Newman; and JE2 ΔadsA ΔsaeRS and JE2 ΔadsA ΔsaePQRS were constructed based on JE2.

[0227] S. aureus Newman strains were grown in Brain Heart Infusion (BHI) at 37 ℃. Unmarked, non-polar deletions of target KO genes (adsA, CPs, saeRS, saePQRS) were constructed using plasmid pIMAY* (Schuster, Christopher F et al. Microbiology (Reading, England) vol. 165, 5 (2019) : 572-584. doi: 10.1099 / mic. 0.000791) . The agarose gel of the PCR check of KO genes (adsA, CPs, saeRS, saePQRS, agrA) are displayed in Figure 1, and arrows indicated the expected bands for the KO mutant and for the wild-type strains. Briefly, upstream and downstream flanking regions of target KO genes were PCR amplified from chromosomal DNA of S. aureus Newman strain with corresponding primers (Table 3) . And the PCR products were separated by electrophoresis in a 1%agarose. The 5kb plus ladder was used as marker. Individual PCR products were then combined to generate an in-frame deletion pattern of target KO genes. The overlapping amplicon containing the in-frame deletion pattern was sub-cloned into pIMAY*to generate corresponding recombinant plasmid. The recombinant plasmid was introduced into DH5a, followed by transformation into E. coli DC10B and subsequently into parental strains (wt or engineered single / double KO strains) . The two-step selection of allelic replacement was performed as described previously [2] . Briefly, transformants were first cultured in BHI containing chloramphenicol (10μg / ml) at 37℃ for 2-3 days. The clones were screened by PCR to select for 1st recombination strains with specific primers (Table 3) . Next, selected clones were passed 5-7 times in BHI without antibiotics at 28℃ and screened on PCPA ( (4-Chloro-DL-phenylalanine) ) -containing plate to perform the 2nd recombination and plasmid loss. Then, chloramphenicol-sensitive colonies were screened. The deletion of target genes was first confirmed by PCR using primers (Table 3) specific for the deleted sequence and further by DNA sequencing. Finally, adsA gene was successfully removed from Newman wt to generate Newman ΔadsA, CPs gene was successfully removed from Newman ΔadsA to generate Newman ΔadsAΔCP, and saePQRS gene was successfully removed from Newman ΔadsAΔCP to generate Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS, saeRS gene was successfully removed from Newman wt, Newman ΔadsA or Newman ΔadsAΔCP to generate Newman ΔsaeRS, Newman ΔadsA ΔsaeRS and Newman ΔadsAΔCPΔsaeRS.

[0228] Due to the high similarity of genome sequences between Newman and JE2 strains, we were able to use the same set of primers to knock out selected genes except adsA in JE2 strain. As such, only JE2-adsA primer sequences are listed in Table 2 separately. In the same way as for Newman, adsA gene was successfully removed from JE2 wt to generate JE2 ΔadsA, saeRS gene or saePQRS gene were successfully removed from JE2 ΔadsA to generate JE2 ΔadsA ΔsaeRS or JE2 ΔadsA ΔsaePQRS. The constructed strains are shown in Table 2.

[0229] Table 2 list of constructed strains involved

[0230] Table 3. Primer list

[0231] Construction of strains expressing one or more antigens

[0232] Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + mHla (Sau0137) , Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS +EsxAB (Sau0144) , Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + mHla + mLukS-PV (Sau0140) , Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + mHla + EsxAB + mLukS-PV (Sau0145) , Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + mHla + mSpa + mLukSF-PV + EsxAB + mLukAB + mSEB + mTSST1 (Sau0105) were constructed based on Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS (Sau0126) ; and Newman ΔadsA ΔCP + mHla + mSpa + mLukSF-PV + EsxAB + mLukAB + mSEB + mTSST1 (Sau0102) , Newman ΔadsA ΔCP ΔagrA + mHla + mSpa + mLukSF-PV + EsxAB + mLukAB + mSEB +mTSST1 (Sau0103) were constructed based on Newman ΔadsA ΔCP (Sau0021) .

