本发明公开了一种北部湾黑蝶贝与三倍体马氏珍珠贝远缘杂交育苗方法,包括:将雄性二倍体黑蝶贝壳面刷洗干净,刺激诱导黑蝶贝自然排精;获取性腺发育成熟的三倍体马氏珍珠贝卵子,清洗,静置,得到净化后的卵子;用纯氨水诱导活化净化后的卵子,直至卵子呈圆形;将促熟后的卵子分次加入黑蝶贝精液中,搅拌均匀,公贝排精完成后,移出雄性黑蝶贝,静水环境下自然受精;受精后取样观察,确认受精成功及第一极体正常发育;胚胎发育正常后,培育至担轮幼虫及D形幼虫期。本发明结合双亲染色体倍性特征优化育苗流程,解决同染色体基数远缘杂交配子适配难题,受精率、幼虫成活率高,工艺易落地,培育杂交种苗性状优良,适用于高品质珍珠规模化养殖产业。