[0233] S.aureus Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS or Newman ΔadsA ΔCP were grown in Brain Heart Infusion (BHI) at 37 ℃. Antigen coding genes (mHla, EsxAB, mLukS-PV, EsxAB -mLukS-PV, mHla-mSpA, EsxAB-mLukSF-PV, mTSST1-mSEB, mLukAB) were constructed using plasmid pIMAY* (Schuster, Christopher F et al. Microbiology (Reading, England) vol. 165, 5 (2019) : 572-584. doi: 10.1099 / mic. 0.000791) . The agarose gel of the PCR check of insertion genes are displayed in Figure 2. Briefly, upstream and downstream flanking regions of target insertion genes were PCR amplified from chromosomal DNA of S. aureus Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS or Newman ΔadsA ΔCP strains with corresponding primers (Table 4) and the PCR products were separated by electrophoresis in a 1%agarose. The 5kb plus ladder was used as marker. Arrows indicate the expected bands for knock-in mutant and for the wild-type strain. Select a suitable insertion site and synthesized antigen genes expression cassette (mHla, EsxA+EsxB, mLukS-PV, EsxA+EsxB+LukS-PV, mHla+mSpA, EsxA+EsxB+mLukS-PV+LukF-PV, mTSST1+mSEB, mLukA+mLukB) together with the up-and down-stream gene sequences of the insertion site on both ends of the expression cassette, then the overlapping amplicon containing the gene of antigens was sub-cloned into pIMAY*to generate corresponding recombinant plasmid. The recombinant plasmid was introduced into DH5a, followed by transformation into E. coli DC10B and subsequently into parental strains (Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS / Newman ΔadsA ΔCP or engineered single / double / triple KI strains) . The two-step selection of allelic replacement was performed as described previously[2] . Briefly, transformants were first cultured in BHI containing chloramphenicol (10μg / ml) at 37℃ for 2-3 days. The clones were screened by PCR to select for 1st recombination strains with specific primers (Table 3) . Next, selected clones were passed 5-7 times in BHI without antibiotics at 28℃ and screened on PCPA (4-Chloro-DL-phenylalanine) -containing plate to perform the 2nd recombination and plasmid loss. Then, chloramphenicol-sensitive colonies were screened. The insertion of target antigen genes was first confirmed by PCR using primers in Table 4 and further by DNA sequencing. Finally, mHla gene was successfully inserted into Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS to generate Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+ mHla strain; EsxAB gene was successfully inserted into Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS to generate Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+ EsxAB strain; antigen mLukS-PV gene was successfully inserted into Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS + mHla strain to generate Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+ mHla + mLukS-PV strain; EsxAB-mLukS-PV gene was successfully inserted into Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS + mHla strain to generate Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+mHla + EsxAB + mLukS-PV strain; mHla-mSpA, EsxAB-mLukSF-PV, mTSST1-SEB and mLukAB genes were successfully inserted into Newman ΔadsAΔCPΔsaePQRS or Newman ΔadsA ΔCP to generate Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + mHla + mSpa + mLukSF-PV +EsxAB + mLukAB + mSEB + mTSST1 strain and Newman ΔadsA ΔCP + mHla + mSpa +mLukSF-PV + EsxAB + mLukAB + mSEB + mTSST1 strain.

[0234] Table 4. Primers.

[0235] Animal infection experiments with mouse

[0236] For safety and systemic infection model, each BALB / c mouse was immunized intraperitoneally or intravenously with single dose fresh culture bacterial suspension (2x108 CFU or 2x107 CFU) . The animals were monitored for survival daily for several days. Challenge experiments were conducted on Day 49 intraperitoneally with Newman, (2x108 CFU) and survival rate was monitored for several days.

[0237] For skin infection model, each BALB / c or C57BL / 6 mouse was immunized subcutaneously with single dose fresh culture bacterial suspension (1x107 CFU or 5 x107 CFU) . The animals were monitored for weight loss daily for 14 days and serum from BALB / c group were sampled on Day 21 and Day 28 for antibody titrations and examined by whole bacteria ELISA (Newman Δspa Δsbi) . Mice from BALB / c group were challenged on Day 42 subcutaneously with Newman (1x108 or 2x108) , HA-MRSA (4 x108) , FPR3735 (8x108) , Sau-HK3117 (2 x108) , MU3 strain (8 x108) and skin abscess and demonecrsis was monitored for several days.

[0238] The procedure of whole bacteria ELISA (Newman Δspa Δsbi) is as follows.

[0239] For detection of specific antibodies against Newman, a derived mutant strain deficient for the protein A and protein Sbi (Δspa Δsbi) was used to avoid nonspecific binding with IgG or IgM antibodies. In total, 96-well ELISA plates were coated with Newman Δspa Δsbi, which were fixed to the bottom of the wells after overnight incubation at 4℃ in 100mM carbonate-bicarbonate buffer, pH9.6. After coating, plates were washed five times with PBS to remove any unfixed bacteria. The residual sites were blocked with 200 μL per well of blocking solution (5%skim milk in PBS) for 2h at room temperature. Plates were aspirated and washed 5 times with washing buffer (0.005%Tween 20 in PBS) and incubated 2h at room temperature with mouse sera serially diluted in dilution buffer (2%skim milk in PBS) . After incubation, plates were washed five times with washing buffer and 100 μL of secondary antibody (peroxidase-labelled anti-mouse IgG) diluted 1: 5000 in dilution buffer was added to each well and left incubating for 1 h. Plate were washed five times with washing buffer and then, 100 μL of 3, 3'5, 5'-Tetramethylbenzidine was added to each well. The reaction was stopped after 20 min with 50 μL of 1M H2SO4 per well, and read at 450nm.

[0240] Animal infection experiments with sheep

[0241] In northwestern China, outbreaks of Morel’s disease (MD, caused by S. aureus subspecies anaerobius, clinical manifestation was confined to abscesses) occur in breeding centres during the summer as temperatures rise. Incidence decreases with colder weather. There is environmental infection and most sheep are infected or exposed. Infection is more likely to occur if there is trauma to the animal (e.g. caused by shearing) . Bacteria isolated from the abscesses in sheep is highly homologous to Staphylococcus aureus subsp. anaerobius strain MVF-7 (ATCC 35844) , when multilocus sequencing and16s identification were used to identify the isolated strains.

[0242] 1) Screening of enrolled animals

[0243] Healthy sheep within one year of age with clear background and without visible Staphylococcus aureus infection were first screened into the experimental group. A total of 294 animals were recruited for this experiment. Furthermore, screened serum-IgG response to S. aureus from total 294 healthy sheep, and enrolled 72 sheep with low IgG response (below 1.5) . All 72 screened animals were randomly grouped.

[0244] 2) Experimental design and animal grouping

[0245] This experiment was divided into three groups, including two immunization groups (Sau0105 group and Sau0137 group) and one placebo group (physiological saline) , of which there were 30 in the Sau0105 group, 12 in the Sau0137 group and 30 in the Placebo group (shown in Table 5) . The median and distribution of antibody levels of the final grouped animals were basically the same, indicating that the background of the three groups of animals was close to each other (as shown in Figure 3) .

[0246] Table 5. Experimental design and animal grouping

[0247] 3) Sheep monitoring after vaccination

[0248] Animals were immunized on day 0 according to the group allocation plan and observed for a period of 42 days.

[0249] Following immunization, the health status of the animals and any abnormalities at the injection site were monitored. Any other adverse reactions were recorded to assess the safety of the vaccine in sheep.

[0250] Post-immunization, the incidence of abscesses (MD) in the animals was observed and recorded from time to time, including the appearance, recovery, and disappearance of abscesses, to study the efficacy of the vaccine against abscesses (MD) in sheep.

[0251] Example 1. Characterization of ΔsaePQRS strains

[0252] 1.1 ΔsaePQRS strains show lower virulence than ΔsaeRS strain

[0253] Knockout of saePQRS resulted in lower virulence than knockout of saeRS. In BALB / c mouse model, the mice immunized (i.p. ) with ΔsaePQRS strains (JE2 ΔadsAΔsaePQRS) showed higher survival than mice injected with the same dosage (2x 108 CFU) of JE2 ΔadsA ΔsaeRS (Figure 4) . Similar results were observed in Newman strain. The mice were immunized (i.v. ) with ΔsaePQRS and ΔsaeRS strains with different genetic backgrounds (Newman ΔsaePQRS  / Newman ΔsaeRS / Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS  / Newman ΔadsA ΔCP ΔsaeRS) (2x 107 CFU) . On Day 15, Newman ΔsaePQRS and Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS showed a higher survival rate than Newman ΔsaeRS and Newman ΔadsA ΔCP ΔsaeRS respectively (Figure 5) .

[0254] 1.2 Double knockout ΔadsA ΔsaePQRS strains show decreased virulence and increased protection efficacy

[0255] In skin infection model, double knockout ΔadsA ΔsaePQRS strains (JE2 ΔadsA ΔsaePQRS strains) showed lower virulence and higher protection efficacy than the ΔadsA single knockout strain (JE2 ΔadsA) . See Figure 4.

[0256] 1.3 Triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains show lower virulence than double knockout ΔadsA ΔCP strains

[0257] In the systemic infection model, triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains (Newman ΔCP ΔadsA ΔsaePQRS and JE2 ΔadsA ΔsaePQRS-JE2 strain has no functional CP) showed lower virulence than double knockout ΔadsA ΔCP strains (Newman ΔCP ΔadsA and JE2 ΔadsA) , as shown in Figure 4 and Figure 5.

[0258] The inventors further investigated Sau0126 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS) in skin infection model to examine the attenuation effect of additional removal of saePQRS under ΔadsA ΔCP genetic background. The results showed a significant decrease in its virulence. With the same immunization dose (s.c. 2x 108 CFU) , the mice injected with Sau0126 had no obvious abscess in the injection site while its parental strain Sau0021 (Newman ΔadsA ΔCP) caused visible skin abscess in both BALB / c and C57BL / 6 mouse models (Figure 6) . The result indicates that removal of saePQRS indeed further reduces virulence.

[0259] 1.4 Triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains show lower IgG response but retained efficacy in systemic infection model

[0260] To measure the antibody-mediated immune responses, BALB / c mice were immunized with Newman, Sau0021, Sau0126 and PBS (s.c. 5x107, n=10) , and antibody titers were determined by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) .

[0261] Compared to Newman wt and Sau0021, ΔsaePQRS strain Sau0126 showed significantly lower antibody titers both on Day 21 and Day 28 (Figure 7) . However, during the challenge experiment (Immunization route: i.p. 2x108, and Challenge route: i.p. 2x108, n=5) folowed up on the same set of safety evaluation experiment, ΔsaePQRS strains still retained their protection. The mice immunized with Sau0021 and Sau0126 both reach 100%survival after challenge while control group with only 50%survival rate (Figure 8) . The results demonstrated that additional removal of saePQRS did not diminish the efficacy of its parental strain.

[0262] 1.4 Triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strains show increased protection efficacy in skin infection model.

[0263] The inventors further investigated the triple knockout ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS strain Sau0126 in skin infection model to examine the protection efficacy. Sau0126 demonstrated increased protection against the Newman wt strain after additional removal of saePQRS under ΔadsA ΔCP genetic background. Active immunization with Sau0126 resulted in significantly reduced abscess size compared to its parental strain Sau0021 (Figure 9, Immunization route: s.c. 5x107, and Challenge route: s.c. 2x108, n=5) .

[0264] Example 2. Characterization of above strains with 1 or more antigens

[0265] In order to improve the protective efficacy and coverage of the strain as a vaccine, the inventors additionally expressed 1 or more antigens derived from different S. aureus sub-strains, namely, EsxA (amino acid sequence: SEQ ID NO: 44, coding sequence: SEQ ID NO: 45) , and / or EsxB (amino acid sequence: SEQ ID NO: 46, coding sequence: SEQ ID NO: 47) , and / or mLukS-PV (amino acid sequence: SEQ ID NO: 48, coding sequence: SEQ ID NO: 49) , and / or mLukF-PV (amino acid sequence: SEQ ID NO: 50, coding sequence: SEQ ID NO: 51) , and / or mHla (amino acid sequence: SEQ ID NO: 52, coding sequence: SEQ ID NO: 53) , and / or mSpA (amino acid sequence: SEQ ID NO: 54, coding sequence: SEQ ID NO: 55) , and / or mTSST1 (amino acid sequence: SEQ ID NO: 56, coding sequence: SEQ ID NO: 57) , and / or mSEB (amino acid sequence: SEQ ID NO: 58, coding sequence: SEQ ID NO: 59) , and / or mLukA (amino acid sequence: SEQ ID NO: 60, coding sequence: SEQ ID NO: 61) , and / or mLukB (amino acid sequence: SEQ ID NO: 62, coding sequence: SEQ ID NO: 63) . The strains with 1 or more antigens involved were shown in Table 2.

[0266] 2.1 Sau0105 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + 10-antigen) strain showed decreased bacterial load in kidney

[0267] The effect of ΔsaePQRS in lowering virulence were examined further with 10-antigen strains by bacterial load. The results showed Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + 10-antigen strain has significant lower bacterial load than the control strains Newman ΔadsA ΔCP + 10-antigen and Newman ΔadsA ΔCP strains. Furthermore, to examine the effect of saePQRS specifically, we also constructed another 10-antigen strain by removing a different TCS gene agrA. No difference in bacterial load was observed in ΔagrA strain compared with ΔadsA ΔCP and Newman ΔadsA ΔCP + 10-antigens, indicating the predominant effect comes from removing saePQRS this particular target but not any other TCS genes (Figure 10, i.v. 2x107, n=2) .

[0268] 2.2 Sau0105 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + 10-antigen) strain showed lower virulence

[0269] Lower virulence of ΔsaePQRS + 10-antigen strain were confirmed by survival study with systemic infection model (i.v. 2x107, n=5) .

[0270] Sau0105 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + 10 antigens) has higher survival rate than the control groups Newman ΔadsA ΔCP and Newman ΔadsA ΔCP + 10-antigen strains (Figure 11) .

[0271] 2.3 In the skin infection model, Sau0105 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + 10-antigen) provides protection efficacy when used as vaccine.

[0272] The inventors further investigated ΔsaePQRS + 10-antigen strain in skin infection model to examine the protection efficacy (Immunization route: s.c. 1x107, and Challenge route: s.c. 1x108, n=10) . Immunization with Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + 10-antigen resulted in significantly reduced demonecrosis area compared to control group (Figure 12) .

[0273] 2.4 In the mouse skin infection model, strain Sau0137 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+mHla) provides protection efficacy when used as vaccine.

[0274] To examine the protection efficacy of strains with less than 10 antigens, the inventors further investigated strain Sau0137 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+ mHla) in the mouse skin infection model (Immunization route: s.c. 1x107, and Challenge route: s.c. 4x108, n=20) . Sau0137 demonstrated significant higher protection against the HA-MRSA strain than the PBS group (Figure 13) .

[0275] 2.5 In the mouse skin infection model, strain Sau0140 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+mHla mLukS) provides protection efficacy when used as vaccine.

[0276] To examine the protection efficacy of strains with less than 10 antigens, the inventors further investigated strain Sau0140 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+ mHla mLukS) in the mouse skin infection model (Immunization route: s.c. 1x107, and Challenge route: s.c. 4x108 with HA-MRSA or 8x108 with MU3, n=20) . Sau0140 demonstrated significant higher protection against the HA-MRSA or MU3 strain than the PBS group (Figure 14) . It’s worth noting that Sau0140 showed higher protection efficacy against MU3 compared to 4C-Sta Ag (i.m. immunization , 10ug / protein, add 1 / 10 alum adjuvant) , which is a four-component S. aures vaccine consisting of HlaH35L, EsxAB, FhuD2, and Csa1A recombinant proteins, which was developed by GSK.

[0277] 2.6 In the mouse skin infection model, strain Sau0145 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+mHla mLukS EsxAB) provides protection efficacy when used as vaccine.

[0278] To examine the protection efficacy of strains with less than 10 antigens, the inventors further investigated strain Sau0145 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+ mHla mLukS EsxAB) in the mouse skin infection model (Immunization route: s.c. 1x107, and Challenge route: s.c. 8x108 with FPR3735 or 4x108 with HA-MRSA or 2x108 with Sau-HK3117, n=20) . Sau0145 demonstrated significantly higher protection against the HA-MRSA or FPR3735 or Sau-HK3117 strain than the PBS group (Figure 15) .

[0279] 2.7 In the mouse skin infection model, strain Sau0144 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+EsxAB) provides protection efficacy when used as vaccine.

[0280] To examine the protection efficacy of strains with less than 10 antigens, the inventors further investigated strain Sau0144 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+ EsxAB) in the mouse skin infection model (Immunization route: s.c. 1x107, and Challenge route: s.c. 2x108 with with Sau-HK3117, n=20) . Sau0144 demonstrated significant higher protection against the HA-MRSA strain than the PBS group (Figure 16) .

[0281] 2.8 In the sheep system infection model, Sau0137 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS+mHla) and Sau0105 (Newman ΔadsA ΔCP ΔsaePQRS + 10-antigen) both provide protection efficacy when used as vaccine.

[0282] Safety study results: After immunization, no obvious redness or swelling was observed at the injection site of the vaccine group. The overall signs of the animals were good, with no fatigue or recumbency state. These observations preliminarily demonstrate the safety of the vaccine in sheep.

[0283] Efficacy study results: Throughout the observation period, each animal was examined at all observation points, and its disease status was recorded. When an animal was first found to have an abscess infection, it was counted as a primary case. If an animal developed another infection after recovering from the initial one, it was counted as a recurrent case. At the end of the observation period, the number of observed cases was tallied, and the proportion of cases within each group was calculated based on the number of animals that completed the experiment. This data was used to determine the overall efficacy of the vaccine.

[0284] Incidence Rate within Group = Number of Cases in the Group  / Base Number whinin group

[0285] Vaccine Efficacy = 1 - (Incidence Rate of the Vaccine Group  / Incidence Rate of the Control Group)

[0286] The experimental results showed that at the end of the experiment (day 42) : for the occurrence of abscesses (MD) caused by Staphylococcus aureus, the efficacy of Sau0105 reached 60%, and the efficacy of Sau0137 reached 100%. This indicates that both Sau0105 and Sau0137 immunizations can effectively prevent the occurrence of abscesses (MD) in sheep, with Sau0137 showing superior efficacy (shown in Table 6) .

[0287] Table 6 sheep system infection experimental results

[0288] All of the live bacteria strains, compositions, use and / or methods disclosed and claimed herein can be made and executed without undue experimentation in light of the present disclosure. While the live bacteria strains, compositions, use and / or methods of this invention have been described in terms of preferred embodiments, it will be apparent to those of skill in the art that variations may be applied to the live bacteria strains, compositions, use and / or methods and in the steps or in the sequence of steps of the method described herein without departing from the concept, spirit and scope of the invention. More specifically, it will be apparent that certain agents which are both chemically and physiologically related may be substituted for the agents described herein while the same or similar results would be achieved. All such similar substitutes and modifications apparent to those skilled in the art are deemed to be within the spirit, scope and concept of the invention as defined by the appended claims.

[0289] Sequence information (partial)

[0290] SEQ ID NO 1 adsA amino acid sequence

[0291] SEQ ID NO 2 capA (NWMN_0095) amino acid sequence

[0292] SEQ ID NO 3 capB (NWMN_0096) amino acid sequence

[0293] SEQ ID NO 4 capC (NWMN_0097) amino acid sequence

[0294] SEQ ID NO 5 capD (NWMN_0098) amino acid sequence

[0295] SEQ ID NO 6 capE (NWMN_0099) amino acid sequence

[0296] SEQ ID NO 7 capF (NWMN_0100) amino acid sequence

[0297] SEQ ID NO 8 capG (NWMN_0101) amino acid sequence

[0298] SEQ ID NO 9 capH (NWMN_0102) amino acid sequence

[0299] SEQ ID NO 10 capI (NWMN_0103) amino acid sequence

[0300] SEQ ID NO 11 capJ (NWMN_0104) amino acid sequence

[0301] SEQ ID NO 12 capK (NWMN_0105) amino acid sequence

[0302] SEQ ID NO 13 capL (NWMN_0106) amino acid sequence

[0303] SEQ ID NO 14 capM (NWMN_0107) amino acid sequence

[0304] SEQ ID NO 15 capN (NWMN_0108) amino acid sequence

[0305] SEQ ID NO 16 capO (NWMN_0109) amino acid sequence

[0306] SEQ ID NO 17 capP (NWMN_0110) amino acid sequence

[0307] SEQ ID NO 18 capA (NWMN_0095) nucleotide sequence

[0308] SEQ ID NO 19 capB (NWMN_0096) nucleotide sequence

[0309] SEQ ID NO 20 capC (NWMN_0097) nucleotide sequence

[0310] SEQ ID NO 21 capD (NWMN_0098) nucleotide sequence

[0311] SEQ ID NO 22 capE (NWMN_0099) nucleotide sequence

[0312] SEQ ID NO 23 capF (NWMN_0100) nucleotide sequence

[0313] SEQ ID NO 24 capG (NWMN_0101) nucleotide sequence

[0314] SEQ ID NO 25 capH (NWMN_0102) nucleotide sequence

[0315] SEQ ID NO 26 capI (NWMN_0103) nucleotide sequence

[0316] SEQ ID NO 27 capJ (NWMN_0104) nucleotide sequence

[0317] SEQ ID NO 28 capK (NWMN_0105) nucleotide sequence

[0318] SEQ ID NO 29 capL (NWMN_0106) nucleotide sequence

[0319] SEQ ID NO 30 capM (NWMN_0107) nucleotide sequence

[0320] SEQ ID NO 31 capN (NWMN_0108) nucleotide sequence

[0321] SEQ ID NO 32 capO (NWMN_0109) nucleotide sequence

[0322] SEQ ID NO 33 capP (NWMN_0110) nucleotide sequence

[0323] SEQ ID NO 34 saeP amino acid sequence (Newman)

[0324] SEQ ID NO 35 saeQ amino acid sequence (Newman)

[0325] SEQ ID NO 36 saeS amino acid sequence (Newman)

[0326] SEQ ID NO 37 saeR amino acid sequence (Newman)

[0327] SEQ ID NO 38 saeP nucleotide sequence (Newman)

[0328] SEQ ID NO 39 saeQ nucleotide sequence (Newman)

[0329] SEQ ID NO 40 saeS nucleotide sequence (Newman)

[0330] SEQ ID NO 41 saeR nucleotide sequence (Newman)

[0331] SEQ ID NO42 saeS amino acid sequence (JE2)

[0332] SEQ ID NO43 saeS nucleotide sequence (JE2)

[0333] SEQ ID NO44 EsxA nucleotide sequence (codon optimized) :

[0334] SEQ ID NO45 EsxA amino acid sequence from Newman:

[0335] SEQ ID NO46 EsxB nucleotide sequence (codon optimized) :

[0336] SEQ ID NO47 EsxB amino acid sequence from Newman:

[0337] SEQ ID NO48 mLukS-PV nucleotide sequence:

[0338] SEQ ID NO49 mLukS-PV amino acid sequence:

[0339] SEQ ID NO50 mLukF-PV nucleotide sequence:

[0340] SEQ ID NO51 mLukF-PV amino acid sequence:

[0341] SEQ ID NO52 mHla nucleotide sequence:

[0342] SEQ ID NO53 mHla amino acid sequence:

[0343] SEQ ID NO54 mSpA nucleotide sequence:

[0344] SEQ ID NO55 mSpA amino acid sequence:

[0345] SEQ ID NO56 mTSST1 nucleotide sequence:

[0346] SEQ ID NO57 mTSST1 amino acid sequence:

[0347] SEQ ID NO58 mSEB nucleotide sequence:

[0348] SEQ ID NO59 mSEB amino acid sequence:

[0349] SEQ ID NO60 mLukA nucleotide sequence:

[0350] SEQ ID NO61 mLukA amino acid sequence:

[0351] SEQ ID NO62 mLukB nucleotide sequence:

[0352] SEQ ID NO63 mLukB amino acid sequence:

[0353] References

[0354] 1. Collins, Madison M., et al. “The accessory gene saeP of the SaeR / S two-component gene regulatory system impacts Staphylococcus aureus virulence during neutrophil interaction. ” Frontiers in microbiology 11 (2020) : 561.

[0355] 2. Bae, T. and O. Schneewind, “Allelic replacement in Staphylococcus aureus with inducible counter-selection” . Plasmid, 2006. 55 (1) : p. 58-63.

[0356] 3. Kneidinger, B., et al. 2003. “Three highly conserved proteins catalyze the conversion of UDP-Nacetyl-D-glucosamine to precursors for the biosynthesis of O antigen inPseudomonas aeruginosa O11 and capsule in Staphylococcus aureus type 5-implications for the UDP-N-acetyl-L-fucosamine biosynthetic pathway. ” J. Biol. Chem. 278: 3615–3627.

[0357] 4. Paul D. Fey, et al. 2013. “A Genetic Resource for Rapid and Comprehensive Phenotype Screening of Nonessential Staphylococcus aureus Genes. ” mBio 4 (1) : e00537-12. doi: 10.1128 / mBio. 00537-12.

[0358] All references cited herein are incorporated herein by reference in their entirety and for all purposes to the same extent as if each individual publication or patent or patent application was specifically and individually indicated to be incorporated by reference in its entirety for all purposes.

Claims

1.A live bacteria strain of a species from Staphylococcus sp., whereini) the live bacteria strain has reduced activity of the sae two component system, preferably, lacks the activity of the sae two component system;ii) the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced; and / oriii) wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes of the sae two component system;for example, as compared to a corresponding control strain.2.The live bacteria strain of claim 1, wherein the expression of one or more genes of the sae two component system in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to corresponding control strain.3.The live bacteria strain of claim 1 or 2, wherein the expression of one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is reduced, preferably, the expression of SaeS and SaeR or the expression of all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is reduced, more preferably, none of SaeS and SaeR or none of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ expresses in the live bacteria strain.4.The live bacteria strain of claim 1, wherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ, preferably, all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are mutated.5.The live bacteria strain of any one of claims 1-4, wherein the mutation in the one or more genes of the sae two component system results in reduced or no expression of the one or more genes of the sae two component system, or results in expression of one or more proteins of the sae two component system with reduced or no activity.6.The live bacteria strain of any one of claims 1-5, wherein the mutation comprises a deletion of the one or more genes of the sae two component system, preferably, all genes of the sae two component system in the live bacteria strain are completely or partially deleted, more preferably, all genes of the sae two component system in the live bacteria strain are completely deleted.7.The live bacteria strain of claim 6, wherein one or more genes selected from SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain is deleted, preferably, SaeS and SaeR or all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are completely or partially deleted, more preferably, SaeS and SaeR or all of SaeS, SaeR, SaeP and SaeQ in the live bacteria strain are completely deleted.8.The live bacteria strain of any one of claim 1-7, wherein the live bacteria strain also has reduced adenosine synthase A (adsA) activity, preferably, lacks adenosine synthase A (adsA) activity, for example, as compared to a corresponding control strain.9.The live bacteria strain of claim 8, wherein the live bacteria strain comprises a mutation in the adsA gene.10.The live bacteria strain of claim 9, wherein the mutation results in reduced or no expression of the adsA gene, or results in expression of adsA protein with reduced or no activity.11.The live bacteria strain of claim 9 or 10, wherein the mutation comprises a deletion of the adsA gene in the live bacteria strain, for example, the adsA gene is partially or completely deleted.12.The live bacteria strain of any one of claims 1-11,wherein the live bacteria strain also has reduced capsule production, preferably, lacks capsule production, and / orwherein the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced, and / orwherein the live bacteria strain contains one or more mutations in one or more capsular polysaccharide synthesis related genes,for example, as compared to a corresponding control strain.13.The live bacteria strain of claim 12, wherein the capsule production in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain, preferably, the live bacteria strain does not produce capsules.14.The live bacteria strain of claim 12 or 13, wherein the production of capsular polysaccharides in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain, preferably, the live bacteria strain does not produce capsular polysaccharides.15.The live bacteria strain of any one of claims 12-14, wherein the expression of one or more capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to corresponding control strain.16.The live bacteria strain of any one of claims 12-15, wherein the expression of all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain is reduced, preferably, no capsular polysaccharide synthesis related gene expresses in the live bacteria strain.17.The live bacteria strain of any one of claims 12-16, wherein all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain are mutated.18.The live bacteria strain of any one of claims 12-17, wherein the mutation in the capsular polysaccharide synthesis related gene results in reduced or no expression of the capsular polysaccharide synthesis related gene or expression of a capsular polysaccharide synthesis related protein with reduced or no activity.19.The live bacteria strain of any one of claims 12-18, wherein the mutation comprises a deletion of the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes, preferably, all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain are partially or completely deleted, more preferably, all capsular polysaccharide synthesis related genes in the live bacteria strain are completely deleted.20.The live bacteria strain of any one of claims 12-19, wherein the one or more capsular polysaccharide synthesis related genes are selected from the group consisting of: capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP.21.The live bacteria strain of claim 20, wherein all the capsular polysaccharide synthesis related genes of capA, capB, capC, capD, capE, capF, capG, capH, capI, capJ, capK, capL, capM, capN, capO, and capP are deleted, preferably, completely deleted.22.The live bacteria strain of any one of claims 1-21, wherein the mutation is achieved by homologous recombination or by targeted mutagenesis, such as via CRISPR, TALEN or ZFN technologies.23.The live bacteria strain of any one of claims 1-22, wherein the live bacteria strain has a reduced virulence, for example, the virulence of the live bacteria strain is reduced by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, or at least about 90%or more, as compared to a corresponding control strain.24.The live bacteria strain of any one of claims 1-23, wherein the live bacteria strain has an increased immunogenicity, for example, the immunogenicity of the live bacteria strain is increased by at least about 10%, at least about 20%, at least about 30%, at least about 40%, at least about 50%, at least about 60%, at least about 70%, at least about 80%, at least about 90%, at least about 100%, at least about 150%, at least about 200%, at least about 250%, at least about 300%or more, as compared to a corresponding control strain.25.The live bacteria strain of any one of claims 1-24, wherein the species from Staphylococcus sp. is selected from the group consisting of Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus subspecies anaerobius and Staphylococcus xylosus, preferably, the species from Staphylococcus sp. is Staphylococcus aureus.26.The live bacteria strain of any one of claims 1-25, wherein the live bacteria strain is derived from a parent strain which is a clinical isolate.27.The live bacteria strain of any one of claims 1-25, wherein the live bacteria strain is derived from a parent strain which already has low virulence.28.The live bacteria strain of any one of claims 1-27, wherein the live bacteria strain is derived from Staphylococcus aureus serotype 5 or serotype 8, more preferably, the live bacteria strain is derived from Staphylococcus aureus serotype 5.29.The live bacteria strain of claim 28, wherein the live bacteria train is derived from Staphylococcus aureus Newman strain, FPR3735, JE2 or ATCC29213.30.The live bacteria strain of any one of claims 1-29, which is for use as a live expression vector for expression of a desired protein.31.The live bacteria strain of any one of claims 1-30, wherein the live bacteria strain further comprises a coding sequence of a desired protein, and thereby being able to express the desired protein.32.The live bacteria strain of claim 31, wherein the coding sequence of the desired protein is introduced into the live bacteria strain, for example, through a nucleic acid expression construct.33.The live bacteria strain of claim 32, wherein the introduced coding sequence of the desired protein is integrated into the genome of the live bacteria strain.34.The live bacteria strain of any one of claims 30-33, wherein the desired protein is expressed and displayed on the surface of the cell of the live bacteria strain; or is expressed and secreted out of the cell of the live bacteria strain.35.The live bacteria strain of any one of claims 30-34, wherein the desired protein is an antigen.36.The live bacteria strain of any one of claims 30-35, wherein the desired protein is selected from EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, mLukB, or any combination thereof.37.The live bacteria strain of claim 36, wherein the desired protein isi) mHla;ii) EsxA, and EsxB;iii) mHla, mLukS-PV, and mLukF-PV;iv) mHla, EsxA, EsxB, mLukS-PV, and mLukF-PV; orv) EsxA, EsxB, mLukS-PV, mLukF-PV, mHla, mSpA, mTSST1, mSEB, mLukA, and mLukB.38.The live bacteria strain of any one of claims 1-37, which is for use in preventing and / or treating a bacterial infection in a subject.39.The live bacteria strain of claim 38, wherein the bacterial infection is an infection caused by a species from which the live bacteria strain is derived, for example, a species from Staphylococcus sp..40.The live bacteria strain of claim 39, wherein the bacterial infection is an infection caused by Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus subspecies anaerobius or Staphylococcus xylosus, or any combinations thereof, preferably, by Staphylococcus aureus.41.Use of the live bacteria strain of any one of claims 1-40 in preparation of a composition, such as a vaccine, for preventing or treating a bacterial infection in a subject.42.A composition, such as a vaccine, for preventing or treating a bacterial infection in a subject, which comprises the live bacteria strain of any one of claims 1-40.43.The composition of claim 42, wherein the composition further comprises an adjuvant and / or a pharmaceutically acceptable carrier.44.A method for preventing and / or treating a bacterial infection in a subject, which comprises administering an effective amount of the live bacteria strain of any one of claims 1-40 or the composition of claim 42 or 43 to the subject.45.The use of claim 41, the composition of any one of claims 42-43, or the method of claim 44, wherein the bacterial infection is an infection caused by a species from which the live bacteria strain is derived, for example, a species from Staphylococcus sp..46.The use, the composition, or the method of claim 45, wherein the bacterial infection is an infection caused by Staphylococcus aureus, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulinus, Staphylococcus subspecies anaerobius or Staphylococcus xylosus, or any combinations thereof.47.The use, the composition, or the method of claim 46, wherein the bacterial infection is Staphylococcus aureus infection.48.The use, composition or method of claim 47, wherein the Staphylococcus aureus infection is a skin infection, soft-tissue infection, or invasive disease.49.The use, composition or the method of claim 48, wherein the invasive disease is bloodstream infection, endocarditis, Morel’s disease or sepsis.50.The use, composition or the method of any one of claims 47-49, wherein the Staphylococcus aureus infection is methicillin-resistant S. aureus (MRSA) infection or methicillin-sensitive S. aureus (MSSA) infection, preferably, the infection is a recurring S. aureus infection.51.The use, composition or the method of any one of claims 45-50, wherein the subject is a mammal such as human, mouse, rat, monkey, dog, pig, sheep, goat, cow, horse, donkey, cattle, cat;a poultry such as chicken, duck, goose.

Images